Mientras que los clones de Zetsu Blanco están causando problemas, los Shinobi de la Gran Alianza luchan para ganar tiempos o como la Primera División buscan métodos para que nadie se mueva y así conseguir tiempo para que Naruto llegue a los distintos campos de batalla. Por otra parte, la División de Protección Daimyō sigue haciendo frente al Zetsu Negro el cual sigue creando extensiones de madera para protegerse. Al final los clones de sombra de Naruto van llegando a todos los campos de batalla, y poco a poco la Alianza retoma el control del campo de batalla. Mientras tanto en la sede de la alianza, la División Sensor se encarga de reportar el estado de Madara el cual se dirige al campo de batalla junto con los Jinchūriki resucitados. Mientras, Mū consigue finalmente completar la invocación de la "Carta del Triunfo" de Kabuto Yakushi, al ser invocado el ataúd de él sale un misterioso hombre que creía haber sido revivido por Nagato mediante el Camino Externo: Jutsu de la Reencarnación de Samsara al ver que no era así se sorprendió. Un ninja sensor de la Cuarta División detecta que el enemigo se acerca, al mirar hacia arriba Ōnoki se da cuenta de que Mū debió de poder usar su Jutsu: Fisión para separarse en dos mitades distintas, después ven acercarse a otro enemigo el cual resulta ser el verdadero Madara Uchiha el cual ha sido revivido por la Invocación: Resurrección del Mundo Impuro. Los ninjas de la alianza sorprendidos, se preguntan quién es el hombre enmascarado realmente.

Madara pregunta por quien esta utilizando el Edo Tensei, así Kabuto se presenta ante él mediante Mū, y le comenta la situación, sin más que decir Madara se lanza contra la Cuarta División y allí este empieza a acabar con una gran cantidad de shinobis sólo con ataques físicos gracias a la ayuda de su Sharingan con el cual transmite miedo, hasta que este decide usar el Elemento Fuego: Gran Aniquilación de Fuego, pero es contrarrestado por un muro de agua que realizan varios shinobis. Así Ōnoki, Gaara y Naruto deciden actuar en equipo y tratar de detenerlo pero Madara libera su Susanoo y el Mangekyō Sharingan, Naruto usa el Elemento Viento: Rasen Shuriken hacia Madara, pero este activa el Rinnegan en el último segundo y absorbe el ataque. Madara le pregunta a Kabuto que es lo que le ha hecho a su cuerpo por lo que responde que ha logrado maximizar el poder de Madara, por lo que decide poner a prueba sus poderes, bajando un meteorito gigante al campo de batalla, los shinobis atónitos de lo que están viendo huyen del lugar, pero Ōnoki decide parar el meteorito usando el Elemento Tierra: Jutsu de Roca Ultra Ligera haciéndolo mas ligero y con ayuda de Gaara lo detienen, pero Madara desciende un segundo meteorito el cual choca con el primero y produzca un gran temblor por todos lados. En el cuartel de la alianza Tsunade decide ir a la batalla, Madara trata de invocar al Kyūbi sin éxito por lo que usa el Jutsu Secreto de Elemento Madera: Nacimiento de un Mundo de Árboles, los sobrevivientes observan esto asombrados y asustados a la vez diciendo que ahora si era su fin.

Naruto utiliza sus clones y el Grupo de Grandes Esferas Girando en Espiral contra el ataque de Madara el cual logra controlar, pero Naruto queda sin chakra y teme desaparecer. Ōnoki le habla a Madara acerca de las guerras anteriores y del dolor y sufrimiento que han causado, pero afirmando que se dirigen a la paz verdadera ya que las naciones han madurado lentamente por lo que Madara responde que la paz se lograra bajo el Tsukuyomi Infinito. En el cuartel de la alianza Tsunade pide a Mabui preparar el Jutsu: Transferencia Celestial asumiendo los riesgos que pueda tener, el Raikage también pide ser llevado a la batalla. Shikaku le informa a la Mizukage que se reunirá con los demás Kages con el Jutsu del Dios Trueno Volador del Cuarto Hokage, así los cinco se reúnen con Gaara y Ōnoki, donde el Raikage y la Mizukage atacan juntos a Madara quien se ve obligado a usar su Susanoo, mientras que Tsunade cura al Tsuchikage, pero Madara contraataca sin éxito pues los Kages usan jutsus en cooperación para defenderse y atacar. El Raikage y Ōnoki logran golpear a Mū y destrozar el Susanoo de Madara, así Naruto pide ser incluido en la batalla pero los Kages le encargan el Segundo Madara pues ellos derrotaran al verdadero y le transmiten sus ultimas palabras: ¡Gana!. Mientras que el verdadero Naruto y Killer Bee finalmente se encuentran con Tobi y los demás Jinchūrikis.

