히루젠은 바위 마을과 평화협상을 체결하고 전쟁의 책임을 들어 사퇴한다. 그리고 나미카제 미나토가 나뭇잎 마을의 4대 호카게로 취임하게 되는데... 오비토와 린 때문에 밤낮없이 괴로워하는 카카시에게 미나토로부터 새로운 명령이 내려진다.

암부로 자리를 옮긴 카카시는 냉혈의 위명을 떨치며 더울 철저히 임무에 몰두한다. 그 모습을 보고 걱정이 든 미나토는 카카시에게 임신한 쿠시나 경호를 맡기는데… 그렇게 아무 일 없이 열 달이 차가던 어느 날, 갑자기 나뭇잎 마을에 변고가 터지고 만다.

카카시는 3대에 대한 의심 때문에 단조에게 가담하려 한다. 하지만 대가 끊긴 목둔을 쓰는 꼬마의 존재는 카카시의 의심을 증폭시키고... 결국 카카시는 3대를 믿기로 하고 단조의 흉계를 히루젠에게 아뢴다.

키노에는 단조의 명령으로 오로치마루를 돕기 위해 접선장소로 향한다. 거기에는 몸을 안개로 변화시키는 부족이 지하에 숨어 살고 있었는데... 그 부족의 유일한 어린애 유키미는 키노에를 보더니 동생이 돌아왔다고 좋아한다.

지하에 내려온 카카시는 마을 사람들의 공격을 받지만 키노에 덕분에 목숨을 건진다. 하지만 둘의 밀담을 엿들은 마을 사람들은 키노에마저 적으로 간주하고 제거하려 하는데... 유키미가 마을 사람들 앞을 막아서더니 카카시와 키노에를 데리고 도망친다.

오로치마루의 탈주로부터 3년, 아직 마을에는 그 그림자가 서려 있었다. 그러던 어느 날, 카카시는 새로 발견된 오로치마루의 비밀연구시설 조사를 맡게 되는데... 임무를 위해 시설로 향하는 카카시의 뒤를 쫓는 그림자가 있었다.

키노에는 카카시에게 제압당하지만, 오로치마루의 실험체가 깨어나면서 둘은 동시에 위험에 빠진다. 실험체는 가까스로 처치했지만 시체에서 뿜어 나온 독에 카카시가 쓰러지는데… 키노에는 자신을 구해준 카카시에 대한 인정과 단조의 명령 사이에서 갈등한다.

암부 카카시 조에 결원 보충 신입이 들어온다. 그 이름은 우치하 이타치. 암부 최연소의 11세의 제원. 단조의 추천으로 입단한 그 배경에는 마을의 경비를 책임지는 우치하 일족의 입김이 서려 있었다.

마을 권력에서 소외되고 차별받는 우치하 일족은 급기야 쿠데타를 계획하기에 이른다. 우치하 시스이는 이 사태를 안타깝게 생각하여 중재 및 공작역할을 자임하고 나선다. 쿠데타를 막고 마을과 우치하의 관계를 복원하기 위하여.

이타치는 열 셋에 새로 신설된 암부 부대장을 맡게 된다. 하지만 우치하 일족은 불만이 다시 쌓이면서 쿠데타를 계획하고... 이를 저지하기 위해 이타치는 어떤 사나이를 찾아간다.

카카시는 담당 상급 닌자가 되어 하급 닌자들을 교육하게 된다. 하지만 담당하게 된 하급 닌자들마다 낙제점을 주어 아카데미로 쫓아보내는데... 카키시의 마음을 뒤덮은 어둠이 걷히려면 아직 더 시간이 필요해 보였다.

이번에 카카시가 맡게 된 하급닌자는 아카데미 수석과 꼴찌 문제아, 유망한 여자닌자였다. 배속 전에 히루젠과 함께 학생들의 집을 미리 둘러본 카카시는 앞날이 깜깜했는데… 아니나다를까 첫눈에 들어온 제자들 모습에서는 팀워크가 전혀 보이지 않았다.