У вступі, який, щодо цих подій, переносить глядача в майбутнє, з'являється Саске в лігві Орочімару разом з Командою Какаші: Наруто, Сакурою та їх новим членом команди — Саєм. Наруто говорить із Саске про минуле, про Долину Завершення, і розуміє, що найкращий друг вже не той. Більше того, Саске демонструє Узумакі свої здібності, заглянувши у внутрішній світ Наруто та побачивши там Дев'ятихвостого Лиса. Реальна ж історія серіалу починається з повернення Наруто та Джирайї в Коноху. Глядачам знову представляють деяких персонажів аніме, таких як Сакура, Конохамару, Шикамару, Темарі та Какаші.

Команда переслідування Селища Піску знаходить Канкуро в пустелі без свідомості. Команда Какаші по дорозі зустрічає Темарі. Один із джонінів Селища Піску, Бакі, звертається за допомгою до бабусі Сасорі — Чійо та її братові Ебізо.

Команди Какаші та Ґая беруть короткий перепочинок. Бабуся Чіо спостерігає, як дрімає Наруто, і згадує Сасорі в дитинстві. Переслідування поновлюється, і коли Чіо дивується, чому Наруто докладає стільки зусиль, щоб...

Сакура знищує маріонетку Третього Кадзекаґе завдяки секретній протиотруті, яку вона прийняла.

Команди Какаші та Гая повертаються додому в Коноху. Поки Какаші відпочиває в лазареті, Сакура розповідає Цунаде про інформацію, яку Сасорі дав їй у нагороду за перемогу над ним. За 10 днів Сасорі призначив зустріч зі шпигуном з лав Орочімару. Минуло 4 дні відтоді, як Сакура отримала цю інформацію, і тепер Наруто і Сакура повинні завербувати нового члена команди для розслідування. Поки Наруто шукає в Конохі охочих, він зустрічає своїх старих друзів. Щойно Чодзі погоджується допомогти, як на Шикамару, Чодзі та Наруто нападає невідомий їм шинобі Конохи Сай.

Наруто продовжує ще більше розлючуватися і легко відбиває атаку Кабуто, відкидаючи його геть. У відповідь Наруто кидає Кабуто в Сакуру, від чого вона втрачає свідомість. Орочімару продовжує спостерігати за тим, як Наруто все більше розлючується і врешті-решт руйнує Міст Неба і Землі. Коли міст руйнується, Сакура зісковзує з його краю. Сай малює птаха, щоб полетіти, але замість того, щоб врятувати Сакуру, вирішує піти за Наруто та Орочімару. Ямато рятує її в останню мить і створює дерев'яного клона, щоб наздогнати в битві. Зрештою з'являється четвертий хвіст, що дозволяє чакрі повністю контролювати тіло Наруто, перетворюючи його на мініатюрного Дев'ятихвостого Лиса.

Поки команда Какаші продовжує пошуки Саске, Сай підходить до кімнати Саске і будить його. Вражений зображенням шарінґана Саске, який він бачив раніше, Сай намагається стримати його. Відбувається сильний вибух і Сакура, Наруто та Ямато наздоганяють його. Спочатку Сакура намагається стримати Сая, щоб з'ясувати його справжню мету, але зупиняється, приголомшена, побачивши свого колишнього товариша. Всупереч тому, що решта команди вважала його місією, Сай каже їм, що хоче повернути Саске до Конохи.

Цунаде підозрює, що Данзоу щось замишляє і наказує провести розслідування. Команда Какаші, Чіріку та Сора помічають, що труни рухаються самостійно, але перехопити їх не вдається. Труни з'являються на скелі, де ватажок ворожих ніндзя наказує своїм підлеглим розправитися з ворогами. Ніндзя перетворюють місцевість на лабіринт скелястих каньйонів і ям, повних смертельних пасток. Члени команди відокремлюються один від одного і починають протистояти ворогу. Ямато припускає, що ніндзя, можливо, організував крадіжку, щоб поцілити в когось із його команди.

Сора відмовляється дозволити Фурідо знищити село, незважаючи на свою злобу на Асуму та Хокаге. Його б'є Фурідо, який стверджує, що його батько мав подібну ваду. Асума потрапляє в пастку Кітане у силовому полі блискавки. Тим часом Ямато і Сакура вбивають своїх супротивників, а Шикамару вирушає на поле бою з планом перемоги над зомбі. Однак щойно він починає його втілювати, як падає бар'єр Фуена, закінчується техніка відродження Фудо і зомбі перетворюються на пил.

Асума оплакує смерть Чіріку і розуміє, що Хідан і Какудзу намагаються отримати винагороду за його голову. Хідан і Какудзу забирають Чіріку, щоб отримати винагороду. Тим часом Какаші показує Наруто справжню мету його тренувань.

Шикамару продовжує боротьбу з Хіданом. Хідану вдається поранити Шикамару і проклинає його так само, як і Асуму, але коли Шикамару виживає після нападу Хідана, Хідан розуміє, що щось не зовсім так.

Наруто стикається з несподіваними труднощами під час тренувань з Ґамакічі та Ґаматацу. Поки група Какаші шукає Ґурен та її банду, Юкімару, здається, починає цікавитися Наруто.

Намагаючись знайти Юкімару, Наруто стикається з Ґуреном. Ямато і Какаші знаходять Наруто і повертають його до групи. Кабуто розповідає Ґурену, що Юкімару - лише інструмент для контролю над Трихвостим, що засмучує Ґурена. Тим часом Шізуне, Іно, Тентен і Лі зустрічаються з командою і повідомляють, що їхня нова місія - врятувати Юкімару і захопити Трихвостого до того, як його захопить група Орочімару.

