나루토들은 바다에서의 긴 여행을 마치고 드디어 목적지인 섬에 도착했다. 드디어 왕두꺼비 선인의 예언에 있었던 문어를 만날 수 있다고 기뻐하는 나루토이지만 섬에 도착한 후 재빠르게 나타난 괴물 오징어에게 나루토가 잡혀 버린다. 그것을 도와 준 것은 낙지가 아닌 팔미의 인주역인 킬러 비였다. 킬러 비가 미수를 완벽하게 제어 한 인주력이라고 들은 나루토는 자신도 구미의 힘을 제어하기 위한 수업을 해 달라고 하지만 킬러 비는 딱 잘라 거절한다. 어쩔 수 없이 섬에서 일을 봐 주는 모토이에게 킬러 비의 수업에 대해 물어 보는데, 모토이는 나루토를 "진실의 폭포"라는 장소에 데려간다.

나루토는 모토이에게 지금 이대로는 미수를 조종하는 수행을 할 수 없다는 말을 듣게 되고, 힌트가 될지도 모른다며 킬러비에 대한 자세한 이야기를 듣기로 한다. 나루토의 심정을 헤아린 모토이는 예전에 자신이 킬러비에게 느끼고 있었던 생각과 자신이 저지른 잘못에 대한 이야기를 시작한다. 킬러비와 모토이가 아직 어렸던 시절, 팔미는 다른 미수들과 같이 인간을 따르지 않고 폭주를 되풀이하였고 그 탓으로 많은 희생자가 나왔다. 그러던 중, 모토이의 아버지가 희생자의 한명이 되는데……

킬러비라는 새로운 스승을 얻게 된 나루토는 즉시 구미의 힘을 컨트롤 하기 위한 수행에 매진한다. 킬러비, 야마토와 함께 진실의 폭포안에 있는 유적을 찾아간 나루토는 구미와 대화할 수 있게 시스템 된 공간에서 스스로 봉인된 구미와 대치하고 지라이야가 맡긴 봉인의 열쇠를 연다. 구미의 힘을 컨트롤 하기 위해서는 구미와 싸워서 차크라를 자신의 것으로 해야만 한다. 나루토와 해방된 구미의 싸움이 시작된다.

구미의 힘을 컨트롤 하기 위해 자신의 정신세계 안에서 싸우는 나루토. 그 싸움을 현실세계에서 바라보고 있는 킬러비와 야마토는, 나루토에게 나타난 변화에 당황함을 감추지 못한다. 증오의 귀신인 구미의 영향을 받아 눌러두었던 “어둠”이 나루토의 마음 속에서 다시 나타나기 시작한 것이다. 그 때, 정신세계에서는 킬러비들의 예상대로 나루토가 “어둠”에 지배당하기 시작하고 있었다. 필사적으로 저항하는 나루토지만, 미움과 절망의 감정은 점점 나루토를 집어 삼키고…

시간을 거슬러 올라가, 나뭇잎마을의 장이 4대 호카게였던 시절. 4대 호카케 미나토와 그의 아내 쿠시나 사이에는 아이가 태어나려고 하고 있었다. 그러나 그 출산은 기쁨과 동시에 심각한 위험이 따른다. 출산이 임박해지던 날, 쿠시나는 3대 호카케인 히르젠 부인의 안내로 마을에서 조금 떨어진 장소로 이동한다. 그리고 엄중한 감시태세 속에서 남편인 미나토가 지켜보는 가운데 출산을 하게 되는데….. 같은 시각, 나뭇잎 마을에 불길한 그림자가 드리워진다

갑자기 나타난 가면을 쓴 남자에게 갓 태어난 아들이 인질로 붙잡히자, 순식간에 비뢰진의 술로 다른 장소로 이동한 미나토는, 안전한 장소에 아들인 나루토를 피신시키고 사랑하는 아내 쿠시나의 곁으로 돌아간다. 가면 남자의 타켓은 쿠시나였던 것이다. 빈사상태의 쿠시나를 구출하고, 가면 남자와의 싸움에 돌입하는 미나토. 그러나 강력한 결계와 엄중한 경비를 뚫을만큼 강한 힘을 가진 남자와의 싸움은 매우 치열하다. 같은 시간, 나뭇잎 마을에서는 봉인이 풀린 구미의 습격을 받아 많은 닌자가 사투를 펼치고 있었다.

