「こんな世界はどうでもいい」と言うオビトと、それに対して怒りをあらわにするナルト。それぞれの想いを胸に、戦場で激しく両者がぶつかり合う！オビトを止めるためカカシは自分の想いを伝えようとするのだが、その言葉は届くこと無くオビトはカカシにトドメを刺そうとする。“もうだめだ”とカカシが思ったその瞬間――ナルトがその攻撃を受け止める！そして「オレの仲間は絶対殺させやしねェ!!!」と、かつてカカシから伝えられた言葉をナルトが叫ぶ！！

結界を破り、ついに十尾がその姿を現す！巨大で恐ろしい姿の十尾の力は計り知れず、大地を抉り空気を揺らしながらナルトたちに襲い迫る。九尾の九喇嘛（クラマ）がリーダーとなり攻撃を仕掛けるが、十尾の力はあまりにも強大でどの攻撃もダメージを与えることができず、ついにチャクラを使い果たした九喇嘛と八尾の牛鬼（ギュウキ）は姿を消してしまう。絶体絶命の危機に瀕したナルトたちに向かってトドメの尾獣玉を放つ十尾。ナルトたちにはそれを避ける術はないのだが――。

十尾の動きを止めることに成功したナルトたち、忍連合の者たちが一斉にオビトとマダラに攻撃を仕掛ける！が、しかし、十尾は突如変形し、尾獣たちとは比べ物にならない威力の尾獣玉を放ち始める。遥か遠くに着弾しているにも関わらず爆発が見える程に強力な尾獣玉。次々と放たれた尾獣玉は遠くの街に着弾し、一瞬で街を消し去ってしまった。しかし何故、遠くばかりを狙うのか？誰もその理由がわからないまま、放たれた尾獣玉は忍連合本部へと飛んで行く。

多くの仲間が傷つき倒れ、命を落とした。その中には今まで共に戦ってきたネジもおり悲しみに暮れるナルトだが、ヒナタの叱咤激励により闘志を取り戻す。同じく命を落としてしまったシカクが最後に伝えた作戦は、全ての忍に九尾チャクラを受渡し、皆の力を倍増させるというもの。それによりナルトと同調した忍たちの意志が一つに繋がり、ネジの死を無駄にしないために、繋がりを断ち切らないために、全ての忍たちが十尾に向かって舞うかの如く突撃する！！

死してもなお、里を守ろうとしたイタチの気持ちとは。そして一族とは。里とは、忍とは。その全てを知るために木ノ葉隠れの里に帰ってきたサスケの前に今、穢土転生によって四人の火影が復活した！初代火影・柱間（ハシラマ）。二代目火影・扉間（トビラマ）。三代目火影・ヒルゼン。そして四代目火影・ミナト。サスケはイタチの全てをヒルゼンに、うちは一族の秘密を扉間に問いただす。そして里と忍について柱間が語り出し、物語は戦乱の時代――まだ里が存在しない時代へと遡る。

柱間が子供だった頃。“里”というシステムが無く、一族同士が争っていた時代に柱間とマダラは出会った。柱間は子供が死ぬような忍世界は間違っていると考え世界を変えようと夢見るのだが、厳しい掟を絶対とする大人には理解してもらえない。過酷な時代に出会った柱間とマダラはお互いの正体を隠しながらも未来について語り合い、二人は次第に同じ考えを持ち始める。そして同じ忍世界を夢見るようになった二人は子供が死ぬ事のない集落を作ろうと決意する。

マダラをうちは一族の少年だと知った柱間の父は、“マダラを殺せ”と柱間に冷酷な命令を下す。そして同じ未来を目指した二人は戦う事になり、柱間の思い描いた未来は夢半ばにして潰えてしまうのだった。それから年月は過ぎ――来る日も来る日も戦い続け、二人は一族の長になった。千手（せんじゅ）一族とうちは一族の戦いが熾烈を極める中、まだ夢を捨てきれずにいた柱間はマダラに手を組むよう持ち掛けるのだが、マダラは聞く耳を持とうとはせず須佐能乎（スサノオ）を発動する！

里を守るために友であるマダラを倒し、柱間とマダラの戦いは終焉を迎えた。そして里とは何か、忍とは何かを知るために話を聞いていたサスケに柱間は、忍とは“耐え忍ぶ者”だと告げる。そんな柱間の意志を知ったサスケは「イタチはその意志を受け継ぐ者だった。それがうちは一族の者だったことがいかにも皮肉だ」と冷たい笑みを浮かべる。全員の火影から話を聞き、忍と里の成り立ちを知ったサスケ。それにより、サスケが導き出す答えとは果たして！？

戦場ではナルトが先陣に立つ忍連合軍と、オビト＆マダラの激戦が続いていた。ナルトのチャクラの衣に守られ、マダラや十尾の猛攻撃に耐える忍たち。しかし、十尾の幾度となく続く攻撃にナルトの体力が底をつき、忍たちを覆っていたチャクラの衣が消えてしまう。一方、神威（かむい）の異空間で対峙するカカシとオビト。とどめを刺そうとするがためらってしまうカカシに対し、オビトはリンの死について語りだす。何故リンは死ぬ事になったのか、その真実が明らかになる！

十尾が最終変化一歩手前まで変形し、特大の尾獣玉を溜め始める。すでに忍たちにはそれを止める気力も力もないのだが、サクラやシカマルたちは諦めない。シカマルが策を練り、忍たちの力を合わせ尾獣玉を阻止しようとするのだがその威力は絶大で、止めることができない。もう終わりだ――と全ての忍が諦めかけたその時、穢土転生で蘇ったミナトが現れてその窮地を救う。ついに父と再会することになったナルトだが、その場にさらにもう一人、あの忍が現れる。