Un an après la Black Rebellion engendrée par l'Ordre des Chevaliers Noirs, la mort de Zero est une évidence dans les esprits. Les Japonais n'ont plus d'espoir de sauver leur patrie mais quelques rares personnes se raccrochent quand même à l'espoir du retour de Zero. Les plupart des membres de l'OdCN ont été capturés par l'armée de Britannia et le nouveau Gouverneur de la Zone 11 se nomme Calarès. Tout semble être redevenu normal, comme avant l'arrivée de Zero. Mais les choses ne se déroulent pas comme prévu : alors que Britannia recherche C.C., celle-ci se montre en compagnie des derniers membres libres de l'OdCN en prenant d'assaut la Tour de Babel, une tour très populaire pour ses spectacles et casinos. Au cœur de cet assaut se trouve malencontreusement un jeune étudiant : Lelouch Lamperouge. Il évite à tout prix les terroristes et cherche désespérément dans les décombres de la tour son jeune frère Rollo.