Naruto choca su cabeza contra la de Tobi sin hacerle ningún daño, inmediatamente los Jinchūrikis entran en acción empezando con Rōshi y Yagura quienes usan el Elemento Lava: Corriente de Rocas Ardientes y el Elemento Agua: Jutsu del Espejo de Agua contra Killer B y Naruto los cuales tienen que alejarse, pero de repente observan unas burbujas que empiezan a caer y una de estas toca a Naruto en su hombro a lo que se percata de que se trata de Utakata, por lo que entablan una conversación en sus subconcientes y este le confiesa que el fue emboscado por Pain y los demás caminos en el bosque en rumbo a Kirigakure. Allí Utakata libera el poder de su Bijū por lo que Pain y sus caminos trabajan en conjunto y logran vencerlo, pero además agrega que él encontró un nuevo rumbo poco antes de su batalla junto con Hotaru su discípula. Naruto al escuchar lo sucedido comenta que las personas que controlan a Akatsuki también quieren dominar el mundo, Utakata le da las gracias a Naruto por haberlo escuchado.Regresando a la pelea Utakata usa su jutsu Elemento Agua: Jutsu de Burbujas y las hace explotar luego Fu usa su Jutsu Secreto: Ocultación en el Polvo de Escamas para cegar temporalmente a Naruto y B para que Yugito y Han hagan sus movimientos pero termina sin éxito. Naruto exige a Tobi por qué se hizo llamar a sí mismo Madara Uchiha a lo que este responde que el no es nadie, así Naruto responde que le arrancará la máscara, a lo que Tobi dice que deberán trabajar muy duro para averiguarlo, de repente los Jinchūrikis empiezan a materializar una cola de sus antiguas Bestias con Cola.

Naruto y Killer Bee pelean contra los Jinchūrikis los cuales usan el poder de sus Bijūs después de haber sido resucitados, Killer Bee se lanza contra la jinchūriki del Nanabi pero esta esquiva las espadas como si nada a lo que Naruto se percata de que están usando el mismo jutsu de Pain, gracias al Rinnegan sus ojos están conectados lo que será imposible hacerles daño, y tras una observación a Yugito descubren que poseen una barra en el pecho, por lo que Naruto y Killer Bee deberán atraparlos uno a uno y lograr quitarles las barras y así no seguirán siendo controlados, sin más Naruto se lanza contra Roshi y con un Rasengan casi logra quitarle la barra pero Han jinchūriki del Gōbi golpea a Naruto. El Hachibi pide a Killer Bee transformarse en el mismo y destruir todo el bosque, logrando el acto el panorama cambia a un gigantesco cráter en donde los Jinchūrikis quedan golpeados así Killer Bee usa el Fūn no jutsu: Octopus Hold, que son clones de tinta que lograrán sellarlos, pero Tobi libera la segunda fase de los Jinchūrikis haciéndolos más poderosos. Así todos se lanzan contra el Hachibi y Naruto donde el Gōbi se transforma y golpea a Killer Bee, Naruto es acorralado por Tobi cuando parece que este lo a vencido, en el último segundo aparecen Kakashi y Guy los cuales se unen a la batalla a lo que Tobi alega que no harán la diferencia.

