Naruto llega a la isla y quiere ser entrenado por Killer Bee, pero este se niega. Con la ayuda de Motoi, El Jinchūriki de nueve colas va acompañado con Yamato hacia la 'Cascada de la Verdad' donde Naruto debe entrar en lo profundo de su mente, encontrándose con otro Naruto, quién se describe como lo más oscuro de su corazón. La pelea se inicia y los dos están igualados en fuerza.

Motoi cuenta el pasado que hubo entre Killer Bee y el, el odio de los aldeanos hacia el Jinchūriki del ocho colas, y que él intentó matarlo pero se dio cuenta que Killer Bee sufría más por el deprecio. Naruto después de escuchar recuerda que él y Gaara, aunque hayan sido al principio odiados por sus propias aldeas, pueden hacer muchas cosas. En ese momento un calamar ataca a Motoi, llegando Killer Bee a salvarlo y hacerle darse cuenta que siempre será su mejor amigo.

Naruto vuelve a la 'Cascada de la Verdad' donde vuelve para enfrentarse al "Naruto Oscuro" lo cual con las pasadas vivencias de él en Konoha y de como lo odiaban, lo puede superar ya que mucha gente ahora confía en él, así y después de abrazar a su lado maligno este desaparece y así el odio que tenía. Ahora, Killer Bee decide enseñar a Naruto como dominar al Kyūbi llevándolo a un templo (en un lugar muy obvio) donde ahora debe entrenar; así los dos Jinchūrikis se preparan. Naruto entra a su conciencia y abre el sello y con eso libera al Kyūbi iniciando una batalla contra este.

Naruto continua su lucha contra el Kyubi y recibe ayuda de Killer Bee, pero el zorro parece estar ganando la batalla y cuando parece que ha triunfado aparece la figura de alguien, se trata de nadie más que su madre Kushina Uzumaki, Naruto se encuentra perplejo pero al saber que se trata de su madre se tranquiliza y esta le cuenta la historia de como llegó a Konoha entró en la academia y conoció a Minato, también como la recato de unos ninjas que la secuestraron y este logra salvarla.

Naruto, motivado por su madre, logra vencer al Kyūbi con ataques derivados del Rasengan, al vencerlo Naruto toma una forma diferente y logra sellarlo de nuevo lo cual el Bijū reconoce como el Rikudō Sennin. Después del sellado Kushina le cuenta a su hijo que ella fue la anterior Jinchūriki del Kyubi y le cuenta la historia de hace 16 años, el momento en que nació Naruto, y el hombre enmascarado que quería el control del Kyūbi.

Naruto nace y todos se ponen contentos pero entonces aparece el ninja enmascarado quien asesina ala esposa de Sarutobi y a Taji, secuestra a Naruto, el ninja dice que se aleje de Kushina, Minato logra rescatarlo mientras Kushina queda a la merced del ninja malvado quien la lleva lejos para extraerle el Kyubi, después de controlarlo se dirigen a destruir Konoha, Minato llega a tiempo para salvarla y llevarla junto a Naruto, el cuarto Hokage se prepara para pelear, mientras el ninja invoca al Kyūbi en medio de la aldea, el Bijū causa un gran caos por lo que todos los shinobis de Konoha se preparan para pelear incluido el Tercer Hokage. Minato llega para luchar contra el ninja al cual le logra quitar el control del Kyūbi.

Minato debe enfrentar ahora al Kyūbi llevándolo fuera de la aldea, donde ha quedado casi sin Chakra, la decisión de él es sellar a la enorme bestia en Naruto con el "Sellado de ocho trigramas" invocando previamente a Shiki Fūjin; Minato extrae la mitad del Chakra del Kyūbi haciendo que se reduzca en tamaño, el Kyūbi al ver que volvería a ser sellado intenta lastimar a Naruto pero Minato y Kushina se interpusieron en el ataque siendo atravesados por una de sus garras. Padre y madre se despiden de su hijo diciéndole lo mucho que lo quieren y dándole algunos consejos para su vida futura, entonces Minato logra su cometido. En el presente Kushina piensa en la "carga" que ha tenido que soportar su hijo a lo largo de su vida, lo cual este responde que está feliz de que ellos hayan sido sus padres.

Naruto ha terminado su entrenamiento y sale de la cascada, pero Kisame aparece mostrando como sobrevivió cuando batallo contra Killer Bee y el Raikage dentro de su espada Sahameda y una nueva batalla empieza en la isla, Naruto intenta detenerlo pero aun no controla el poder del Kyūbi del todo, entonces Kisame se enfrenta a Guy. Los dos shinobis demuestran todo su potencial en la pelea la cual gana Guy al utilizar el Hirutora venciendo a Kisame.