Джірайя усвідомлює, що всі шестеро Пейнів - це ніндзя, яких він зустрічав раніше. Зібравши докупи різні шматочки інформації, Джірайя з'ясовує справжню особистість Пейна, але Пейн не має наміру дозволити Джірайї піти з цією інформацією живим. В іншому місці відбувається доленосна зустріч Ітачі та Саске, і Саске передбачає смерть Ітачі.

Не зумівши повернути Саске, ніндзя Листя повертаються до Поселення Прихованого Листя. Однак Цунаде посилає Кацую повідомити їм, що бар'єр гори Кацунагі клану Цучіґумо, яка володіє потужним забороненим дзюцу, зламано. Поки Какаші та Команда 8 повертаються до Поселення Листя, Команда 7 на чолі з Ямато має з'ясувати, що там відбувається.

Шикамару намагається розшифрувати передсмертне послання, яке залишив Джирайя, але не може збагнути, про що в ньому йдеться. Шикамару звертається по допомогу до Наруто, гадаючи, що той може знати шифр. Чи зможе засмучений Наруто розшифрувати передсмертне послання Джирайї?

Пейн стикається з Цунаде і розпитує її про місцезнаходження Наруто. Цунаде сперечається з Пейном про його мотиви, але незабаром Пейн отримує потрібну йому інформацію з іншого джерела. Перед тим, як зібратись у дорогу, Пейн завдає нищівного удару по поселенню! Тим часом Наруто готується повернутися до поселення Листя, але може запізнитися.

Наґато розповідає правду про те, що сталося з Яхіко і що змусило його знехтувати ідеалами Джирайї. Закінчивши свою розповідь, він вимагає почути відповіді Наруто. Чи буде відповіді Наруто достатньо, щоб переконати Наґато відмовитися від своїх злих планів, чи Наруто буде змушений вбити Наґато?

Back before Rock Lee had his surgery, Naruto, after donning the suit given to him by Guy, set out on a mission with Sakura and Ino to obtain a special flower which was a necessary ingredient for Lee's medicine. When Naruto picked one of the flowers, however, he had to face a strange technique that had taken on the form of Gaara.

Naruto and Sakura learn that Danzo has been made Hokage and that his first order is to eliminate Sasuke. The two go to Sai and inquire about Danzo, but Sai reveals that a curse mark given to all members of the Foundation prevent him from revealing anything about the new Hokage. Soon afterward, Karui and Darui attack them, demanding information about Sasuke.

Given the day off, Sai spends it strolling the village and drawing. He initially encounters three children that he at first finds it difficult to interact with but later realises that two of them remind him of his team-mates Naruto and Sakura. He has several flashbacks of their time together and the bonds they share. In the end he uses the doors of a destroyed house and paints a mural of Team 7 along with Sasuke holding hands.

Minato is forced to use his Flying Raijin jutsu and leave his wife Kushina behind to save their newborn son, Naruto, from a masked assailant.

Kankuro’s commando unit enters enemy territory to set up a stronghold for the Allied Shinobi Forces. They are immediately ambushed by the Akatsuki’s own commando unit comprised of the reanimated Deidara and Sasori.

Naruto and Killer Bee rush to the battlefield when Nine Tails suddenly speaks to Naruto inside his mind. The Nine Tails questions Naruto’s intent to end the hatred in the world and reminds him of how he was unable to save Sasuke.

A group of Allied Shinobi, including Omoi and Maki of the Sand, battle against several reanimated enemies. Maki recognizes one of them as Pakura, her former master who was a Sand Village hero.

The reborn Team Kakashi continues to investigate the recent attack by Kabuto and the reincarnated shinobi when Naruto gets swallowed by a giant snake, but manages to escape using shadow clones, and accidentally ingests snakes that were present in the pond which Kabuto uses to summon Hidan.

The Leaf Shinobi succeed in bringing young lord Shu into custody, placing a disguised Naruto as his double. But Tatewaki soon uncovers Naruto’s identity and surrounds the intruder with his men.

Naruto and Killer Bee face off against the masked man originally thought to be Madara Uchiha, in addition to the reanimated Jinchuriki. Naruto is shocked when he recognizes one of the Jinchuriki.

The Five Kage are outmatched by the real Madara Uchiha’s devastating attacks. Just when Third Tsuchikage Ohnoki is about to give up, he remembers the words of the previous Tsuchikage.

Having absorbed the chakras of all nine Tailed Beasts, the Gedo Statue begins its transformation into Ten Tails. Naruto, Killer Bee, Kakashi, and Guy try to destroy the Gedo Statue but are stopped by the masked man.

While pursuing Orochimaru, Kakashi wanders into a village inhabited by the Iburi Clan, a group of people with the unique ability to turn into smoke. Kakashi is soon captured and learns that the villagers all serve under Orochimaru.

The Allied Shinobi Forces begin their onslaught against Obito and Madara. But Ten Tails suddenly transforms and hurls powerful Tailed Beast Bombs toward distant towns.

Ten Tails is on the brink of its final transformation and begins to form a massive Tailed Beast Bomb.

Naruto's past, thoughts, and feelings flow into the consciousness of every shinobi, unifying their hearts.

Naruto and the Allied Shinobi Forces successfully extract the Tailed Beasts from Obito. Only Madara remains, and Naruto heads out to tackle this foe.

Before Naruto and Sasuke can attempt to seal Kaguya away, she transports Sasuke into a different Time-Space. Obito realizes that Kaguya’s ability to travel through Time-Space is similar to Kakashi’s and his own Visual Prowess. Obito and Sakura team up and begin the search for Sasuke.