Los ojos de Sasuke finalmente están listos revelando así el Mangekyō Sharingan Eterno, éste se dispone a ponerse al tanto de la guerra. Jūgo y Suigetsu marchan hacia la guarida de Orochimaru. Por otra parte Naruto y Killer Bee siguen su pelea contra los Jinchūrikis, el Hachibi herido intenta atrapar a Tobi, Kakashi y Guy deducen que no están usando los jutsus de Pain más bien están siendo controlados contra voluntad pero a la vez Tobi no los controla del todo. El Yonbi ahora transformado junto con el Rokubi se lanzan contra el Hachibi. Naruto es lanzado hacia la boca del Yonbi donde este lucha por no ser devorado, el Rokubi ataca a Kakashi y Guy con gas corrosivo donde logran escapar. El Kyūbi habla que los Bijū son solo mascotas y son usados solo por su chakra pero el Hachibi alega que no es verdad ya que se puede formar una amistad estrecha con los humanos. El Yonbi logra tragarse a Naruto, pasado esto entran en una conversación en donde el Bijū revela que su verdadero nombre es Son Goku y el de Kyūbi es Kurama, Naruto responde que el no quiere ver que los Bijū sufran y que el mundo sea dominado. Por lo que Son Goku le dirá a Naruto como puede ser detenido si lo libera.

Son Goku le dirá a Naruto como puede ser detenido, pero aun así este no confía en los Jinchūrikis, Kurama por otra parte recuerda como fue sellado por los diferentes miembros del Clan Uzumaki, y como intento por medio de la ira y el dolor de Naruto que el sello se fuera debilitando y finalmente se liberará, este recuerda esos momentos en que Naruto liberó su poder como en el país de las olas, la pelea con Gaara, la huida con Sasuke, la muerte de Gaara y la invasión de Pain. Hasta que Naruto lo venció y le arrebató el chakra preguntándose quién es Naruto realmente pues ha llegado muy lejos.

Kurama sigue recordando como Naruto nunca se dio por vencido en sus múltiples batallas como contra Pain y la conversación con Nagato, Naruto el cual esta inconsciente despierta y trata de salir de la boca de Son Goku, mientras que el Hachibi ayuda en su escape, Naruto usa sus clones lo que hace que Son Goku lo vomite una vez fuera Naruto observa que la barra con la que Tobi los controla se aloja en el cuello, así se lanza con intención de liberar al Bijū. Sakura y Shizune dejan el centro médico y se marchan al campo de batalla. Naruto una vez que encuentra dicha barra intenta sacarla con todas sus fuerzas pero Tobi alega que las cadenas son más fuertes que las del Gedo Mazo y además ata y absorbe las energías de Naruto, mientras que un clon aún dentro del Bijū, usa el Modo Ermitaño y dentro del esófago de la bestia localiza la barra y la golpea desde adentro sacándola. Así Son Goku es liberado.

Las divisiones que ya han derrotado a los Zetsus blancos, ahora se dirigen a apoyar al campo de batalla principal, mientras que los rumores de que el verdadero Madara apareció y se está enfrentando a los cinco Kages empiezan a ser oídos por los shinobis. Tobi empieza a sentir una extraña sensación la cual no proviene de Naruto, y en ese instante empieza a llover. En el cuartel de la alianza al ver la situación del campo de batalla principal, Shikaku y el padre de Ino le dicen a la alianza que deben unir sus sentimientos como una promesa de victoria, por lo que los once de Konoha analizan cada uno lo mucho que Naruto ha crecido y madurado a lo largo de de los últimos años, mientras que por otra parte Sasuke se prepara para su primera batalla en la guerra.

Jūgo y Suigetsu se dirigen a la guarida favorita de Orochimaru con la esperanza de encontrar allí a Sasuke, mientras que Karin la cual esta prisionera planea su escape, Jūgo pregunta a Suigetsu porque se unió a Sasuke donde conformaron Hebi y Taka, a lo que este recuerda como fue liberado y reclutado junto con lo otros con el objetivo de asesinar a Itachi, después de eso capturar al Hachibi y más adelante la lucha contra el Raikage en la cumbre. A lo que Suigetsu termina de hablar Jūgo libera su instinto asesino donde éste lanza un ataque el cual revela un cuarto secreto de Orochimaru donde Suigetsu descubre un pergamino el cual ayudaría a controlar la guerra, una vez se hacen con el pergamino salen de la guarida y prosiguen su búsqueda hacia Sasuke. Mientras que un grupo de Zetsus Blancos alcanzan a Sasuke donde este libera el Susanō y los acaba en un instante e inmediatamente interroga a un Zetsu donde le habla la razón de la guerra, a lo que Sasuke queda maravillado por sus nuevos ojos dándole gracias a Itachi y además recuerda su último encuentro con Naruto y su objetivo de destruir Konoha.

