綱手の顔岩が増えた木ノ葉の里では、下忍へと成長した木ノ葉丸軍団が担当のエビスの元、Ｄランク任務にいそしんでいた。「こんなショボイ任務じゃやる気が出ない」と駄々をこねる木ノ葉丸に、昔のナルトの姿を重ね合わせ苦笑するイルカ達。そんな折、木ノ葉の門をくぐる人影があった。その人物こそ自来也との長き旅を終え、大きく成長したうずまきナルト本人だった！！「みんなー！　うずまきナルトが帰ってきたぞ――っ！！」

お待ちかね。血沸き肉踊る『ナルト疾風伝』いよいよ開幕！

自来也の最新作『イチャイチャタクティクス』を受け取り浮かれるカカシ。しかし自来也は暁が動き出したという極秘情報をも里に持ち帰った。約束どおりナルトは再びカカシの元に就く事になるが、これまでの修業の成果を見せる為にサクラとタッグを組み、かつて行った『サバイバル演習』にてカカシに挑む事になる。一方、砂の里では風影となった我愛羅の近くで不審な動きが始まろうとしていた。遂に『暁』のメンバーが砂の里に降り立ったのだ。

白熱するナルト達のサバイバル演習。二人の成長を肌で感じるカカシは、はじめから写輪眼を解放する。術の連係に切れを増したナルト。医療忍者としての修行を重ね、戦闘に不向きと思われていたサクラも、綱手直伝の必殺技を駆使して激しくカカシを追い込んでいく。その頃、砂の里では我愛羅を狙う暁のデイダラが極秘潜入工作を開始していた。たやすく張り巡らされた数々の警備を突破していくデイダラ。潜入成功かと思われたそのとき――。

いち早くデイダラの存在に気付いた我愛羅によって開かれる戦端。巨鳥に乗るデイダラと砂に乗る我愛羅の空中戦が展開される。砂隠れの里は上忍・由良が暁の手下であったとは知らず、続く甚大な被害に混乱に陥る。一方、木ノ葉ではナルト達のサバイバル演習が続いていた。夜明けというタイムリミットに追われ、じりじりと焦るナルトとサクラは改めて『コピー忍者のカカシ』の凄さを実感する。膠着する戦況。遂に二人は、いちかばちかのある作戦に出る。

カカシとの勝負に勝ち、自分達の成長を証明してみせたナルトとサクラ。綱手は二人の力を認め、三人一組(スリーマンセル)としてカカシ班に配属する。先生であったカカシに『対等な木ノ葉の忍』と認められ、がぜん張り切る二人。一方、砂の里では我愛羅とデイダラの激しい戦闘が続いていた。戦況を見守るバキは万一、守鶴が発現した場合を考え警戒するが、カンクロウはその可能性を否定する。カンクロウは弟である我愛羅の胸に秘められた強い決意を知っていたのだ…。

デイダラの起爆粘土から里を守るため、チャクラを総動員して巨大な砂の盾を完成させる我愛羅。辛くも里を救うがその代償はあまりに大きかった。生じた隙から絶対防御を逆手に取られ、次々とデイダラの罠に絡め取られていく。絶望の戦況を覆す術はない。砂忍たちの応援も虚しく――遂に我愛羅は最後の力を里の為に使い、デイダラの手に落ちるのだった…。 (TV Tokyo)

力尽きた我愛羅を奪い去るデイダラ。カンクロウはバキの制止を振り切り、弟・我愛羅を取り戻すべくすぐさま小隊にて追跡を開始する。しかし追っ手がかかる事は暁の想定の範囲内。巧妙に仕掛けたトラップで次々と砂の追っ手を脱落させていく。――しかしカンクロウは執念の追跡で、ただ一人暁の元に辿り着くのだった。一方その頃、木ノ葉ではナルト達が新チーム初任務の日を迎えていた。

砂の里に急ぐ道すがら、テマリと合流するカカシ班。隊列を乱してまで先を急ぐナルトを諌めるカカシだが、ナルトは暁に対する激しい怒りを爆発させる。体に化物を飼うという、同じ苦しみを分かち合う仲間として心から我愛羅の身を案じるナルト。その涙はテマリの心を深く揺さぶる。一方、瀕死の状態で回収されるカンクロウ。早速治療が施されるが、その身に受けた未知の毒のせいで解毒は不能。このままでは二、三日の内に命が尽きると判明する。