마을의 피해를 최소한으로 줄이기 위하여 자신의 시공간인술을 써서 구미를 다른 장소로 이동시킨 미나토였지만 남아있는 차크라는 조금 뿐이었다. 그런 미나토에게 역시 차크라가 조금밖에 남지 않은 쿠시나가 힘을 더해준다. 쿠시나는 구미와 함께 죽는 것으로 남편과 아들을 구하려고 한다. 그러나 미나토는 그런 쿠시나를 납득할 수 없었다. 갓 태어난 아들을 생각하는 마음과 서로에 대한 마음으로 인한 언쟁 끝에 두 사람은 결단을 내린다.

나루토가 구미 차크라를 컨트롤하기 위해 수행을 하고 있다는 소식을 들은 가이는, 자신도 보탬이 되기 위해 진실의 폭포로 찾아온다. 그런 가이의 앞에 돌연 기묘한 벌레 같은 무언가가 나타난다. 그것은 대도-사메하다와 동화된 “아카츠키”의 키사메였다. 키사메는 사다하메와 동화하여 킬러비에게 접근한 뒤, 정보를 모으고 있던 것이었다. 수집한 정보를 “아카츠키”에게 전달하기 위해 도망치는 키사메. 그런 키사메를 가이가 쫓는다. 키사메는 지금까지 많은 싸움을 펼쳐 실력을 알고 있는 가이에게 강한 술을 발동 시키지만, 가이에게도 감추고 있는 큰 기술이 있다.

가이와의 격전끝에 잡힌 키사메. 아오바는 “아카츠키”의 정보를 끄집어내기 위하여 키사메의 기억속으로 들어간다.

오래 전 키사메는 안개마을에서 동료를 죽이거나 하는 그림자의 일을 하고 있었다. 자신은 동료들에게 적인지 같은 편인건지, 어디로 향하고 있는지조차 알지 못하는 자신을 “거짓존재”라고 생각하고 있던 키사메는 몰래 안개마을에 잠입한 마다라의 꼬임에 “아카츠키”의 멤버가 된다. 그리고 자신과 같이 동료를 살해한 이타치와 콤비를 이루게 되지만, 키사메의 마음속에는 언젠가 이타치가 말했던 한마디가 인상 깊이 남겨져 있다.

나뭇잎 마을에서 만난 나루토에게 희망을 걸며, 소중한 동료인 나가토와 야히코의 유해와 함께 고향인 비 마을에 돌아온 코난의 앞에 마다라가 나타난다. 마다라는 힘을 얻기 위해 나가토의 윤회안을 노리고 있었다. 마다라가 자신의 야망을 위해 언젠가 눈 앞에 나타날 것이라고 예상하고 있었던 코난은 그 때를 대비한 비책을 미리 마련하고 있었다. 동료의 유골과 그 추억을 지키기 위하여, 세계를 혼돈에 빠뜨리려는 마다라의 야망을 저지하기 위하여, 코난의 결전이 시작된다

코난은 마다라를 겨우 수세에 몰아넣었지만 금지된 술법을 사용하여 치명상을 피한 마다라에게 충격을 받는다. 그 때 기적 같은 광경이 눈 앞에 펼쳐진다. 멈추지 않았던 비 마을의 비가 그치고 아름다운 무지개가 나타난다. 그것을 본 코난의 마음에 다시 한번 희망이 떠오른다. 평화로운 세계를 위해 싸우고 죽어간 동료들의 의지를 이어받는 것은 나루토 뿐이라고 생각한 코난은 방해자인 마다라를 없애기 위하여 다시 한번 전투를 시작한다.

키사메에게 정보를 빼앗기고 자신들이 있는 장소가 알려지게 되어 걱정하는 야마토들. 나루토와 비를 이동시키고 싶지만 전쟁상황을 알리지 않기 위해 “동물들의 생태조사 극비임무”라고 속이고 있는 이상, 밖에 내보낼 수는 없는 일. “이동은 해도 되지만 이 섬에 있어야 해” 라는 모토이의 비책에 따라, 아오바는 한결 어려운 S급랭크의 극비임무를 나루토에게 맡기기로 한다. 한편, 정보가 노출되었다는 보고를 받은 닌자연합본부는 적들이 나루토를 빼앗기 위해 올거라고 예측하고, 섬에 증원닌자를 보내기로 한다. 그 증원에 합류한 인물은….???

나루토를 지켜 온 츠지카게들이었지만 야마토가 적에게 잡혀버린다. 밖의 일에 신경이 쓰이기 시작한 나투로였지만 킬라비의 기지로 미수 차크라 컨트롤 수행에 집중하기 시작한다.

