Während Kabuto und Tobi ihre wiederbelebten Shinobi und Zetsu versammeln, hält Gaara eine mitreißende Ansprache in Kumogakure. Er berichtet über die einstige Feindschaft mit Naruto und wie aus dieser Freundschaft wurde. Zudem erklärt er, dass sie alle unter den Akatsuki leiden müssen und diese nun auch Naruto verfolgen.

Zur Unterstützung der Shinobi erscheint Muta Aburames. Er beschützt seine Mitstreiter indem er seine Insekten einsetzt. Diese schickt er ebenfalls los, damit diese dem Hauptquartier die neuesten Erkenntnisse übermitteln. Ebenfalls trifft Kankuro mit seiner Division ein. Schon kurze Zeit darauf, bemerkt ein Mitglied die Störung ihrer Sensor Fähigkeiten.

Während des Kampfes wird sich Sasori über seinen unsterblichen Körper bewusst. Daraufhin setzt Sasori Shin ein, um Kankuros Skorpionpuppe zu besiegen. Wie Omoi erfährt, ist Shins Bauch voll mit Deidaras Ton. Omoi versucht Shin zu stoppen, jedoch geht die Attacke daneben und Deidara lässt Shin explodieren.

Noch immer scheitert Naruto am Versuch sich in Kyuubi zu verwandeln. Schnell erkennt Killer B das wahre Problem Narutos: Der Shinobi kann das Bijuu Dama nicht verwenden. Erst als er Narutos Rasengan im Kyuubi-Chakra-Modus anschaut, wird ihm bewusst, dass dies eine Art kleines Bijuu Dama ist. Inzwischen wird Kabuto Yakushi von Tobi gedrängt, Anko zu töten.

Durch einen Bericht vom Hauptquartiert erfährt Mifune, dass sich die feindlichen Truppen im Untergrund befinden. Sofort befiehlt er seiner Division ebenfalls in den Untergrund zu gehen und die Anderen zu unterstützen.

In Folge des Ausbruchs von Suigetsu Hoozuki und Juugo aus dem Gefängnis, berichtet Suigetsu über die sieben Shinobi-Schwertkämpfer aus Kirigakure. Diese kämpfen unterdessen gegen die dritte Division. Kakashi, der sich unter den Mitgliedern der dritten Division befindet, entwickelt einen Plan, welcher die Unterstützung dreier Shinobi erfordert.

Während der Kampfhandlungen gegen die Shinobi-Allianz der fünf großen Shinobi-Mächte beschwört Kabuto den Sandaime Raikage, den Nidaime Mizukage und den Yondaime Kazekage. Auf dem Schlachtfeld der vierten Division erklärt er ihnen, dass sie in vollem Bewusstsein ihre eigenen Leute töten werden.

Der Ninja-Weltkrieg ist ausgebrochen und die Fürsten der verschiedenen Reiche, die sich zu einer Allianz zusammengeschlossen haben, müssen sich vor den Gegnern verstecken, was ihnen nicht leicht fällt, zumal die Bedingungen ihrer unwürdig sind. Unterdessen werden in der Ninja-Allianz Strategien ausgedacht, wie man den drohenden Angriff der übermächtigen Feinde abwehren kann …

Kinkaku und Ginkaku versuchen, den Kampf gegen Darui und seine Gefährten mit neuen Mitteln zu entscheiden, indem sie die Ninja-Instrumente aus dem Schatz von Rikudo Sennin anwenden. Mit ihnen kann man die Seele der Worte beeinflussen, ja sogar zerstören …

Kinkaku treibt sein Unwesen in Gestalt des Neunschwänzigen und Darui steht vor einem Rätsel, wie er ihn überwältigen kann. In der Zentrale werden unter Führung von Shikaku Strategien entwickelt. Demnach gibt es ein fünftes Schatz-Instrument, das noch wirkungsvoller ist, als die Kürbisflasche. Es ist ein Bernsteingefäß, das die Fähigkeit hat, jemanden einzusaugen, sobald er etwas spricht.

Hanzo, bekannt als Shinobi mit dem Salamander und Mifune, das Oberhaupt der Samurais, treffen wieder einmal im Kampf aufeinander. Das hatte es schon gegeben und damals konnte Hanzo seinen Gegner besiegen. Aber Mifune, der sich als Samurai der Harmonie verpflichtet hat, setzt alles daran, dieses Mal das Blatt zu wenden, obwohl Hanzo anfangs sogar Gift anwendet.