砂の里からの緊急通信により、暁による風影誘拐の報せが木ノ葉に届く。一刻を争うと判断した綱手は、早速『暁』に関しての情報をもつカカシ班を砂の里に向かわせる。一方、我愛羅を取り戻すべく暁との戦端を開くカンクロウ。しかし傀儡の仕込みを次々と読まれ苦境に追い込まれる。その敵の正体はカンクロウの傀儡の製作者であり、かつて砂の傀儡部隊の天才造形師と謳われた『赤砂のサソリ』だったのだ――！

一刻を争うカンクロウの病状に手を尽くす砂忍達。しかしそれは毒の専門であるチヨ婆の手にすら余る代物だった。唯一の望みは、医療スペシャリスト・綱手より遣わされた木ノ葉の援軍のみ。しかし肝心のナルト達は、砂嵐により行く手を阻まれてしまう。一方、木ノ葉にてカカシ班の任務の行方を案ずる綱手は最悪の事態を想定し、 任務帰りのガイ班四名を援軍として砂へ走らせる。同じ頃、我愛羅を奪取しアジトに運んだ“暁”達は我愛羅から尾獣を引き剥がすべく 『封印術・幻龍九封尽(げんりゅうきゅうふうじん)』を開始するのだった。

危篤状態のカンクロウの治療を開始するサクラ。修業期間を経、一人前の医療忍者となったサクラは皆が目を見張る鮮やかな手並みで完璧な処置を施していく。初めこそ仇敵である木ノ葉に不信感を募らせていたチヨばあだが、砂の危機に直弟子を遣わす綱手の心遣い、またサクラの懸命な治療に心を打たれ、時代の変化を知るのだった。一命を取り留めたカンクロウは暁追跡への手掛かりを提供。早速カカシは忍犬による追跡を開始する。

危暁のアジトを突き止めるパックン。直ちに我愛羅奪還に発とうとするカカシ班とテマリだが、テマリは里の上役により手薄になっている里の警備を命じられてしまう。代わって名乗りをあげたのはチヨバアだった。四人一組となったナルト達は暁のアジトを目指すが、道すがらチヨバアより『尾獣』の話を聞き、衝撃を受けるナルトとサクラ。一方、その頃パックンは砂へ向かう途中のガイ班の元に辿り付いていた。現在最も暁のアジト近くにいるガイ班は、パックンの案内のもと直接アジトを目指す。だがその動きは既に敵の知る所だった。

かつて敗北を喫した因縁の相手、うちはイタチと遭遇したカカシ班。カカシは瞳術にかけられるのを防ぐ為、写輪眼を見ないよう皆に警告する。イタチ戦を一手に引き受けんとするカカシは、ナルトに後方の援護を要請し、臨戦態勢に突入する。一方、同じく因縁の相手、干柿鬼鮫との戦闘に突入するガイ班。かつてガイに受けた『借り』を返そうとする鬼鮫は、圧倒的なチャクラ量で木ノ葉勢を追い込み、遂にはネジ、リー、テンテンを水牢の術に囲い込む！

教え子三人を水牢の術に捕らえられ、失策を悔いるガイ。次こそ自らの武器で対抗すべく愛用のヌンチャクで鬼鮫に挑む。超体術ＶＳ怪力の激しい肉弾戦になだれ込む両者。テンテンが酸素不足の限界を迎える中、遂にガイは一気に勝負をつけるため禁断の奥義の準備に入る。一方、写輪眼を見ていないのにもかかわらずイタチの幻術に捕らわれてしまったナルト。焦燥にかられるナルトだが、その脳裏を過ぎったのは師・自来也による『幻術対策』の修業の数々だった。

幻術返しが決まらず窮地に陥るナルトを救ったのは、チヨとサクラだった。すかさず反撃に転じるカカシ。イタチ相手にハイレベルな忍者戦を繰り広げ、裏の裏を読む作戦でカカシは天才忍者の本領を発揮。遂にナルトと協力してイタチを仕留めるのだった。一方、鬼鮫相手に苦戦を強いられていたガイだが、大技『朝孔雀』にて鬼鮫を撃破。無事因縁の敵を倒した筈の木ノ葉勢だったが――！？

