흔적도 없이 붕괴한 나뭇잎마을의 형태에 어안이 벙벙한 구름마을의 사무이 소대. 어찌 되었든 라이카게로부터 부탁받은 서한을 호카게에게 전하려고 하지만, 단조가 나타나 자신이 새로운 호카게라고 말하고, 서한을 받아든다. 한편, 부랴부랴 달려가, 키바에 의해 쓰러진 츠나데를 대신하여 단조가 호카게가 되었다는 것, 게다가 탈주닌자로서 사스케를 처리하라는 허가를 내렸다는 말을 들은 나루토와 사쿠라. 화를 내며 단조에게 철회시키러 가겠다며 날뛰는 두 사람을 카카시는 제지한다.

구름마을의 카루이, 오모이에게 사스케와 관련한 정보를 전달하라고 재촉 당하는 나루토. 두 사람이 스승을 생각하는 마음이 가득해, 한번은 정보를 전달 하였지만, 역시 동료를 내모는 일은 할 수 없다고 생각해 단념한다. 그 대신, 직성이 풀릴 때까지 때리라며 자청해서 말한 나루토를 항해, 사정없이 주먹으로 때리는 카루이. 저항없이 맞고 있는 나루토를 발견한 사이의 가슴 속에 있는 것은… 한편, 호카게가 된 단조는 5카게 회담에 출석하기 위해, 뿌리의 사람 중으로부터 농간의 호위를 부른다.

각 마을의 사람들이 마중 나와, 5카게 회의를 위해 여행을 떠나는 5카게들. 같은 회장으로 향하는 단조는, 도중, 의문의 닌자들의 공격을 받는다. 전투에서 그들을 물리친 단조는, 무엇보다도 이번 회담을 성공시키기 위해, 호카게로서의 지반을 굳히자고 생각했다. 한편, 라이카게에 사스케의 구명탄원을 하기 위해, 야마토, 카카시와 함께 여행을 떠나는 나루토. 5카게 회담 개최전에 라이카게와 접촉 할 수 있도록, 사무이 일행들의 미행을 개시하지만…

라이카게와 대면한 나루토, 카카시, 야마토. 사스케 말살로 시작된 복수의 연쇄를 막기 위해, 땅에 엎드려 사죄하는 사스케에게 처리 철회를 탄원하는 나루토이지만, 라이카게는 전혀 서로 빼앗지 않았다. 무력감에, 눈물을 흘리며 고개를 떨구는 나루토. 반면 5카게 회의 개최국인 철의 나라에 잇달아 도착하는 5카게들. 각자 생각을 움켜진 채, 서로를 의심하는 위태한 상황 속에서, 5카게 회의의 막이 열렸다.

아카츠키와 대항하기 위해, 닌자 연합군의 결성을 요구하는 미후네. 연합군의 지휘를 호카게가 쥐길 원한다고 제안하지만, 그것은 단조의 계략에 의한 것이었다. 단조는 오른쪽 눈으로 사람을 의식하에 동술을 능숙하게 조작할 수 있는 우치하 시스이의 눈을 숨겼다. 한편, 나뭇잎 마을에서는 사이가 사쿠라를 방문했다. 보고를 받으며 나루토의 행동에 놀란 사쿠라에게, 사이는 사스케와 마찬가지로 사쿠라도 나루토를 힘들게 하고 있는 것은 아닐까 묻기 시작한다.

갑자기, 나루토 앞에 나타난 마다라. 카카시와 야마토는 전투에 투입했지만, 나루토에게 흥미가 생겼다고 말하는 마다라는, 나루토 일행들에게 이타치의 몸에 일어난 진실을 말하기 시작한다. 한편, 철의 나라에서는, 사스케 일행들의 투입을 깨달은 사무라이들과 매와의 싸움이 전개되고 있었다. 차례차례 사무라이들을 쓰러트리면서, 표적인 단조를 찾는 사스케이지만, 그의 눈 앞에, 분노를 끓게 하는 이라카게와 구름마을의 닌자들이 가로 막는다.