Ino, Shikamaru und Choji treffen Asuma, ihren wiederbelebten Lehrer vom Team 10 wieder. Der hat natürlich Interesse daran, wie sich seine Schüler im Laufe der Zeit weiterentwickelt haben. Also fordert er sie zu einem „künstlichen" Duell heraus. Aber Choji hat Probleme damit, seinen Sensei wie im Ernstfall anzugreifen und vielleicht sogar dabei zu verletzen.

Die Frage ist weiterhin, was passieren muss, damit Choji seine Angst vor dem Kampf verliert. Vielleicht hilft es ja, dass er an die Bedeutung des Piercings in seinem Ohr erinnert wird. Als Ge-Nin wurden ihm von seinem Vater Ohrstecker verliehen, weil er später das 16. Oberhaupt des Akamichi Clans werden soll. Und die werden einem Gelübde zufolge jeweils an die nächste Generation weitergegeben.

Naruto fragt sich nach wie vor, warum so viele Wachen um ihn herum sind. Als dann auch noch Iruka, sein erster Sensei, in dem Versteck auftaucht, ist die Verwunderung komplett. Der soll ihn nämlich im Auftrag von Tsunade beschützen. Aber Iruka ist dafür, Naruto die Wahrheit zu sagen, warum er versteckt gehalten wird.

Naruto und Killerbeat können aus dem Inselversteck entkommen, während der Krieg an Härte immer mehr zunimmt. Madara hat sich eingeschaltet, nachdem es ihm gelungen ist, die Ninja-Instrumente zu rauben. Und damit auch das Bernstein-Gefäß, in dem Kinkaku und Ginkaku mit ihrem Chakra versiegelt sind.

Naruto hat den eisernen Willen, den Krieg zu beenden, obwohl er von allen Seiten davor gewarnt wird. Vor allem davor, dass er den Hass anderer auf sich nehmen möchte. Nun meldet sich sogar der Neunschwänzige zu Wort und erinnert Naruto daran, dass er nicht einmal Sasuke helfen konnte, der so voller Hass war.

In der Sanitätseinheit werden plötzlich Ärzte ermordet. Aber alle Versuche, den Täter zu finden, scheitern vorerst. Auch Neji beteiligt sich an der Suche, obwohl er im Moment das Byakugan nicht einsetzen kann. Sakura gelingt es durch Zufall, Licht in das Dunkel zu bringen. Als Neji wieder einmal zu ihr kommt, um sich behandeln zu lassen, stellt sie fest, dass es der Falsche ist.

Um die Lücke im Bannkreis der alliierten Truppen zu finden, begeben sich Shino, Kiba und Hinata in eine Höhle, in der sie es mit den weißen Zetsus zu tun bekommen. Schnell sind sie sich sicher, dass dies der Ort ist, über den sich der Feind bei den eigenen Truppen eingeschlichen hat. Doch bevor ein Versiegelungsteam ihn versiegeln kann, kommt es zu einer großen Explosion.

Deidara fristet immer noch sein Dasein in seinem versiegelten Gefängnis, und fühlt sich dem Gespött seiner Gegner ausgesetzt. Das macht ihm sehr zu schaffen, denn er möchte doch unbedingt seine Super-Extrem-Kunst verwirklichen. Besonders schlimm wird es für ihn, als Kurotsuchi auftaucht, die Enkelin des Tsuchikage aus Iwa-Gakure.

Ebisu sieht sich in der Pflicht die Dorfbewohner Konohas vor Banden zu warnen, die die Abwesenheit der Krieger ausnutzen könnten, um sie zu überfallen. Für die Mütter des Dorfes ist das allerdings viel Lärm um nichts, denn es wäre nicht das erste Mal, dass Banden versuchen, zu plündern, und bisher haben die Frauen sie noch immer in die Flucht schlagen können.

Tsunade und der Raikage finden Naruto und Killerbeat. Sie wollen Naruto um jeden Preis aufhalten, um zu verhindern, dass er in die Hände des Feindes gerät, was das Ende der Welt bedeuten würde. Der Raikage ist sogar bereit Naruto zu töten, wenn es nötig sein sollte, doch Killerbeat stellt sich zwischen die beiden und bietet dem Raikage an, lieber ihn statt Naruto zu töten.