倒された鬼鮫とイタチは『象転の術』によって姿と能力を模されたまったくの別人だった。これを時間稼ぎと読むチヨバアとカカシは、既に暁は我愛羅から尾獣を引き剥がしにかかっていると推測、焦りをにじませる。状況が把握できないサクラとナルトに『尾獣』とそれを宿す『人柱力』の関係について語り始めるチヨバア。その衝撃の内容に『人柱力』であるナルトの運命を重ね、サクラは思わず一筋の涙を流す。

過酷な道行きに備え、それぞれ束の間の休息をとるガイ班とカカシ班。チヨバアはまどろむナルトに幼い日のサソリの面影を重ねる。追跡再開の道中、ナルトの我愛羅への入れ込みようを不思議がるチヨバアに、カカシはナルトが人柱力であることを説明。他国から砂隠れを守るためとはいえ、自ら進んで我愛羅に守鶴を憑依させたチヨバアは、己の過去の過ちを悔い、これから成すべき事に思いを巡らせる。一方その頃、暁による『封印術・幻龍九封尽』は完成の時を迎えていた。薄れゆく我愛羅の意識は白い光の中に飲み込まれていき――。

暁のアジトにたどり着いたカカシ班とガイ班。早速侵入を試みるも、暁の仕掛けた五封結界に行く手を阻まれてしまう。結界解除の方法は、仕掛けられた五枚の札を同時に剥がすことのみ。ネジの白眼で札のありかを探り出し、連係プレイで結界を破壊する木ノ葉勢。だがその動きはすでに暁の知るところだった。洞窟内でナルトが見た衝撃の光景、またガイ班を襲う、予測不能のトラップとは――！？

「五封結界」解除の際のトラップにより、おのれの写し身との戦いを余儀なくされるガイ班。各自の能力をもコピーする精巧な偽物に思わぬ足止めを食わされてしまう。一方、暁のアジトでは「九尾の人柱力」を奪い合うデイダラとサソリが対立していた。我愛羅を攫ってアジトを飛び出すデイダラを怒りに任せて追っていってしまうナルト。必然、後を追わざるを得ないカカシは残るチヨバアとサクラに「無茶をするな」と言い残すが――。

遂に対決の時を迎える祖母と孫。あらわになったサソリ異形におののくサクラに、チヨバアは攻防一体の傀儡『ヒルコ』の説明をする。中にいるサソリ本体を倒すにはまずヒルコを破壊せねばならない。しかしヒルコの持つ毒は猛毒で、かすり傷でさえ致命傷になる。

サソリの複雑な仕込みを読みとっさの状況判断ができるのは、祖母であるチヨバアだけ。その反面、ヒルコを破壊する決定打はサクラしか持ち得ない。明らかになる窮地に、二人が取った秘策とは――？

ヒルコからサソリを引きずり出す事に成功したチヨバアとサクラ。しかし驚いた事にサソリは二十年前と変わらぬ風貌をしていた。

絶句するチヨバアだが、次いでサソリが引き出した第二の傀儡の姿に更に驚嘆する。それは歴代最強と謳われた、三代目風影の人傀儡だった。十年以上前の風影失踪事件の黒幕はサソリだったのだ。

事実を知り、三度までも風影を手にかけた孫への怒りにチヨバアは身を震わせる。

一方その頃、砂隠れではカンクロウとテマリを始めとする忍達がある場所を目指していた。

サソリの策にはまり毒煙を浴びるサクラ。しかしサクラは起爆札を用い、自分ごと毒煙を吹き飛ばすという荒業で窮地を打破する。「自らが傷ついても必ずサソリを捕まえ、大蛇丸の事を吐かせる」と宣言するサクラの猛々しい覚悟はチヨバアの心に大きく響く。サソリの攻撃にさらされるサクラを守るため、チヨバアはこの戦いのためにだけ持ち出した、因縁の傀儡を口寄せする。一方その頃、攫われた我愛羅をデイダラから取り戻すべく、ナルトとカカシは必死の追跡を続けていた。

