死闘の末、銀角を封印する事に成功したダルイだったがそれに激怒した金角が恐るべき姿に変身する。それはまさに九尾化した人柱力の姿だった！忍連合本部の綱手も驚愕し、どう金角を押さえるか手をこまねくが雷影には秘策があるという。それは金銀兄弟の宝具を逆に利用し封印する作戦だった。しかしそれだけでは封印するのは難しいと悟ったシカクは瞬時に作戦を考え、ある忍たちに指令を送る。その指令を受けたのは木ノ葉の忍、猪鹿蝶の３人だった。

夜が訪れると共に姿を消した忍刀七人衆だが、カカシ第三部隊の面々はいつ襲ってくるかもわからない敵に警戒しながら休息を取っていた。疲弊しきった封印班の代わりに“根”の封印術が使えるサイにこれからの封印を頼むカカシ。しかしその術は失敗すると自分自身を封印してしまうため、サイはそれを使う事をためらってしまう。そして夜が明ける頃、再び穢土転生の術により通草野餌人が現れ、鈍刀“兜割”によって次々と忍たちが倒されてしまう。

村の生き残りであるドックたちを守るため、ナルトとサクラはシセルの家で寝泊りする事に。ナルトと子供たちは一緒に過ごす事で仲良くなってゆくのだが、村の襲撃で親を亡くした彼らは寂しさに絶えきれず泣きだしてしまう。ドックとシセル、二人の存在がそんな彼らを家族へと繋いでゆく中、ナルトは息が上がってしまう程に体調を崩してしまうのだった。皆は心配そうに見守るのだが、そんなナルトにミィナは何故か「出てけッ！出てけッ！」と何度も叫びだす。

此の国で人質として扱われている若殿・シュウとナルトを入れ替える作戦が成功した！あとは無事、若殿を“彼（か）の国”まで送り届けるだけなのだが、シュウは町を見て回りたいと言い出す。一方、シュウに変化しているナルトはタテワキに正体を見破られてしまい、すごい剣幕で迫るタテワキと侍たちに取り囲まれ絶体絶命の大ピンチに。だが突如、シュウのいる城下町の方で爆発が起こった！立ち上がる噴煙の中、“暁”のデイダラとサソリがその不敵な影と共に姿を現す。

ナルトのピンチにカカシとガイが駆けつけた！二人が増援に来たことにより、人柱力六人ＶＳナルトたち四人の戦いとなり巻き返しを狙うが、ピンチは続き完全に尾獣化した五尾と残りの人柱力の猛攻がナルトたちに迫る！八尾も完全に尾獣化して応戦するも、さらに四尾と六尾が完全に尾獣化してナルトたちに襲いかかる。巨大な尾獣同士の戦いが繰り広げられる中、カカシやガイも全力を出して人柱力相手に立ち向かうが、絶体絶命の危機にナルトは陥ってしまう。

ついにカブトの過去が明かされる。幼い頃、ケガをして記憶を失っていたカブトは、木ノ葉隠れの里で孤児院を営む“ノノウ”という女性に拾われ、“カブト”と名づけられた。資金難で運営に苦しむ孤児院のために、ノノウから教わった医療忍術で忍を治療する仕事をしているとき、カブトは初めて大蛇丸と出会う。その後、三代目火影・ヒルゼンの幼馴染でもあり、暗部養成部隊“根”を組織する“ダンゾウ”が援助金の話のため、大蛇丸と共に孤児院に姿を現す。

暗部を抜け、下忍の先生をやるようヒルゼンから命じられたカカシは、かつてミナトのもと、オビトとリン達で鈴を取り合った演習のことを思い出す――。

その時、チームワークを見極めるための演習にも関わらず任務達成のことしか考えていなかったカカシ。そんな自分のような忍を出さないためか、先生として子供たちに厳しく接し合格者を一人も出さないカカシの冷たい目からは、暗部にいた頃の“闇”が抜け切れずにいた。

マダラをうちは一族の少年だと知った柱間の父は、“マダラを殺せ”と柱間に冷酷な命令を下す。そして同じ未来を目指した二人は戦う事になり、柱間の思い描いた未来は夢半ばにして潰えてしまうのだった。それから年月は過ぎ――来る日も来る日も戦い続け、二人は一族の長になった。千手（せんじゅ）一族とうちは一族の戦いが熾烈を極める中、まだ夢を捨てきれずにいた柱間はマダラに手を組むよう持ち掛けるのだが、マダラは聞く耳を持とうとはせず須佐能乎（スサノオ）を発動する！

ナルトが風の性質変化を会得するため、木ノ葉隠れの里で修業をしていた頃。多くの人が行き交う里の通りでは人だかりができていた。しかし、次々と里の人々は何者かに吹っ飛ばされる。事件か！？と事態を聞きつけリーたちが駆けつけるのだが、その者はネジが苦戦するほどの実力の持ち主だった。一体この者は何者なのか？大蛇丸の手の者か？はたまた“暁”の新たなる刺客なのか？突如里を襲った恐怖に果たしてナルトは…？