Los cinco Kages continúan su lucha contra Madara donde este usa el Mokuton: Kajukai Kourin de repente unas flores se abren y esparcen polen el cual Tsunade advierte que no deben aspirarlo, pero Madara usa el Susanō donde los golpea y caen inconscientes, Ōnoki se remonta a su juventud donde el primer Tsuchikage le habla acerca de su gran voluntad la cual cambiaría al mundo y debería cuidarla para no perderle, y su encuentro con Madara en el pasado. Cuando éste despierta lleno de energía usa el Jinton: Genkai Hakuri no jutsu donde revela que en el pecho de Madara esta el rostro de Hashirama a lo que deducen que esa es la razón por la que puede usar el Mokuton. En otro lugar Sasuke finalmente se encuentra con su hermano Itachi donde este sigue de largo pero Sasuke lo sigue donde le habla acerca que ya sabe todo acerca de él y su objetivo es destruir Konoha, a lo que Itachi deduce que su hermano no está siguiendo su voluntad y siguió otro camino, mientras que Madara le dice a Tsunade que será la primera en morir por ser descendiente de Hashirama de la cual está decepcionado pues no se compara con él, a lo que Tsunade le dice que no subestime la voluntad del fuego.

Tsunade libera su sello donde inspira valor y persistencia a los demás Kages los cuales atacan a Madara, pues ella ha heredado el poder de Hashirama, a lo que el Uchiha responde que no lograran ganarle, mientras que Choza y dan mantienen una charla donde alega que no lograrán ganarle pues el único capaz de hacerlo fue el primer Hokage. Tsunade los golpea y Gaara utiliza el sello que uso contra el segundo Mizukage, pero este resultó ser un clon, y Tsunade es atravesada por el Susanō. Por otra parte Itachi finalmente llega a la guarida de Kabuto donde piensa detener el Edo Tensei a lo que este alega que el jutsu no tiene puntos débiles y no puede matarlo pues Kabuto es el único capaz de detener la técnica, seguidamente Sasuke hace su entrada y le pregunta a Kabuto que es lo que está pasando, a lo que este responde la razón por la que la guerra se inició, capturar al Kyubi y al Hachibi y completar el Tsukuyomi infinito. Mientras que la batalla de los Kages continúa y Tsunade logra salvarse del Susanō pero Madara crea cinco clones de madera por cada Kage, la charla entre Itachi, Kabuto y Sasuke continúa donde Itachi detendrá el Edo Tensei pues el riego del jutsu es el mismo Itachi a lo que Sasuke se le une formando un nuevo equipo pero Kabuto libera sus serpientes preparándose para luchar.

Kabuto libera sus serpientes las cuales sienten a las personas a través del calor, Itachi y Sasuke liberan el Susanō para atacar y defenderse, pero Kabuto alega que él tiene la ventaja pues el terreno está a su favor además posee las cualidades de Suigetsu, Jūgo y Karin, pero además que él es mejor que el mismo Orochimaru pues él ha dominado el modo sabio de las serpientes al entrenar en el monte Ryūchidō. Sasuke lanza una de sus flechas la cual falla ya que Kabuto utiliza la percepción energía de la naturaleza que es la habilidad de Jūgo el cual finalmente se revela alegando ser un sabio perfecto. Mientras que los clones de Madara utilizan el Susanō a lo que el Tsuchikage responde que deberán trabajar en equipo para derrotarlos, por otra parte Kabuto utiliza el Senpō: Hakugeki no jutsu donde una poderosa vibración sacude el aire provocando ceguera y un sonido insoportable pero Itachi salva a Sasuke, Kabuto trata de separar a los hermanos alegando que apenas se conocían pero Itachi entonces recuerda una misión hace bastante tiempo donde Sasuke se le une en la caza de un jabalí en donde trabajan en equipo y lo logran vencer, así con esa misma estrategia logran cortarle un cuerno a Kabuto, donde la batalla aún no termina.

