Sur tous les fronts, les ninjas de l’Alliance sont en mauvaise posture face aux Zetsu blancs qui ont pris l’apparence de certains des leurs. Pendant ce temps, l’équipe de protection des daimyō continue d’affronter le Zetsu noir. Les clones de Naruto arrivent aux différents points stratégiques du chap de bataille, et commence à détruire tous les Zetsu blancs infiltrés, ce qui permet aux ninjas de reprendre l’avantage. L’équipe des ninjas sensoriels vérifie la position de Tobi, qui a commencé à se diriger vers le champ de bataille avec une équipe composée d’anciens hôtes réincarnés. Pendant ce temps, sur le lieu où la 4e division a combattu les anciens kage, Kabuto utilise Mû pour invoquer une nouvelle réincarnation. Oonoki réalise trop tard que ce dernier a utilisé une technique lui permettant de se séparer en deux corps avant d’être scellé. Lorsque leur nouvel adversaire apparaît, tout le monde est sous le choc : il s’agit de Madara Uchiwa. Les ninjas se demandent alors qui se cache sous le masque de Tobi.

En prenant le contrôle de Mû, Kabuto explique à Madara qu’il l’a invoqué plus fort qu’il n‘était à son apogée. Ce dernier attaque la 4e division, qu’il domine facilement sans même utiliser de ninjutsu. Naruto, qui est à court de chakra, ne peut agir face à ce nouvel adversaire, qui envoie soudainement une gigantesque attaque katon sur les ninjas, qui peinent à la contenir avec leurs techniques suiton. Madara envoie ensuite une grêle de boules de feu, et utilise la fumée comme écran pour surprendre ses adversaires. Gaara réagit en protégeant les ninjas avec son sable, et avec l’aide de Naruto et Oonoki, ils parviennent à coincer Madara, qui déclenche son Susanô, pour se défendre du « Méga-orbe tourbillonnant » de Naruto. Ce dernier parvient finalement à utiliser le mode « ermite », et tandis que Gaara tire Madara hors de son Susanô, il l’attaque avec un « Orbe shuriken » ; cependant, Madara active son Rinnegan, et absorbe l’attaque. En composant un double mudrā avec les quatre bras de son Susanô, Madara invoque une météorite qui vient s’écraser sur le champ de bataille. Alors que Oonoki parvient, à force de techniques d’allègement, à l’arrêter, une seconde météorite s’écrase sur la première, semant la désolation. Seuls quelques ninjas, ont survécu, dont Gaara, Oonoki et Naruto, et Madara tente d’invoquer Kyûbi, sans succès. Voulant tester les cellules de Hashirama Senju qui lui ont été greffées, Madara utilise alors la technique de la « Naissance de la forêt ».

Kyûbi donne du chakra à Naruto pour l’aider à repousser l’attaque de Madara. Bien que seul le 3e Raikage avait une constitution lui permettant de supporter la technique de transport d’objets de Mabui sur son corps, A et Tsunade décident de l’utiliser pour rejoindre la 4e division ; cette dernière prévoit d’utiliser sa technique de « La création et le renouveau » pour survivre au transport. Du côté de l’équipe de protection des daimyō, Chôjûrô finit par vaincre le Zetsu noir à l’aide de son épée Hiramekareï. Mei se fait envoyer aussi sur les lieux de la 4e division en utilisant la technique de téléportation de Minato Namikaze; que Genma, Raidô et Iwashi, anciens de la garde du 4e Hokage, peuvent exécuter à trois en transportant une quatrième personne. A et Mei engagent le combat contre Madara, tandis que Tsunade soigne Gaara et Oonoki. Les autres survivants et l’ancienne garde de Minato se lancent à la poursuite de Mû, protégés des attaques de Madara par le bouclier de sable de Gaara et le golem de Oonoki. Les kage attaquent ensemble Madara avec une stratégie : Mei crée un brouillard pour réduire sa vision, tandis que Oonoki réduit le poids de A pour augmenter sa vitesse, avant de l’augmenter au moment où il frappe Madara à travers son Susanô. Alors que Naruto insiste pour aider les kage, Tsunade lui demande de se concentrer sur Tobi et de le vaincre, avant que son clone ne se disperse. Fort de cette instruction, le vrai Naruto, accompagné par Killer Bee, entre en contact avec son ennemi, à qui il porte un coup de tête pour tenter de briser son masque.

Naruto ne parvient qu’à fêler légèrement le masque de Tobi. Alors qu’il subit avec Bee les attaques des hôtes réincarnés, Naruto reconnaît celles d’Utakata, et entre en contact avec le jeune homme dans son subconscient. Ce dernier lui explique les événements qui se sont déroulés après le départ de Naruto du village de Hotaru, ayant abouti à sa capture par l’Akatsuki, et sa mort. Les attaques reprennent et Naruto confronte Tobi avec le fait que le véritable Madara a fait son apparition. Ce dernier déclare ne plus se préoccuper de ce nom et que son seul but est de mener à bien le plan de l’« Œil de la Lune », puisque le monde ninja n’a plus d’espoir de rédemption et qu’on n’y trouve que le malheur. Il essaie de convaincre Bee et Naruto en leur parlant de leur enfance, mais ce dernier rejette ses conclusions, estimant avoir connu le bonheur. Le combat pour démasquer Tobi reprend, et celui-ci fait entrer toutes ses invocations dans le mode « démon à queues » avec une queue, et déclare aux deux ninjas qu’il les capturera pour finaliser son plan.

