Naruto e Sakura scoprono che Danzo è stato nominato Hokage e che il suo primo ordine è eliminare Sasuke. I due vanno da Sai e si informano su Danzo, ma Sai rivela che un segno di maledizione dato a tutti i membri della Fondazione gli impedisce di rivelare qualcosa sul nuovo Hokage. Poco dopo, Karui e Darui li attaccano, chiedendo informazioni su Sasuke.

Le rivelazioni di Tobi e Zetsu spronano Sasuke a porsi come obiettivo l'assassinio di Danzo durante il summit. Al Villaggio della Foglia, Karui, preoccupata per il suo maestro, interroga Naruto nel tentativo di avere notizie su Sasuke, ma Naruto si rifiuta di aiutarla. Adirata, Karui attacca Naruto, che decide di non reagire, colpendolo diverse volte, ma alla fine viene fermata da Sai. Naruto informa Kakashi e Yamato di voler chiedere al Raikage di riconsiderare la sua condanna nei confronti di Sasuke. I due Jonin, dopo un'iniziale riluttanza, si convincono quando Naruto racconta loro del suo incontro con Minato, che ha ripristinato la forza del sigillo e aiutato Naruto a sopprimere il Kyuubi. Yamato e Kakashi si decidono allora ad accompagnarlo al luogo dove si svolgerà il summit.

È giunto il momento per ogni Kage di partire per il Summit dei Kage nella Terra del Ferro. Mentre si reca all'incontro, Danzo viene attaccato da uno shinobi del Wood Country che vuole prendergli la testa. Nel frattempo, Naruto, con Kakashi e Yamato al suo fianco, si dirige alla ricerca del Raikage per convincerlo a risparmiare Sasuke.

Naruto chiede al Raikage di revocare la condanna a morte di Sasuke arrivando persino a supplicarlo, ma quest'ultimo si rifiuta. Mentre Sasuke ed il suo gruppo si introducono nella fortezza, il summit ha inizio. Il Raikage accusa gli altri Paesi di avere contribuito alla fondazione dell'Organizzazione Alba o di essersene serviti in passato. La tensione cresce causando addirittura l'intervento delle guardie del corpo dei Kage che si ritirano non appena viene ristabilita la calma. Concordato che sia necessario nominare un leader dell'alleanza, Mifune, in quanto rappresentante dei Paesi neutrali, propone di eleggere Danzo che si compiace di come tutto stia andando secondo i suoi piani.

Mentre scoppia il caos al Summit dei Cinque Kage per quanto riguarda la proposta di Mifune di nominare Danzo il leader dell'alleanza, Ao scopre qualcosa di inquietante sul nuovo Hokage. Nel frattempo, Shikamaru va da Sakura e chiede il permesso di intraprendere un'azione decisiva contro Sasuke. Come reagirà Sakura e qual è il segreto di Danzo?

Non appena Tobi si materializza, Naruto lo attacca con un Rasengan che egli evita teletrasportandosi. Approfittando della confusione, Kakashi e Yamato riescono ad intrappolare l'Uchiha che rivela di voler solo parlare. Intanto, le guardie samurai attaccano Sasuke, ma vengono facilmente sconfitte. Nello scontro intervengono il Raikage e le sue guardie del corpo Shi e Darui prima e Jugo e Suigetsu poi. Nella sala del summit, essendo ormai stato scoperto, Danzo viene tenuto d'occhio mentre lo Tsuchikage e Gaara hanno un confronto verbale al seguito del quale il Kazekage Gaara e le sue guardie del corpo Kankuro e Temari si allontanano alla ricerca di Sasuke. Nel frattempo, Sasuke intrappola Shi con una tecnica di arte illusoria mentre il Raikage si libera di Jugo dando prova della sua grande forza e velocità e si prepara ad affrontare l'Uchiha.

Con il Team Hawk esposto, Sasuke inizia a sconfiggere spietatamente tutti i samurai avversari. Raikage, insieme a Darui e Shii, rintraccia Sasuke. Le due parti si impegnano in battaglia e Suigetsu e Juugo si uniscono alla mischia. Quale parte vincerà questa battaglia di strapotere?