마다라에게서 이타치의 진실을 듣고, 망현한 나루토 일행들. 게다가 마다라는 전설의 육도선인과 그 후손자인 두명의 아들로 비롯하여 긴 세월 속에 계속되는 미움의 저주인 우치하 일족의 관계를 밝혔다. 한편, 철의 나라에서는 단조를 구하려는 사스케와 맞서 싸우는 라이카게, 서로의 몸을 베며 격렬한 사투를 거듭했다. “천조(아마테라스)”의 흑염을 대수롭지 않게 여기고 공격을 가하는 라이카게이지만, 갑자기 두사람 사이에 카제카게, 가아라가 나뉘어 들어온다….

가아라, 테마리, 칸쿠로, 다루이에 의해 총공격을 ‘스사노오(須佐能乎)’로 막고, 후로아를 파괴하는 사스케. 감지능력을 가진 카린을 데리고 단조가 있는 회장을 향했지만, 공격의 혼란으로, 단조 일행은 회장으로부터 모습이 사라졌다. 바로 뒤쫓아 가는 사스케였지만, 미즈카게가 그 앞을 가로 막았다. 미즈카게와 츠치카게 두 사람 앞에서, 사스케는 새로운 싸움에 돌입한다.

마다라의 선전포고를 받은 카게들은 라이카게를 닌자 연합군으로 결성. 재빠르게, 수뇌의 승인을 받았다. 그 때, 철의 나라의 여관에서는 나루토 근처로 사쿠라 일행이 도착했다. 사쿠라가 말한 ‘중요한 이야기’의 내용에 놀란 나루토이지만… 또 같은 시각, 먼 땅에서는 연가 닌자 킨짱이 제자로 들인 키라비 주변에 초대한 손님, 호시가케 히사메가 도착했다….

팔미 입수를 위해 찾아온 히사메와의 사투를 벌인 키라비. 미호의 차크라와 싸우지만, 대식가 사메하다는 다음으로 비의 차크라를 받아, 칼날이 거대해져 버렸다. 사메하다는 적대하는 자의 차크라를 빼앗아, 칼의 소유자인 스타미나 능력을 갖게 되었다. 사메하다로부터 강대한 스타미나를 받은 히사메는 ‘꼬리없는 미호’의 참다운 실력을 보여 주었다. 한편, 그 즈음, 도망간 단조를 쫓는 아오는, 단조 부하인 후가 건 무서운 함정에 빠지게 된다.

사이의 먹분신술로 사쿠라가 말하지 못한 진실을 들은 나루토 일행들. 사스케를 생각 해, 혼자서 사스케를 죽이는 걸로 결정한 사쿠라의 장렬한 각오에 나루토는 단지 말문이 막힌다. 그곳에 도착하여, 5카게 회담에서 일어난 사건을 대강 전해준 모래 삼형제, 가아라는 자신의 방침을 전하고, “사스케의 친구로서 나루토가 해야할 일”을 묻는다. 한편 그 즈음, 추격자로부터 급하게 피하는 단조 일행들 앞에, 갑자기 마다라가 나타난다.

카제카게들로 정보를 받고, 다음 행동을 결정하는 카카시 일행들. 카카시가 사쿠라를 그만두게 하려고, 야마토와 나루토는 먼저 마을에 돌아가기로 했지만, 계속되는 사건으로 고단한 나루토는 과호흡 발생을 일으키고 쓰러지게 된다. 그 즈음, 사스케는 인연의 적 단조와 맞닥뜨린다. 단조의 오른손에 보이는 무수한 사륜안에 격노하는 사스케는 “이타치가 우치하 일족을 말살 시킨 것이 사실이냐”라고 진실을 확인하려 한다.

