Nach Wochen auf dem Meer sind Naruto und seine Mitreisenden auf der geheimen Insel im Reich der Blitze angekommen. Naruto kann es kaum noch erwarten die Insel unsicher zu machen, denn der Kröteneremit prophezeite ihm, dass er dort einen mächtigen Oktopus treffen wird. Den Ersten, den sie auf der Insel treffen ist allerdings Killer B.

Um den Neunschwänzigen endlich unter Kontrolle zu bringen, begibt sich Naruto zum Wasserfall der Wahrheit. Dort soll er sein wahres Ich finden. Naruto begibt sich auf eine Reise in sein Inneres. Dort trifft er auf seine dunkle Seite, die er besiegen muss. Jedoch ist sein Kontrahent exakt gleich stark, wie er selbst. Er sucht Hilfe bei Motoi, den Vertrauten von Killer B.

Naruto konnte am Wasserfall der Wahrheit sein wahres Ich finden. Somit ist er in der Lage durch den Wasserfall hindurchzugehen. Auf der anderen Seite angekommen, betreten Naruto, Killer B, Yamato und Motoi einen geheimnisvollen Tempel. In diesem soll Naruto die Kontrolle über den Kyuubi erlernen. Hierfür betreten die Freunde einen versiegelten Raum, aus welchem der Kyuubi nicht ausbrechen kann.

In einem Tempel ist es dem Kyuubi beinahe möglich, seinen ganzen Hass auf Naruto zu übertragen. Doch plötzlich erhält Naruto Unterstützung von seiner verstorbenen Mutter, Kushina Uzumaki. Nachdem sie in Narutos Unterbewusstsein erste Worte gewechselt haben, kann seine Mutter den Kyuubi fesseln.

Noch immer spricht Naruto im Unterbewusstsein mit seiner Mutter Kushina Uzumaki. Nachdem sie die Geschichte über das Kennenlernen mit Narutos Vater erzählt hat, möchte Naruto noch wissen, was vor 16 Jahren, am Tag seiner Geburt passierte. Erst jetzt erfährt Naruto die wahre Geschichte über seine Eltern.

Während Minato sich mit seinen Gedanken noch wo anders befindet, ahnen Kakashi, Itachi und Hiruzen Sarutobi, dass dem Dorf etwas Grauenvolles bevorsteht. Schon kurz darauf, bestätigt sich die Vorahnung. Denn plötzlich erscheint Tobi im Dorf und teleportiert den Kyuubi ebenfalls in den Ort. Die Dorfbewohner versuchen zunächst das Ungetüm mit Briefbomben in Schach zu halten.

Obwohl der Kyuubi dank Minato nicht mehr an Tobi gebunden ist, greift das Monster Konohagakure und seine Bewohner an. Daraufhin befiehlt Hiruzen Sarutobi den ANBU das Ungetüm aus dem Dorf zu locken. Während Irukas Eltern gegen den Neunschwänzigen kämpfen, wird der Junge widerwillig von Ninja in Sicherheit gebracht.

Naruto konnte das Chakra des Kyuubi erfolgreich aufnehmen. Dementsprechend befindet er sich im Stadium des Fuchsgeistes. Plötzlich bemerkt Naruto, dass mit dem Schwert auf Killer Bs Rücken etwas nicht in Ordnung ist. Der Grund wird schnell offensichtlich: Im Schwert versteckt sich Kisame Hoshigaki, der sich während des Kampfes zwischen ihm und Bee von dem weißen Zetsu kopiert hat lassen.

Nachdem Kisame Hoshigaki besiegt wurde, fesselt ihn Yamato und Aoba beginnt mit dem Verhör. Kurz bevor er in den Erinnerungen von Kisame, die wahre Identität von Tobi herausfinden kann, beißt sich Kisame die Zunge ab. Kisame kann sich von seinen Fesseln befreien und versucht zu fliehen. Schnell wird ihm bewusst, dass er den Konoha-Nin nicht entkommen kann.

Tobi begibt sich nach Amegakure und möchte Konan aufspüren. Nach dem Angriff auf Konoha sowie dem Tod von Nagato, trägt Konan zwar noch den Mantel der Akatsuki, ist jedoch kein Mitglied mehr dieser Organisation. Tobi versucht Informationen über Nagatos Grab aus ihr zu entlocken, denn er möchte sein Rin'negan wieder zurück. Konan greift Tobi an.