한편, 마다라가 있는 장소를 알아낸 닌자연합군은 선공을 펼치기 위해 각 부대에 소집을 명하고, 수많은 닌자들이 한 장소에 모인다. 마다라가 이끄는 “아카츠키”도 수많은 하얀 제츠들과 예토전생으로 되살린 고수 닌자들을 모아 전쟁준비를 하고 있다.

정비가 끝난 닌자연합군과 “아카츠키”. 드디어 제4차 인계대전의 싸움이 시작된다!

나루토와 사스케, 두사람이 처음 만났던 시절. 나루토는 부모를 잃고 마을 사람들에게 구미 괴물이라고 미움을 받으며 고독한 나날을 보내고 있었다. 한편 사스케도 부모를 죽인 형 우치하 이타치에게 복수를 품으며 고독한 나날을 보낸다. 다른 것 같지만 비슷한 마음을 가지고 있는 두사람. 사이는 좋지 않지만 사쿠라나 카카시라는 동료와 만나, 유대감을 싹틔운기 시작한다. 그러나 사스케는 “우치하”의 피를 잇는 천재닌자. 사스케와의 실력차에 나루토는 초조해지기 시작한다.

싸움만 하던 나루토와 사스케지만, 죽음의 숲에서 벌어진 중급닌자시험 합격을 위해 힘을 합친다. 그러나 강적 오로치마루를 앞에 두고 움직이지 못하는 사스케는 상상할 수 없는 힘을 발휘하여 싸우는 나루토를 보며 초조함을 느낀다.

비 마을 닌자들과의 싸움에서도 힘을 합쳐 맞서지만, 나루토의 예상이상의 실력으로 핀치에서 벗어난다. 급격하게 성장해가는 나루토의 존재를 무시할 수 없게 된 사스케는 나루토에게 지고 싶지 않은 마음과 함께 자신은 복수를 해야 한다고 다시 한번 맹세한다.

사스케는 동료를 위해 미수화된 가아라와 싸우지만 힘으로도, 증오의 크기로도 역부족이었다.. 더욱이 이타치가 나타나 복수를 불태우는 사스케였지만 전혀 상대가 되지 않고, 이타치에게 복수하기 위해 살아왔던 사스케는 절망에 빠지고 만다.

자신이 모르는 사이 이상할만큼 강해져 가는 나루토에게 자신의 약한 모습을 보이고 싶지 않은 사스케. 더욱더 큰 힘을 위하여, 복수의 어둠에 잠겨가는 사스케의 앞에 오로치마루가 모습을 드러낸다.

나뭇잎 마을을 벗어나 오로치마루가 있는 곳으로 향하는 사스케. 사스케를 친구라고 믿고 목숨을 걸고 쫓아가는 나루토와 시카마루, 쵸지, 키바, 네지였지만, 오로치마루의 부하인 소리의4인방이 그것을 저지하기 위하여 맞선다.

사스케를 위해 상처입고 쓰러져가는 친구들의 마음을 안고 사스케를 뒤쫓는 나루토. 나루토는 친구인 사스케를 막기 위하여, 사스케는 더욱 강한 힘을 손에 넣고 이타치에게 복수하기 위하여. 종말의 계곡에서 2사람의 마음이 격돌한다!

테라스 위에 선 각 부대의 대장들을 각자 다른 마음으로 바라보고 있는 전투대연대 8만 닌자들. 한편, 잠입정찰소대가 마다라의 아지트를 감시하던 중, 드디어 예토전생부대와 10만의 하얀 제츠 대군이 출격한다.

이제 전투가 시작되는 것은 시간문제인 상황. 그러던 도중에 집결한 각 마을 닌자들 사이에서 분쟁이 일어난다. 아직 서로를 완전히 믿지 못하는 닌자들. 대립의 파문이 일어나고 있는 가운데, 연대장 겸 제4부대장인 가아라가 연설을 시작한다.

칸쿠로를 대장으로 한 기습부대원인 사이와 오모이들은 적의 영역내 상공으로 들어가 숲에 본거지를 세운다. 한편, 영역 내에서 도망중인 잠입정찰소대는 “아카츠키”측의 기습부대, 데이다라와 사소리들의 습격을 받고 있다. 겨우 목숨을 부지한 정찰부대의 무타가 칸쿠로들의 앞에 나타나지만 데이다라 무리들도 오고 말았다. 같은 편인 닌자를 조종하고, 예토전생으로 생전에 한 편이었던 닌자들까지 살려내어 공격해오는 “아카츠키” 기습부대간의 격돌에 의해, 전쟁의 막이 오른다.

