Alguém passa pelos portões. E ele está mais velho, é um renovado Naruto que volta para casa depois de uma longa jornada de treinos com Jiraiya. Uzumaki Naruto está de volta!

Uma mensagem urgente na Vila Oculta da Areia relatando o sequestro do Kazekage pela Akatsuki chega à Vila Oculta da Folha. Tsunade não perde tempo ao mandar o Time Kakashi para lá.

O Time de Kakashi e de Gai resolvem parar para um pequeno descanso. Vovó Chiyo vê Naruto adormecer e relembra de quando Sasori era criança. As buscas recomeçam, mas Chyio ainda não entende por que Naruto está se esforçando tanto para resgatar Gaara...

Com uma dose extra do antídoto que fizera para Kankuro, Sakura consegue destruir a marionete do Terceiro Kazekage. Para a surpresa da Vovó Chiyo, Sakura explica que, por exatos três minutos, o antídoto consegue transformar o veneno em proteínas inofensivas.

Sakura e Vovó Chiyo estão muito ocupadas em uma violenta luta contra Sasori, um poderoso oponente capaz de transformar seu próprio corpo em uma marionete. Elas conseguem vencer Sasori no tempo limite, mas ele é poderoso demais para deixar que as coisas acabem em apenas 3 minutos.

Todos retornam para a Vila Oculta da Folha. Kakashi, no entanto, é hospitalizado por conta dos estragos causados pelo seu Mangekyo Sharingan. Mas ainda não é hora de descanso para os integrantes do Time Kakashi pois um novo alvo os espera.

Enquanto são apenas três caudas, Naruto ainda consegue ter consciência, mas tudo muda com o aparecimento da quarta cauda. Em meio ao caos da batalha entre Naruto e Orochimaru, Sai começa sua missão, sua verdadeira missão.

O Time Kakashi descobre a verdadeira missão de Sai e fica chocado com a possibilidade de ter sido traído novamente apenas para que ela fosse completada. Mas Naruto acredita no sorriso de Sai, Naruto acredita que ele não vai completar sua missão de matar Sasuke.

As tumbas secretas foram violadas e os túmulos, levados. Naruto e os outros saem em perseguição para recuperá-los, mas acabam caindo numa armadilha.

Após provocar uma queda de energia geral, Furido começa a executar seu plano de ataque à Vila da Folha. Entrando em estado de alerta imediatamente, a Vila tenta sua defesa, mas os homens de Furido fazem uma barreira que prende a todos dentro da vila.

Naruto tenta desesperadamente tanto suprimir o Chakra do Nove Caudas quanto alcançar o coração e a alma de Sora. Apesar de querer ajudar, tudo que os outros podem fazer é assistir e torcer por seu amigo, que luta para salvar Sora desse poderoso Chakra.

Tsunade monta esquadrões para descobrir o paradeiro e capturar a dupla da Akatsuki que invadiu o país, mas ver o quanto eles são difíceis de pegar se torna muito frustrante para a Quinta Hokage.

Num lugar distante, a Akatsuki revela seu verdadeiro objetivo. Enquanto isso, na Vila da Folha, Shikamaru reporta sua missão a Tsunade.

Obito ignora a ordem de Kakashi de continuar com a missão e vai salvar Rin, que foi sequestrada pelos ninjas da Pedra. Mas os inimigos detectam Obito e o detêm.

Jiraiya se infiltra com sucesso no País da Chuva, se escondendo no sapo Gamagoro. Ele está em busca de informações, mas não encontra indícios de guerra civil.

Madara deixa Sasuke totalmente atônito quando revela a verdadeira história do Clã Uchiha.

Os ninjas da Folha falham ao capturar Itachi e ainda perdem o rastro de Sasuke, mas em seu caminho de volta para a Vila da Folha eles recebem uma missão urgente de Tsunade: uma equipe deve ir ao encontro do Clã Tsuchigumo, que tem um antigo tratado com o Terceiro Hokage.

Acreditando na história de Shiranami, Hotaru escreve uma carta de despedida para Utakata e foge do Monte Katsuragi. Enquanto isso, Naruto cai numa armadilha, mas consegue fugir graças a ajuda de Utakata.

Abalado com a notícia que recebeu ao voltar de sua missão, Naruto vaga sem rumo pelas ruas da Folha. Como superar tamanha perda?