Kisame es derrotado por Guy y es llevado a un interrogatorio, en el cual entran a su mente, donde se develan misterios sobre su vida y su forma de vivir, también como conoció a Madara y como este controlaba a Yagura. Ante eso, el Akatsuki no reveló más información, ya que se muerde la lengua y se suicida utilizando sus propias invocaciones. Cuando se abre el pergamino de Kisame, este resulta ser una trampa, dejándolos atrapados dentro de las prisiones de agua, mientras que un tiburón invocado toma el rollo con la información de la isla y toma gran distancia. Mientras es devorado, Kisame recuerda a Itachi y su forma de ver el mundo.

Tobi decide que es hora de ir por el Rinnegan de Nagato y parte a Amegakure. En este lugar Konan, que ha desertado de Akatsuki, nota su presencia y se adelanta a esperar su llegada. Tobi demanda que le diga dónde escondió el cuerpo de Nagato, pero ella se rehúsa diciendo que el Rinnegan es un tesoro de Amegakure pues lo despertó Nagato y, por tanto, no le pertenece. Tobi le revela que él incitó a Yahiko a formar Akatsuki y que él le dio el Rinnegan a Nagato, y que es justo que se lo devuelvan. Konan se sorprende e inicia la pelea contra Tobi, éste se confía y es afectado por la técnica de papeles explosivos de Konan, molesto se prepara para contraatacar pero Konan activa su técnica final para destruirlo.

Konan utiliza el "Kami no Shisha no Jutsu" con el cual casi acaba con Tobi detonando 600 billones de Sellos Explosivos causando una inmensa explosión que duraría unos 10 minutos pero no puede derrotarlo ya que ha utilizado el Izanagi para confrontar la potente técnica, Tobi vence a Konan. Una vez acabada la pelea va en busca de Nagato y se lo lleva, mientras que la ex-Akatsuki recuerda los momentos finales con sus amigos de Amegakure y Jiraiya. Ahora que ha llegado la información de Kisame, con atavío distinto y Kabuto de aliado, Tobi se prepara para la captura del Kyūbi.

A Naruto se le asigna a una "misión", armar un ejército con los animales de la isla los cuales participaran en la guerra, pero esto es solo para mantenerlo ocupado y que no sepa de la guerra que esta a punto de comenzar. Los kages saben de los movimientos de Tobi, y Ōnoki decide ir a investigar. Kabuto habiendo visto el ejército que Tobi ha creado, va con Deidara hacia la isla en busca del Kyūbi, pero debe luchar primero con el Tsuchikage.

Kabuto encuentra a la tortuga gigante mediante su invocación de Manda II la cual ataca la isla causando un alboroto, ahora junto a Deidara deciden atrapar a los Jinchūrikis. Ōnoki y compañía se apresuran para detener el ataque, Kurotsuchi puede atrapar a Kabuto, en ese momento Yamato se prepara para interrogar a Kabuto pero este se transforma y escapa devorando a Yamato, Kurotsuchi trata de detenerlo pero Kabuto se esconde dentro de Manda II que luego desaparece. Ya en la guarida de los Akatsuki Kabuto lleva a Yamato frente a Tobi quien esperaba a los Jinchūrikis pero Kabuto alega que Kabuto fortalecerá a los Zetsus blancos para la guerra.

Ōnoki lleva la isla tortuga a Kumogakure, Anko y su equipo descubren el ejército de Zetsus, las fuerza aliadas se reúnen llegando a ser en total ochenta mil shinobis, divididas en cinco escuadrones según sus habilidades y cada una con su respectivo capitán, siendo el comandante Gaara, y siendo los capitanes: Darui, Kakashi, Mifune, Gaara y Kitsuchi pero no son que están listos para luchar. Kabuto y Madara también están preparados, Kabuto que con ayuda del Kabuto resucitan a los miembros caídos de Akatsuki, ninjas famosos de todas la naciones, los seis Jinchūrikis, los siete espadachines pasados de la neblina, los grandes kages del pasado y el ejército de los cien mil Zetzus ahora fortalecidos por Yamato. La cuarta guerra mundial shinobi ha comenzado.

Narra los momentos de Naruto en la academia y los alborotos que causaba en la aldea. También la conformación con sus compañeros Sasuke y Sakura en el equipo 7 y su primera misión de rango A.