Killer Bee riemerge dal tentacolo dell'Ottocode nel quale si era nascosto e decide di incontrarsi col suo maestro di enka Kin. Intanto, Sasuke utilizza il suo Susanoo per far crollare il soffitto della sala e, assieme a Karin, si reca da Danzo. Una volta raggiunta la sala del summit, Sasuke viene attaccato da Mifune e Danzo e le sue guardie approfittano della confusione per scappare. Mentre Ao li insegue, Mifune affronta Sasuke rivelando due abilità innate e la manipolazione di ben tre elementi, Sasuke nonostante si trovi in seria difficoltà, viene salvato dalle spore di Zetsu che assorbono il chackra dalla Mizukage e ne ridanno a Sasuke. Lo Tsuchikage interviene nello scontro e, grazie alla sua Arte della Polvere, riesce apparentemente a sconfiggere Sasuke. Anche il Raikage ed il Kazekage raggiungono la sala del summit e, improvvisamente, appare Tobi che rivela di avere salvato Sasuke ed annuncia di voler mettere al corrente i Kage del suo progetto dell'"Occhio lunare" (Tsuki no Me).

Mentre Killer Bee si esercita nell'enka col suo maestro Kin, di colpo però i due vengono avvicinati da Kisame che viene attaccato da Ponta, procione gigante di Kin. Intanto, Sakura dichiara a Naruto di essere innamorata di lui, di lasciar perdere Sasuke perché ormai un Nukenin e di tonare insieme al villaggio, ma Naruto non le crede rispondendo che ora capisce meglio il dolore che prova Sasuke e che non si rassegnerà. Sakura se ne va dicendo di volersi occupare di Sasuke personalmente, nasconde la tristezza per aver ferito i sentimenti di Naruto. Nel frattempo, il Raikage viene eletto a capo dell'alleanza degli Shinobi e lo scontro fra Killer Bee e Kisame si intensifica quando il membro dell'Organizzazione Alba rilascia completamente la sua spada Pelle di Squalo (Samehada). Danzo invece incarica il suo AMBU sensoriale di lasciare una trappola per Ao.

Fuu, per ordine di Danzo, usa la Tecnica dello Scambio dello Spirito della Bambola Maledetta su Ao intrappolandolo dentro un pupazzo mentre egli prende il controllo del suo corpo allo scopo di impadronirsi del suo Byakugan. Tuttavia, la Mizukage e Chojuro raggiungono Ao e lo aiutano a riprendere il suo corpo. Nel frattempo, Kisame si fonde con la sua spada ed intrappola Bee in una bolla d'acqua. Kisame riesce a sconfiggere Bee, ma, prima che egli riesca a tagliare le gambe al suo avversario terminando cosi l'incontro, la sua Samehada lo tradisce preferendo il chakra della forza portante al suo. In quel momento, arrivano sul posto Shi, Darui ed il Raikage, il quale, assieme al fratello Bee, decapita Kisame con il Doppio Lariat.

Jugo e Suigetsu tentano di farsi passare per samurai, ma vengono scoperti. Intanto, Sai informa Naruto del fatto che, in realtà, Sakura ha intenzione di occuparsi personalmente di Sasuke uccidendolo, e che è pronta ad affrontare l'odio di Naruto per questo suo gesto. Nel frattempo, Danzo, Fuu e Torune vengono intercettati da Tobi che ingaggia in battaglia le due guardie del corpo mentre l'Hokage rimuove i sigilli dal suo braccio destro. Naruto viene raggiunto da Temari, Kankuro e Gaara e quest'ultimo incoraggia la forza portante a fare tutto ciò che è in suo potere, in qualità di suo amico, per fermare Sasuke mentre Temari informa che Hatake Kakashi è stato scelto come Hokage al posto di Danzo, che ormai ha perso la fiducia di tutti i Kage.. Spediti in un'altra dimensione Fuu e Torune, Tobi riporta indietro Sasuke e Karin mentre Danzo si prepara ad affrontare i due Uchiha rivelando il suo braccio, ora libero dai numerosi sigilli, ricoperto di numerosi Sharingan.

Kakashi decide di raggiungere Sakura per impedirle di affrontare Sasuke mentre Yamato e Naruto torneranno al Villaggio della Foglia. Tuttavia, resosi conto della situazione, Naruto va in iperventilazione e perde i sensi. Intanto, Danzo conferma a Sasuke quanto rivelatogli da Itachi scatenando l'ira dell'Uchiha che lo affronta utilizzando il secondo stadio del Susanoo, l'Amaterasu ed una nuova evocazione. Nonostante i ripetuti attacchi sembrino sconfiggere l'Hokage, quest'ultimo continua a riapparire e Karin si accorge che, ogni volta che questo accade, uno degli Sharingan sul suo braccio si chiude. Dopo l'ennesimo tentativo fallito, Sasuke utilizza una tecnica di arte illusoria per far manifestare Itachi.

