鸣人一行人结束漫长的航海之旅，终于抵达目的地。鸣人想到终于能见到大蛤蟆仙人预言中的章鱼，而显得雀跃不已。没想到才刚抵达小岛，就被突然现身的花枝怪物抓走了。替鸣人解围的并不是章鱼，而是八尾的祭品之力·杀人蜂。听说杀人蜂是能够彻底控制尾兽的祭品之力后，希望杀人蜂能指导自己修炼控制九尾的力量，却遭到拒绝。鸣人在无计可施的情况下，只好拜托基帮忙说服杀人蜂，于是基带着鸣人前往一处名叫“真实瀑布”的地方……。

鸣人得知若维持现状就无法进行控制尾兽的修炼后，便决定深入了解与杀人蜂相关的生平事迹。基明白鸣人的心意后，便开始提起自己曾因无知而犯错的住事。那就发生在杀人蜂与基还是孩子的时候，八尾跟其他尾兽一样，不肯屈服在人类的控制之下，也因此造成许多伤亡。而基的父亲就在八尾不断失控的过程中牺牲了性命……。

杀人蜂顺理成章地成了鸣人的师父，鸣人与杀人蜂、大和一起来到位于真实瀑布里面的遗迹，并在据说整个空间可以与尾兽对话的系统的领域内，与封印在自己体内的九尾对峙。鸣人开启了自来也所托付的封印之钥，为了能够控制九尾的力量，就必须全力奋战。鸣人与被解放的九尾之战，就此展开……。

为了控制九尾的力量，鸣人在自己的精神世界里展开了战斗。在现在世界里保护鸣人的杀人蜂与大和，面对鸣人出现的异状，焦虑的心情全写在脸上。受到九尾内心憎恨的影响，原本已压抑住的黑暗面，又再次于鸣人的心中苏醒。虽然拼了命的抵抗，但憎恨与绝望的感情却慢慢地把鸣人给吞噬掉……。但是，就在那时候，有个意想不到的人物出现在鸣人面前。

时间回溯到木叶忍者村，由第四代火影带领的时候。第四代火影·凑与他的妻子·九品所怀的孩子就快要出生了。就在即将生产的某一天，九品在第三代火影蒜山的妻子带领下，前往位于村子郊外的一处秘密场所。然后，在警戒森严的态势中，丈夫凑也陪伴在侧，亲身参与生产的过程，同时，却有个不祥的黑影，一步步地逼近中……。

因为今天是这孩子诞生的日子……

第四代火影凑和九尾的祭品之力九品，两人之间所创造的新生命诞生了，这孩子所被赋予的名字叫做鸣人。但就在鸣人诞生后，谜样的面具男子突然现身，以鸣人为人质将凑从九品的身边引开。

　　九品因生产而封印力量减弱，男子的目标是要夺走她体内的九尾妖狐并操控它。九尾被解放后尽情的破坏木叶忍者村。为了保护受到面具男子大肆攻击的村子，以及刚出生的鸣人，两人下定决心要以性命来奋战……。

因为今天是这孩子诞生的日子……

第四代火影凑和九尾的祭品之力九品，两人之间所创造的新生命诞生了，这孩子所被赋予的名字叫做鸣人。但就在鸣人诞生后，谜样的面具男子突然现身，以鸣人为人质将凑从九品的身边引开。

　　九品因生产而封印力量减弱，男子的目标是要夺走她体内的九尾妖狐并操控它。九尾被解放后尽情的破坏木叶忍者村。为了保护受到面具男子大肆攻击的村子，以及刚出生的鸣人，两人下定决心要以性命来奋战……。

当阿凯听到鸣人正在挑战控制九尾查克拉的修炼时，便自告奋勇的想帮忙，于是也来到真实瀑布。一个长像有如怪虫的物体，突然出现在在阿凯面前，那是已经与大刀·鲛肌同化的“晓”的成员鬼鲛。鬼鲛面对已有几次交手经验的阿凯，自认已摸清对手实力，并针对阿凯发动强势的忍术，没想到阿凯也身怀了鬼鲛所不知的大绝技……。

鬼鲛与阿凯交缠激斗之后，终于被逮。青叶想从鬼鲛身上截取“晓”的相关情报，便进入了鬼鲛的记忆之中。原来鬼鲛以前在雾忍者村时，曾执行过杀害伙伴的肮脏任务。自己到底是敌人还是伙伴，甚至连目的地在哪都不知道，认为自己不过是个“虚假的存在”，于是在秘密混进雾忍者村的斑的邀约下，变成了“晓”的成员。后来，鬼鲛与鼬组成两人搭档，然而鼬曾经说过的一句话，在鬼鲛心中留下深刻的印象……。