El equipo 7 vuelve a Konoha pero entonces se anuncian los exámenes Chunnin y se reúnen los nueve novatos y los Gennin de otras naciones. Las pruebas del examen han comenzado: la prueba escrita y la décima pregunta, la búsqueda del pergamino en el bosque de la muerte donde pelean con Orochimaru y el equipo del sonido, los combates por muerte súbita y las rondas finales.

Sasuke pelea contra Gaara, pero este se va transformando en el Shukaku y Sasuke queda sin energías pero Naruto entra en acción y derrota al ninja rival; su orgullo y odio se acrecienta cuando confronta a Sasuke cuando va en busca de Naruto junto con Kisame. Los cuatro del Sonido hacen su aparición y tratan de convencer a Sasuke de ir con ellos, Sasuke acepta debido a que Naruto se ha hecho más fuerte.

Sasuke abandona Konoha en busca de poder a través de Orochimaru, Naruto y su equipo de Gennin van en su búsqueda y se van enfrentando con los cuatro del sonido los cuales van cayendo uno a uno, Naruto alcanza a Sasuke en el valle del fin, tras hablarle y no querer regresar empiezan a luchar utilizando todo lo que tienen al final Sasuke se marcha con Orochimaru y los Gennin son llevados a Konoha

Los ninjas reunidos empiezan a tener discusiones sin sentido entre ellos porque son de clanes distintos los cuales en el pasado pelearon y muchos de ellos están a punto de pelear. Al ver lo que pasa, Gaara pronuncia un discurso: les menciona que en las guerras anteriores, hechas para el beneficio de los países y de las aldeas, los shinobis se han odiado y lastimado, que de ese odio nació él como representación del odio y del poder, un Jinchūriki, pero que un ninja de Konoha lo salvó, y que entre todos no hay enemigos, solo shinobis, y que para proteger a su amigo necesita de su ayuda. Todas las miradas cambian y las discusiones acaban. Todos los shinobis se enfocan en derrotar a Akatsuki y ganar la guerra.

La guerra ha iniciado y La División de Ataque Sorpresa se mueve en territorio enemigo, Anko es derrotada por Kabuto. Kankurō hace recordar a su equipo que se debe sellar al enemigo para poder vencerlos. Deidara y Sasori que están cerca y dan el primer ataque siendo repelidos por los jutsu de Doton. Los rivales encaran sus poderes y también vuelven a ver rostros familiares como Kankurō a Sasori y Sai ante Shin.

Kankurō muestra la marioneta de Sasori, siguiendo con la lucha entre los dos bandos, ahora que ha aparecido Shin, se revela que fue "hermano" de Sai, cuando este se entrenaba en la Raíz, por lo cual Shin dice que no hay intenciones de pelear y se desvanece. El ataque de la marionetas de Kankurō aprisiona a Deidara y Sasori, lo cual antes que Deidara utilice su técnica es neutralizada por una espada con Raiton. Kankurō le habla a Sasori sobre la verdadera alma de un marionetista reside en sus creaciones, ante esto Sasori también es derrotado.

El Jinchūriki de ocho colas explica sobre los límites del Modo Bijū y también acerca del Bijū Dama, lo cual el ninja de Konoha está motivado por saber.

La división de Kakashi se encuentra con viejos conocidos, Zabuza y Haku interviene como en el país de las olas es atravesado por el Raikiri del ninja de Konoha, lo que este recuerda las palabras de Naruto y como , los shinobis recuerdan la batalla que tuvieron en el País de las Olas cuando Tazuna terminaba el puente, donde ganó el ninja de Konoha. Los dos resucitados por el Edo Tensei explotan su máximo poder y atacan a sus rivales ayudados por otros dos ninjas, Gari y Pakura, la pelea ahora se complica por la niebla liberada por Zabuza y ante eso Kabuto invoca mediante Gari y Paku a los siete espadachines de Kirigakure en medio de la división de Kakashi.

Los espadachines atacan a la división comandada por Kakashi. Suigetsu sale de su prisión y también libera a Jūgo, quien le explica quienes eran los siete espadachines de Kirigakure. Los espadachines invocan sus armas y empieza una masacre en la división. Kakashi tiene una idea como sellar a Zabuza y pide ayuda a Maki, cuando Kakashi trata de atacar a Zabuza, pero Haku interviene como en el país de las olas es atravesado por el Raikiri del ninja de Konoha, lo que este recuerda las palabras de Naruto y como fue que Zabuza perdió esa vez. Ya con ánimos de no perder Kakashi ayudado de su división logran sellar a Haku y Zabuza.