人体から作った『人傀儡』最大の利点は生前のその者の術を扱えるという事。チャクラを磁力に変えるという特殊体質を持つ三代目風影の人傀儡を前に、不利と読むチヨバアはサクラに退避を促す。だがときすでに遅く三代目風影を使ったサソリの猛攻撃が開始。サクラを庇いつつ戦うチヨバアだが、瞬く間に『父』と『母』を砂鉄で封じられ、傀儡を失ってしまった。一気に勝負を畳み掛けるサソリ。訪れる絶体絶命の窮地の中で、サクラはひとつの決断をする。

三代目風影の砂鉄攻撃を怪力で押し返すサクラ。「医療忍者に最も必要な能力は、攻撃に対する回避能力」その信念の元、修業期間中綱手に徹底的に鍛えられたサクラは短時間の戦闘にもかかわらず、早くもサソリの攻撃パターンを見切り始めていた。このままでは時間を食うと判断したサソリは、チャクラ消費を覚悟で広域にて標的を捉える「砂鉄界法」を繰り出す。空間を覆いつくす絶対不可避の砂鉄攻撃は、遂にサクラに毒を伴う手傷を負わせ――！？

隠し玉の解毒薬にて三代目風影を破壊したサクラ。驚愕のチヨバアにサクラは解毒薬の説明をする。毒を無害なタンパク質に変える解毒薬の効果が持続する時間は約三分。チヨバアとサクラは何としても制限時間内にサソリを倒そうと決意する。ここにきてサクラの実力を認めざるをえないサソリは、遂に奥の手のカラクリを披露。――その頃、我愛羅奪還の為デイダラを追うナルトとカカシは標的捕獲の為、ある作戦を立てていた。

人傀儡として己を使うサソリと壮絶な死闘を繰り広げるサクラ達。なんとか制限時間内にサソリを倒すことに成功するが、傀儡であるサソリは再び蘇ってしまう。この戦いを幕引きとする為、チヨバアは己で禁じていたカラクリ「白秘儀・十機近松の集」を口寄せ、対するサソリは「赤秘儀・百機の操演」の構えに入る。解毒剤が切れたサクラも加わり、両勢力は正真正銘、終劇に向けた最後の戦いに突入する。未曾有の傀儡バトルの結果は果たして――！？

身を挺して自分の危機を救ったサクラの為、同じく毒に侵されたチヨバアは迷わず最後の解毒薬を使った。互いを思いやるくノ一達の行動をせせら笑うサソリがチヨバアにとどめを刺そうとした瞬間、チヨバアの最後の反撃がついにサソリを打ち倒す。しかし毒刃を急所に受けたサクラは瀕死の状態だった。もはや医療忍術では救いきれないサクラの命を繋ぎとめたのは、皮肉にもチヨバアがかつてサソリのために開発した禁断の術だった。

遠く、サクラ達の死闘の結末を察するガイ班。しかし未だ己の偽者相手の戦闘は続いていた。時間と共に疲労の色を見せる本体とは逆に、出現時の動きをキープし続ける偽者に追い込まれていくガイ班たち。しかし無線越しにリーが唱えた逆転の秘策が、班員のしぼみかけた闘志に火をつける！一方、我愛羅を攫ったデイダラを追うナルト達。激しい追走の最中でもカカシの新術の準備は着々と進められていた。

毒を受けたチヨバアを支え、ナルトの元に急ぐサクラ。同じく戦闘を終えたガイ班もカカシ班援護のため走り出していた。一方、すべての準備を終え、ついに発動するカカシの「万華鏡写輪眼」。その術は瞳に捕らえられた空間をべつの空間に転送してしまうという脅威の瞳術だった。術を食らったデイダラの隙をつき、ようやく我愛羅奪還に成功するナルト。しかし改めて目にする我愛羅の姿はナルトの怒りに火をつけ、凶暴な感情を呼び起こす。

怒りに理性を吹き飛ばされ、己を失い九尾に支配されゆくナルト。事前に自来也の忠告を受けていたカカシは、すんでのところで九尾の暴走を抑える事に成功する。潜んで成り行きを見守っていたデイダラは、合流してきたサクラ達の様子からサソリの敗北を知るが、時を同じくして駆けつけたガイ班に退路を塞がれる。腕を失い、もはや印を組めぬデイダラは最後の手段として――諸共に死すべく、木ノ葉勢を巻き込んだ自爆を図るのだった。

