Nach Wochen auf dem Meer sind Naruto und seine Mitreisenden auf der geheimen Insel im Reich der Blitze angekommen. Naruto kann es kaum noch erwarten die Insel unsicher zu machen, denn der Kröteneremit prophezeite ihm, dass er dort einen mächtigen Oktopus treffen wird. Den Ersten, den sie auf der Insel treffen ist allerdings Killer B.

Um den Neunschwänzigen endlich unter Kontrolle zu bringen, begibt sich Naruto zum Wasserfall der Wahrheit. Dort soll er sein wahres Ich finden. Naruto begibt sich auf eine Reise in sein Inneres. Dort trifft er auf seine dunkle Seite, die er besiegen muss. Jedoch ist sein Kontrahent exakt gleich stark, wie er selbst. Er sucht Hilfe bei Motoi, den Vertrauten von Killer B.

Naruto konnte am Wasserfall der Wahrheit sein wahres Ich finden. Somit ist er in der Lage durch den Wasserfall hindurchzugehen. Auf der anderen Seite angekommen, betreten Naruto, Killer B, Yamato und Motoi einen geheimnisvollen Tempel. In diesem soll Naruto die Kontrolle über den Kyuubi erlernen. Hierfür betreten die Freunde einen versiegelten Raum, aus welchem der Kyuubi nicht ausbrechen kann.

In einem Tempel ist es dem Kyuubi beinahe möglich, seinen ganzen Hass auf Naruto zu übertragen. Doch plötzlich erhält Naruto Unterstützung von seiner verstorbenen Mutter, Kushina Uzumaki. Nachdem sie in Narutos Unterbewusstsein erste Worte gewechselt haben, kann seine Mutter den Kyuubi fesseln.

Noch immer spricht Naruto im Unterbewusstsein mit seiner Mutter Kushina Uzumaki. Nachdem sie die Geschichte über das Kennenlernen mit Narutos Vater erzählt hat, möchte Naruto noch wissen, was vor 16 Jahren, am Tag seiner Geburt passierte. Erst jetzt erfährt Naruto die wahre Geschichte über seine Eltern.

Während Minato sich mit seinen Gedanken noch wo anders befindet, ahnen Kakashi, Itachi und Hiruzen Sarutobi, dass dem Dorf etwas Grauenvolles bevorsteht. Schon kurz darauf, bestätigt sich die Vorahnung. Denn plötzlich erscheint Tobi im Dorf und teleportiert den Kyuubi ebenfalls in den Ort. Die Dorfbewohner versuchen zunächst das Ungetüm mit Briefbomben in Schach zu halten.

Obwohl der Kyuubi dank Minato nicht mehr an Tobi gebunden ist, greift das Monster Konohagakure und seine Bewohner an. Daraufhin befiehlt Hiruzen Sarutobi den ANBU das Ungetüm aus dem Dorf zu locken. Während Irukas Eltern gegen den Neunschwänzigen kämpfen, wird der Junge widerwillig von Ninja in Sicherheit gebracht.

Naruto konnte das Chakra des Kyuubi erfolgreich aufnehmen. Dementsprechend befindet er sich im Stadium des Fuchsgeistes. Plötzlich bemerkt Naruto, dass mit dem Schwert auf Killer Bs Rücken etwas nicht in Ordnung ist. Der Grund wird schnell offensichtlich: Im Schwert versteckt sich Kisame Hoshigaki, der sich während des Kampfes zwischen ihm und Bee von dem weißen Zetsu kopiert hat lassen.

Nachdem Kisame Hoshigaki besiegt wurde, fesselt ihn Yamato und Aoba beginnt mit dem Verhör. Kurz bevor er in den Erinnerungen von Kisame, die wahre Identität von Tobi herausfinden kann, beißt sich Kisame die Zunge ab. Kisame kann sich von seinen Fesseln befreien und versucht zu fliehen. Schnell wird ihm bewusst, dass er den Konoha-Nin nicht entkommen kann.