공격이 통하지 않는 단조의 불가사의한 술법에 농락 당한 사스케. 도중 단조의 주인(呪印)에 움직임이 봉쇄 되는 것도, 스사노오(須佐能乎)를 완성 시켜, 한층 더 공격을 건다. 그 중에 완성한 한 순간의 힌트에 주목하고, 단조의 기술 분석을 시작한 카린. 틀리지 않다고 확신을 얻은 마다라. 단조가 사용하는 우치하 일족 중에서도 금술(禁術)인 동술 이자나기- 대가와 바꿔, 환상과 현실의 틈을 컨트롤 할 수 있는 궁극의 환술(幻術)이었다.

맞부딪히며 서로 공격한 것처럼 보이는 사스케와 단조. 승부는 이자나기(イザナギ)를 사용하는 단조의 승리로 보였지만, 단조는 일순간의 틈을 찌른 사스케의 환술에 빠져 있었다. 이자나기의 유효 시간이 이미 다 된 것을 모르고 중상을 입은 단조. 그리고 제어 할 수 없게 된 초대 호카게의 세포가 폭주를 시작한다. 목적을 위해 어떻게 든 목숨을 지켜내려는 단조는 카린을 취하는데.

동료들과 함께 사스케의 행방을 찾기 사쿠라와 친구들. 예리한 후각으로 사스케의 거처를 밝혀내는 키바. 그러자 사쿠라는 갑자기 모두를 잠 구슬(眠り玉)로 잠재우려 한다. 사쿠라가 처음부터 사스케를 혼자서 쓰러트리려는 것을 알고 분개하는 키바와 리. 그러나 사이가 카카시의 목숨보다 사쿠리, 리, 키바를 그 자리에 잡아두려고 한 일 때문에 서로의 사이가 갈라지고 만다. 그리고 그 틈을 타서 움직이기 시작하는 사쿠라. 사스케가 있는 곳으로 계속 달려가는 사쿠라의 마음속에 그리운 기억이 되살아 난다.

과호흡으로 인한 발작때문에 부득이 하게 숙소에서 휴식을 취하는 나루토. 사스케의 친구로서 해야 할 일은 무엇인지 생각에 잠기는데. 나루토의 머리 속으로 어릴 때부터 있었던 여러 일들이 상기되었다. 지금은 아무것도 몰랐던 어릴 때와는 다르다. 소중한 것을 얻는 기쁨과 그것을 잃어버리는 아픔을 체험한 나루토가 이끌어 낸 대답은--. 나루토는 숙소를 뛰쳐나와서 사쿠라와 카카시의 뒤를 쫓아 사스케를 향해 달려간다.

사쿠라는 사스케가 있는 곳에 도착해 사스케와 함께 동행하여 마을을 나온다고 선언한다. 그 행동을 의심하는 사스케는 '자신의 희망은 나뭇잎 마을을 부수는 것'이라고 전한 뒤, 빈사상태인 카린의 목숨을 끊는다면 사쿠라의 행동을 믿겠다고 제안한다. 너무 바뀌어버린 사스케의 언동에 숨이 막혀오는 사쿠라. 쿠나이를 움켜쥐고 카린의 앞에서 머뭇거리는 모습을 본 사스케는 살의가 깃든 치도리를 사쿠라에게 날리려하는데 -그러나 카카시가 아슬아슬하게 달려온다.

일촉즉발의 상황, 사스케에게서 사쿠라를 탈환하는 나루토. 사스케의 행동을 탓하는 나루토에게 자신의 손으로 단조를 죽인 사실을 말하는 사스케. 우치하 일족을 모독한 나뭇잎 마을의 모두를 죽여 버리고, 우치하를 정화한다고 선언하는 사스케. 그 깊은 어둠에 사쿠라는 말을 잃는다. 카카시는 스승의 위치에 있는 사람의 임무로서 둘을 피신시키고 사스케와 싸우려고 하지만 – 짧은 틈 사이에 나루토에게 제지당하고 만다. 제지를 무시하고 사스케를 목표로 돌진 해가는 나루토. 함께 달려드는 사스케. 지금 혼신의 나선환과 치도리가 맞닥뜨리다.

