En prins i eksil som lever under falskt navn, blir fengslet av militsen, men flykter med hjelp fra en jente som skjenker ham spesielle krefter.

Lelouch kontakter Kallen, en av terroristene som dukket opp i Shinjuku, og fører henne i sikkerhet, vekk fra den britanniske hæren.

Lelouch gransker morens dødsfall. På skolen oppdager han noe om en klassekamerat og hans spesielle evner. Suzaku blir arrestert for drap.

Suzaku beskyldes for drap slik at hæren har en unnskyldning for å utvise æresborgere av Britannia. Lelouch hjelper ham med å flykte og prøver å verve ham som opprører.

Den grønnhårede jenta flytter inn hos Lelouch. Suzaku er frifunnet og viser prinsesse Euphemia byen Shinjuku, der de hindrer et drapsforsøk.

Suzaku og Lelouch møter fordommer fra elevene fra Britannia. En katt skaper panikk. Lelouchs far holder tale i prinsens begravelse.

Lelouch minnes sitt siste møte med faren før han ble sendt i eksil. Når Cornelia legger en felle for å avsløre Zero, bestemmer Lelouch seg for å bygge opp sin egen hær.

Når et hotell og alle gjestene blir okkupert av en japansk terroristgruppe, iverksetter Lelouch en redningsaksjon og kunngjør stiftelsen av Black Knights.

Lelouch og Knights sporer Cornelia og hæren hennes til frontens hovedkvarter, der Kallen bruker sin nye Knightmare Frame til å sette i gang et jordras.

Når Black Knights inntar Narita, beordrer Euphemia Suzaku til å redde Cornelia. Det gjør at Lelouch blir fanget mellom tre sider i kampen.

Zero og hans indre sirkel treffer en nøkkelperson i den japanske undergrunnsbevegelsen. I Tokyo forteller Shirley Fenette Zero om et betydningsfullt offer for krigen.

Villetta oppfordrer Shirley til å følge med på Lelouchs bevegelser i hemmelighet. Lelouch sprenger et frakteskip, men møter deretter det som kan bety slutten for ham.

Lelouch følger etter Shirley til Narita, der en såret Villetta blir oppdaget, og kraften bak Shirleys angrep på Lelouch blir avslørt.

Villetta våkner med delvis hukommelsestap. Når C.C. blir offer for Maos psykologiske spill, redder Lelouch henne og sverger på å ikke la kreftene ta overhånd.

Milly møter sin vordende ektemann. Når Mao kidnapper Nunnally, slår Lelouch og Suzaku seg sammen for å redde henne, og C.C. tar seg av Mao.

Det blir åpnet et kunstmuseum til minne om Clovis. Lelouch verver en ny Black Knight akkurat tidsnok til en kamp mot Lancelot, som viser seg å gi et sjokk.

Suzaku blir Euphemias ridder. Lelouch drar for å fange Suzaku og Lancelot, en orlogskaptein på et britannisk slagskip har andre planer.

På Kamine Island avsløres hemmelige identiteter og eldgamle ruiner skjuler en felle. Den kinesiske føderasjonen hjelper de forviste japanerne med å organisere et angrep.

Invasjonsstyrken møter motstand fra den britanniske hæren. Nina hjelper uforvarende Euphemia. C.C. og Zero stormer inn i kampen for å hjelpe Suzaku.

Ohgi, Villetta, Euphemia og Kallen skjuler identitetene sine på skolefestivalen, men når Euphemia blir avslørt, kommer hun med en skjebnesvanger kunngjøring.

En diskusjon om Japans framtid blir et eneste kaos når Lelouch mister kontrollen over kreftene sine og leder Euphemia inn på kursen mot en utenkelig massakre.

Euphemia prøver å motstå Geass mens hun kjemper for å overleve. Zero kunngjør planen om å skape en ny nasjon, og en revolusjon begynner.

Ashford Academy blir hovedkvarteret for Black Knights når Suzaku trosser dem. Villetta får tilbake hukommelsen, og Lelouch konfronterer Cornelia.

Lelouch får vite hva Cornelia egentlig vet om drapet på moren hans. Lelouch drar til Kamine Island for å redde Nunnally og har et endelig oppgjør med Suzaku.