白ゼツにより各戦場は混乱していた。シカマルの部隊は仲間同士での戦闘を避けるため身動きがとれず、医療部隊では白ゼツの侵入を防ぐため負傷者の治療ができない。ネジのいる戦場では味方に化けた白ゼツの攻撃でヒナタが絶体絶命の危機に陥るのだが、そこにナルトが到着した！各戦場に到着したナルトの感知能力により白ゼツを倒していく忍連合軍。形勢逆転で忍連合の士気が上がる中、誰にも気づかれる事なく穢土転生の術でとある人物が蘇っていた。

我愛羅やオオノキの目の前に現れた穢土転生体は“うちはマダラ”。本物のマダラが現れた事により仮面の男は何者なのか…さらに謎が深まりナルトたちが混乱する中、マダラが攻撃を仕掛けてくる！それを迎え撃つナルト、我愛羅、オオノキたちは前の戦いで消耗し不利な状況だが、マダラを止めるために力を合わせて立ち向かう。伝説と謳われたうちは最強の力で想像を絶する猛攻が戦場をかき乱す中、果たしてナルトはマダラを止めることができるのか！？

マダラの力は想像を遥かに超えていた。忍たちは何人も倒れ、オオノキも重傷を負ってしまう。ナルトもチャクラを使い果たし一人では立てる状態ではない。忍たちは戦意を喪失してしまうが、オオノキはまだ諦めず平和を勝ち取るために立ち上がる！ナルトや我愛羅もその姿に力を振り絞り立ち上がるのだが、マダラは容赦なく冷徹に襲いかかってくるのだった。もはや絶体絶命――のその時、綱手や雷影が疾風の如く現れ、ついに現在の五影全員が一つの戦場に集結する！！

五影から勝つことを託されたナルトがついに仮面の男と接触！ビーと共に戦場を走っていた本体のナルトが仮面の男と対峙するが、穢土転生で操られた人柱力たちが襲いかかる。６人もの人柱力が恐ろしい忍術で攻撃を仕掛けてくる中、ナルトはウタカタの姿を見つけて驚愕する。実はかつて出会っていた二人。その時ナルトはウタカタが行方不明になったと聞いていたのだが、今目の前にいるのは穢土転生で蘇った姿。なぜウタカタは命を落とす事になったのか！？

ナルト・キラービーの二人と、穢土転生で蘇った人柱力六人との戦いが始まる！人柱力の六人はそれぞれ一人でも高い戦闘力を持っている上、輪廻眼で視界が繋がっている強敵。ビーは素早い動きで背後から攻撃をしかけるが、ことごとくよけられてしまう。しかし、かつて戦ったペイン六道が黒い受信機で操られていたことをナルトは思い出し、受信機を見つけて破壊する作戦を打ち立てる。果たして、ナルトとビーは人柱力たちの動きを止める事ができるのか！？

ナルトのピンチにカカシとガイが駆けつけた！二人が増援に来たことにより、人柱力六人ＶＳナルトたち四人の戦いとなり巻き返しを狙うが、ピンチは続き完全に尾獣化した五尾と残りの人柱力の猛攻がナルトたちに迫る！八尾も完全に尾獣化して応戦するも、さらに四尾と六尾が完全に尾獣化してナルトたちに襲いかかる。巨大な尾獣同士の戦いが繰り広げられる中、カカシやガイも全力を出して人柱力相手に立ち向かうが、絶体絶命の危機にナルトは陥ってしまう。

四尾に飲み込まれたナルトは精神世界で四尾と対面し、鎖の封印を解く約束をした。しかし“人柱力を信じない”という四尾の言葉を聞いていた九尾は、かつて自分も無理やりナルトの中に封印されたことを思い出し、憎悪の念を抱いていた過去を振り返る。だがそれは、同時に九尾がナルトと過ごした記憶。今までナルトがどう過ごし、どう戦って想いをぶつけ、行動したか全てを見ていた九尾。今、四尾を救おうとするナルトの行動を見て九尾は何を思うのか？

