일촉즉발의 상황, 사스케에게서 사쿠라를 탈환하는 나루토. 사스케의 행동을 탓하는 나루토에게 자신의 손으로 단조를 죽인 사실을 말하는 사스케. 우치하 일족을 모독한 나뭇잎 마을의 모두를 죽여 버리고, 우치하를 정화한다고 선언하는 사스케. 그 깊은 어둠에 사쿠라는 말을 잃는다. 카카시는 스승의 위치에 있는 사람의 임무로서 둘을 피신시키고 사스케와 싸우려고 하지만 – 짧은 틈 사이에 나루토에게 제지당하고 만다. 제지를 무시하고 사스케를 목표로 돌진 해가는 나루토. 함께 달려드는 사스케. 지금 혼신의 나선환과 치도리가 맞닥뜨리다.

"일류 닌자끼리 라면 주먹을 교환한 것 만으로도 서로의 마음 속을 알 수 있다". 한때 사스케가 "종말의 계곡"에서 했던 말처럼 사스케의 마음 속을 읽는 나루토. 그리고 그것은 사스케도 마찬가지였다. 나루토는 자신들은 일류 닌자가 되었으며 자신들이 싸운다면 둘 다 죽게 될 것이라고 말한다. 죽을 각오를 가지고 모든 증오를 자신에게 부딪치라고 말하는 나루토. 자신에게 대해서 왜 그렇게 집착하는지 묻는 사스케의 질문에 대한 나루토의 답은 .

라이카게에 이끌려 구름 마을로 귀환하는 비. 감격하는 카루이, 오모이와 오랜만에 대면하게 된다. 비에게 끌려 그 곁을 떠나려고 하지 않는 사메하다지만.. 그 행동의 뒤에는 아카츠기의 의도가 있었다. 한편 그 무렵, 카린을 데리고 재워두었던 동료들을 깨워 나뭇잎마을로 가려고 하는 나루토와 동료들. 그러나 눈을 뜬 사이의 혀에는 주인이 없어져있었다. 단조가 죽었기 때문에 술수가 풀린 것이다. 같은 이유로 단조의 죽음 알게 된 나뭇잎마을의 뿌리. 나뭇잎마을에 조용한 동요가 넓어져간다.

중계 회담에서 닌자 연합군을 승인하는 다섯 나라의 수뇌들. 카케들은 각각의 마을로 귀환하자마자 전쟁 준비에 돌입한다. 그리고 가아라는 다섯 카케들을 소집하여 지금까지의 경위를 설명한다. 아주 쉽게 다섯 카케회담에 잠입한 아카츠키의 힘과, 단조의 죽음을 보고받고 전율하는 닌자들. 가아라는 마다라가 가지고 있는 야망을 말해주고, 이 싸움에서 이기지 않으면 세계는 끝난다고 알린다. 비슷한 시각, 나뭇잎 마을에 도착하는 나루도와 동료들. 그리고 마중 나온 시카마루에게 동료들을 모아달라고 부탁한다.

나루토는 모여든 동료들 앞에서 사스케는 자기 혼자서 쓰러트리겠다고 선언한다. 동료들은 석연치 않지만 그 이상 말하지 않는 나루토. 한편 그 즈음, 카카시는 호카케 부재의 사태를 타개하기 위해 나뭇잎마을의 윗사람들에게서 정식으로 호카케 위임 여부를 타진 받고 있었다. 그곳에 카카시의 영원의 라이벌이라고 불리는 가이가 찾아오는데. 오랜만의 진검승부를 하자고 하는 가이. 그러나 그것은 깊은 각오가 깃든 것이었다. 격렬하게 부딪히는 두 상급닌자. 그 승부의 끝에서 기다리고 있는 것은?