Kabuto al ver que los hermanos se llevan bien incita a Sasuke a que asesine a Itachi pues el masacro a todo el clan Uchiha, a lo que este recuerda la batalla que tuvo con el y la conversación con Tobi acerca de la verdad del clan y su odio por destruir Konoha ya que la misma aldea no reconoció el sacrifico de Itachi, así Kabuto invita a Sasuke a que se le una a el pues según el él tiene el control de la guerra y también recibió deshonra por parte de la aldea, pero Itachi alega que no le haga caso pues ya tiene lista la técnica con la que detendrá a Kabuto: Izanami el cual permite cambiar el destino, y que forma pareja con el Izanagi, pero Kabuto alega que no importa que técnica usen no lo vencerán. Kabuto usa el Senpō: Mukitensei donde le da vida a las rocas puntiagudas e hiere a Itachi pero Sasuke usa Amaterasu para protegerse, Itachi alega que Kabuto se parece a él y por eso el fracasará entonces Kabuto responde que ellos no saben nada de él y empieza a recordar acerca de su pasado cuando lo llevan a un orfanato por una ninja médico. Donde ésta le regala sus gafas ya que el no podía ver.

El pasado de Kabuto es revelado pasado algún tiempo desde que llegó al orfanato este se convierte en un ninja medico donde gana dinero para ayudar con el orfanato y es allí donde conoce a Orochimaru, poco después Danzō se reúne con Nono donde le piden reunir información especial de la Aldea Oculta de la Roca, ésta se niega pero tras una acalorada charla acepta pero Danzō además quiere llevarse a uno de los niños donde Kabuto se ofrece para mejorar su ninjutsu médico y se marcha. Este se infiltra en las otras grandes naciones; es el país de la roca donde este tiene un combate con un shinobi que tras herir gravemente se da de cuanta que es Nono pero esta no lo reconoce y los esfuerzos por salvarla son inútiles a lo que Kabuto confundido se pregunta que fue todo lo que ella le dio. Orochimaru se le aparece y le ofrece contarle todo lo que el quiera saber acerca de Nono, ya en el laboratorio este le explica que ambos sabían demasiado y eran muy buenos espías y el objetivo de Danzō es que ambos terminaran acabándose, para ello le "lavan el cerebro" a Nono con impostores de Kabuto durante los últimos años, a lo que este en un ataque de furia lo ataca, pero Orochimaru le dice que para llenar algo que no lo satisface solo debe buscar algo que lo reemplace una cosa tras otra, y le pide unirse a él y formar la aldea del sonido.

La batalla entre Kabuto y los hermanos Uchiha continua, el Izamani aún no está listo, de repente los cuatro del sonido empiezan a aparecer uno a uno en la serpiente que usa Kabuto, este revela que tiene células de ellos y más sorprendentemente aun del mismo Orochimaru poco después de que Sasuke lo asesinara, después de caer en un genjutsu de Tayuya este se lanza contra los hermanos pero logran escapar cooperando juntos y tras usar Susanō logran atrapar la cabeza de Orochimaru, pero Kabuto sale de la cabeza de este y corta en dos a Itachi inmediatamente Sasuke usa Katon Goukakyū no jutsu pero Kabuto lo contrarresta. Una vez que Itachi se recupera mira fijamente a Kabuto y su ojo izquierdo se torna de color blanco indicando que activo el Izamami y nuevamente le corta un cuerno y tras repetirse lo mismo una y otra vez el atravesar a Itachi y ser cuervos y cortarle el mismo cuerno, Itachi responde que el destino de Kabuto esta en sus manos ya que lo posee en un bucle infinito donde se repetirá lo mismo una y otra vez. De repente Kabuto queda inmóvil mostrando que Itachi ha ganado con el jutsu que decide el destino.

