Юный Какаси тяжело переживает смерть Рин, становясь замкнутым и нелюдимым. Третий Хокагэ решает покинуть пост главы селения, передав свои обязанности молодому Минато Намикадзэ, желая таким образом обозначить приход новой эры. Но не все страны желают мира. Миссия Какаси по доставке свитка едва не обернулась провалом, если бы не подоспевший на помощь Гай.

Во время нападения диверсантов, Какаси, вопреки приказу, жестоко расправляется с нападавшими. Из-за этого Минато отстраняет Какаси от работы в АНБУ и поручает ему охранять беременную Кусину. По окончании миссии Какаси приходит на могилу Рин и рассказывает ей о ребёнке Минато и Кусины. После нападения Лиса, Сарутоби находит едва живую Кусину, которая успевает передать имя сына.

Кошмары Какаси не прекращаются, однако Киноэ с Древесным стилем также не покидает голову юного синоби. Желая разобраться в этом, Какаси проникает в архив и узнаёт о единственном пользователе древесных техник — Первом Хокагэ Хасираме Сэндзю. Так же Сарутоби рассказывает Какаси о неудачных экспериментах по возвращению в Коноху Древесного стиля.

Вместе с группой АНБУ Хирудзэн возглавляет миссию по захвату Оротимару в одном из его убежищ, но ему удаётся скрыться. На пути к границе Огня на него нападает Какаси, но Оротимару легко отбивается. В это время к нему приближается его змея и она детонируется, значительно ранив своего хозяина.

В убежище проникает Какаси и тут же его атакует клан Ибури. Готта, превратившись в дым, начинает пытать его, но его спасает Киноэ с целью «добыть информацию о сложившейся ситуации». Но их быстро раскрывают и намерены убить их ради безопасности Оротимару. Их спасает Юкими и, уводит их в глубь дерева. Желая увидеть откуда исходят эти прекрасные звуки, Юкими, обратившись в дым, берёт Киноэ под контроль, и убегает наружу, оставив Какаси одного.

Какаси догоняет Киноэ и Юкими. В атаке с Тидори, Какаси чуть не убивает Юкими. Увидев это Киноэ, набрасывается на Хатакэ. После непродолжительного боя Какаси рассказывает о намерениях Оротимару, сказанные Готтой перед смертью. Услышав это, Юкими сбегает обратно к клану. Киноэ и Какаси отправляются вслед за ней. В убежище Оротимару, убивает всех членов клана, забрав при этом их кровь, чтобы с помощью неё временно превратиться в дым уйти из Конохи.

Дандзо приказывает Киноэ и другому члену Корня Киното достать для него сяринган Какаси ради замены его собственного, который постепенно начинает слепнуть. В то же время Третий вызывает Какаси и поручает ему миссию по исследованию найденного убежища Оротимару. В убежище Какаси также встречает и Киноэ, которого якобы послали на подобную миссию.

Когда Какаси выводит связанного Киноэ из убежища Оротимару, ломается один из стеклянных бункеров, и из него выползает гигантский змей. Он тут же нападает на Какаси и проглатывает Киноэ. Какаси удаётся спасти его, одолев змея с помощью Тидори. Мёртвое тело змея начинает испарять яд, это сильно ослабляет Какаси. Киноэ удаётся увести его в безопасное место и спасает путём введения противоядия.

По рекомендации Дандзо в АНБУ поступает Итати Утиха. Из-за его слишком юного возраста (11 лет) члены команды Какаси решают проверить его навыки и готовность. Между тем Гай подаёт заявку для зачисления в АНБУ, но Третий отказывает ему. Дандзо также отклоняет его запрос, сославшись на отсутствие тьмы.

Какаси приводит Итати к пункту слежки за кланом Утиха, организованный после нападения Девятихвостого. Итати говорит, что клан знает об этой слежке. Вследствие этого Полиция клана Утиха в отместку за обвинения в инциденте арестовывает жителей даже за самые мелкие пакости. Третий приказывает Сисуи наложить гэндзюцу Кото Амацуками на Фугаку во время собрания клана Утиха.

Дандзо назначает Итати в звании капитана, заменив его место в команде Ро Югао Удзуки. Позже Какаси предупреждает Итати не ввязываться в политические дела начальства. Хирудзэн сообщает Какаси, что некто проник в Коноху, минуя барьер. Сигналы тревоги поступали из области, где живут Утиха. Заручившись поддержкой Гая, Какаси отправляется в этот район, и замечает напряжённую атмосферу в клане Утиха.

Освободившись от своих обязанностей в АНБУ, Какаси становится дзёнином и тренером гэнинов. Вспомнив свои прошлые ошибки в дни его обучения у Минато Намикадзэ, он пытается создать свой путь в обучении своих кандидатов. Но никто из его потенциальных учеников не проходит тест с бубенцами: одна из групп из-за отсутствия командной работы, а другая — из-за бездумного следования правилам.

Хирудзэн сообщает Какаси о его назначении в новую команду гэнинов. Какаси начинает колебаться, но заинтересовался, когда Третий упомянул, что в команде состоит сын Минато. Хирудзэн и Какаси осуществляют визиты в комнаты будущих гэнинов. Третий отмечает, что состав он создал исходя из команды Саннинов. Какаси принимает на обучение новых студентов.