"일류 닌자끼리 라면 주먹을 교환한 것 만으로도 서로의 마음 속을 알 수 있다". 한때 사스케가 "종말의 계곡"에서 했던 말처럼 사스케의 마음 속을 읽는 나루토. 그리고 그것은 사스케도 마찬가지였다. 나루토는 자신들은 일류 닌자가 되었으며 자신들이 싸운다면 둘 다 죽게 될 것이라고 말한다. 죽을 각오를 가지고 모든 증오를 자신에게 부딪치라고 말하는 나루토. 자신에게 대해서 왜 그렇게 집착하는지 묻는 사스케의 질문에 대한 나루토의 답은 .

라이카게에 이끌려 구름 마을로 귀환하는 비. 감격하는 카루이, 오모이와 오랜만에 대면하게 된다. 비에게 끌려 그 곁을 떠나려고 하지 않는 사메하다지만.. 그 행동의 뒤에는 아카츠기의 의도가 있었다. 한편 그 무렵, 카린을 데리고 재워두었던 동료들을 깨워 나뭇잎마을로 가려고 하는 나루토와 동료들. 그러나 눈을 뜬 사이의 혀에는 주인이 없어져있었다. 단조가 죽었기 때문에 술수가 풀린 것이다. 같은 이유로 단조의 죽음 알게 된 나뭇잎마을의 뿌리. 나뭇잎마을에 조용한 동요가 넓어져간다.

중계 회담에서 닌자 연합군을 승인하는 다섯 나라의 수뇌들. 카케들은 각각의 마을로 귀환하자마자 전쟁 준비에 돌입한다. 그리고 가아라는 다섯 카케들을 소집하여 지금까지의 경위를 설명한다. 아주 쉽게 다섯 카케회담에 잠입한 아카츠키의 힘과, 단조의 죽음을 보고받고 전율하는 닌자들. 가아라는 마다라가 가지고 있는 야망을 말해주고, 이 싸움에서 이기지 않으면 세계는 끝난다고 알린다. 비슷한 시각, 나뭇잎 마을에 도착하는 나루도와 동료들. 그리고 마중 나온 시카마루에게 동료들을 모아달라고 부탁한다.

나루토는 모여든 동료들 앞에서 사스케는 자기 혼자서 쓰러트리겠다고 선언한다. 동료들은 석연치 않지만 그 이상 말하지 않는 나루토. 한편 그 즈음, 카카시는 호카케 부재의 사태를 타개하기 위해 나뭇잎마을의 윗사람들에게서 정식으로 호카케 위임 여부를 타진 받고 있었다. 그곳에 카카시의 영원의 라이벌이라고 불리는 가이가 찾아오는데. 오랜만의 진검승부를 하자고 하는 가이. 그러나 그것은 깊은 각오가 깃든 것이었다. 격렬하게 부딪히는 두 상급닌자. 그 승부의 끝에서 기다리고 있는 것은?

묘목산에서 지라이야로부터 받아둔 사상봉인의 열쇠를 어떻게 할지 이야기를 나누는 가마토라, 후카사쿠, 왕두꺼비 선인. 열쇠인 가마토라를 나루토의 몸에 가두어 두는 게 지라이야의 유언이었지만 그것은 구미가 폭주할 수 있는 위험한 일이기도 했다. 대답을 얻기 위해 나루토를 불러 예언을 주기로 하지만.... 그 무렵, 혼수에서 깨어 난 츠나데는 사태를 파악하고 전쟁 준비를 시작한다.

묘목산에서 예언을 듣고 가마타로를 자신의 안으로 들여보내기로 한 나루토. 그러나 계약을 맺기 전 불안을 느끼고 자신도 모르게 손을 멈추고 만다. 구미의 차크라에는 증오 덩어리인 구미의 의지가 함께 하는 것이며, 자신의 힘을 키워도 그것을 제어하는 것은 쉬운 일이 아니기 때문이다. 나루토가 지게 된다면 구미가 세상에 완전 부활하게 되는 것이다. 두려움, 망설임, 후회, 결의. 그리고 나루도가 선택한 것은--? 한편 그 즈음, 어느 먼 곳에서 마다라와 카부토가 접촉을 하고 있었다.