Naruto soll so lange hingehalten werden, wie es nur möglich ist. Denn der junge Shinobi soll nichts vom Krieg in Konoha mitbekommen. Hierfür wird eine geheime Mission erfunden. Bei dieser soll eine Armee aus riesigen Tieren der Insel gebildet werden. Währenddessen besprechen die fünf Kage die weitere Vorgehensweise im Kampf.

Durch die Hilfe seiner Riesenschlange, findet Kabuto die Riesenschildkröte. Indem er das Tier auf den Rücken dreht, kann er sie infolgedessen ruhig stellen. Kurz darauf, stellt sich Kabuto einigen anderen Shinobi. Kabuto kann die Gegner nicht besiegen und wird schließlich gefangen genommen.

Während Killer B Naruto hilft sein Bijuu zu kontrollieren, entdeckt Tokuma Hyuuga die Zetsu Armee. Die fünf Kage versammeln daraufhin die alliierten Shinobi, welche in fünf Divisionen aufgeteilt werden. Inzwischen beschwört Kabuto seine mächtige Armee von wiederbelebten Shinobi. Gemeinsam mit Tobi verlässt Kabuto das Versteck und leitet den vierten großen Shinobi Weltkrieg ein.

Schon seit seiner Kindheit, suchte Naruto immer Streit. Zunächst bemalte Naruto die Hauswände im Dorf. Worauf er von dritten Hokage zu Recht gewiesen wurde. Als er endlich an der Ninja-Akademie aufgenommen wurde, stritt und kämpfte er regelmäßig mit anderen Kindern. Darunter auch Sasuke, bei dem ihm der Hass in seinen Augen auffiel.

Während den Chunin-Auswahlprüfungen wird Team 7 von einem Ninja gezwungen, die Schriftrolle gegen ihr Leben zu tauschen. Im Gegensatz zu seinem Teamkameraden, möchte Naruto die Rolle nicht übergeben, denn es gäbe keine Garantie dafür, dass der Ninja sie nach der Übergabe wirklich am Leben lässt. Daraufhin beschwört der gegnerische Ninja eine Schlange, welche die jungen Ninja angreift.

Als Sasuke über seine Stärken und Schwächen nachdenkt, bemerkt der junge Ninja, dass sein Teamkollege Naruto, langsam immer stärker wird. Nachdem Sasuke über die neuesten Informationen über Itachi Uchiha in Kenntnis gesetzt wurde, begibt er sich in ein nahegelegenes Hotel. In diesem trifft er auf Itachi, Naruto und Kisame.

Um mehr Kraft zu erlangen, begleitet Sasuke die Sound-Four zu Orochimarus Versteck. Unterdessen bildet Shikamaru ein Team aus Naruto, Choji, Kiba und Neji. Das Team soll die Verfolgung aufnehmen und Sasuke wieder zurückholen. Dem Team ist es möglich Sasuke und die Sound-Four einzuholen. Daraufhin entwickelt sich ein Kampf zwischen Naruto und Sasuke.

Während Kabuto und Tobi ihre wiederbelebten Shinobi und Zetsu versammeln, hält Gaara eine mitreißende Ansprache in Kumogakure. Er berichtet über die einstige Feindschaft mit Naruto und wie aus dieser Freundschaft wurde. Zudem erklärt er, dass sie alle unter den Akatsuki leiden müssen und diese nun auch Naruto verfolgen.

Zur Unterstützung der Shinobi erscheint Muta Aburames. Er beschützt seine Mitstreiter indem er seine Insekten einsetzt. Diese schickt er ebenfalls los, damit diese dem Hauptquartier die neuesten Erkenntnisse übermitteln. Ebenfalls trifft Kankuro mit seiner Division ein. Schon kurze Zeit darauf, bemerkt ein Mitglied die Störung ihrer Sensor Fähigkeiten.

Während des Kampfes wird sich Sasori über seinen unsterblichen Körper bewusst. Daraufhin setzt Sasori Shin ein, um Kankuros Skorpionpuppe zu besiegen. Wie Omoi erfährt, ist Shins Bauch voll mit Deidaras Ton. Omoi versucht Shin zu stoppen, jedoch geht die Attacke daneben und Deidara lässt Shin explodieren.

Noch immer scheitert Naruto am Versuch sich in Kyuubi zu verwandeln. Schnell erkennt Killer B das wahre Problem Narutos: Der Shinobi kann das Bijuu Dama nicht verwenden. Erst als er Narutos Rasengan im Kyuubi-Chakra-Modus anschaut, wird ihm bewusst, dass dies eine Art kleines Bijuu Dama ist. Inzwischen wird Kabuto Yakushi von Tobi gedrängt, Anko zu töten.