Danzo si rende conto di essere sotto l'effetto di una tecnica di arte illusoria ed immobilizza Sasuke. Prima che l'Hokage riesca a finirlo, l'Uchiha si libera attivando il Susanoo nella sua forma completa e tenta di colpire il suo avversario che schiva l'attacco usando l'Arte del legno. Tobi si rende conto che Danzo ha collaborato con Orochimaru facendosi impiantare le cellule di Hashirama Senju nel braccio, e che ciò che lo rende invincibile è la tecnica oculare segreta chiamata Izanagi. Danzo evoca Baku col quale tenta di distrarre Sasuke per colpirlo alle spalle, ma quest'ultimo si difende utilizzando la Palla di Fuoco Suprema. Avendo entrambi capito di essersi quasi completamente consumati, l'Hokage e l'Uchiha si lanciano l'uno contro l'altro trafiggendosi a vicenda.

Danzo pensa di avere vinto lo scontro, ma, quando tenta di utilizzare Izanagi con l'ultimo Sharingan a sua disposizione, si rende conto che Sasuke lo ha ingannato facendogli credere che esso era ancora aperto quando, invece, si era già chiuso prima che i due si dessero l'ultimo colpo. L'Hokage prende allora in ostaggio Karin, tuttavia, Sasuke trafigge anche lei e ferisce il suo avversario. Tobi blocca il tentativo di fuga di Danzo e questi ricorda una passata missione al fianco di Hiruzen Sarutobi, sotto il comando del Secondo Hokage. Resosi conto della differenza fra lui e quello che sarebbe diventato il Terzo Hokage, Danzo si autodistrugge impedendo a Tobi di impossessarsi dell'occhio di Shisui come suo ultimo atto per proteggere Konoha.

Localizzato Sasuke grazie all'aiuto di Kiba, Sakura addormenta Sai, Lee e lo stesso Kiba e procede alla volta dell'Uchiha da sola. Mentre la ragazza ricorda i momenti più intensi del Team 7, Tobi risucchia il corpo di Danzo, con l'intenzione di estrarne gli Sharingan, e si teletrasporta via. Quando Sasuke si prepara ad uccidere Karin, questa riporta alla mente il suo primo incontro con lui, avvenuto durante gli esami di selezione dei Chunin nella Foresta della Morte. In quel momento, Sakura arriva sul posto affermando di avere intenzione di abbandonare la Foglia per unirsi a Sasuke.

Naruto si risveglia e riporta alla mente vari momenti del suo passato assieme a Sasuke. Dopo la morte di Jiraiya, Naruto sente di avere compreso quanto sofferto dall'Uchiha con la scomparsa del suo clan e dei suoi genitori. Quando Yamato gli dice che Kakashi è andato a fermare Sasuke, la forza portante lo inganna utilizzando un clone d'ombra e fugge alla ricerca del suo ex-compagno. Mentre si reca alla volta di Sasuke, Naruto ricorda quanto dettogli dal suo maestro e da Gaara e pensa al comportamento da adottare quando si ricongiungerà al ninja traditore.

Kakashi salva Sakura da morte certa per mano di Sasuke e prende in mano la lotta. Dopo aver guarito Karin, Sakura decide di nuovo di affrontare Sasuke, ma la sua determinazione la delude. Proprio mentre si avvicina alla morte per la seconda volta, Naruto interviene e la salva. Dopo tanto tempo, il Team 7 originale si riunisce.

Naruto informa Sasuke che Tobi gli ha confessato la verità su Itachi e, dopo averlo ripreso per avere tentato di colpire una sua compagna, gli confessa di avere intenzione di salvarlo dall'ossessione della vendetta. Sasuke, tuttavia, afferma di non sentirsi più un membro del Team 7 ed annuncia di avere intenzione di distruggere la Foglia e ripristinare il nome del suo clan. Kakashi si rende conto che Sasuke è ormai irrecuperabile e decide di occuparsi di lui personalmente. Naruto, però, ferma il suo maestro ed attacca l'Uchiha con un Rasengan al quale egli risponde con il Mille Falchi. I due si scontrano come avevano fatto nella Valle dell'Epilogo mentre Naruto ricorda l'invidia che aveva nei confronti di Sasuke da bambino e come sia riuscito a superare i momenti difficili della sua infanzia grazie all'aiuto di Iruka.

