Trois ninjas de Kumo arrivent à Konoha pour demander l’autorisation de prendre Sasuke en chasse ; Danzô leur donne l’autorisation… Apprenant que Sasuke va être pourchassé, Naruto et Sakura demandent à Saï des informations sur Danzô mais ce dernier ne peut pas leur en parler à cause d’un sceau sur sa langue qui l’immobiliserait s'il venait à parler de la Racine. Entendant le nom de Sasuke, Omoï et Karui attaquent et interrogent Naruto, Sakura et Saï pour leur extorquer des renseignements sur Sasuke ; les informant que Sasuke a capturé leur maître Killer Bee. Pendant ce temps, l’équipe Taka est arrêtée par Madara en cours de route vers Konoha ; ce dernier informe Taka de la défaite de Pain et que Danzô, le responsable du destin d’Itachi, a été élu Hokage, les kage vont délibérer au « Conseil des cinq kage » à propos des attaques de l’Akatsuki…

Tandis que Sasuke décide d’aller avec Taka au « Conseil des cinq kage » pour tuer Danzô, escortés par la partie blanche de Zetsu. Naruto se laisse battre sans se défendre plutôt que de livrer des informations sur Sasuke aux ninjas de Kumo. Saï intervient pour calmer Karui, puis soigne les blessures de Naruto qui décide de partir rencontrer le Raikage avec Kakashi et Yamato pour demander la grâce de Sasuke. Pendant ce temps, Danzô se prépare à partir au conseil et intrigue pour récupérer, avant Anko, les données d’Orochimaru avec qui il a frayé par le passé, possédées maintenant par Kabuto. Naruto raconte à Kakashi et Yamato ce que son père lui a révélé.

Gaara, Oonoki, Meï et A partent pour le conseil des cinq kage… Déjà en route, Danzô est attaqué par des ANBU du Pays du Bois qu’il défait seul avec son Sharingan. Naruto, Kakashi et Yamato partent vers le Pays du Fer, suivant les ninjas de Kumo grâce à des graines de Yamato collées sous leurs chaussures. Taka s'infiltre également dans le Pays du Fer. L'équipe du Raikage retrouve l’équipe de Samui et Naruto, Kakashi et Yamato sont repérés par ces derniers.

Naruto aborde le Raikage et lui demande la grâce de Sasuke, qui est refusée malgré l’intercession de Kakashi et Yamato. Peu après, le sommet commence entre les cinq kage et leur médiateur du Pays du Fer, Mifune. À la table des concertations, l'atmosphère est tout de suite tendue par la position de chacun semblant d'abord individualiste et méfiante envers tous les autres. Les révélations et les accusations fusent : l'utilisation intensive des services d'Akatsuki par le Pays de la Terre, la naissance de cette organisation mercenaire au sein du Pays de l'Eau, la trop grande jeunesse et l'idéalisme de Gaara. Mifune propose une alliance entre les cinq grands pays qui serait dirigée par Danzô pour combattre Akatsuki et protéger le jinchūriki de Kyûbi.

À Konoha, Saï comprend que Naruto est amoureux de Sakura : il révèle à Sakura que sa promesse de ramener Sasuke hante Naruto et dévoile aussi les sentiments de ce dernier à Sakura. Il lui reproche d'avoir forcé Naruto à porter ce lourd fardeau tout seul et d'être l'une des causes de ses souffrances, tout comme Sasuke. Shikamaru étant d'accord avec Saï, il demande à Sakura la permission de l'équipe 7 d'arrêter Sasuke. Sakura finit par sécher ses larmes et annonce vouloir parler à Naruto. Pendant ce temps, au sommet, Ao, garde du corps de la Mizukage utilise son Byakugan et découvre que Danzô utilise une technique pour influencer Mifune, grâce au Sharingan de Shisui Uchiwa. Zetsu apparaît au milieu des kage et annonce que Sasuke n’est pas loin. Naruto ne peut s’empêcher de penser à Sasuke quand soudain Madara apparaît à ses côtés…

Madara aborde Naruto, Kakashi et Yamato pour leur parler afin de savoir comment Naruto a convaincu Nagato de le trahir ; Naruto lui demande de parler de Sasuke. Pendant ce temps, le Raikage brise la nuque de Zetsu et décide de partir à la recherche de Sasuke avec ses gardes du corps ; les samouraïs se dispersent également pour rechercher Sasuke qui retrouvent ce dernier et son équipe. Sasuke, qui a plongé dans les ténèbres, tue plusieurs de ses adversaires. Le Raikage et ses gardes du corps interviennent et engagent le combat à leur tour, mettant l’équipe Taka en difficulté. Jûgo passe au niveau 2 du sceau maudit et attaque seul le Raikage ; il finit par se faire battre. Le Raikage engage alors un duel contre Sasuke…

