眼看着小樱就要死在佐助手中，幸好鸣人即时赶到化解了危机。身为佐助昔日恩师的卡卡西，打算与佐助单打独斗，但却遭到鸣人趁隙阻止。鸣人与佐助毫不留情的施展招式，强力的螺旋丸与千鸟擦出激烈的火花。

“一流的忍者只要交手一次，就能看透彼此心里在想什么”。鸣人与佐助透过战斗了解了彼此的心思。抱着赴死决心的鸣人，要佐助把所有的憎恨往自己的身上发泄。面对已显出不耐烦的佐助所提出的问题，鸣人的答覆竟是……

杀人蜂背着紧黏着他的鲛肌回到云忍者村，但它的行动背后，竟隐藏着晓的企图。另一方面，刚醒来的祭发现舌头上的咒印已消失，这是因为段藏已死，所以术也跟着解开了。当然木叶的暗部也察觉到此事，因而引起了骚动。

五大国的诸侯们，透过视讯会议同意组成忍者联军。影则是各自回到村子，为战争进行准备工作。就在此时，鸣人一行人抵达了木叶忍者村。鸣人拜托特地过来迎接的鹿丸集合伙伴，因为他有话想跟大家说……。

鸣人对伙伴们宣称要自己解决掉佐助，虽然伙伴们大都表示无法接受，但鸣人也不想再多说。另一方面，卡卡西为了解决村内无火影领军的事态，接受了木叶高层们要他接任火影的要求。

蛤蟆寅、深作与大蛤蟆仙人正在妙木山讨论，应该如何处置自来也托付的四象封印钥匙。蛤蟆寅虽然明白自来也是要他进入鸣人的体内，但那有可能会造成九尾失控。为了得到答案，大蛤蟆仙人决定叫鸣人到妙木山并帮他预言。

鸣人被召唤至妙木山听取预言，并进行让蛤蟆寅进入自己体内的入藏仪式。但九尾的查克拉是从憎恨而来的力量，其中也包含了九尾的意志，要让自己的意志强到足以控制九尾的查克拉并非易事。犹豫不决的鸣人最后选择的是……

第四次忍界大战已接近开打的状态，面对即将到来的战争，木叶的每个人都为自己应该守护的事物做好心理准备。在此同时，五影在云忍者村中集结，为今后的作战方针进行讨论。在会议结束后，纲手特地拜托雷影帮忙一件事……。

鸣人一行人结束漫长的航海之旅，终于抵达目的地。鸣人想到终于能见到大蛤蟆仙人预言中的章鱼，而显得雀跃不已。没想到才刚抵达小岛，就被突然现身的花枝怪物抓走了。替鸣人解围的并不是章鱼，而是八尾的祭品之力·杀人蜂。听说杀人蜂是能够彻底控制尾兽的祭品之力后，希望杀人蜂能指导自己修炼控制九尾的力量，却遭到拒绝。鸣人在无计可施的情况下，只好拜托基帮忙说服杀人蜂，于是基带着鸣人前往一处名叫“真实瀑布”的地方……。

鸣人得知若维持现状就无法进行控制尾兽的修炼后，便决定深入了解与杀人蜂相关的生平事迹。基明白鸣人的心意后，便开始提起自己曾因无知而犯错的住事。那就发生在杀人蜂与基还是孩子的时候，八尾跟其他尾兽一样，不肯屈服在人类的控制之下，也因此造成许多伤亡。而基的父亲就在八尾不断失控的过程中牺牲了性命……。

杀人蜂顺理成章地成了鸣人的师父，鸣人与杀人蜂、大和一起来到位于真实瀑布里面的遗迹，并在据说整个空间可以与尾兽对话的系统的领域内，与封印在自己体内的九尾对峙。鸣人开启了自来也所托付的封印之钥，为了能够控制九尾的力量，就必须全力奋战。鸣人与被解放的九尾之战，就此展开……。

为了控制九尾的力量，鸣人在自己的精神世界里展开了战斗。在现在世界里保护鸣人的杀人蜂与大和，面对鸣人出现的异状，焦虑的心情全写在脸上。受到九尾内心憎恨的影响，原本已压抑住的黑暗面，又再次于鸣人的心中苏醒。虽然拼了命的抵抗，但憎恨与绝望的感情却慢慢地把鸣人给吞噬掉……。但是，就在那时候，有个意想不到的人物出现在鸣人面前。