예토전생부대와 싸움을 펼치는 기습부대 칸쿠로와 사이들의 앞에 부활한 사이의 형 신이 나타난다. 칸쿠로와 사소리, 꼭두각시 술사간의 대결. 사이는 불사신인 신의 몸을 이용한 데이다라의 폭탄공격에 분노한다. 대결이 최고조에 이르렀을 때, 사이의 그림을 보고 어렸을 때를 기억해 낸 신. 어린 시절 형제처럼 함께 자라지고, 마지막에는 서로 죽이는 싸움을 하게 하여 감정을 억누르게 하는 “뿌리”의 시스템 속에서 자라난 사이와 신의 과거 이야기가 펼쳐진다.

구미 차크라모드 컨트롤에 익숙해진 나루토는 비의 지도로 인주력을 사용하는 최강술을 익히기 위한 미수 수업의 최종단계에 돌입했다.

한편, 미타라시 앙코를 살려 둔 카부토를 믿지 않는 마다라는 예토전생술에 정말 살아있는 육체가 필요한것인지 예토전생술에 관한 모든 것을 카부토에게 말하라고 한다. 윤회안을 얻은 마다라를 상대로 싸우는 것은 불리하다고 생각한 카부토는 자신의 의도를 숨긴 채, 예토전생 술에 대하여 설명한다.

하쿠는 사이와 오모이들을 습격하고, 예토전생으로 살아난 모래의 파쿠라, 바위의 가리, 그리고 모모치자부자의 혈계한계 닌자들도 공격을 가한다. 카카시 소대와 사쿠라는 강적을 상대로 곤궁에 처한 사이들을 도와주기 위해 나타난다. 카부토에게 조종당하고 있는 하쿠는 다시한번 우리들을 멈춰달라고 카카시에게 부탁하지만, 오로치마루의 차크라를 손에 넣어 더욱 강해진 카부토의 힘에 의해 의식이 완전히 속박된 채, 옛 강적인 자부자와 하쿠는 카카시들을 다시 공격한다.

적의 수를 읽고 반격에 나서는 카카시들이었지만 카부토의 예토전생술에 의해 역대 닌자들 중 가장 강하다고 일컫어지는 안개마을 전임 닌자도7인방이 나타나 폭주한다. 카카시부대에도 희생자가 속출하던 중, 과거에 결판을 냈었던 자부자, 하쿠와의 무의미하고 슬픈 싸움에 종지부를 찍기 위해 그리고 그들의 죽음을 존중하기 위해. 카카시는 결사의 작전을 짜서 완전하게 의식이 속박된 자부자와 하쿠를 상대하고, 그 옛날의 결투광경이 재현된다.

가아라가 이끄는 제4부대가 대기하는 사막 한 편에서, 카부토가 예토전생으로 살린 2대 츠치카게, 2대 미즈카케, 3대 라이카게, 4대 카제카게 역대 4명의 카케닌자들이 모습을 드러낸다. 더욱이 임전태세의 다루이제1부대가 있는 해안선에는 대량의 하얀 제츠와 함께 예전의 동료, 예전의 적들이 나타난다. 그것을 감지한 닌자연합군본부는 당황하고 총대장인 라이카게가 선두로 나서려고 하지만 시카마루의 아버지, 나라 시카쿠가 그것을 저지하고 냉정한 분석과 천부적인 지략으로 전황을 파악하고 작전을 세운다.

해안가에서는 다루이의 풍환술을 시작으로 다루이 제1부대와 수많은 하얀제츠들이 일제히 전투를 시작한다. 무수히 많은 수리검들이 오고가는 가운데 하얀 제츠에 섞여서 다시 살아난 나뭇잎 마을의 닌자 단과 히나토히자시, 아스마들이 공격해 온다. 쵸자는 예전부터 알고 지냈던 사이인 단과 아스마를, 히나토히아시는 히나토히자시를 상대로 싸우기 시작하고, 싸움이 격해져 가는 도중, 최강최악의 대죄인 킨카쿠 긴카쿠 형제가 모습을 드러낸다!

라이카게도 놀랄 정도로 강한 킨카쿠 긴카쿠 형제가 전투에 참가하고, 구름마을 닌자인 아츠이와 사무이, 다루이가 맞서 싸운다. 킨카쿠 형제는 육도선인의 보물이라고 불리는 다섯개의 닌자 도구를 조종하여, 과거에 2대째 호카게를 초죽음 상태까지 몰아넣은 강한 힘을 가진 닌자였다. 과감하게 킨카쿠 형제에 맞서는 아츠이와 사무이였지만 닌자 도구들의 앞에 쓰러지고 만다. 홀로 궁지에 몰린 다루이는 강적을 상대로 사투를 벌이지만, 킨카쿠 형제에게는 더더욱 무서운 비밀이 있는데….

