El Trío Ino-Shika-Chō es enviado a una misión, la cual consiste en entregar una carta del Hokage a los shinobis de Iwa para que estos se la lleven al Tsuchikage, sin embargo, los ninjas de Iwa se niegan y deciden atacarlos. Repentinamente, aparece el Cuarto Kazekage y varios shinobis de Suna para advertirles que si inician una pelea, ellos la terminarán.

Después de que Kakashi se une a los ANBU, Minato le pide a él y al resto del escuadrón estar atentos a posibles ataques con el fin de quebrantar la paz que se acaba de lograr, poco después, guardias de Konoha son atacados por cinco ninjas de Iwagakure, que finalmente son acabados por Kakashi.

Kakashi sigue teniendo pesadillas y como resultado, se vuelve más sombrío que antes. Buscando respuestas sobre ciertas capacidades, irrumpe en la Residencia Hokage, donde es encontrado por Hiruzen. El Tercer Hokage explica un poco sobre la historia de Hashirama Senju, junto con los experimentos iniciales de la aldea para mantener el elemento Madera vivo, y las posteriores desapariciones. En otros lugares, Danzo decide que Hiruzen será asesinado, sin embargo, sus planes se ven frustrados cuando Kakashi advierte al Hokage del plan.

Danzō se entera de la deserción de Orochimaru, y como consecuencia, le dice a Kinoe que vaya a un lugar secreto donde se reunirá con Orochimaru. En otro lugar, Kakashi se enfrenta al ninja renegado, sin embargo, Orochimaru logra escapar, pero queda gravemente herido debido a una explosión que ocurrió en la batalla. Posteriormente, el Tercer Hokage convoca una reunión donde les informa a los ANBU la importancia de Orochimaru y su inmediata captura para que Konoha no esté en peligro. Mientras tanto, Kinoe llega al lugar acordado por Danzo, donde se encuentra con el Clan Iburi para que les brinde ayuda por la situación de Orochimaru.

Kakashi llega a la guarida del Clan Iburi en busca de Kinoe, los miembros del clan detectan su presencia y se disponen a eliminarlo. Cuando Kakashi entra al lugar, empieza a ser rodeado por humo, Kakashi se quita su máscara para poder ver sus verdaderas formas, pero del humo sale el brazo de Gotta, quien empieza a ahorcarlo fuertemente. Una vez se libera, Gotta se transforma en humo nuevamente y entra a su interior para controlar cada órgano de su cuerpo. Sin embargo, Kinoe detiene a Gotta para decirle que es mejor dejarlo con vida e interrogarlo. En la interrogación, Kinoe le dice a Kakashi que su verdadero objetivo es atrapar a Orochimaru, porque se convirtió en un peligro para Konoha.

Kakashi continua persiguiendo a Tenzo y a Yukimi, pero cuando llegan a un bosque, Kakashi y Tenzo comienzan una batalla mientra Yukimi recuerda cuando Orochimaru salvó a su clan y cómo fue separada de su hermano menor, seguidamente, escapa para regresas a su escondite con el fin de salvar a Orochimaru. Los ANBUS se dan cuenta de esto, y deciden regresar a la Guarida del Clan Iburi para salvar a la joven de Orochimaru. Mientras tanto, Yukimi se encuentra con Orochimaru, pero al descubrir sus verdaderas intenciones, intenta escapar, pero es capturada por el ninja renegado. Kakashi y Tenzo, intentan ayudarla pero Orochimaru logra escapar con la joven.

Danzō se encuentra hablando con Kinoe y otro ANBU sobre el poder ocular que tienen los miembros del Clan Uchiha llamado Sharingan, el cual se va acabando como consecuencia de su uso, por lo que les pide que vayan y le quiten el Sharingan a Kakashi Hatake. Mientras tanto, Kakashi se encuentra visitando la tumba de Rin mientras es espiado por Kinoe y el otro ANBU, después, se le informa que el Tercer Hokage desea verlo y Kakashi accede a ir.

Kakashi logra amarrar a Kinoe para evitar que le hiciera daño y se dispone a salir de la guarida junto con él, sin embargo, uno de los contenedores de cristal se abre y una serpiente gigante sale de él y empieza a atacarlos brutalmente, lo que obliga a Kakashi a enfrentarlo, pero ésta, en un primer ataque, se traga a Kinoe, Kakashi logra salvar a Kinoe matando a la serpiente. Kinoe está sorprendido por el hecho de que Kakashi lo salvara a pesar de que quería matarlo para entregarle el Sharingan a Danzō.

Los cazadores ANBU vigilan las 24 horas a todo el clan Uchiha, entre ellos Itachi, los altos de Konoha discuten si fueron ellos los que causaron el ataque a Konoha, pues el Sharingan es capaz de controlar al Kyūbi, Danzō es quien desconfía, mientras que Shisui Uchiha le propone al Tercero intentar resolver el conflicto y desconfianza de Konoha y los Uchiha si eso llegase a incluye usar su Kotoakatsumi. Cuando el padre de Itachi convoca a todos a una reunión, Danzō quien se reúne con Shisui, le roba su ojo derecho, y esa misma noche le entrega su ojo izquierdo a Itachi pues el ya no puede hacer nada, pero poco después de la muerte de Shisui las cosas han empeorado e Itachi no sabe que hacer pues no puede apoyar a ambos bandos Konoha y su clan.

Itachi es asignado como el líder de los ANBU a la edad de trece años, mientras que el Hokage es informado de que alguien ha estado pasando la barrera que rodea la aldea, por lo que envía a Kakashi al distrito Uchiha a investigar que pasa, una vez allí con Guy se dan de cuenta de la desconfianza del clan Uchiha. Por otra parte Itachi le informa a Danzō todo lo que el clan pretende hacer, entre eso el inminente golpe de estado, Itachi logra hablar con Tobi (Obito) para que le ayude a acabar con todo el clan a cambio de que Itachi se una a Akatsuki, después de llegar al acuerdo y lograr su cometido Itachi se convierte en un ninja desertor. Pasado algunos días el Hokage le pide a Kakashi abandonar a los ANBU y entrar a ser supervisor en la academia ninja.

Kakashi ahora como supervisor Jonin, pone a prueba a dos equipos distintos con el objetivo de trabajar en equipo y lograr que le quiten los dos cascabeles, recordando como fue su experiencia con el Cuarto Hokage. Estos dos equipos reprueban y tienen que regresar a la academia, ya que siguen las reglas de un shinobi, y se olvidan del trabajo en equipo, pero Gui nota que Kakashi es el mismo de siempre, pero el tercero tiene un plan que hará cambiar a Kakashi pues le asignara tres gennin especiales.

Kakashi y el tercer Hokage conocen los hogares de Naruto, Sasuke y Sakura los cuales serán su próximo equipo, este recuerda el trabajo en equipo con sus compañeros Obito y Rin el cual es más importante que seguir las reglas. El equipo siete logra superar la prueba de los cascabeles ya que trabajaron conjuntamente al darle de comer a Naruto, siendo el primer equipo aprobado por Kakashi.