Naruto ricorda alcuni momenti del suo passato tra competizione ed amicizia con Sasuke. A seguito dello scontro, i due vengono sbalzati via e vengono salvati rispettivamente da Kakashi e da Zetsu. Naruto afferma che la sua intesa con Sasuke è la dimostrazione del fatto che tutti e due sono divenuti ninja d'elite e che, qualora quest'ultimo attaccasse la Foglia, entrambi perirebbero nello scontro, eventualità alla quale Naruto si dichiara pronto. L'Uchiha conferma le sue intenzioni e Tobi, richiamato da Zetsu, teletrasporta via il suo gruppo. Naruto ha un mancamento poiché avvelenato dal kunai di Sakura, ma viene immediatamente curato dalla ragazza mentre, presso il loro nascondiglio, Sasuke chiede a Tobi di trapiantargli gli occhi di Itachi per contravvenire alla sua progressiva cecità. Intanto, Kakashi e gli altri portano Karin al Villaggio della Foglia.

Yamato raggiunge il ponte e redarguisce Naruto per essere fuggito. Dopo avere risvegliato Sai, Kiba e Lee, i ninja della Foglia tornano al villaggio con Karin. Nel frattempo, il team del Raikage ritorna al Villaggio della Nuvola dove richiedono al Daimyo di convocare un concilio con le sue controparti degli altri villaggi in vista dell'imminente guerra. Killer Bee porta con sé Pelle di Squalo con dentro Kisame che, grazie all'aiuto di Zetsu Bianco, si è clonato per entrare nella spada con lo scopo di infiltrarsi nel villaggio dell'Ottocode per catturarlo e rubare informazioni sull'alleanza.

I Daimyo concordano di appoggiare formalmente l'alleanza ninja. Intanto, al Villaggio della Sabbia, durante una riunione indetta da Gaara per discutere dei recenti avvenimenti, tutti rimangono scioccati nell'apprendere che Danzo è morto e nel sentire i piani dell'Akatsuki. Naruto ed il suo gruppo fanno ritorno alla Foglia dove quest'ultimo chiede a Shikamaru di riunire tutti poiché vuole fare un discorso. Konohamaru incalza Naruto affinché si sottoponga ad un'intervista, ma la forza portante oltrepassa le porte del villaggio con un sorriso sulle labbra osservando che il processo di ricostruzione è iniziato.

Al Villaggio della Foglia, Naruto discute con i suoi amici ed insiste sul fatto che lui è l'unico che può fermare Sasuke, e che restino per il momento fuori dalla questione riponendo la fiducia in lui senza fornire loro alcuna informazione al riguardo,il che li lascia irritati e dubbiosi. Nel frattempo, Kakashi, pronto a divenire il prossimo Hokage, accetta la sfida dell'amico Gai, consapevole che questa potrebbe essere l'ultima, e la vince. Mentre gli anziani del villaggio, con la presenza del Daimyo, stanno per nominare Kakashi nuovo Hokage, Gai interrompe l'assemblea annunciando che Tsunade è ritornata cosciente dal coma e rimane Quinto Hokage.

Nel Monte Myoboku, Gerotora, Fukasaku e il Grande Signore Elder stanno discutendo se dare a Naruto la chiave del Sigillo del Tetragramma lasciato da Jiraiya, un atto che potrebbe scatenare il Nove Code.

Kabuto si incontra con Tobi presso il suo nascondiglio, ma l'Uchiha si rifiuta di ascoltarlo e lo attacca. Kabuto, tuttavia, usa la Resurrezione per evocare cinque bare contenenti i corpi di Itachi, Sasori, Deidara, Kakuzu e Nagato e frena l'impeto di Tobi. Il ninja in possesso delle cellule di Orochimaru si offre di potenziare l'esercito di Tobi con la Resurrezione in cambio del corpo di Sasuke. Tobi è titubante, ma, quando Kabuto evoca una sesta bara il cui contenuto spaventa l'Uchiha, i due arrivano ad un accordo la cui unica condizione prevede che Kabuto riceverà il corpo di Sasuke solo al termine della guerra. Nel frattempo, Anko ed il suo gruppo trovano indizi che li conducono al nascondiglio di Tobi, ma che sembrano essere stati lasciati di proposito.