Tsunade fica cara a cara com Tendou Pain e, mais um vez, se recusa a entregar o Jinchuuriki do Nove Caudas para a Akatsuki. No entanto, Tendou consegue descobrir a localização de Naruto usando o Jutsu de Ningendo Pain. Agora a Vila da Folha já não tem mais interesse para a Akatsuki e Tendou decide mostrar ao mundo a verdadeira dor.

Naruto decide continuar procurando por Sasuke. Afinal, ele treinou muito com Jiraiya para poder enfrentar seu Sharingan.

O Time Samui da Vila Oculta da Nuvem chega à Vila da Folha. Impressionados por encontrar o lugar em ruínas, eles procuram a Hokage para entregar a carta do Raikage, mas quem a recebe é Danzou, que se autodeclara o novo Hokage.

Há alguns anos, no Vale do Fim, Sasuke disse a Naruto que ninjas de alto nível são capazes de se entender apenas ao trocar golpes. Tendo se tornado um ninja de alto nível, Naruto agora é capaz de entender o coração de Sasuke.

Hyuuga Hiashi convoca todos de seu clã para determinar os rumos que tomarão durante a guerra. Desapontada por não ser a líder ideal para seu clã, Hinata se deprime, mas suas amigas não vão deixar que ela fique para baixo por muito tempo.

Kiba está treinando duro para superar Naruto, que se tornou o herói da vila. ele até recebe a inesperada ajuda de Kakashi, que invoca seus cachorros para intensificar o treino.

Minato usa sua Técnica de Transportação para retirar o Nove Caudas da Folha.

O Esquadrão sob comando de Kankuro entra no território inimigo para criar uma fortaleza para as Forças Aliadas Ninjas.

O Trio Ino-Shika-Cho recebe ordens diretas de Shikaku para derrotar Sarutobi Asuma, que foi revivido pela Reencarnação Impura. Lembrando-se das palavras finais de Asuma, Shikamaru e Ino estão determinados a parar seu antigo professor.

Durante uma investigação na vila próxima a Tonika, Naruto e Kabuto se confrontam. Uma batalha épica começa quando Kabuto usa a Reencarnação Impura. Enquanto isso, Dokku e cinco sobreviventes se mantém em Tonika.

Os ninjas da Vila Oculta da Folha tiveram sucesso em sua missão de sequestro e agora o jovem senhor feudal está sob sua custódia, enquanto Naruto permanece no castelo usando sua transformação para se passar pelo jovem senhor. Mas Naruto não apenas corre o risco de ser descoberto pelo velho samurai Tatewaki como também um perigo muito maior e iminente rodeia o castelo e ameaça a todos.

Naruto quer trazer Sasuke de volta para a vila, mas Sasuke só pensa em derrotá-lo. Por que Sasuke tem tanto ódio, da onde surgirem esses sentimentos que ele tem por Naruto?

Sasuke usa seu Susano'o para evitar que ele, Naruto, Sakura e Kakashi caiam no poderoso Genjutsu de Madara. E enquanto todos caem no mundo do sonho infinito, Sasuke se lembra de tudo que seu irmão lhe passou antes de dizer adeus: seu passado, seu conhecimento, seus pensamentos.

Otsutsuki Kaguya surge de repente dos céus, causando surpresa às pessoas do País do Sou. Mas o rei do País do Sou, o Lorde Tenji, ficou encantado com ela e quer tê-la como sua concubina. Nesta época de guerras sem fim, Kaguya deseja apenas a paz. Como a protetora da Árvore Divina, ela logo se vê engolida pelas marés de caos e da guerra.

Hagoromo segue contando a história sobre seus filhos. Um javali gigante aparece na floresta! Uma figura estranha aparece diante de Indra na floresta...

Ashura descobre o motivo da doença das pessoas do vilarejo e tenta resolvê-lo! Os habitantes do vilarejo descobrem a ligação do Ashura com o NInshu...

A confusão entre Naruto e Sasuke finalmente chega ao fim. Naruto se surpreende ao descobrir o novo Hokage da Vila da Folha.

Por causa da conferência dos Cinco Kages, Gaara se encontra na Vila da Folha, e também entra no drama de escolher um presente apropriado para Naruto. Kankuru e Rock Lee tentam ajudá-lo, mas ele continua achando a escolha muito difícil!