Henrietta et son "handler", José, membres de la Section 2 de l'Agence de protection sociale, qui s'occupe des actions secrètes du gouvernement, doivent se rendre sur un site pour recueillir un témoin. Dans un flash-back, José se souvient de la façon dont il a trouvé Henrietta dans un hôpital après que sa famille ait été tuée.

Henrietta est soignée pour sa blessure, bien que le médecin prévienne que des opérations répétées affaibliraient son corps. José rappelle alors qu'il a dû lui apprendre les bonnes manières et que, pendant son entraînement, il a essayé de la traiter comme une jeune fille plutôt que comme une simple machine à tuer.

Rico, une autre jeune fille assassin, se souvient de sa découverte par son "handler" Jean et de la façon dont elle a pu se déplacer grâce à la cybernétique qu'elle a reçue. Dans le présent, elle est chargée d'une mission d'assassinat d'un politicien et, au cours d'une course préliminaire dans le bâtiment, elle rencontre un garçon nommé Emilio.

A l'approche de Noël, Henrietta demande à José de rester avec elle comme cadeau de Noël. Lors d'une mission, Triela abat un suspect contre l'avis de son supérieur, Hilshire.

Jean recrute Raballo, un carabinier à la retraite, pour être le maître-chien de Claes. Au début, Claes a du mal à s'adapter à l'entraînement sans relâche de Raballo et à ses relations professionnelles strictes. Un jour, Raballo quitte l'agence et donne à Claes ses vieilles lunettes et la clé de sa chambre pour qu'elle puisse lire tous les livres qu'elle veut.

Après avoir désamorcé de justesse une bombe dans le métro, la police se met à la recherche d'Enrico Beldini, un poseur de bombes notoire. Henrietta et José surprennent une conversation au cours de laquelle Beldini négocie avec la Faction de la République de Padanie l'utilisation d'une bombe.

Rico et Jean rencontrent un homme nommé Filippo Adani, et après avoir conversé avec lui, ils visitent la ville de Florence, appréciant les œuvres d'art et l'architecture. Dans le musée, Filippo réfléchit à la façon dont il a abandonné sa carrière d'artiste pour devenir comptable. Pendant ce temps, Jean appréhende un assassin du PRF envoyé pour tuer Filippo, qui se révèle être un comptable de Pirazzi, un de leur membre.

Henrietta subit un test émotionnel avec le Dr Bianchi, et Angelica , qui a des pertes de mémoire, suit. Marco, son assistant, est sermonné par Bianchi pour son manque d'attention, et Marco révèle sa frustration d'enseigner des choses à quelqu'un qui ne fait que les oublier.

Elsa, une autre assassin mécanisée, accomplit une mission visant à éliminer un groupe d'officiers de police corrompus sur les ordres de son "handler", Lauro. Lauro recrute José pour sa prochaine mission, et les deux hommes se font la remarque qu'ils ont des points de vue différents sur la façon de traiter les filles, l'indifférence de Lauro contrastant avec l'empathie de José.

José et Henrietta sont en congé pour une croisière en Sicile, et il annonce qu'Elsa et Lauro ont été retrouvés morts dans un parc. Le chef de la section 1, Draghi, décide d'enquêter et envoie Pietro Fermi et Elenora Gabrielli. Pietro et Elenora perquisitionnent les installations de la Section 2 et s'entretiennent avec Triela.

Pietro et Elenora partent en Sicile pour rencontrer José et Henrietta, qui séjournent dans l'une des maisons d'été de la famille de José. Pietro interroge José sur des détails concernant Elsa tandis qu'Elenora aide Henrietta à cuisiner.

Angelica est blessée lors d'une séance d'entraînement, ce qui amène le directeur de l'Agence de protection sociale à remettre en question la valeur de la Section 2. Claes se fait passer pour la fille d'un membre du parlement afin de créer une fausse prise d'otage pour éliminer les terroristes de la Faction des Cinq Républiques.

Les filles prévoient d'assister à une pluie de météorites, mais Henrietta est bouleversée lorsque José révèle qu'il est trop occupé et qu'il ne peut pas venir. Triela tente alors de trouver un nouveau "handler", et Hilshire accepte après que Triela l'ait aidé dans son travail.

Alors qu'ils se préparent à rentrer en Italie, José et Hilshire se rendent dans un magasin d'antiquités en France pour choisir des cadeaux pour leurs partenaires, Henrietta et Triela. Dans le train du retour, José se souvient de l'époque où il avait été affecté aux Balkans et avait dû laisser sa jeune sœur, Enrica, à son frère aîné, Jean.