精神世界で、オビトと対峙するナルト。自分のことを第二の六道仙人だと名乗るオビトをナルトは認めず、「お前はうちはオビトだ！」と言い放つ。オビトのチャクラとリンクし、オビトの過去を垣間見たナルト。生い立ちも目指した夢も自分とそっくりなのに、忍を敵に回して世界を終わらせようとするオビトに、全てを捨てて逃げているだけだとナルトは怒りを露わにする。

中忍試験開始に向けて本格的に準備が始まる木ノ葉隠れの里。綱手の命令によりカカシは、内部の状況がわからない雨隠れの里へと情報収集も兼ねて招待状を届ける任務を任される。霧、雲、岩隠れの里からは参加を拒否されるが、滝隠れの里や草隠れは参加を表明し、続々と参加人数が決まっていく。そんな中、ナルトとサスケが不在のためスリーマンセルが組めないサクラに、いのとチョウジは中忍となったシカマルの代わりに一緒に試験に出ようと声をかけるのだが、サクラはその誘いを断ってしまい…。

皆が問題を解く事ができず焦る中、「解き方を教えてやる」と部屋の皆に突然言い出すネジ。リーダー的立場で指示するネジの態度が気に入らない他の受験者がネジに戦闘をしかけるのだが、試験中は戦闘禁止。失格を恐れる者はしぶしぶネジの指示通りに試験を解こうと動き出し、３０分が経過して試験は終了する。しかし、シカマルが続いて出した問題は制限時間３分。果たしてネジたちは合格することができるのか！？

魔の砂漠にある古い遺跡。その遺跡が巻物を奪い合う戦闘で崩れ、テンテンとアジサイの二人は遺跡の奥深くへと落ちて閉じ込められてしまう。脱出するため一時休戦ということにする二人。出口を求めて先へ進む二人だが、その二人に巨大なアリの大群が襲いかかる！時空間忍術で武器を出しアリに挑むテンテン。しかし、同じ術を使うアジサイはそのアリを自分の口寄せにしようとする。口寄せの術をうまく使うアジサイを見てガイとの修業を思い出したテンテンは…？

五代目風影暗殺の首謀者であるフギと我愛羅が対峙する。かつて里の人々に恐怖と傷を与えた自分には風影の資格はないのかもしれないとフギに語る我愛羅。しかし、この砂隠れにも自分の思いを受けとめてくれた者がいるとも。それは次の時代を担う若者たち。中忍試験を通してそれを感じた我愛羅は、若者たちを巻き込まず、自分の命だけを狙えと確固たる決意をフギに突きつける。一方、フウは自分に似ているというナルトの存在が気になって会いに向かうのだが…。

リミッターを外し極限まで力を引き出す究極の技、八門遁甲の陣。一時、五影をも上回る何十倍もの力を出すことができる技だが、発動したものは必ず死ぬ――。その八門遁甲の陣を発動したガイは絶大な力で六道マダラに攻撃をしかける！その攻撃は大地に大穴を開ける程強力で六道の力を得たマダラですら直接攻撃を避けようとするのだった。さらにリーやカカシは死を覚悟したガイの攻撃を無駄にしないためにサポートへと回り、一致団結しマダラに挑む!!

無限月読。それは全人類に幻術をかけ、永遠に幸せな夢を見せ続ける最強幻術。そしてついにマダラの手で無限月読は発動され、夜空に浮かぶ満月は妖しく輝きだし不気味な写輪眼の紋様を浮かび上がらせた…。

その満月の光りを浴びた忍たちと人々は全員意識を失い、虚ろな表情でただただ満月を見上げる。一度かかれば逃れる手段はない無限月読。果たして人々はこのまま永遠に幸せな夢を見続けてしまうのか…？

仮面の男にチーム・ジライヤが報告する。「彼らは一度は任務を優先し立ち去ったが、子供たちのために戻ってきた」と。任務よりも命を優先した木ノ葉隠れ下忍たちの行動に仮面の男は満足するかと思われたが、引き続き監視を続けろと命令する。一方、動けないナルトは自分の力の無さを悔やんでいた。そんな時、父・ミナトが何故自分に九尾を封印したのか、その理由を思い出す。ミナトはその力を使ってナルトが何か大事なものを守れるようになると信じて封印したのだった。

ナルトの結婚式が間近に迫る中、仲間たちは着々と結婚祝いを用意しカカシから発令された極秘任務を達成していた。しかしまだ誰にも明かされていない極秘任務の真の目的は――祝いの品を見定めナルトとヒナタの結婚式に出席できる者を決める事。発令したものの、皆が一生懸命集めた品を見てカカシは「本当にこれでいいのだろうか…」と思い悩む。そんな中、極秘任務の真の目的を知ってしまったサクラやキバ達は怒り、カカシに詰め寄るのだった。