四尾に飲み込まれたナルトは精神世界で四尾と対面し、鎖の封印を解く約束をした。しかし“人柱力を信じない”という四尾の言葉を聞いていた九尾は、かつて自分も無理やりナルトの中に封印されたことを思い出し、憎悪の念を抱いていた過去を振り返る。だがそれは、同時に九尾がナルトと過ごした記憶。今までナルトがどう過ごし、どう戦って想いをぶつけ、行動したか全てを見ていた九尾。今、四尾を救おうとするナルトの行動を見て九尾は何を思うのか？

見事に鎖の封印を解き、四尾・孫（そん）から信用してもらったナルト。しかし、完全に封印を解くことは出来ず、孫は外道魔像に吸い込まれてしまう。さらに、仮面の男の手で残りの人柱力が全て巨大な尾獣と化し襲いかかってくるが、ナルトはチャクラを使い果たして動くことができない。もう打つ手無しと思ったその時、九尾がナルトに話しかける。ナルトの行動に心打たれた九尾こと九喇嘛は“力を貸す”と語りかけ、ついに、木ノ葉隠れのナルトと“九喇嘛”のコンビが動き出す！！

“暁”側の戦力は一気に減り、戦況は忍連合軍の優勢となっていた。各戦場の忍たちは残党退治を終え、ナルトと仮面の男が戦っている最前線へと向かって移動を開始する。しかし、忍の中にはうちはマダラが想像を絶する力で戦場を壊滅させている事を知り、不安を抱いている者もいる。そんな中、ナルトが仮面の男を凄まじい力で押さえていると知ったシカクは、ここで一気に全ての忍たちの士気を上げ、ナルトに増援を送り巻き返しを計る作戦に打って出る！

ほとんどの忍が戦争に駆り出されている木ノ葉隠れの里では、サスケが立ち上げた小隊“鷹”のメンバーの一人・香燐（カリン）が囚われの身となっていた。一方、同じく“鷹”のメンバーである水月（スイゲツ）と重吾（ジュウゴ）はサスケを捜すため大蛇丸のアジトに潜入していたが、そこでこの戦争に関わる重大なある物を発見する。そして第四次忍界大戦が大詰めの中、しばらく“暁”のアジトで安静にしていたサスケは外に出て戦争の事を知り、ついにナルトのもとへと向かう決意をする。

本物のうちはマダラの相手をする五影たち。一瞬で森を作り出すほどの木遁忍術を使うマダラの圧倒的な攻撃に、五影たちは苦戦を強いられていた。その戦いの中で五影たちは倒れ、オオノキは一時あきらめかけてしまうが、かつてマダラと戦った時のこと、そして子供の頃、当時の土影に言われた言葉を思い出して再び闘志を取り戻し、それに呼応するかのように五影たちも立ち上がる！一方、戦場へ向かおうとしたサスケはある人物を発見し…。

綱手だけが使用できる禁術・百豪(びゃくごう)の術を使い、強敵・うちはマダラに挑む綱手。それに続いて雷影、オオノキ、水影、我愛羅の五影たちが力を合わせ攻撃をしかける。しかし、五影たちの猛攻でマダラを封印までに追いつめるが、意表を突かれた攻撃で綱手は致命的なダメージを負ってしまう。一方、カブトの居場所をつき止めたイタチはカブトと接触し、そこにサスケも合流する。穢土転生の術を止めるため、イタチ＆サスケＶＳカブトの戦いが始まろうとしていた。