Der Raikage versucht Tsunade zu überreden, Naruto mit aller Macht davon abzuhalten, in den Krieg zu ziehen, aber Tsunade möchte es zulassen, weil sie weiß, dass in Naruto diese ungeheure Kraft steckt. Sie hat in Killerbeat einen Verbündeten. Er selbst hat in sich nicht nur die Kraft des Achtschwänzigen, sondern auch eine Art Sonne, die ihm zusätzliche Energie gibt.

Kakashi und seine Einheit geraten in einen Hinterhalt. Mit der Guerilla-Taktik überfallen die von Akatsuki mit Edo Tensei wiedererweckten Kämpfer einzelne Teams, um dann wieder in den Bäumen zu verschwinden. Kakashi befiehlt seinen Ninjas zusammenzubleiben, aber um den Angreifern wirklich etwas entgegensetzen zu können, ist etwas anderes von Nöten …

Pakura, eine Shinobi, die das das Shakuton beherrscht, ein Hitze entwickelndes Jutsu, wird zur Heldin von Suna-Gakure, weil sie eine Verschwörung von Seiten Iwa-Gakures verhindert hat. Als nun mit Kiri-Gakure bestehende Unstimmigkeiten nicht beseitigt werden können, wird sie von den Dorfältesten dort hingeschickt, und plötzlich hinterhältig ermordet.

Nachdem der Raikage und Tsunade Naruto haben ziehen lassen, erinnern sie sich daran, wie sie sich kennenlernten: Tsunade suchte nach einer Unterkunft mit einem Casino, um ihrer Spielsucht nachzugehen und ihren Kummer mit Sake zu ertränken. Der Raikage suchte das gleiche Dorf auf, um den schwer unter einem Insekten-Geschwür leidenden Karai von dem Ninja-Arzt Amai behandeln zu lassen.

Der Raikage ist mit dem verletzten Karai und dem Ninja-Arzt Amai bei Tsunade, damit diese Karai helfen kann. Er hat ein Geschwür im Körper, welches aus einem explosiven Insekt besteht, das immer größer wird. Tsunade erklärt sich bereit, es zu entfernen. Alles wird vorbereitet, aber im letzten Moment erteilt Tsunade Shizune den Auftrag, die Operation zu übernehmen.

Kakashi, der seiner Truppe immer wieder sagt, dass man nie allein einem Gegner gegenübertreten soll, ist eben in einer solchen Situation. Da kommt ihm Guy plötzlich zu Hilfe und möchte die Angelegenheit selbst klären, gegen den Befehl von Kakashi. Dabei kommt heraus, dass es während einer Mission auf der Akademie zu einem ähnlichen Vorfall kam …

Kakashi und Guy erfahren, dass eine Einheit nach heftigen Verlusten Unterstützung braucht. Es haben nach mehreren Kämpfen nur Omoi, Yurui , Nurui und ein paar andere überlebt und sie haben es als Gegnerin mit der wiedergeborenen Ameyuri Ringo zu tun, die zu den Sieben Shinobi Schwertkämpfern gehörte und mit ihrem ersten Jutsu gleich Yurui ausschaltet.

Die Auswertung der DNA-Daten des weißen Zetsu ergibt, dass der Feind Zellen des ersten Hokage kultiviert, und bewegliche Pflanzen als Träger verwendet hat. Des Weiteren stellt sich heraus, dass Madara vermutlich unsterblich ist. Diese neuen Informationen machen es Naruto nicht leichter, endlich in den Kampf zu ziehen …

Gaara und Oonoki stehen den durch Edo Tensei wiederbelebten Kage gegenüber. Auch Rasa, der Vater von Gaara, welcher ihn einst umzubringen versuchte, ist unter ihnen. Für ihn war sein Sohn wertlos, da es Gaara als Kind nicht gelang, Shukaku zu kontrollieren und Gaara nur zu diesem einen Zweck geboren wurde.

Naruto und Killerbee treffen unterwegs auf Itachi und Nagato, zwei alte Bekannte von Naruto. Endlich ergibt sich für Naruto die Chance, aus Itachi die ganze Wahrheit über dessen Verhältnis zu Sasuke zu erfahren. Er weiß ja, dass Sasuke nach wie vor plant, Konoha zu zerstören. Plötzlich bringt Nagato alle in Gefahr, weil er seinen Körper nicht mehr kontrollieren kann …

Naruto kämpft gegen den mit Edo Tensei wiederbelebten Nagato, der Techniken anwendet, die Naruto noch nie zuvor gesehen hat. Killerbee eilt ihm zu Hilfe, doch auch er ist machtlos gegen Nagatos Fähigkeiten. Gerade als Nagato versucht, Naruto und Killerbee in einer Art kleinem Planeten zu fangen und zu Kabuto zu befördern, taucht Itachi auf …

Der 2. Mizukage beschwört unter Edo Tensei eine Riesenmuschel herauf, die ein großflächiges Genjutsu erzeugt. Gaara befiehlt seinen Shinobi, ihn zu versiegeln, doch eine durch die Muschel erschaffene Fata Morgana des 2. Mizukage, macht ihnen einen Strich durch die Rechnung.