Naruto et Killer Bee sont face à 6 anciens hôtes qui ont été équipés avec une pupille Rinnegan chacun. Fort de son expérience après avoir combattu Pain, Naruto trouve un plan pour stopper les Jinchuriki.

Kakashi et Gaï arrivent en renfort ! Le combat s'intensifie quand trois des six hôtes réanimés passent en mode Bijû et laissent leurs démons exprimer toute leur puissance, poussant Naruto et Killer Bee dans leurs deniers retranchements ...

Naruto se remémore l’évolution de sa relation avec Kyûbi et son combat contre lui.

Depuis des années, Naruto est aux premières loges pour savoir que la haine de Kyûbi est inaltérable. De son côté, le démon renard prend conscience qu'il connaît Naruto mieux que quiconque. Quelle sera sa réaction lorsque que son hôte se met en tête de libérer Yonbi de l'emprise de Madara ?

Naruto utilise ce qu'il lui reste de chakra en essayant de libérer les Bijû de la coupe de Madara. Alors que tout semble perdu, Kyûbi reconnaît Naruto comme son hôte et lui propose son aide ...

Petit à petit les forces Alliées Shinobi gagnent du terrain, cepedant de nombreux ninjas doute encore de la défaite de Madara Uchiha. Shikaku et Inoichi cherchent à instaurer et maintenir la cohésion de leur grande armée !

Les Cinq Kage sont dépassés par les attaques dévastatrices du vrai Madara Uchiwa. Mais le Tsuchikage Onoki puise dans ses souvenirs pour se relever !

Sur le champ de bataille, Madara se montre toujours plus puissant. Tsunade dévoile l'arcane suprême hérité de son ancêtre Hashirama. De leur côté, les frères Uchiwa trouvent le repaire de Kabuto et apprennent une mauvaise nouvelle à propos de l'Edo tensei.

Kabuto a bénéficié des enseignements des Serpents Blancs ! Plus que jamais, les frères Uchiwa vont devoir laisser de côté leur rancoeur et unir leurs forces !

Tel un serpent, Kabuto essaie de s'immiscer dans les failles de Sasuke et Itachi, celles de leurs attaques, comme celles de leurs coeurs...

Qui connaît vraiment le passé de Kabuto Yakushi ? Dans quelles circonstances a-t-il rencontré Orochimaru ?

Kabuto dévoile enfin l'ensemble de ses capacités, principalement volées à d'autres shinobi. Les deux frères vont-ils réussir à vaincre la soif de pouvoir absolu de Kabuto ?

Retour sur l'origine des techniques maudites du clan Uchiwa : Izanagi et Izanami

Toujours aux prises de Madara, les 5 Kage découvrent, horrifiés la technique Susanô sous sa forme complète.

Grâce aux efforts de Sasuke et Itachi, le sort de Nécromancie perd enfin de son influence. Les morts peuvent reposer en paix... La guerre aurait-elle atteint un tournant décisif ?

Alors que l'Edo Tensei est levé, Madara reste intact sur le champ de bataille... Sasuke a pour idée de demander de l'aide à un homme de savoir et décide de ressusciter Orochimaru.

Sur le champ de bataille, Kakashi, Naruto et Gaï réussissent enfin à entailler le masque de l'ennemi ! Kakashi commence à comprendre ses techniques mystérieuses

Dans la fureur des combats, le masque est sur le point de se briser, Kakshi commence à être envahi par un sentiment désagréable ...

Les deux à l'origine de la guerre sont réunis sur un seul front... Que sont devenus les Kages ? Et comment Obito s'est-il allié à Madara ?

Blessé et prisonnier de Madara, Obito fait peu à peu connaissance avec des êtres artificiels qui lui tiennent compagnie.

Alors qu'il assiste impuissant à la mort de Lin, Obito sombre petit à petit dans un univers qui semble irréel... Madara l'aura-t-il emmené dans un monde de visions cauchemardesques ?

Les destins de Kakashi, Obito, Nagato mais aussi de Danzô semblent s'être croisés déjà depuis plusieurs années auparavant. Leurs pouvoirs se révèlent alors que Madara tisse une toile toujours plus complexe et dangereuse.

Retour sur les début d'Akatsuki, portés les espoirs de leurs jeunes leaders, Yahiko, Nagato et Konan... Mais pour Danzô et le mystérieux homme au masque, ce ne sont que des illusions, incompatibles avec la réalité du monde Shinobi...