O poder de Uchiha Madara ultrapassa as expectativas da Aliança Ninja. Apesar da diferença esmagadora de poder, o Terceiro Tsuchikage Ohnoki, Gaara e Naruto se recusam a desistir. Mas será necessário o poder de muito mais que dois Kages para enfrentar tamanho oponente.

Um Ninja Médico jamais deve ir à linha de frente, é seu dever curar os outros ninjas no campo de batalha e sempre ser o último a morrer. Mas contra Madara, Tsunade precisa mostrar sua verdadeira força, a força herdada do clã Senju. Enquanto isso, Sasuke vai atrás de Itachi querendo respostas e acaba cara a cara com Kabuto.

Kakashi fica atordoado ao perceber a conexão entre a Técnica de Transportação do homem mascarado e sua Dimensão Celestial. Mas Naruto não se deixa abater e, em uma ousada investida, ele consegue quebrar a máscara e revelar a identidade de seu oponente. Mas afinal, que é o homem por trás da máscara?

Abalado com a morte de Minato, Kakashi trai o Terceiro Hokage e se alia à Fundação de Danzou. No entanto, lá ele conhece um menino capaz de usar o Estilo Madeira, um Ninjutsu raro que apenas o Primeiro Hokage conseguia utilizar. Agora ele precisa descobrir a verdade sobre as células de Hashirama e, para isso, deve entrar na biblioteca do Terceiro em busca de respostas.

Kakashi visita o Distrito Uchiha e nota que o clã parece hostil em relação a visitantes. Enquanto isso, Itachi encontra evidências concretas sobre o golpe que seu clã está planejando contra a Folha. O momento fatídico se aproxima...

O treinamento de Naruto com Yamato e Kakashi é interrompido por algo bem peculiar: um Naruto Robô que tem como alvo o Jinchuuriki do Nove Caudas! E essa coisa é tão poderosa que representa uma ameaça muito grande à vila. Agora os amigos de Naruto precisam unir forças para proteger a vila e impedir que Naruto seja capturado pelo robô!

Naruto obriga Obito a lidar com suas lembranças do tempo em que Rin estava sempre ao seu lado, apoiando e observando a pessoa que ela acreditava que mudaria o mundo.

Os Exames Chuunin finalmente começam e Shikamaru é o supervisor da primeira etapa. E quando os membros de cada equipe são separados para fazer a prova escrita, a primeira etapa dos Exames mostra que não será nada fácil para ninguém.