Madara révèle à Naruto, Kakashi et Yamato la véritable histoire d'Itachi et les motifs qui animent Sasuke, irrémédiablement dévoré par la haine du fait de la malédiction du clan Uchiwa. Pendant ce temps, Sasuke utilise un « Susanô » incomplet pour la première fois, afin de se protéger. Combinant Susanô à Amaterasu pour parfaire son armure, il parvient à mettre en échec le Raikage qui sacrifie un bras pour le frapper. Alors que le Raikage s'apprête à donner un nouveau coup à Sasuke, Gaara intervient et l'en empêche ; il tente de convaincre Sasuke de ne pas sombrer dans les ténèbres, mais ce dernier ne veut rien entendre. Il subit alors l’attaque combinée de Darui, Gaara, Temari et Kankurô qu’il contre avec « Susanô » noir et finalement complet.

Killer Bee désire s'initier à l'enka avec Sabu, un chanteur d'enka, laissant croire à son frère qu'il a été capturé, pour s'enfuir du village en toute tranquillité. Pendant ce temps, Sasuke parvient à leur échapper grâce au Susanô en faisant effondrer la salle, et suit Karin qui a repéré Danzô dans la salle du conseil. Ce dernier profite de la confusion pour s’échapper, poursuivi de Ao, tandis que Sasuke doit affronter la Mizukage. Affaibli par son combat précédent, il ne peut résister à ses techniques de corrosion qui érodent son Susanô, mais Zetsu vient à son secours en neutralisant son adversaire et en lui fournissant du chakra. Sasuke se heurte alors au Tsuchikage et est sauvé par Madara.

Madara envoie Sasuke et Karin dans une dimension, puis explique aux kage son projet « Œil de la Lune » consistant à prendre le contrôle du monde ninja en faisant revivre un monstre antique, Jûbi, pour en devenir le jinchūriki et tenir tout le monde sous l’emprise d’un genjutsu ultime se reflétant sur la Lune. Les kage refusant de lui livrer Hachibi et Kyûbi, il leur déclare alors la 4e grande guerre ninja. Les kage décident donc de former une alliance entre les cinq grands pays et le Pays du Fer, et de placer Naruto et Killer Bee dans un endroit où ils seront en sécurité face aux menaces d’Akatsuki. Le Raikage décide d'aller à la rescousse de Killer Bee, après l'aveu de Tobi sur l'échec de sa capture. Après la défection de Danzô, Kakashi est retenu Hokage intérimaire par Gaara. Pendant ce temps, Sakura escortée de Kiba, Lee et Saï retrouve Naruto pour lui parler.

Alors que Kisame retrouve Killer Bee, le Raikage est choisi pour être à la tête de l'alliance pour le fait qu'il est le seul à pouvoir contrôler le jinchūriki de Hachibi. Entre-temps, Sakura fait une déclaration d’amour à laquelle Naruto ne croit pas ; elle souhaite qu'il oublie la promesse qu'il lui a faite de ramener Sasuke à Konoha. Naruto ne veut rien savoir et souhaite toujours sauver Sasuke. Sakura décide alors de partir à la poursuite de Sasuke avec l'aide de Kiba, Lee et Saï. Pendant ce temps, Killer Bee se prépare à affronter Kisame…

Alors que Ao est piégé par Fû , Killer Bee affronte Kisame qui rivalise face à la puissance de Hachibi grâce à son épée Samehada capable d’absorber rapidement de grandes quantités de chakra. Ao est sauvé in extremis par la Mizukage, tandis que Kisame fusionne avec son épée pour donner un être aquatique puissant et invoque une énorme quantité d’eau qui transforme le combat en zone sous-marine. Nettement avantagé dans son milieu, il finit par épuiser Killer Bee et s’apprête à l’achever quand Samehada le trahit, amoureuse du chakra de pieuvre de Hachibi. L’intervention du Raikage pour sauver son frère tourne au désavantage de Kisame qui finit décapité par un combo des deux frères.

Suigetsu et Jûgo sont arrêtés par les samouraïs du Pays du Fer, tandis que Saï, trahissant Sakura, avertit Naruto à l’aide d’un clone. Saï explique à Naruto que Sakura est déterminée à retrouver Sasuke afin de l’éliminer elle-même. L’équipe de Gaara intervient et informe Naruto, Kakashi, Yamato et Saï de ce qu’il s’est passé au conseil et transmet la charge de Hokage par intérim à Kakashi. Gaara décide à son tour de parler à Naruto au sujet de Sasuke et lui conseille de faire le bon choix. Pendant ce temps, Madara intercepte Danzô et maîtrise ses gardes du corps Fû et Torune ; il fait alors apparaître Sasuke et Karin devant Danzô qui libère son bras droit sur lequel sont greffés des yeux possédant le Sharingan.