时间回溯到木叶忍者村，由第四代火影带领的时候。第四代火影·凑与他的妻子·九品所怀的孩子就快要出生了。就在即将生产的某一天，九品在第三代火影蒜山的妻子带领下，前往位于村子郊外的一处秘密场所。然后，在警戒森严的态势中，丈夫凑也陪伴在侧，亲身参与生产的过程，同时，却有个不祥的黑影，一步步地逼近中……。

因为今天是这孩子诞生的日子……

第四代火影凑和九尾的祭品之力九品，两人之间所创造的新生命诞生了，这孩子所被赋予的名字叫做鸣人。但就在鸣人诞生后，谜样的面具男子突然现身，以鸣人为人质将凑从九品的身边引开。

　　九品因生产而封印力量减弱，男子的目标是要夺走她体内的九尾妖狐并操控它。九尾被解放后尽情的破坏木叶忍者村。为了保护受到面具男子大肆攻击的村子，以及刚出生的鸣人，两人下定决心要以性命来奋战……。

因为今天是这孩子诞生的日子……

第四代火影凑和九尾的祭品之力九品，两人之间所创造的新生命诞生了，这孩子所被赋予的名字叫做鸣人。但就在鸣人诞生后，谜样的面具男子突然现身，以鸣人为人质将凑从九品的身边引开。

　　九品因生产而封印力量减弱，男子的目标是要夺走她体内的九尾妖狐并操控它。九尾被解放后尽情的破坏木叶忍者村。为了保护受到面具男子大肆攻击的村子，以及刚出生的鸣人，两人下定决心要以性命来奋战……。

当阿凯听到鸣人正在挑战控制九尾查克拉的修炼时，便自告奋勇的想帮忙，于是也来到真实瀑布。一个长像有如怪虫的物体，突然出现在在阿凯面前，那是已经与大刀·鲛肌同化的“晓”的成员鬼鲛。鬼鲛面对已有几次交手经验的阿凯，自认已摸清对手实力，并针对阿凯发动强势的忍术，没想到阿凯也身怀了鬼鲛所不知的大绝技……。

鬼鲛与阿凯交缠激斗之后，终于被逮。青叶想从鬼鲛身上截取“晓”的相关情报，便进入了鬼鲛的记忆之中。原来鬼鲛以前在雾忍者村时，曾执行过杀害伙伴的肮脏任务。自己到底是敌人还是伙伴，甚至连目的地在哪都不知道，认为自己不过是个“虚假的存在”，于是在秘密混进雾忍者村的斑的邀约下，变成了“晓”的成员。后来，鬼鲛与鼬组成两人搭档，然而鼬曾经说过的一句话，在鬼鲛心中留下深刻的印象……。

将希望托付给木叶忍者村里碰面的鸣人后，小南便带着重要的伙伴，长门与弥彦的遗体回到了故乡——雨忍者村，没想到斑却在此时出现。斑，觊觎长门的轮回眼，就为了得到更强大的力量。小南为了这一刻，早已做好万全的准备。为了保护伙伴的遗体与他们的信念，也为了阻止斑的野心，小南开始一场决死的战斗……。

小南本以为终于把斑逼入绝境，没想到斑竟利用禁术避开致命伤，此举让小南倍受冲击。但是，如奇迹般的光景在眼前展开。从来没停过的雨忍者村的雨停了，美丽的彩虹随之现身。目睹这一幕的小南心中，再次燃起了希望。小南认定只有鸣人能够延续死去伙伴的想法，为实践世界和平的目标而战，为了除掉一心阻碍的斑，小南再度展开猛烈的攻击……。

因鬼鲛将情报外泄，使得大和一行人害怕自己的所在之地遭到敌人锁定。虽然想安排鸣人与杀人蜂移动，却又得隐瞒战争的事实，只好对鸣人宣称纲手指派他执行机密任务，也就是“动物们的生态调查”工作，超S级的极机密任务。

大和他们的所在之处，是云忍者村饲养的有如岛屿般巨大的大乌龟。想夺取鸣人的兜与地达罗就在乌龟壳外面，土影们为了阻止他们，便打了起来。在反覆的激烈攻防战中，兜终于因为黑土的主动出击被困住了，但没想到……？

土影们尽力保护鸣人，但大和却落入敌人手中。另一方面，忍者联军开始召集各部队，而斑所率领的“晓”，也准备了大量的白绝，并利用秽土转生让武艺高强的忍者们复活。第四次忍界大战的战火，终于即将点燃……。