ナルトの力を借りつつ、我愛羅に転生忍術を施すチヨバア。術の代償を知るサクラは涙をにじませるが、チヨバアはしっかりとした言葉で若き忍達に未来を託す。やがて目覚めた我愛羅が目にしたのはナルト達の他、我愛羅を慕い駆けつけた多くの砂忍たちの姿だった。我愛羅復活の賑わいの中、ひっそりとその命を終えるチヨバア。転生忍術の真実を知ったナルト達は偉大なくノ一チヨバアのために深く黙祷を捧げるのだった。

我愛羅と共に砂隠れに凱旋するナルト達を歓迎する里人たち。しかしナルト達はサソリから得た情報を報告する為、直ぐに木ノ葉に戻る必要があった。チヨの墓参りを済ませ、別れを惜しむ一同。照れるナルトは我愛羅に促され、別れの握手を交わす。一方、森はずれの荒野では暁のゼツと手下トビの前に、満身創痍のデイダラが現れる。デイダラは自爆分身を陽動に逃げおおせていたのだった。さらに木ノ葉では謎の少年サイをカカシ班に潜入させようという動きが――！？

木ノ葉に帰還する木ノ葉たち。万華鏡写輪眼のダメージが抜け切らないカカシは病院に収容され、一週間の安静を言いつけられる。しかし大蛇丸の部下との接触の機会は四日後と迫っていた。「別の隊を派遣すべき」というシズネの主張を押し切って、綱手は欠員を補充したカカシ班を任務に差し向けると宣言。それを聞きつけたナルトは早速補充メンバーを探すべく里に繰り出すが、途中謎の少年サイの襲撃を受ける――！

ナルトに近いうちの再会を予言し、鮮やかに姿を消す襲撃者サイ。一方その頃、綱手は里のご意見番、ホムラとコハルの呼び出しを受けていた。「人柱力であるナルトを暁絡みの任務につけるべきではない」と主張するご意見番は、今後ナルトには優秀な忍をつけ、監視と護衛を強化すべきだと提案する。断る綱手だが、ご意見番は綱手の無理を聞く交換条件として、綱手にとって対抗勢力にあたるダンゾウの推薦する人物をカカシ班の追加要員とする事を要求する。

先の襲撃はサイによる力試しだった事を知り憤るナルト。サクラが止めに入るものの、早くも結成したばかりのカカシ班に険悪なムードが漂い始める。一方、木ノ葉病院のカカシの病室には綱手、自来也、ヤマト、シズネが集まっていた。自来也は過去に見たナルトの暴走の様子を報告し、ヤマトに注意を喚起する。同じ頃、サイは『根』の者より謎の封筒を手渡されていた。果たしてダンゾウよりサイが下された極秘任務とは？――それぞれの思惑が交錯する中、カカシ班に出発の時が迫る。

天地橋を目指す新カカシ班。「サイはサスケ不在の間の穴埋め」と考え、あくまで班員として認めようとしないナルトに対し、応じたサイがサスケを侮蔑した事から、新旧班員の対立はついに決定的な局面を迎える。力づくでその場を収める隊長のヤマト。しかし驚くべき事にヤマトは初代火影のみが使用したとされる伝説の「木遁忍術」の使い手だった。動揺するサクラを尻目に、ヤマトはチームプレイに支障をきたしかねない絶望的な人間関係を改善する為、道中温泉旅館に一泊する事を提案する。

出発までの間に、一人抽象画を書くサイを発見するサクラ。絵のタイトルを尋ねるが、サイはタイトルはつけられないと答える。その様子が気にかかるサクラは、サイの持ち物の中に特徴的な絵本を発見する。その後、暁の待ち伏せを警戒しつつ、天地橋への道のりを急ぐナルト達。あくまで「サソリのスパイの拘束」を目標とする今回の任務の難しさを知るヤマトは、万一戦闘に突入した場合に備え、作戦中は二人一組のバディシステムで動く事を提案する。ナルトのバディの相手は果たして――？