将希望托付给木叶忍者村里碰面的鸣人后，小南便带着重要的伙伴，长门与弥彦的遗体回到了故乡——雨忍者村，没想到斑却在此时出现。斑，觊觎长门的轮回眼，就为了得到更强大的力量。小南为了这一刻，早已做好万全的准备。为了保护伙伴的遗体与他们的信念，也为了阻止斑的野心，小南开始一场决死的战斗……。

因鬼鲛将情报外泄，使得大和一行人害怕自己的所在之地遭到敌人锁定。虽然想安排鸣人与杀人蜂移动，却又得隐瞒战争的事实，只好对鸣人宣称纲手指派他执行机密任务，也就是“动物们的生态调查”工作，超S级的极机密任务。

大和他们的所在之处，是云忍者村饲养的有如岛屿般巨大的大乌龟。想夺取鸣人的兜与地达罗就在乌龟壳外面，土影们为了阻止他们，便打了起来。在反覆的激烈攻防战中，兜终于因为黑土的主动出击被困住了，但没想到……？

土影们尽力保护鸣人，但大和却落入敌人手中。另一方面，忍者联军开始召集各部队，而斑所率领的“晓”，也准备了大量的白绝，并利用秽土转生让武艺高强的忍者们复活。第四次忍界大战的战火，终于即将点燃……。

两人之间宿命的轨迹，就在这里。

　　漩涡鸣人与宇智波一族最后残存的族人佐助相遇，从小没父母的自己，觉得佐助的遭遇和自己很相似，而对他产生了某种的亲近感。两人之间拥有强大的牵绊，从相处时的相吸相斥进展成彼此互相认定为自己的对手。

　　但是，因内心怀抱着某个重大目标并渴望力量的佐助，眼看着因不知名力量逐渐苏醒变强的鸣人，觉得自己屈于劣势并感到焦躁。然后，在看透他内心黑暗面的大蛇丸的诱导之下，佐助决意离开木叶村。为了拉回坠入黑暗深渊的重要伙伴，鸣人前往终末之谷。

两人之间宿命的轨迹，就在这里。

　　漩涡鸣人与宇智波一族最后残存的族人佐助相遇，从小没父母的自己，觉得佐助的遭遇和自己很相似，而对他产生了某种的亲近感。两人之间拥有强大的牵绊，从相处时的相吸相斥进展成彼此互相认定为自己的对手。

　　但是，因内心怀抱着某个重大目标并渴望力量的佐助，眼看着因不知名力量逐渐苏醒变强的鸣人，觉得自己屈于劣势并感到焦躁。然后，在看透他内心黑暗面的大蛇丸的诱导之下，佐助决意离开木叶村。为了拉回坠入黑暗深渊的重要伙伴，鸣人前往终末之谷。

两人之间宿命的轨迹，就在这里。

　　漩涡鸣人与宇智波一族最后残存的族人佐助相遇，从小没父母的自己，觉得佐助的遭遇和自己很相似，而对他产生了某种的亲近感。两人之间拥有强大的牵绊，从相处时的相吸相斥进展成彼此互相认定为自己的对手。

　　但是，因内心怀抱着某个重大目标并渴望力量的佐助，眼看着因不知名力量逐渐苏醒变强的鸣人，觉得自己屈于劣势并感到焦躁。然后，在看透他内心黑暗面的大蛇丸的诱导之下，佐助决意离开木叶村。为了拉回坠入黑暗深渊的重要伙伴，鸣人前往终末之谷。

两人之间宿命的轨迹，就在这里。

　　漩涡鸣人与宇智波一族最后残存的族人佐助相遇，从小没父母的自己，觉得佐助的遭遇和自己很相似，而对他产生了某种的亲近感。两人之间拥有强大的牵绊，从相处时的相吸相斥进展成彼此互相认定为自己的对手。

　　但是，因内心怀抱着某个重大目标并渴望力量的佐助，眼看着因不知名力量逐渐苏醒变强的鸣人，觉得自己屈于劣势并感到焦躁。然后，在看透他内心黑暗面的大蛇丸的诱导之下，佐助决意离开木叶村。为了拉回坠入黑暗深渊的重要伙伴，鸣人前往终末之谷。

潜入侦察小队在监视斑的根据地期间，发现秽土转生部队与十万名白绝的大军已准备出击。但是，在战争随时一触即发时，各村子忍者们开始出现了磨擦。就在对立的影响扩大时，联队长兼第4部队长的我爱罗开始对大家精神喊话……