Naruto se renferme sur lui-même, et subit, sous l’émotion, une crise d’hyperventilation. Avec Susanô, Sasuke maîtrise rapidement Danzô et lui fait avouer son implication dans le meurtre du clan Uchiwa par Itachi. Il l’écrase, le coupe, le consume avec les techniques du « Kaléidoscope hypnotique du Sharingan », mais Danzô semble mystérieusement survivre sans que Karin puisse détecter une illusion. Peu après, Sasuke utilise un genjutsu qui fait apparaître son frère Itachi devant Danzô.

Danzô parvient à immobiliser Sasuke par un sceau que ce dernier arrive à briser par sa haine. Alors qu’il le transperce avec l’arc de son Susanô, Danzô laisse apparaître sa maîtrise du Mokuton grâce à une greffe du visage du 1er Hokage ; Madara comprend alors qu’il s’est approprié la puissance des Uchiwa et des Senju en utilisant les connaissances d’Orochimaru dans le but de prendre le contrôle de Kyûbi. Il explique alors que Danzô utilise Izanagi, une technique interdite du clan Uchiwa pour transformer la réalité en illusion en l’échange du sacrifice d’un Sharingan. Danzô invoque un baku géant, parvenant à créer une brèche dans Susanô, mais Sasuke se débarrasse de l’animal en lui faisant avaler une boule de feu. Alors que le dernier Sharingan ouvert s'apprête à fermer, Sasuke et Danzô s’empalent mutuellement…

Grâce à une illusion du « Kaléidoscope hypnotique du Sharingan », Sasuke piège Danzô en lui faisant croire qu’Izanagi est toujours active et le transperce une fraction de seconde après la fin de la technique. Karin soigne Sasuke ; Danzô, refusant la défaite, prend Karin en otage, mais Sasuke les transperce tous les deux. À l’article de la mort, Danzô voit défiler le moment où son rival Hiruzen Sarutobi est devenu Hokage et où il a décidé de fonder la Racine pour protéger Konoha dans le secret. Dans un dernier geste pour protéger Konoha, il active sa dernière technique pour tenter de sceller Sasuke et Madara.

Sakura demande à Kiba l’emplacement exact de Sasuke et tente d’endormir ses compagnons. Saï l’arrête et leur demande de ne pas poursuivre, espérant un renfort de Kakashi parti à leur poursuite grâce aux révélations de son clone ; il engage le combat contre Kiba, et Rock Lee et Sakura profite de la confusion pour tous les endormir et se diriger seule vers l’endroit où a eu lieu le combat entre Danzô et Sasuke. Avant de s'en aller avec le corps de Danzo pour récupérer les yeux de Shisui, Madara fait remarquer à Sasuke qu'il perd petit à petit la vue du fait de l'utilisation abusive de Susano, il lui conseille de se reposer un peu avant de se rendre à Konoha et de tuer Karin. Une fois Madara parti, Sasuke s’apprête à achever Karin qui revit le moment où ils se sont rencontrés durant l’examen chūnin. Sakura arrive sur les lieux et demande à Sasuke de l’emmener avec lui.

Sakura déclare à Sasuke qu'elle regrette de ne pas l'avoir suivi 3 ans auparavant le jour ou il a rejoint Orochimaru, elle se montre déterminée à le suivre bien que ce dernier lui annonce de détruire Konoha et lui demande de tuer Karin elle-même afin de lui montrer sa loyauté. Comprenant qu’elle cherche à le piéger, il l’attaque et s’apprête à la tuer, mais en est empêché par Kakashi qui a retrouvé leur piste. Ce dernier tente une dernière fois de convaincre Sasuke de renoncer à sa vengeance, mais celui-ci se moque de lui d'une manière diabolique, lui demandant de ramener Itachi, ses parents et son clan, puis lui annonce qu’il a hâte de le tuer. Tandis que Sakura, chargée par Kakashi de soigner Karin, est complètement bouleversée par la nouvelle attitude de Sasuke, le combat est imminent entre le maître et son ancien élève… Ce dernier tient tête à Kakashi qui est bien décidé à éliminer son ancien élève. Alors que Sasuke commence à perdre la vue en voulant trop renforcer son Susanô, Sakura en profite pour retenter sa chance de le tuer. Mais au dernier moment, elle ne se résout pas à lui porter le coup. Sasuke tente alors de la tuer en se servant du kunaï empoisonné de Sakura. Cette dernière est sauvée in extremis par Naruto ayant retrouvé leur trace.