Itachi una vez que logra retener a Kabuto en el bucle infinito se prepara para liberar el Edo Tensei, Sasuke pregunta como hizo tal cosa a lo que la respuesta es que el Izanami utiliza los sentimientos del usuario y el oponente, pero aun así el usar tal técnica significa perder la perdida del Sharingan, Itachi confirma que hay una manera de escapar del Izanami, pero antes le revela las luchas del clan Uchiha a Sasuke y el surgiminiento de dicha técnica prohibida para contrarrestar el Izanagi el cual era usado para cambiar los resultados a los que el usuario le beneficiara mas, pero esto genero conflictos internos entre quien debería ser el líder del clan y los que deberían usar el Izanagi por lo que hubo masacres y es allí donde surge el Izanami donde para poder escapar del bucle el oponente deberá asumir su futuro según sus acciones (es decir aceptar su realidad), a lo que Sasuke aprende que esas luchas son una reflexión a aceptar el destino. Itachi le comenta a Sasuke que Kabuto se parece a él y teme fallar en sus metas por eso lanzo el Izanami a propósito, y la lucha de este con Kabuto en el bucle continua. Itachi finalmente detendrá el Edo tensei donde le abre los ojos a Kabuto para saber los sellos usando el Tsukuyomi a lo que Sasuke sabe que el también desaparecerá pero Itachi sabe que podrá acercar el fin de la guerra. La segunda noche ha caído.

Los cinco Kages continúan su lucha contra los clones de Madara los cuales son muy poderosos, el Raikage recibe el Gengutsu de este pero es salvado por Ōnoki el cual con sus últimas fuerzas utiliza el Jinton: Genkai Hakuri no jutsu el cual acaba de una vez por todas con los clones y logran capturar a Madara en conjunto para sellarlo, el cual les da crédito por llevar el título de kages, sin embargo Madara escapa gracias a que libera a Susanō perfecto el cual tiene un aspecto de un samurai gigantesco. Los kages atónitos presencian el poder de este cuando corta una montaña entera, a lo que se preguntan como Hashirama pudo vencerlo en aquella batalla. Por otra parte Kabuto le revela los sellos para detener el Edo Tensei e Itachi le ordena hacerlos mientras que Sasuke le habla acerca de su odio a Konoha, su deseo por destruirla, una vez que se completan la liberación del Edo Tensei todos los shinobis revividos destellan en una aurora blanca incluidos los Jinchūrikis. Cuando Madara intenta darles el golpe final a los kages con Susanō este se desvanece por completo, a lo de deduce que algo pasa con la técnica, Itachi le revela la verdad a Sasuke acerca de la masacre del clan donde este decide asesinar a su gente por la protección de Sasuke y jura el cuidado por petición de sus padres y antes de desaparecer lo abraza diciendo que lo amara pos siempre.

Una Vez que el Edo Tensei es liberado los shinobis revividos empiezan a desaparecer sus almas empiezan a ser liberadas tales como Mū, Deidara, Kimimaro, Chiyō, Pakura y también los Jinchūrikis incluidos. Dan el cual está atrapado en la barrera utiliza el Raika no jutsu para despedirse de Tsunade antes de desaparecer mientras que recuerda el sueño de ser Hokage hace muchos años, el cuartel general es informado de lo que está pasando a lo que se preguntan quien detuvo el Edo Tensei, mientras que en la guarida de Kabuto, Itachi se despide de su hermano. Madara por otro lado también sufre la liberación de la técnica pero este lanza un último ataque donde Tsunade se interpone, allí el Byakugū no jutsu de esta desaparecere, el alma de Madara casi es liberada pero se aferra al cuerpo, Dan en el último segundo la salva donde le da las gracias por hacer realidad su sueño, se despide de ella y le proporciona chakra, Madara habla del riesgo del Edo Tensei y tras hacer una posición de manos se libera por su cuenta, donde alega que ahora es inmortal y posee un Chakra infinito. Naruto, Kakashi, Killer Bee y Gui continúan luchando contra Tobi y el Gedo Mazo donde al ver la situación Tobi invoca el Benihisago y el Kohaku no Jōhei que poseen el Chakra del Kyūbi donde la estatua se las traga y sus nueve ojos se abren liberando un gran poder.

