After the end of the Third Great Ninja War, the Leaf Village is divided over who should become the next Hokage.

Kakashi becomes part of the ANBU Black Ops, an elite team of shinobi who are under the direct command of the Fourth Hokage, Minato Namikaze.

At the Foundation, Kakashi meets a boy who uses Wood Style, a jutsu that only First Hokage Hashirama was capable of using. Kakashi goes to Third Hokage Hiruzen’s library to seek answers and discovers records regarding Hashirama’s cells.

Orochimaru is forced to flee the Hidden Leaf after Third Hokage Hiruzen exposes his illegal experiments. Danzo, fearing that Orochimaru’s capture would lead to the exposure of his own involvement in the experiments, sends out one of his men to help.

Kakashi entra nel covo del clan Iburi, ma viene immediatamente scoperto e dopo un breve combattimento viene sconfitto e preso in ostaggio da Kinoe. A questo punto anche Kinoe afferma che per ordine di Danzo deve assolutamente fermare il ninja traditore prima che lasci il paese del Fuoco, ma le sue parole vengono interpretate come un tradimento da parte del clan che attacca i due giovani Shinobi; interviene però Yukimi, che li porta in salvo dirigendosi verso l'uscita segreta, dove però grazie alla sua tecnica principale si impossessa del corpo di Kinoe. Yukimi, quindi, riesce per la prima volta a vedere il mondo esterno e la città adiacente al loro covo e qui Kinoe gli rivela che anche lui in passato è stato soggetto di esperimenti; intanto Kakashi, viene a sapere proprio da quest'ultimo che a Orochimaru serve Yukimi per sopravvivere e che verrà nel loro covo solo per questo motivo.

Yukimi lascia il villaggio per vedere il mondo esterno, portando con sé "Tenzo". Kakashi cerca di convincere i due a tornare in modo da poter tendere una trappola per catturare Orochimaru, che sta cercando il sangue di Yukimi.

Danzo ordina a Tenzo di uccidere Kakashi e prendere il suo Sharingan. All'inizio riluttante, Tenzo decide di eseguire i suoi ordini dopo aver appreso che lo Shinobi della foglia è diventato noto come "Kakashi the Friend Killer".

Itachi Uchiha viene inserito nell'unità di Kakashi come il membro più giovane delle ANBU Black Ops. Il padre di Itachi, Fugaku, è contento, pensando che ciò garantirà agli Uchiha l'accesso a informazioni esclusive e top-secret di Leaf.

In seguito all'incidente con la bestia a nove code, molti membri del Consiglio della Foglia sospettano che dietro questa tragedia ci sia il clan Uchiha. Gli Uchiha vengono quindi posti sotto sorveglianza 24 ore su 24 dall'ANBU, il che provoca ulteriori tensioni.

Kakashi visita il distretto di Uchiha e nota che la comunità sembra più asociale dell'ultima volta che ha visitato. Nel frattempo Itachi trova prove concrete riguardo al colpo di stato del Clan Uchiha contro la Foglia. Il fatidico momento si avvicina velocemente...

Hiruzen solleva Kakashi dai suoi doveri ANBU e gli assegna una nuova posizione come leader Jonin. Riflettendo sui suoi errori passati, Kakashi decide di utilizzare lo stesso test che Minato usava una volta per misurare il proprio lavoro di squadra.

Hiruzen incarica Kakashi di essere responsabile di Naruto, Sasuke e Sakura, tre genin che hanno una sorprendente somiglianza con l'ex Team Minato.