묘목산에서 지라이야로부터 받아둔 사상봉인의 열쇠를 어떻게 할지 이야기를 나누는 가마토라, 후카사쿠, 왕두꺼비 선인. 열쇠인 가마토라를 나루토의 몸에 가두어 두는 게 지라이야의 유언이었지만 그것은 구미가 폭주할 수 있는 위험한 일이기도 했다. 대답을 얻기 위해 나루토를 불러 예언을 주기로 하지만.... 그 무렵, 혼수에서 깨어 난 츠나데는 사태를 파악하고 전쟁 준비를 시작한다.

묘목산에서 예언을 듣고 가마타로를 자신의 안으로 들여보내기로 한 나루토. 그러나 계약을 맺기 전 불안을 느끼고 자신도 모르게 손을 멈추고 만다. 구미의 차크라에는 증오 덩어리인 구미의 의지가 함께 하는 것이며, 자신의 힘을 키워도 그것을 제어하는 것은 쉬운 일이 아니기 때문이다. 나루토가 지게 된다면 구미가 세상에 완전 부활하게 되는 것이다. 두려움, 망설임, 후회, 결의. 그리고 나루도가 선택한 것은--? 한편 그 즈음, 어느 먼 곳에서 마다라와 카부토가 접촉을 하고 있었다.

츠나데에게서 제4차 닌자대전의 개시가 가까워 졌다는 말을 듣는 사쿠라. 다가오는 전쟁의 기색을 살피고 있는 쵸지에게 개전이 가까운 것을 말하는 시카마루. 나뭇잎마을의 사람들은 각각 다가올 전쟁을 앞에 두고 지켜야 할 것을 위해 조용히 각오를 다져 간다. 그 무렵, 구름마을에서는 다섯 카케가 모여 향후의 전략을 상담하고 있었다. 전체의 결정인 인주력을 숨기는 조건을 받아들이는 대신 츠나데가 라이카케에게 부탁 한 것은….

나루토들은 바다에서의 긴 여행을 마치고 드디어 목적지인 섬에 도착했다. 드디어 왕두꺼비 선인의 예언에 있었던 문어를 만날 수 있다고 기뻐하는 나루토이지만 섬에 도착한 후 재빠르게 나타난 괴물 오징어에게 나루토가 잡혀 버린다. 그것을 도와 준 것은 낙지가 아닌 팔미의 인주역인 킬러 비였다. 킬러 비가 미수를 완벽하게 제어 한 인주력이라고 들은 나루토는 자신도 구미의 힘을 제어하기 위한 수업을 해 달라고 하지만 킬러 비는 딱 잘라 거절한다. 어쩔 수 없이 섬에서 일을 봐 주는 모토이에게 킬러 비의 수업에 대해 물어 보는데, 모토이는 나루토를 "진실의 폭포"라는 장소에 데려간다.

나루토는 모토이에게 지금 이대로는 미수를 조종하는 수행을 할 수 없다는 말을 듣게 되고, 힌트가 될지도 모른다며 킬러비에 대한 자세한 이야기를 듣기로 한다. 나루토의 심정을 헤아린 모토이는 예전에 자신이 킬러비에게 느끼고 있었던 생각과 자신이 저지른 잘못에 대한 이야기를 시작한다. 킬러비와 모토이가 아직 어렸던 시절, 팔미는 다른 미수들과 같이 인간을 따르지 않고 폭주를 되풀이하였고 그 탓으로 많은 희생자가 나왔다. 그러던 중, 모토이의 아버지가 희생자의 한명이 되는데……

킬러비라는 새로운 스승을 얻게 된 나루토는 즉시 구미의 힘을 컨트롤 하기 위한 수행에 매진한다. 킬러비, 야마토와 함께 진실의 폭포안에 있는 유적을 찾아간 나루토는 구미와 대화할 수 있게 시스템 된 공간에서 스스로 봉인된 구미와 대치하고 지라이야가 맡긴 봉인의 열쇠를 연다. 구미의 힘을 컨트롤 하기 위해서는 구미와 싸워서 차크라를 자신의 것으로 해야만 한다. 나루토와 해방된 구미의 싸움이 시작된다.