天地橋での本番を前に、各自の実際の戦闘スキルや術の系統を把握する為、半日をチームプレイのシミュレーションに当てるカカシ班。サイは模擬戦にてナルトを見捨てる事で任務を成功させる。当然噛み付くナルトだが、逆に戦闘力の低さを指摘され歯噛みする羽目に。衝突は必至と思われたが、ナルトは「サスケを救う為なら、サイとでも組んでやる」と宣言。サスケを思うナルトの強い気持ちを察するサクラだが、サイは突然、「自分には感情がない」と告白する。

遂に訪れるスパイ拘束の日。かねてよりの作戦通り、サソリに変化したヤマトが待ち受ける中、姿を見せる暁のスパイ。だがなんとその正体は薬師カブトだった。驚きを隠せないナルト達だが、更にそこにカブトを尾行してきた大蛇丸が突如参戦し、怒涛の急展開に突入する！

さすがに焦りをにじませる隊長ヤマト。想定外の窮地に陥るカカシ班の運命と任務の行方は――！？

仇敵である大蛇丸の出現を受け、いきなり九尾の力を解放するナルト。その驚異的な力を目の当たりにしたヤマトはナルトの四本目の尾を見、命を落としかけたという自来也の話を思い出していた。ナルト自身の体をも蝕む九尾のチャクラを押さえ込む事こそヤマトに託された使命だったのだ。――そして明らかになるヤマト木遁忍術の秘密。しかし大蛇丸への怒りが引き金となり、ナルトは三本目の尾を発動する…！

三本目の尾を発動し、大蛇丸のみを標的として追うナルトの目に仲間の姿は映らない。激しさを増す戦いに巻き込まれ、意識を失うサクラ。サクラ救出に手を差し伸べるヤマトの隙をつき、サイは遂にダンゾウから託された極秘任務をスタートさせる。一方大蛇丸の挑発を受けたナルトは先走るサスケ奪還への願いと焦燥の中、ついに禁断の四本目の尾を発動してしまうのだった。

四本目の尾の発動により完全に意識を失い、破壊衝動に支配されるナルト。ようやく近付いたサイとヤマトの分身が目にしたのは、大蛇丸と九尾ナルトの人知を超えたおぞましい戦いだった。常人には耐えられない程邪念の強いチャクラを纏うナルトが何故動けるのか、疑問を抱くヤマト。ぶつかり合う三重羅生門と高密度のチャクラが生み出す爆風の中、ナルトの力と姿は更に――妖魔・九尾の妖狐へと近付いていく。

完全に意識を失い化け物の姿と成り果てても「サスケを絶対に連れ帰る」という想いを手放さないナルト。その悲しい姿に深く胸を抉られるサクラはヤマトの制止を振り切ってナルトに駆け寄り、傷を負ってしまう。だがその隙をつきヤマトはようやく木遁忍術にて九尾の暴走を止めることに成功するのだった。一方その頃、活動時間の限界を迎え戦線を離脱しようとしていた大蛇丸の前にダンゾウからの伝言を携えたサイが現れ――。

戦闘の混乱に乗じて大蛇丸との接触を無事果たすサイ。大蛇丸は渡された資料の内容からサイを受け入れ、アジトに連れ帰ることを決める。一方、ヤマトによって暴走を止められたナルトだが、その肉体は深刻なダメージを受けていた。己の無力さを噛みしめるサクラの姿にヤマトはサクラのある想いを感じ取る。やがて意識を取り戻したナルトとサクラに、ヤマトはサイの不在を告げ――サイの上司、ダンゾウによる恐るべき陰謀の可能性を語る。

ダンゾウの目的が「大蛇丸と組んでの第二の木ノ葉崩し」と知り戦慄するナルト達。暴走の後遺症が残るナルトの身を案じるサクラだが「大蛇丸相手にチャンスは二度ない」とのヤマトの説得を受け、早速追跡を開始する。しかしサクラの脱落により程なく追跡休止を余儀なくされるカカシ班。実は九尾化したナルトから受けた傷は思いのほかサクラを苦しめていたのだ。一方、分身ヤマトの追尾に気付いた大蛇丸一行は追っ手をまくために、同行のサイを使ったある手段に出るが――。