Durch einen Bericht vom Hauptquartiert erfährt Mifune, dass sich die feindlichen Truppen im Untergrund befinden. Sofort befiehlt er seiner Division ebenfalls in den Untergrund zu gehen und die Anderen zu unterstützen.

In Folge des Ausbruchs von Suigetsu Hoozuki und Juugo aus dem Gefängnis, berichtet Suigetsu über die sieben Shinobi-Schwertkämpfer aus Kirigakure. Diese kämpfen unterdessen gegen die dritte Division. Kakashi, der sich unter den Mitgliedern der dritten Division befindet, entwickelt einen Plan, welcher die Unterstützung dreier Shinobi erfordert.

Während der Kampfhandlungen gegen die Shinobi-Allianz der fünf großen Shinobi-Mächte beschwört Kabuto den Sandaime Raikage, den Nidaime Mizukage und den Yondaime Kazekage. Auf dem Schlachtfeld der vierten Division erklärt er ihnen, dass sie in vollem Bewusstsein ihre eigenen Leute töten werden.

Der Ninja-Weltkrieg ist ausgebrochen und die Fürsten der verschiedenen Reiche, die sich zu einer Allianz zusammengeschlossen haben, müssen sich vor den Gegnern verstecken, was ihnen nicht leicht fällt, zumal die Bedingungen ihrer unwürdig sind. Unterdessen werden in der Ninja-Allianz Strategien ausgedacht, wie man den drohenden Angriff der übermächtigen Feinde abwehren kann …

Kinkaku und Ginkaku versuchen, den Kampf gegen Darui und seine Gefährten mit neuen Mitteln zu entscheiden, indem sie die Ninja-Instrumente aus dem Schatz von Rikudo Sennin anwenden. Mit ihnen kann man die Seele der Worte beeinflussen, ja sogar zerstören …

Kinkaku treibt sein Unwesen in Gestalt des Neunschwänzigen und Darui steht vor einem Rätsel, wie er ihn überwältigen kann. In der Zentrale werden unter Führung von Shikaku Strategien entwickelt. Demnach gibt es ein fünftes Schatz-Instrument, das noch wirkungsvoller ist, als die Kürbisflasche. Es ist ein Bernsteingefäß, das die Fähigkeit hat, jemanden einzusaugen, sobald er etwas spricht.

Sakura fällt im wahrsten Sinne des Wortes vom Himmel und wird von Ino, die den Vorfall mitbekommen hat, ins Dorf gebracht. Tsunade stellt keine inneren Verletzungen, aber einen deutlichen Gedächtnisverlust fest. Alle Freunde und Bekannten machen sich nun Gedanken, wie sie dazu beitragen können, dass bei Sakura die Erinnerungen wiederkommen.

Hanzo, bekannt als Shinobi mit dem Salamander und Mifune, das Oberhaupt der Samurais, treffen wieder einmal im Kampf aufeinander. Das hatte es schon gegeben und damals konnte Hanzo seinen Gegner besiegen. Aber Mifune, der sich als Samurai der Harmonie verpflichtet hat, setzt alles daran, dieses Mal das Blatt zu wenden, obwohl Hanzo anfangs sogar Gift anwendet.

Ino, Shikamaru und Choji treffen Asuma, ihren wiederbelebten Lehrer vom Team 10 wieder. Der hat natürlich Interesse daran, wie sich seine Schüler im Laufe der Zeit weiterentwickelt haben. Also fordert er sie zu einem „künstlichen" Duell heraus. Aber Choji hat Probleme damit, seinen Sensei wie im Ernstfall anzugreifen und vielleicht sogar dabei zu verletzen.

Die Frage ist weiterhin, was passieren muss, damit Choji seine Angst vor dem Kampf verliert. Vielleicht hilft es ja, dass er an die Bedeutung des Piercings in seinem Ohr erinnert wird. Als Ge-Nin wurden ihm von seinem Vater Ohrstecker verliehen, weil er später das 16. Oberhaupt des Akamichi Clans werden soll. Und die werden einem Gelübde zufolge jeweils an die nächste Generation weitergegeben.

Naruto fragt sich nach wie vor, warum so viele Wachen um ihn herum sind. Als dann auch noch Iruka, sein erster Sensei, in dem Versteck auftaucht, ist die Verwunderung komplett. Der soll ihn nämlich im Auftrag von Tsunade beschützen. Aber Iruka ist dafür, Naruto die Wahrheit zu sagen, warum er versteckt gehalten wird.