Cuatro Kages han sido resucitados por el Edo Tensei de Kabuto el segundo Tsuchikage, el tercer Raikage, el cuarto Kazekage y el segundo Mizukage lo cual Gaara puede ver con su ojo secreto a los rivales, mientras que en las costas en la división de Darui hay gente revivida con el justu al igual que Zetsu blancos. Los Kages ven eso como una fuerte confrontación, pero Shikaku da algunos detalles y estrategias de como las divisiones pueden formar "cadenas" ayudándose unas a otras para facilitar la victoria enemiga; no obstante el Tsuchikage hace mención que su predecesor y maestro tiene un Kekkei Genkai especial.

Los señores feudales son llevados por seguridad por la Mizukage, mientras la división de Darui se prepara han aparecido muchas caras conocidas se reencuentran en batalla; la futura contienda del escuadrón de Darui resalta ya que los hermanos Ginkaku y Kinkaku han aparecido junto con Asuma, Dan y Hizashi y el miembro de Akatsuki Kakuzu junto con los Zetsus Blancos.

Los hermanos Ginkaku y Kinkaku sacan las armas del Rikudō Sennin para pelear ante Darui, entre ellas el Benihisago y el Kōkinjō (cadena dorada en el brazo) lo cual usa la Maldición "Shichiseiken" contra Atsui y Samui, lo cual si repiten "esa" palabra que más repiten ellos, serán absorbidos hacía la calabaza, lo cual llega a lograrse con los dos ninjas, mientras que el Raikage explica a Tsunade la historia de los hermanos. Darui recuerda las palabras del Raikage que los ninjas no son simple herramientas, ante eso es absorbido ya que su palabra tabú era "Lento" (en un juego de palabras), pero en el acto el cambia esa palabra por "Perdón", lo cual hace que no sea absorbido robando las dos armas a los hermanos, utilizándola en contra de Ginkaku que es absorbido, haciendo que Kinkaku se enfurezca y se transforme como el Kyūbi.

Sakura ha sufrido una caída e Ino la auxilia y la lleva a la aldea cuando Sakura despierta no recuerda absolutamente nada a excepción de un collar de cerezo. Ino pide ayuda a los once de Konoha para tratar de que se recupere Sakura se acuerda de ellos en cierta medida: a Kiba como un amante de los gatos, a Shino como amante de las plantas pero no de sus insectos, Hinata se viste de forma indecente y una personalidad rebelde, Rock Lee y Neji son atados a un poste para no asustar a Sakura y Shikamaru y Chōji como niños pequeños, Sakura al ver a sus padres comienza a llorar al final ella se desvanece diciéndole a Ino que no es la Sakura que conoce

Hanzō se encuentra con Mifune y empieza la lucha entre dos antiguos enemigos, Hanzō recuerda como fue su muerte ante Pain y la batalla que tuvo hace mucho tiempo contra el samurai la cual venció y salvó la vida de Mifune en la pelea. Hanzō pierde y se da cuenta que aunque sea inmortal nunca cambiaría el mundo hacía la paz, suicidándose al estilo samurai con un Seppuku para luego ser sellado.

El equipo Ino-Chika-cho se encuentran con Kakuzu el cual los felicita por haber derrotado a Ginkaku y Kinkaku, mientras que Darui sigue derrotando a los Zetsus entonces Asuma se encuentra con sus alumnos, lo cual la batalla será inevitable. Los jóvenes empiezan a recordar el pasado, Asuma inicia el ataque pero el problema en los jóvenes shinobis es Chōji que no desea atacarlo recordando como su sensei lo instruía para convertirse en Chunnin.

Choji detiene su ataque y recuerda los momentos más relevantes de su vida, desde su niñez hasta el campo de batalla, lo cual tiene un juramento no solo con su clan sino con su amigos. Esos recuerdos hace que Choji use el Baika no Jutsu sin píldoras revelando unas alas más grandes e inicia el ataque con la formación Ino - Shika - Chō logrando vencer a Asuma, lo cual con tristeza lo agradecen y se despiden de él, nuevamente.

Naruto sigue entrenando con Bee pero siente el Chakra del Kyūbi, al preguntar y observar que no le daban respuestas decide irse, pero es bloqueado por ninjas que no lo dejan hacer su propósito. Iruka le habla a Naruto que la guerra se ha desatado y si fue alejado es para que no interviniese pues la guerra es para protegerlos, pero igual el genin se va. En el camino saca de su bandana una carta de Iruka en la cual debe regresar con vida. Killer Bee sale también e Iruka le dice que lo proteja lo cual va detrás de Naruto, pero para salir de la isla deben destruir una serie de barreras muy poderosas pero ambos se transforman en Modo Bijū y logran escapar y dirigirse al campo de batalla.