구미의 힘을 컨트롤 하기 위해 자신의 정신세계 안에서 싸우는 나루토. 그 싸움을 현실세계에서 바라보고 있는 킬러비와 야마토는, 나루토에게 나타난 변화에 당황함을 감추지 못한다. 증오의 귀신인 구미의 영향을 받아 눌러두었던 “어둠”이 나루토의 마음 속에서 다시 나타나기 시작한 것이다. 그 때, 정신세계에서는 킬러비들의 예상대로 나루토가 “어둠”에 지배당하기 시작하고 있었다. 필사적으로 저항하는 나루토지만, 미움과 절망의 감정은 점점 나루토를 집어 삼키고…

시간을 거슬러 올라가, 나뭇잎마을의 장이 4대 호카게였던 시절. 4대 호카케 미나토와 그의 아내 쿠시나 사이에는 아이가 태어나려고 하고 있었다. 그러나 그 출산은 기쁨과 동시에 심각한 위험이 따른다. 출산이 임박해지던 날, 쿠시나는 3대 호카케인 히르젠 부인의 안내로 마을에서 조금 떨어진 장소로 이동한다. 그리고 엄중한 감시태세 속에서 남편인 미나토가 지켜보는 가운데 출산을 하게 되는데….. 같은 시각, 나뭇잎 마을에 불길한 그림자가 드리워진다

갑자기 나타난 가면을 쓴 남자에게 갓 태어난 아들이 인질로 붙잡히자, 순식간에 비뢰진의 술로 다른 장소로 이동한 미나토는, 안전한 장소에 아들인 나루토를 피신시키고 사랑하는 아내 쿠시나의 곁으로 돌아간다. 가면 남자의 타켓은 쿠시나였던 것이다. 빈사상태의 쿠시나를 구출하고, 가면 남자와의 싸움에 돌입하는 미나토. 그러나 강력한 결계와 엄중한 경비를 뚫을만큼 강한 힘을 가진 남자와의 싸움은 매우 치열하다. 같은 시간, 나뭇잎 마을에서는 봉인이 풀린 구미의 습격을 받아 많은 닌자가 사투를 펼치고 있었다.

마을의 피해를 최소한으로 줄이기 위하여 자신의 시공간인술을 써서 구미를 다른 장소로 이동시킨 미나토였지만 남아있는 차크라는 조금 뿐이었다. 그런 미나토에게 역시 차크라가 조금밖에 남지 않은 쿠시나가 힘을 더해준다. 쿠시나는 구미와 함께 죽는 것으로 남편과 아들을 구하려고 한다. 그러나 미나토는 그런 쿠시나를 납득할 수 없었다. 갓 태어난 아들을 생각하는 마음과 서로에 대한 마음으로 인한 언쟁 끝에 두 사람은 결단을 내린다.

나루토가 구미 차크라를 컨트롤하기 위해 수행을 하고 있다는 소식을 들은 가이는, 자신도 보탬이 되기 위해 진실의 폭포로 찾아온다. 그런 가이의 앞에 돌연 기묘한 벌레 같은 무언가가 나타난다. 그것은 대도-사메하다와 동화된 “아카츠키”의 키사메였다. 키사메는 사다하메와 동화하여 킬러비에게 접근한 뒤, 정보를 모으고 있던 것이었다. 수집한 정보를 “아카츠키”에게 전달하기 위해 도망치는 키사메. 그런 키사메를 가이가 쫓는다. 키사메는 지금까지 많은 싸움을 펼쳐 실력을 알고 있는 가이에게 강한 술을 발동 시키지만, 가이에게도 감추고 있는 큰 기술이 있다.

가이와의 격전끝에 잡힌 키사메. 아오바는 “아카츠키”의 정보를 끄집어내기 위하여 키사메의 기억속으로 들어간다.