Der mit Edo Tensei wiederbelebte 3. Raikage soll besiegt werden, aber was auch versucht wird: Kein Jutsu führt zum Erfolg, obwohl Temari das Windversteck beherrscht, und Naruto es mit einem neu entwickelten Rasengan probiert. Dodai, ein früherer Gefährte des 3. Raikage gibt dann allerdings entscheidende Tipps.

Der 2. Mizukage verlangt Gaara und seinen Leuten weiterhin alles ab. Inzwischen bekommen sie es mit dem „Ninjutsu der endlosen Explosionen" zu tun, bei dem ein Doppelgänger des Mizukage erschaffen wird, der nur aus Öl und Wasser besteht. Je mehr sich dieser bewegt, desto stärker erhitzt er sich bis er schließlich explodiert.

Die Zetsus treiben noch immer ihr Unwesen in den Einheiten der Allianz und das Misstrauen untereinander steigt. Als wäre das nicht genug, taucht das wiederbelebte Oto-Quartett auf, Orochimarus ehemalige „Elite-Leibwächter". Shikamaru, Choji, Neji und Kiba haben schon einmal gegen sie gekämpft, doch inzwischen sind sie stärker, als noch zu Lebzeiten.

Nachdem Kabuto es mit Hilfe der wiederbelebten Viererbande aus Otogakure gelungen ist, Kiba, Shikamaru, Choji und Neji die Seelen zu entnehmen und in einem speziellen Bannkreis einzusperren, in der sie dann eine Gestalt einnehmen, versuchen ihre in „Freiheit" gebliebenen Kameraden alles, um sie zu retten. Und das muss schnell gehen.

Die Viererbande aus Otogakure, die von Orochimaru durch Edo Tensei wiederbelebt wurde, hat Shikamaru, Neji, Kiba und Choji in einem Bannkreis eingesperrt um sich an ihnen für eine frühere Niederlage zu rächen. Aus diesem Bannkreis gibt es angeblich kein Entkommen mehr. Aber Naruto spürt, dass seine Freunde in Gefahr sind und es gelingt ihm, herauszufinden, wo sie sich aufhalten.

Neji bereiten seine Augen große Probleme, doch Hinata steht ihm zur Seite und beschützt ihn. Er hat Gleiches schon früher einmal für sie getan, als sie nach dem traditionellen Senbon-Training außer Gefecht gesetzt war. Damals hat er sich in das unheilvolle Tal des Urteils begeben, um eine Pflanze zu suchen, die ihren Heilungsprozess hätte fördern können.

Die Allianz hat inzwischen eine gewaltige Zahl an Verlusten zu beklagen. Auf diesen Zeitpunkt hat Kabuto nur gewartet, um Hayate und weitere Tote wiederzubeleben. Hayate hatte Kabuto noch zu Lebzeiten ausspioniert. Nun muss der wiederbelebte Hayate aber mit Kabuto zusammenarbeiten, ob er will, oder nicht. Das führt auch dazu, dass er auf seine ehemalige Geliebte trifft …

Yugao, die sich mit Sakura und anderen um die Verletzten kümmert, trifft plötzlich den durch Edo Tensei wiederbelebten Hayate, der früher bei den Anbu ihr Geliebter war. Als Wiederbelebter bittet Hayate nun Yugao, ihn zu töten, aber sie bringt es nicht fertig. Sie möchte nicht noch mal erleben, dass er stirbt …

Um den entführten Prinzen Shuu zu befreien, muss Shikamaru sich mit seinem Team etwas Besonderes einfallen lassen. Da passt es sehr gut, dass in dem Schloss, in dem der Prinz gefangen gehalten wird, ein Essens-Wettbewerb stattfindet. Es geht darum, wer am meisten verspeisen kann. Da ist natürlich Choji gefragt.