El equipo Taka se reúne nuevamente donde Suigetsu le entrega el pergamino a Sasuke, y Jūgo carga a Anko, al leer el pergamino Sasuke decide resucitar al "Hombre que los sabe todo" por lo que toman un pedazo del cuerpo de Kabuto y lo fusionan con el sello maldito de Anko donde Sasuke realiza el Kaija Houin donde una serpiente aparece y de la boca sale Orochimaru el cual está al tanto de la guerra ya que su conciencia estaba en el sello pero no tiene la intención de participar en esta. Tras una charla donde Sasuke quiere saber que es la aldea, el clan y las demás cosas, después que Orochimaru recupera su poder al absorber el de Kabuto deciden partir al lugar que Sasuke conoce. En otra parte el Gedo Mazō sigue alborotándose después de abrir sus nueve ojos, Tobi alega que el Jūbi esta por renacer donde Kakashi deduce que el Mazō es el recipiente de este. Kurama cambia con Naruto y explica lo sucedido las armas del Rikudō Sennin, los hermanos Ginkaku y Kinkaku y el porque tenían su chakra, Naruto sin saber nada conoce acerca de el Jūbi el cual es la creación y destrucción de todo, Tobi replica que su objetivo es cumplir el Tsukuyomi Infinito cueste lo que cueste por lo que la resurrección no debe ser perfecta, donde Naruto y los demás hablan de sus sueños los cuales pueden cumplirse sin más este se lanza al ataque.

La pelea entre Tobi contra Naruto, Kakashi Guy y Killer Bee continua, los shinobis de Konoha trabajan en equipo pero no logran hacerle daño a Tobi, y cuidándose las espaldas este tampoco los afecta, tras una deducción de Kakashi al intentar desaparecer al Gedo Mazo con el Kamui y fracasar y más adelante al lanzar un Kunai justo en el momento que Tobi usa su ninjutsu la mascara de este sufre una grieta. El Gyūki intenta golpear al Mazō pero Tobi usa el Uchiha Kaenjin. Mientras que Kakashi planea como golpearlo donde todos toman parte y Kakashi envía a otra dimensión el Rasengan de Naruto en el mismo momento que Tobi usa su ninjutsu en esta ocasión el Rasengan golpea en el hombro derecho de Tobi. Kakashi finalmente ha deducido que el ninjutsu de Tobi es el mismo que usa tanto para absorber las cosas y desmaterializarse y no dos como antes creían así, Kakashi se pregunta como obtuvo el Sharingan donde Tobi responde que fue en la última gran guerra ninja en la batalla del puente Kanabi donde Kakashi queda pasmado pensando en quien podría ser Tobi. Kurama se hace parte donde alega que Naruto no fracasará en sus sueños y entra en el modo Bijū.

Naruto en su modo Bijū ataca con todo a Tobi, pero este sigue usando el Kamui, mientras que Kakashi distraído piensa en la posible persona que puede ser y con ayuda de Guy, Tobi lanza Shurikens gigantes pero Naruto las repele todas, como alternativa despide unas estacas para suprimir el poder de los Bijūs, pero Naruto usa los clones de sombra y Kakashi lo teletransporta, Mientras que el otro clon usa la Bijūdama, para protegerse del impacto Tobi se refugia en su otra dimensión, pero en ese lugar Naruto con su Rasengan el cual gracias a Kakashi, finalmente logra destruir la máscara de Kakashi, Después del impacto los recuerdos de Obito Uchiha son revelados de cuando se presentaron al examen Chunnin con Kakashi, Rin y otros de aquella generación, finalmente se muestra la misión de destruir el puente Kanabi donde este supuestamente había perdido la vida tras rescatar a Rin y obsequiarle su Sharingan izquierdo. De vuelta en la guerra Kakashi y Guy atónitos de lo que ven se preguntan como es que este sigue vivo. Mientras que Obito explica que su odio contra Kakashi es por la muerte de Rin y que pronto el mundo estará bajo el dominio del Tsukuyomi, sin más este lanza el Rakufū Rambu pero es repelado por las colas de Kurama, en ese momento Madara llega a la batalla donde la situación se complica aún más.

Madara que ha llegado a la batalla se prepara para capturar al Gyūki y Kurama, mientras que los Kages están gravemente heridos, Tsunade la única con pocas fuerzas invoca a Katsuyu para ayudar a los demás, Naruto libera a Gyūki de las estacas y su clon se lanza contra Madara lanzándole una Bijūdama pero Madara la absorbe con su abanico y usando el Uchihagaeshi le regresa el potente ataque. Kakashi le pregunta a Obito que es lo que le ha pasado, donde este empieza a recordar los momentos de cuando conoció a Madara y le salvo la vida, Obito aun débil decide volver a la aldea junto con los demás pero Madara alega que debe devolverle el favor pero Obito insiste en marcharse aun muy débil por perder medio cuerpo. Madara le explica que el quiere crear un mundo donde exista la verdadera paz, pero Obito no presta atención ya que su meta es volver a reunirse con Kakashi y Rin.