穢土転生の術を止めるため、兄弟であるサスケとイタチがタッグを組んでカブトに挑む！二人は強力な瞳術・須佐能乎(スサノオ)で攻撃するが、素早い動きのカブトになかなか攻撃を当てることができない。カブトはかつて、ナルトが修業した妙木山（みょうぼくざん）と並ぶ伝承の地“龍地洞(りゅうちどう)”で新たな力を手に入れていて、自然エネルギーを使うことによって感知能力が飛躍的に上がっていた。その力に対抗するためにイタチとサスケは、かつて二人で行った猪退治の任務のことを思い出す。

仲間を殺してでも木ノ葉隠れの里を守ろうとしたイタチの意に反して、木ノ葉隠れを潰そうとするサスケの行動はイタチに敵対している上、かつて大蛇丸が成そうとした“木ノ葉崩し”の意志を継ぐ自分と目的が同じだとカブトは語り、サスケを仲間に引き込もうとする。だがサスケは木ノ葉を潰すのは自分の意志だとカブトを否定し、再び戦闘が始まる。同じスパイとして生きてきたカブトにかつての自分を重ねたイタチは、自分を見つめ直せと説得するが…。

ついにカブトの過去が明かされる。幼い頃、ケガをして記憶を失っていたカブトは、木ノ葉隠れの里で孤児院を営む“ノノウ”という女性に拾われ、“カブト”と名づけられた。資金難で運営に苦しむ孤児院のために、ノノウから教わった医療忍術で忍を治療する仕事をしているとき、カブトは初めて大蛇丸と出会う。その後、三代目火影・ヒルゼンの幼馴染でもあり、暗部養成部隊“根”を組織する“ダンゾウ”が援助金の話のため、大蛇丸と共に孤児院に姿を現す。

カブトはこれまで自分が何者なのかを知るために、君麻呂や音の四人衆、そして尊敬する大蛇丸の能力と情報でさえも己の中に蓄積して生きてきた。さらにうちは一族の能力と情報を欲するカブトは、イタチを取り込もうと攻撃を始める。しかし、そうして取り込むだけでは決してその存在になれる訳ではないとカブトの行動を否定するイタチは、うちはの禁術と言われている瞳術をしかけるために反撃する。相手の運命を握り、運命を決めるという究極の瞳術とは！？

“イザナミ”は体の感覚によって術中にハメる瞳術で、かつてうちは一族の間で起こった“イザナギ”による都合のいい結果を奪い合う争いを止めるために作られた術だった。イザナミにかかったカブトの意識は、幻のイタチと無限に戦わせられるループの中に閉じ込められている。しかし、そのループは自分の運命を受け入れると解かれるようになっており、昔の自分と重なるカブトにイタチは、自分が間違っていることに気づいて欲しいと願ってイザナミをかけたのだった。

マダラとの死闘を続ける五影たちは、その圧倒的パワーに苦戦するも力を合わせマダラを封印へと追いつめる。しかしマダラは山ほども巨大な“完成体須佐能乎”を発動し、逆に五影たちを絶望へと追い込むのだった。一方、カブトにイザナミをかけて動きを止めることに成功したイタチは、ついに穢土転生の術を解く印を発動させる。それは同時に穢土転生体であるイタチ自身が消えることを意味し、サスケとの別れの前にイタチは真実と自分の想いを語り始める。

忍連合軍を苦しめた穢土転生の術は、イタチの活躍によって解かれた。それによりナルトに立ちはだかった人柱力たちや、チヨバア、デイダラといった手練の忍たちが次々と光に包まれて消えていく。“完成体須佐能乎”で五影を苦しめるマダラの体も光に包まれ今まさに消えようとしている。にも関わらず、マダラは五影たちに最後の攻撃をしかけ綱手を追いつめる。しかしついにマダラの体から魂が分離し勝利を確信したそのとき、何故か魂は再びマダラの体に戻り…？

サスケと合流した水月と重吾。水月が手に入れた巻物を見たサスケは“会わなければならない奴”がいると言い、大蛇丸を復活させようとする。大蛇丸は危険だと大反対する水月だが、サスケは、みたらしアンコの呪印を利用して印を解放し、見事に大蛇丸を復活させた！里を守ろうとしたイタチの気持ちは何なのか、自分がどうあるべきで、どう行動すべきなのかを知りたいというサスケに大蛇丸は協力を約束し、ついに“鷹”のメンバーと大蛇丸が行動を開始する！！