사투를 벌인 끝에 긴카쿠를 봉인시키는 일에 성공한 다루이였지만, 그것에 격노한 킨카쿠가 무시무시한 모습으로 변신한다. 그것은 바로 구미화한 인주력의 모습이었다. 닌자연합본부의 츠나데도 깜짝 놀라 킨카쿠를 제압하기 위해 손을 쓰지만, 지라이야에게는 다른 비책이 있는 듯 하다. 그것은 킨카쿠 형제의 보물도구를 역으로 이용하여 봉인하는 작전이었다. 그러나 그것만으로 봉인하는 것은 어렵다고 생각한 시카쿠는 곧바로 작전을 떠올려 어떤 닌자들에게 지령을 보낸다. 그 지령을 받은 사람은 나뭇잎마을의 닌자인 이노, 시카, 쵸 세 사람 이었다

영화, ROAD TO NINJA의 공개에 앞서 극장판과 연동한 기획!!

갑자기 공중에서 나타나 떨어지는 사쿠라. 우연히 그것을 목격하고 도와주지만, 숲에 떨어진 충격으로 사쿠라는 기억을 잃고 만다. 마을에 관한 일도 나루토도 잊어버렸지만 어렴풋한 이미지만은 가지고 있는 듯 하다. 사쿠라가 기억상실이라는 사실을 들은 마을 친구들은 그 희미한 기억에 의지하여 사쿠라의 기억을 되찾기 위해 일치단결하지만…?

숲에서 도망중인 기습부대원들을 다시 살아난 치요 할멈과 키미마로, 한조들이 뒤 쫓는다. 한조가 살포한 독을 마시고 궁지에 몰린 칸쿠로였지만 제5부대 사무라이들과 함께 온 사무라이 두령 미후네가 도움을 준다. 그 옛날, 압도적인 차로 미후네를 이겼던 한조였지만 지금은 상대가 되지 않는다. 이에 “당신이 자신의 신념을 져버렸기 때문이다” 라고 말하는 미후네를 보고 한조는 예전의 자신을 떠올리며, 무사와 닌자, 서로의 신념을 건 뜨거운 열정에 불이 붙는다.

이노, 시카마루, 쵸지 의 눈 앞에 닌자연합군의 닌자와 싸우는 옛 스승, 아스마가 모습을 드러낸다. 아스마의 전 부하였던 이노시카쵸라면 아스마에 관하여 잘 알고 있을것이라고 생각하여 승산이 있다고 판단한 시카쿠는 3명에게 가혹한 지령을 내린다. 아스마가 목숨을 잃기 전의 마지막 한 마디를 떠올리며 각오를 다지는 3명. 드디어 아스마와 대치하게 되고 재회를 기뻐할 겨를도 없이 전투가 시작되어 과감하게 맞서지만 마음이 약해져 공격하지 못하는 쵸지는 아스마의 조수였던 시절을 떠올린다.

아스마의 질타와 격려로 용기를 얻었지만 완전히 전의를 상실하고 공격하지 못하는 쵸지. 이노와 시카마루, 아버지인 쵸자는 쵸지를 다시 일으키기 위해 자신의 신념과 아스마가 부탁했던 것, 그리고 이노시카쵸 일족에 대대로 전해지는 “귀걸이의 관례”에 대하여 말한다. 이노와 쵸자가 자신을 위해 몸을 던져 싸우고 있는 가운데, 아스마를 때리지 못하는 것은 상냥한 것이 아님을, 그리고 자신은 바로 지금 변해야 한다고 결심한 쵸지는?

나루토는 차크라를 차단한 방에서 수행중임에도 불구하고 차크라모드에 의해 킨카쿠의 구미 차크라를 느낀다. 밖에서 벌어지고 있는 일이 궁금해진 나루토는 방 밖으로 나오려고 하지만 의외의 인물인 이루카가 그것을 막기 위해 나타난다. 오래 전 자신을 인정해 주었던 인물의 설득에도 불구하고 나루토가 밖으로 나가려고 하는 순간, 선인 모드의 감지능력에 의해 각지에서 싸우고 있는 친구들의 모습이 의식 안으로 흘러 들어오고, 나루토는 드디어 전쟁이 벌어지고 있는 사실을 알게 된다.