Naruto, Shikamaru, Ino und Chouji helfen dem Prinzen Shuu aus „Diesesland," zu fliehen. Er soll aus der Burg in seine Heimat „Jenesland" zurückkehren. Naruto verwandelt sich in Shuu, um seine Aufgaben als Prinz zu erfüllen, doch der Schwindel fliegt schnell auf und der Samurai Tatewaki und Prinzessin Chiyo stellen ihn zur Rede.

Guy und sein Trupp haben es mit einem überaus starken Gegner zu tun, der das Taijutsu extrem gut beherrscht. Um so überraschter ist Guy, dass es sich dabei um Meister Chen handelt, der durch ein besonderes Geheimjutsu, den „Konoha Drachengott" berühmt war, aber lägst tot sein soll. Wurde er durch Edo Tensei wiederbelebt?

Shikamaru, Ino und Choji treffen auf einen neuen Gegner, der das Wetter auf extreme Weise beeinflussen, und gegen sie einsetzen kann. Zuerst erkennen sie ihn nicht, doch schließlich fällt ihnen auf, dass es sich um Yota handelt. Ein Junge, der eher einem skurrilen Wesen, als einem Menschenkind gleicht und den sie in ihrer Kindheit auf kuriose Weise kennengelernt haben.

Yota setzt Shikamaru, Ino, Choji, Kiba und Sakura immer noch zu. Das Verblüffende daran ist: Er ist an drei Orten zur selben Zeit. Als die Kinder aus Konoha Yota damals kennengelernt haben, hatten sie gemeinsam eine Menge Spaß. Aber sie mussten vorsichtig sein, denn sollte jemand in Konoha erfahren, dass sich ein Fremder auch nur in der Nähe des Dorfes aufhält, würde es großen Ärger geben.

Yota scheint im Moment an mehreren Stellen gleichzeitig zu sein, aber welcher ist nun der echte? Und warum ist Yota überhaupt hergekommen? Gibt er Naruto und seinen Freunden die Schuld an seinem Tod? Damals hatten sie Yota befreit, als er gefangen gehalten wurde, und in Schwierigkeiten war. Auf der Flucht mussten sie einen Fluss durchqueren, bei dem Yota fast ertrunken wäre.

Kabuto hat seine Edo Tensei Allianz ins Schlachtfeld geschickt, aber sie ist nicht so durchschlagskräftig, wie er erhofft hat, obwohl sie angeblich zahlenmäßig überlegen ist. Der Zufall will es, dass unter den Kämpfern der jeweils gegnerischen Trupps sogar Verwandte sind, die sich zum ersten Mal seit ihrem Tod wiedersehen …

Torune, einer der ehemaligen Leibwächter Danzos, wurde, wie viele andere auch, durch Edo Tensei wiederbelebt. Er trifft zufällig Shino wieder, in dessen Familie er aufgewachsen war. Sie waren wie Brüder. Aber Torune hatte schon immer ein Problem, weil er hochgiftige Insekten in seinem Körper hatte. Jeder, der mit ihnen in Berührung kommt, ist verloren.

Während Bee „mal muss" ist Naruto schon vorausgelaufen. Auf einmal taucht Motoi auf, der vom Raikage den Auftrag bekommen hat, Bee zu unterstützen. Sie bleiben nicht lange allein, denn es kommt der wiederbelebte Fukai, der Bee früher trainiert hat und Schuld am Tod von Motois Vater sein soll. Er selbst hatte vor seinem Tod immer ein Gefühl, als sei ein Loch in seiner Seele …

Sasori baut akribisch genau aufwendige Puppen, die echten Menschen gleichen. Dafür wird er als Shinobi sehr geschätzt. Komushi bewundert ihn dafür und wünscht sich sehr, irgendwann auch ein vollwertiger, bewunderter Shinobi zu sein, denn seine Eltern behandeln ihn wie ein Kleinkind und trauen ihm nichts zu.

Omoi verlässt Hals über Kopf seine Einheit und schwächt sie dadurch sehr. Anfangs weiß keiner, was er vorhat, doch es stellt sich heraus, dass er der Raiun-Einheit zu Hilfe eilen will. Sie besteht aus sieben hochtalentierten Kindern, die vorrangig als Versorgungseinheit eingesetzt wurden, doch sie stecken in großen Schwierigkeiten.

Das Ninja-Bündnis stellt sich den weißen Zetsus entgegen, die sich als Ninjas verkleidet haben. Das Daimyo-Team setzt den Kampf gegen die schwarzen Zetsus fort.