外道魔像（げどうまぞう）は十尾の素体だった。そして九体の尾獣のチャクラを手に入れた今、外道魔像はついに十尾復活へと変化を始める。十尾復活を阻止するためナルト、ビー、カカシ、ガイの四人は肉弾戦で仮面の男に攻撃をしかけるがなかなか当てることができない。吸い込む術とすり抜ける術を巧みに使い攻撃をことごとく避ける仮面の男に対し、成す術のないナルト！渾身の一撃も避けられてしまった様に見えたが、突如、仮面の男の面に一筋のヒビが入る！

仮面の男はかつて、神無毘橋（かんなびきょう）の戦いで死んだはずのカカシの友・オビトだった！さらに穢土転生（えどてんせい）の術に逆らったうちはマダラが登場！ついにこの第四次忍界大戦を起こした元凶がナルトたちの前に姿を現す。マダラは計画がうまくいっていないことに対しオビトに苦言を呈するが、それは死んだと思われていたオビトがマダラと以前から“月の眼計画”を企てていたことを意味する。なぜオビトは生きていたのか！？そしてうちはマダラとオビトの関係とは！？

神無毘橋（かんなびきょう）の戦いで死んだと思われていたオビトを救ったのは、同じく千手柱間との戦いで死んだとされていたうちはマダラだった。カカシとリンに早く再会したいオビトはマダラの元でリハビリに時間を費やし、何とか自由に動けるまでに回復する。そんな時、カカシとリンが霧隠れの忍たちに囲まれ、危険だという報せが入った。それを聞いたオビトは二人を助けるためにマダラのアジトから飛び出し二人のもとへ駆けつけるのだが、そこでオビトが見た光景は……。

カカシがリンを殺す瞬間を見てしまったオビトは絶望し、その場にいる忍たちを皆殺しにする。リンの死を受け入れられないオビトは幻術で夢の中に思い通りの世界を作り出すマダラの計画を思い出し、リンの居る世界を作り出すためマダラの意志を継ぎ、自分を“うちはマダラ”と名乗り行動を始めるのだった。手始めに“暁”を結成する前の弥彦や長門に接触するオビト。輪廻眼を持つ長門を闇に引き込もうとするが、弥彦たちは自分の里を平和へと導く活動に燃えていた。どのようにして“暁”は結成されたのか？ついに“暁”結成秘話が語られる！

カカシがリンを殺す瞬間を見てしまったオビトは絶望し、その場にいる忍たちを皆殺しにする。リンの死を受け入れられないオビトは幻術で夢の中に思い通りの世界を作り出すマダラの計画を思い出し、リンの居る世界を作り出すためマダラの意志を継ぎ、自分を“うちはマダラ”と名乗り行動を始めるのだった。手始めに“暁”を結成する前の弥彦や長門に接触するオビト。輪廻眼を持つ長門を闇に引き込もうとするが、弥彦たちは自分の里を平和へと導く活動に燃えていた。どのようにして“暁”は結成されたのか？ついに“暁”結成秘話が語られる！

木ノ葉隠れの里の未来のため、岩隠れとの和平交渉を阻止しようと暗躍していたダンゾウの言葉によって疑心暗鬼に陥った半蔵は“暁”を壊滅せんと弥彦らを罠にはめるため会合へと呼び出す。罠とは知らずその会合へと向かってしまう弥彦や長門。しかし、仲間たちは会合が罠だと気づき救出へ向かうのだが、オビトがそれを阻止するのだった。平和を求める弥彦たちの想いとは裏腹に、平和など存在しないというオビトの思惑通りに全てが闇に向かって動き出す。