Dans un flashback, Pinocchio, un jeune enfant, commet son premier meurtre sous les auspices de son père adoptif Cristiano. Dans le présent, il termine un assassinat pour le compte de la faction de la République de Padanie (PRF).

Hilshire et Triela sont chargés d'une mission pour retrouver un membre de la Division de la sécurité publique qui a disparu dans sa recherche d'un assassin padanien nommé Pinocchio. Alors qu'elle enquête dans un hôtel de Montalcino, Triela tombe sur un livre intitulé "Pinocchio" et commence à le lire, avant de le jeter par terre, faute d'une meilleure histoire.

Angelica est autorisée à effectuer sa première mission sur le terrain depuis son hospitalisation. Avec Marco, son "handler", Rico et Jean, ils se rendent à Milan pour obtenir plus d'informations sur les activités de la PRF et sur Pinocchio en particulier. Olga et Priscilla se sont également rendues à Milan pour s'enquérir de l'état de santé d'Angelica et Marco leur demande de l'aider dans sa mission.

Un mois après le retour d'Angelica, elle semble aller bien. Marco, cependant, a encore des doutes et est contrarié par le fait qu'elle devient de plus en plus différente de l'ancienne Angelica ; Triela, d'autre part, reste profondément déprimée après son échec dans le combat contre Pinocchio.

La Section 2 est chargée de surveiller une femme politique importante, la présidente Isabella d'Angelo, dont l'agence est responsable du projet de pont sur le détroit de Messine. Pendant ce temps, les agents du PRF envoient Nino, le "Terrier tibétain", l'un de leurs meilleurs kidnappeurs, pour s'emparer d'elle.

Des flashbacks révèlent que Franca, de son vrai nom Caterina, est la personne qui a présenté Patricia à Marco lorsqu'ils allaient tous deux à l'université de Rome. Franca, Franco et Pinocchio se cachent et se rétablissent dans sa ferme de Frascati après l'évasion de la Section 2.

Claes rêve du temps qu'elle a passé avec Raballo, mais ne parvient pas à se souvenir de qui il est, ce qui l'angoisse. Jean, préoccupée par les souvenirs de Claes, lui fait regarder une vidéo sur la nature qui évoque les parties de pêche qu'elle faisait avec son maître-chien ;

José retrouve un vieil ami de l'armée italienne, avec lequel il se remémore le passé, et surtout sa sœur, Enrica Croce, jusqu'à ce qu'un terroriste du PRF fasse exploser une bombe près de leur restaurant. Après sa capture par Bernardo et Beatrice et son interrogatoire par Jean et Rico, qui révèlent un important stock d'explosifs plastiques fournis au PRF par l'intermédiaire de l'armée,

Triela est toujours bouleversée par son échec à vaincre Pinocchio. Mario Bossi témoigne contre la mafia et Hilshire et Triela sont envoyés à Naples pour garder sa fille adolescente, Maria "Mimi" Machiavelli. Triela suit un entraînement au combat rapproché dans une base de carabiniers.

Un assassin se promène dans une maison, tuant toutes les personnes qu'il rencontre. Il appelle Cristiano pour lui annoncer qu'il a réussi son coup et celui-ci arrive pour le confirmer. Au moment de partir, Cristiano détecte un faux plancher et, dans une pièce en contrebas, ils trouvent un jeune garçon, qui deviendra Pinocchio.

De retour au pont, les fratelli cherchent Franca, Franco et Pinocchio. Henrietta les découvre alors qu'ils étaient en train de miner le pont. Elle ouvre le feu et une fusillade s'ensuit. Ils s'échappent en bateau et Franco déclenche les charges, mais cela ne suffit pas à faire tomber le pont.

L'histoire de Pinocchio se termine. Franca et Franco décident de venir en aide à Cristiano et Pinocchio. Triela et Pinocchio s'affrontent avec des armes à feu et des couteaux pendant que Hilshire cherche Cristiano. Pinocchio tire sur Triela avec son propre pistolet et Cristiano est abattu puis capturé par Jean et Rico.

Au cours d'une visite sur la tombe de sa fiancée décédée, Jean tombe sur le frère de cette dernière qui a rejoint un mouvement gauchiste et est prêt à tout pour venger sa sœur dans le sang des Panadiens. Bien malgré lui il va mettre l'Agence sur une piste qui va emmener Jean et Rico jusqu'à Venise...

Rico et Henrietta rejoignent Jean et Jose dans la villa de famille de ces derniers, en Sicile, pour quelques jours de vacances. Passé et présent vont se mêler, la présence des jeunes filles dans la maison faisant remonter des souvenirs de la jeune sœur décédée de Jean et Jose...