Obito se sigue recuperando en el escondite de Madara, allí se acostumbra poco a poco a el brazo implantado a partir del árbol de Hashirama por Zetsu y Zetsu remolino , además forja una amistad con ambos, pasado algún tiempo Obito recupera la mayoría de sus habilidades y su cabello crece, a este no le interesa el plan de Madara sobre el Tsukuyomi infinito. En algún momento Zetsu blanco le avisa que Kakashi y Rin están en gran peligro al enfrentarse a shinobis de Kirikagure, enseguida Obito intenta salir golpeando la roca pero no puede, Zetsu remolino lo envuelve y con ayuda de clones salen en la ayuda de Kakashi y Rin. Durante el camino Obito experimenta visiones de Rin y observa explosiones, cuando llega a la batalla conmocionado descubre que Kakashi con su Chidori asesina a Rin, ante esto Obito despierta su Kamui y también Kakashi pero este cae inconsciente y en un ataque de furia acaba con todos los shinobis de la neblina, una vez que termina todo se torna de sangre con lo que Obito alega que se encuentra en el infierno.

Una vez que Obito logra acabar con los shinobis enemigos, se acerca al cuerpo de Rin sin vida donde tras llorar, recuerda las palabras de Madara acerca del mundo que desea crear donde todo el mundo vivirá en paz, de vuelta en el escondite, le pide a Madara que le explique el plan de sumir a todo el mundo, Madara entonces usa su Genjutsu y le explica que a través de los poderes Uchiha y Senju logro despertar el Rinnegan y así obtener la muda del Jūbi al que llamaría Gedō Mazō y con el inmenso Chakra de este lograría proyectar el genjutsu en la luna donde todo el mundo lo vería. Después de ello en Amekagure Zetsu le presenta a Nagato quien posee los ojos originales de Madara y el único que puede controlar al Mazō. Es allí donde Obito se hace pasar por Madara y le habla del mismo sueño de la paz mundial, donde Yahiko no cree en sus palabras, "Madara" alega que Nagato con el tiempo entendería, des pues de ello en una aldea unos shinobis de Hanzō intentan atacar pero Nagato, Yahiko y Konan la defienden sin asesinar a nadie, poco tiempo después los tres huérfanos ya poseen bastantes seguidores y deciden llamar a la organización Akatsuki.

En Konoha el joven Kakashi le pregunta a Jiraiya acerca de los tres huérfanos de la lluvia, ante esto el Sannin le habla acerca de cada uno cuando él fue su maestro hace tantos años, allí este recuerda cuando le hablo a Nagato a cerca de conseguir la paz mundial, mientras que en Amekagure la naciente Akatsuki sigue dando el mensaje de la paz sin la violencia, cuando se cruzan por una aldea devastada y confirmar que han sido shinobis de la Aldea de la Roca, Yahiko, Nagato y Konan deciden hablar con los responsables pero en el camino son atacados allí Nagato pierde el control y ante el temor de perder a sus amigos libera al Gedō Mazō el cual acaba con los shinobis enemigos y este cae inconsciente. Después de ello Danzō que observo la pelea decide llevarle los cuerpos caídos a Hanzō y hacerle creer que Akatsuki hará un golpe de estado y controlar toda la aldea.

La organización Akatsuki logra hacer un acuerdo con Hanzō para la paz en Amekagure, pero es una trampa para acabar con Yahiko el cual es el líder, los demás miembros de Akatsuki salen en su ayuda pero Obito y Zetsu aparecen y acaban con todos, tras reunirse Hanzō y Yahiko, este le pide a Nagato matar a su líder ya que Konan fue capturada, tras la muerte de su amigo, Nagato invoca al Gedō Mazō donde acaba con todos los subordinados de Hanzō, así después de ello la nueva Akatsuki nace donde Yahiko con el Rinnegan se convierte en el primer camino del dolor.