Tobi begibt sich nach Amegakure und möchte Konan aufspüren. Nach dem Angriff auf Konoha sowie dem Tod von Nagato, trägt Konan zwar noch den Mantel der Akatsuki, ist jedoch kein Mitglied mehr dieser Organisation. Tobi versucht Informationen über Nagatos Grab aus ihr zu entlocken, denn er möchte sein Rin'negan wieder zurück. Konan greift Tobi an.

Der Kampf zwischen Tobi und Konan geht weiter. Konan ummantelt Tobi mit zahlreichen Kibakufuda. Konan ist sich sicher, dass die Explosionen Tobi getötet haben. Jedoch taucht dieser unerwartet hinter ihr auf und kann das Mädchen mit einer Stange durchbohren. Wie sich herausstellt, hat Tobi, um zu überleben, das Izanagi benutzt.

Naruto soll so lange hingehalten werden, wie es nur möglich ist. Denn der junge Shinobi soll nichts vom Krieg in Konoha mitbekommen. Hierfür wird eine geheime Mission erfunden. Bei dieser soll eine Armee aus riesigen Tieren der Insel gebildet werden. Währenddessen besprechen die fünf Kage die weitere Vorgehensweise im Kampf.

Durch die Hilfe seiner Riesenschlange, findet Kabuto die Riesenschildkröte. Indem er das Tier auf den Rücken dreht, kann er sie infolgedessen ruhig stellen. Kurz darauf, stellt sich Kabuto einigen anderen Shinobi. Kabuto kann die Gegner nicht besiegen und wird schließlich gefangen genommen.

Während Killer B Naruto hilft sein Bijuu zu kontrollieren, entdeckt Tokuma Hyuuga die Zetsu Armee. Die fünf Kage versammeln daraufhin die alliierten Shinobi, welche in fünf Divisionen aufgeteilt werden. Inzwischen beschwört Kabuto seine mächtige Armee von wiederbelebten Shinobi. Gemeinsam mit Tobi verlässt Kabuto das Versteck und leitet den vierten großen Shinobi Weltkrieg ein.

Schon seit seiner Kindheit, suchte Naruto immer Streit. Zunächst bemalte Naruto die Hauswände im Dorf. Worauf er von dritten Hokage zu Recht gewiesen wurde. Als er endlich an der Ninja-Akademie aufgenommen wurde, stritt und kämpfte er regelmäßig mit anderen Kindern. Darunter auch Sasuke, bei dem ihm der Hass in seinen Augen auffiel.

Während den Chunin-Auswahlprüfungen wird Team 7 von einem Ninja gezwungen, die Schriftrolle gegen ihr Leben zu tauschen. Im Gegensatz zu seinem Teamkameraden, möchte Naruto die Rolle nicht übergeben, denn es gäbe keine Garantie dafür, dass der Ninja sie nach der Übergabe wirklich am Leben lässt. Daraufhin beschwört der gegnerische Ninja eine Schlange, welche die jungen Ninja angreift.

Als Sasuke über seine Stärken und Schwächen nachdenkt, bemerkt der junge Ninja, dass sein Teamkollege Naruto, langsam immer stärker wird. Nachdem Sasuke über die neuesten Informationen über Itachi Uchiha in Kenntnis gesetzt wurde, begibt er sich in ein nahegelegenes Hotel. In diesem trifft er auf Itachi, Naruto und Kisame.

Um mehr Kraft zu erlangen, begleitet Sasuke die Sound-Four zu Orochimarus Versteck. Unterdessen bildet Shikamaru ein Team aus Naruto, Choji, Kiba und Neji. Das Team soll die Verfolgung aufnehmen und Sasuke wieder zurückholen. Dem Team ist es möglich Sasuke und die Sound-Four einzuholen. Daraufhin entwickelt sich ein Kampf zwischen Naruto und Sasuke.