ヤマトから周辺を破壊しサクラを傷つけた犯人は九尾解放時の自分と知らされ、ショックを受けるナルト。今後九尾の力は木遁で抑えると宣言するヤマトはナルトの持つ本来の力について触れ、九尾に頼らずに自分の力で仲間を取り戻すようナルトを諭す。一方、サイの絵本を見ていたサクラはそこに描かれた奇妙な物語に疑問を抱いていた。内容はサイとサイの「兄さん」についてのものと思われるのだが…。

大蛇丸のアジトにてサスケとの戦慄の対面を果たすサイ。そして以前サイが大蛇丸に渡したリストは火影直轄部隊・暗部の構成員リストである事が知れる。貴重な情報と引き換えに大蛇丸の下についたサイだが、信用が完全なものとなるまでしばらくの間、部屋をあてがわれ軟禁されることに。しかし一人きりになったサイはなぜか周囲を警戒しつつ、謎の冊子を口寄せする…。一方その頃、ヤマトから渡された発信機を飲んだナルト達は、サスケ奪還への決意を新たに、アジトへの潜入を開始していた。

ヤマトの先導によってサイの居所を突き止めるカカシ班。早速ダンソウによる「木ノ葉崩し計画」について問い詰めるが、不思議な事にサイはあっさりと計画の全貌を暴露する。全く悪びれない態度に苛立つナルト達だが、根の者であるサイは「自分は存在しない者」と言い放つ。しかし一連の行動からサイの意識下にある強い思いを感じ取るサクラは、サイに絵本を返却し、その行動に隠された矛盾を指摘するのだった。

いち早く異変に気づいたカブトによる襲撃を受けるカカシ班。不意打ちの形でサイを奪還されてしまうが、サクラに矛盾を指摘されたサイの心にはある変化が生まれていた。戦闘態勢に入ったナルト達を驚かせるサイの驚愕の行動とは――！？そして捕縛したカブトからの情報により、サスケの探索はついに大詰めを迎える。探索の為二手に分かれるカカシ班。走り出すナルトとサクラの胸に、サスケとの懐かしい思い出と別れの記憶が蘇る――。

九尾化のダメージの残る体で懸命にサスケを探し続けるナルト。その不器用で必死な姿はサイの心に兄の記憶を呼び起こさせるものだった。かつての気持ちを思い出し、遂に未完成の見開きを完成させたサイは初めて心の底からの笑顔を見せる。しかし突如として襲い掛かる大蛇丸の襲撃が束の間の平穏を打ち壊す。「サスケ君は必ず助け出す」と約束し、その場をナルトに任せて消えるサイ。しかし駆けつけたヤマトはサイが残した荷物の中に恐るべき真実を発見する。

サイに課せられた本当の任務が「サスケ暗殺」だったと知り、愕然とするカカシ班。サイが見せた笑顔を本物と信じたいナルトだが、芝居の可能性も否定できない。一方その頃、サイはサスケのもとに辿り着いていた。暗殺か救出か…根の者であるサイが選んだ結末とは――！？アジトの一部を崩壊させながら、交戦に突入するサイとサスケ。そしてチャクラの気配を手繰りサイのもとに駆けつけたナルト達は、遂に悲願だったサスケとの再会を果たすのだった。

遂に念願のサスケとの再会を果たしたナルト達。しかしサスケの心は三年の時を経てもまったく変わっていなかった。兄イタチへの復讐を第一の目的に据え、ナルト達とのつながりはすでに断ち切ったと告げるサスケは、容赦なく木ノ葉達に切りかかる。圧倒的な成長を見せ付けられ、徐々に追い込まれていく木ノ葉達。宿主の劣勢を感じ取った九尾は内面世界でナルトに加勢を呼びかけるが、サスケは進化した写輪眼の力で内面世界に侵入。制止を呼びかける、九尾の狐を打ち砕いてしまう。

必死に呼びかけるナルトの思いもむなしく、サスケの復讐への覚悟が翻る事はなかった。これ以上の説得は無意味と判断するヤマトは実力行使でサスケ拘束を試みようとするが、大蛇丸の介入により事態は急激なる終結を迎える。またもサスケを取り戻せなかったという後悔と己の無力さに打ちひしがれるナルトだが、うずくまるナルトの背に優しくも厳しい言葉がかけられる…。大蛇丸の転生までの期限は約半年。ようやく真の結束に辿り着いた新生カカシ班は、胸に刻んだ誓いを新たにする。