Naruto essaye à nouveau de raisonner Sasuke en lui disant qu'il comprend mieux la souffrance qu'il endure et les raisons pour lesquelles il cherche à venger Itachi, mais en vain : le jeune Uchiwa les informe qu'il a éliminé Danzô et qu'il est fermement décidé à tuer tout le monde pour restaurer son clan. Alors que Kakashi tente d’éloigner les deux jeunes ninjas pour tuer Sasuke, Naruto oppose son « Orbe tourbillonnant » aux « Mille oiseaux »...

Sasuke déclare à Naruto qu’il n’a que deux choix : le tuer et devenir un héros ou se faire tuer et devenir un perdant, mais aucune de ces deux options ne convient à Naruto. Zetsu blanc et Madara interviennent et interrompent le combat. Naruto réalise enfin qu'il est le seul à devoir éliminer Sasuke, quitte à mourir avec lui, s'il veut sauver Konoha. Sasuke accepte de prendre Naruto pour cible principale. Sakura, surprise par la détermination de Naruto, se reproche d'être la même personne que trois ans auparavant, et ne peut faire qu'une seule chose : croire en ses compagnons. Sasuke part alors avec Madara et souhaite se faire greffer les yeux d'Itachi afin d'augmenter sa puissance pour « écraser » Naruto. Après le départ de Sasuke, Naruto s'évanouit soudainement à cause du kunaï empoisonné par Sakura récupéré par Sasuke puis Kakashi décide d'emmener Karin au village.

Naruto, accompagné de Sakura, Kakashi et Karin, attend le réveil de Kiba, Lee et Saï puis rentre avec eux à Konoha. A Kumo, Killer Bee rejoint les siens armé de Samehada ; le Zetsu noir enterre le corps de Kisame qui s’avère être un faux : Kisame est caché dans son épée. Saï informe les membres de la Racine que leur maître Danzô est mort et que Kakashi sera le prochain Hokage.

Les daimyo des cinq grands pays sont d'accord pour la création d'une grande alliance shinobi tandis que chaque kage rapporte les nouvelles du conseil dans leurs villages respectifs. Gaara rassemble les aînés de Suna et leur rapporte les ambitions destructrices de Madara. De retour à Konoha, Naruto explique aux autres jeunes ninjas de Konoha qu'il doit leur dire quelque chose d'important.

Naruto explique aux autres jeunes ninjas de Konoha sa décision de combattre Sasuke. Neji, Kiba et Shikamaru lui reprochent de couvrir ce dernier et de ne pas avoir profité de l'occasion de son état de faiblesse pour le tuer, mais Naruto déclare que son niveau actuel ne lui permettait pas de battre Sasuke : qu'il doit encore s'entraîner pour y arriver. Alors que Kakashi allait être nommé Hokage, Tsunade se réveille de son coma.

Sasuke s’est fait greffer les yeux d’Itachi et commence à en ressentir la puissance. Au Mont Myôboku, les crapauds ermites discutent pour savoir si la clé de son sceau doit être donnée à Naruto. Le vieil ermite Oogama souhaite lui parler et voir son futur. Karin est interrogée par Ibiki tandis que Tsunade mange sans s’arrêter pour récupérer son chakra ; Kakashi lui explique la situation ; à Konoha, les élites préparent la guerre. Naruto est invoqué au Mont Myôboku où le vieil ermite lui annonce qu’il va rencontrer un poulpe et affronter Sasuke ; il lui montre la clé de son sceau et demande à Gerotora de se transférer dans Naruto.

Kabuto semblant avoir maîtrisé sa greffe d’Orochimaru réapparaît, tuant des ninjas sur son passage. Gerotora explique à Naruto comment il devra vaincre Kyûbi le jour où il se servira de la clé en absorbant son chakra tout en évitant que sa « volonté » ne prenne le dessus ce qui signifierait la renaissance complète du démon ; Naruto souhaite tenter de séparer le chakra et la volonté de Kyûbi afin de pouvoir utiliser son pouvoir et vaincre Sasuke ; il avale Gerotora et retourne à Konoha, le vieil ermite lui annonçant qu’il trouvera le poulpe sur une île. Pendant ce temps, Kabuto aborde Madara et lui propose de s’allier à lui ; il lui montre sa maîtrise de la « Réincarnation des âmes » en faisant apparaître les cinq membres morts d’Akatsuki ainsi qu’un sixième cercueil mystérieux qui persuade Madara d’accepter son aide en échange de Sasuke. Anko et d’autres ninjas de Konoha suivant la piste de Kabuto les voient ensemble ; Anko reste les espionner tandis que les autres partent prévenir Konoha.