由勘九郎担任队长率领祭与重等人的奇袭部队，从上空侵入了敌军的领地内。晓利用他们操控着联军的忍者，还利用秽土转生并刻意安排起起回生的死人与生身有关的人交手。随着双方奇袭的部队展开冲突，战争的导火线也随之引爆……。

由勘九郎带领的奇袭部队，在与秽土转生部队交手后，祭的大哥新也已经复活。战斗的同时，信看到了祭的图画，也因此回想起少年时期兄弟般的生活，但最后却还是难逃“根”为了杀掉他们的感情，而安排他们自相残杀的系统……。

鸣人已慢慢熟练如何控制九尾查克拉模式，接着则是要在杀人蜂的指导之下，学习祭品之力才能施展的最强忍术。另一方面，兜自认与拥有轮回眼的斑起冲突会对自己不利，于是先压抑住内心的不满，开始说明秽土转生之术……。

白针对从上空飞过的祭与重一行人展开攻击，因为秽土转生而复活的砂忍羽藏、岩忍狩，以及桃地再不斩等拥有血继限界的忍者们也一起出面迎击。再不斩与白在意识模糊的情况，开始对赶来支援的卡卡西一行人展开攻击……。

卡卡西一行人看出对手的企图展开反击，没想到现身的居然是实力坚强的雾忍者村的忍刀七人众。而且卡卡西、再不斩与白之间的恩怨早已在过去做出了结，为了尽早将无意义又悲伤的战斗画下句点，也为了守护他们俩死亡的尊严，昔日的战斗光景也因此再度重现……。

由懒率领的第一部队在海岸线上遇到大量的白绝，昔日的伙伴与强敌也因为秽土转生之术而陆续现身。另外，面对总司令官雷影想亲自出击，鹿丸的父亲奈良四角，冷静的分析阻止了雷影的决断，也因为聪明的智商，拟定了能看透战况的精确作战策略……。

懒所率领的第一部队与数百名白绝们，在懒施展了岚遁之术后，便正式掀起战斗的序幕。已复活的木叶忍者断、日向日差与阿斯玛等人也在其中，昔日的朋友，却是今日的敌人，战场因此陷入一片混乱。此时，最强也是最恶劣的大罪人，金角银角兄弟也现身了……！

金角银角兄弟加入战局后，由云忍者村的忍者，热、寒与懒挺身应战。热与寒虽然奋力的战斗，结果却被金角银角兄弟的忍具所封印。瞬间势单力薄的懒，也因此面对死敌，展开了一场死斗，没想到金角银角兄弟竟然还有更令人害怕的秘密……。

经过一番缠斗，懒终于成功地封印了银角，没想到被激怒的金角，竟变身成简直就是已九尾化的祭品之力！雷影提出利用对方的宝具，将金角封印的作战策略，四角此时灵光乍现，想到了一个策略，并将指令传送给能合作猪鹿蝶阵型的那三个人……。

小樱突然现身空中，并且往下坠落，被刚好经过的井野出手相救，然而小樱却因为坠落的冲击，丧失了记忆。虽然把大家都忘了，朦胧之间却仍然还有些模糊的印象。村子里的伙伴们得知后，决定一起唤醒小樱脑海中仅存的模糊印象，没想到……？

千代婆婆、君麻吕与半藏，一路追着奇袭部队成员们，幸好三船率领的第五部队即时出手相助。曾经以悬殊差距打败三船的半藏，现在则是使不上力。三船认为那是因为半藏已扭曲自己的信念，于是武士与忍者，用彼此的信念当赌注，擦出了一场热切的火花……。

站在井野、鹿丸、丁次他们眼前的，就是正与忍者联军战斗的昔日恩师·阿斯玛。四角认为曾是阿斯玛的部下，猪鹿蝶拥有最大的胜算，于是下达残酷的指令让他们三人执行。然而，出手时决心却动摇的丁次，想起了昔日曾与阿斯玛对打的往事……。

丁次在阿斯玛的刺激之下，完全失去了斗志。井野、鹿丸、以及父亲丁座，为了让丁次振作，提醒他回想起耳饰所代表的含义。看到井野他们为了自己挺身而战，终于明白不敢攻击阿斯玛并非真正的善良，于是丁次终于下定决心要改变自己……。

即使身在能阻挡查克拉的空间里修炼，鸣人还是借由查克拉模式感受到了金角的九尾查克拉。开始在意外界的变化，打算采取行动的鸣人，竟遇到伊鲁卡阻止。就在那时，经由仙人模式的感应能力，接受到伙伴们在各地战斗的影像，鸣人也因此得知战争已爆发的事实……。