오래 전 키사메는 안개마을에서 동료를 죽이거나 하는 그림자의 일을 하고 있었다. 자신은 동료들에게 적인지 같은 편인건지, 어디로 향하고 있는지조차 알지 못하는 자신을 “거짓존재”라고 생각하고 있던 키사메는 몰래 안개마을에 잠입한 마다라의 꼬임에 “아카츠키”의 멤버가 된다. 그리고 자신과 같이 동료를 살해한 이타치와 콤비를 이루게 되지만, 키사메의 마음속에는 언젠가 이타치가 말했던 한마디가 인상 깊이 남겨져 있다.

나뭇잎 마을에서 만난 나루토에게 희망을 걸며, 소중한 동료인 나가토와 야히코의 유해와 함께 고향인 비 마을에 돌아온 코난의 앞에 마다라가 나타난다. 마다라는 힘을 얻기 위해 나가토의 윤회안을 노리고 있었다. 마다라가 자신의 야망을 위해 언젠가 눈 앞에 나타날 것이라고 예상하고 있었던 코난은 그 때를 대비한 비책을 미리 마련하고 있었다. 동료의 유골과 그 추억을 지키기 위하여, 세계를 혼돈에 빠뜨리려는 마다라의 야망을 저지하기 위하여, 코난의 결전이 시작된다

코난은 마다라를 겨우 수세에 몰아넣었지만 금지된 술법을 사용하여 치명상을 피한 마다라에게 충격을 받는다. 그 때 기적 같은 광경이 눈 앞에 펼쳐진다. 멈추지 않았던 비 마을의 비가 그치고 아름다운 무지개가 나타난다. 그것을 본 코난의 마음에 다시 한번 희망이 떠오른다. 평화로운 세계를 위해 싸우고 죽어간 동료들의 의지를 이어받는 것은 나루토 뿐이라고 생각한 코난은 방해자인 마다라를 없애기 위하여 다시 한번 전투를 시작한다.

키사메에게 정보를 빼앗기고 자신들이 있는 장소가 알려지게 되어 걱정하는 야마토들. 나루토와 비를 이동시키고 싶지만 전쟁상황을 알리지 않기 위해 “동물들의 생태조사 극비임무”라고 속이고 있는 이상, 밖에 내보낼 수는 없는 일. “이동은 해도 되지만 이 섬에 있어야 해” 라는 모토이의 비책에 따라, 아오바는 한결 어려운 S급랭크의 극비임무를 나루토에게 맡기기로 한다. 한편, 정보가 노출되었다는 보고를 받은 닌자연합본부는 적들이 나루토를 빼앗기 위해 올거라고 예측하고, 섬에 증원닌자를 보내기로 한다. 그 증원에 합류한 인물은….???

야마토들이 있는 장소는 구름마을이 예전부터 기르고 있던 섬 만한 크기의 거대한 거북이었다. 그 등껍질 위에서 S급임무라고 생각하고 생태조사를 계속하는 나루토. 그러나 밖에서는 나루토를 잡으러 온 카부토와 데이다라, 그리고 그것을 저지하려고 하는 츠치카게가 전투중이었다. 거북이를 뒤집어버릴 정도의 격렬한 카부토의 공격과, 데이다라의 폭탄공격에 고전하는 츠치카게들. 격렬한 전투가 펼쳐지고 있는 가운데, 쿠로츠치의 활약으로 카부토 포획에 성공할 수 있을까…

나루토를 지켜 온 츠지카게들이었지만 야마토가 적에게 잡혀버린다. 밖의 일에 신경이 쓰이기 시작한 나투로였지만 킬라비의 기지로 미수 차크라 컨트롤 수행에 집중하기 시작한다.

한편, 마다라가 있는 장소를 알아낸 닌자연합군은 선공을 펼치기 위해 각 부대에 소집을 명하고, 수많은 닌자들이 한 장소에 모인다. 마다라가 이끄는 “아카츠키”도 수많은 하얀 제츠들과 예토전생으로 되살린 고수 닌자들을 모아 전쟁준비를 하고 있다.

정비가 끝난 닌자연합군과 “아카츠키”. 드디어 제4차 인계대전의 싸움이 시작된다!