Een verbannen prins die een andere identiteit heeft aangenomen wordt gevangengezet, maar ontsnapt met hulp van een meisje dat hem bijzondere krachten geeft.

Lelouch neemt contact op met Kallen, een van de terroristen die in Shinjuku verscheen, en helpt haar ontsnappen aan het Britanniaanse leger.

Lelouch onderzoekt de dood van zijn moeder. Op school ontdekt hij dat een klasgenoot bijzondere krachten heeft. Suzaku wordt gearresteerd voor moord.

Suzaku wordt valselijk beschuldigd van moord, als excuus voor het leger om eervolle Britannianen te verbannen. Lelouch helpt hem ontsnappen en wil hem inhuren als rebel.

Het groenharige meisje komt bij Lelouch in huis wonen. Suzaku is vrijgesproken en laat prinses Euphemia de stad Shinjuku zien, waar ze een moordaanslag tegenhouden.

Suzaku en Lelouch krijgen te maken met de vooroordelen van studenten. Een kat veroorzaakt paniek. De vader van Lelouch geeft een speech bij de begrafenis van de prins.

Lelouch denkt terug aan zijn laatste ontmoeting met zijn vader voor zijn verbanning. Wanneer Cornelia een val zet voor Zero, vormt Lelouch zijn eigen leger.

Wanneer een hotel wordt bezet door een Japanse terroristische groep, zet Lelouch een reddingsactie op touw en verkondigt de formatie van de Black Knights.

Lelouch en zijn Knights volgen Cornelia en haar leger naar het hoofdkwartier van het Front, waar Kallen een aardverschuiving teweegbrengt.

Wanneer de Black Knights Narita innemen, draagt Euphemia Suzaku op om Cornelia te redden, waardoor Lelouch terechtkomt in een strijd tussen drie partijen.

Zero en zijn vertrouwelingen ontmoeten een sleutelfiguur uit de Japanse underground. In Tokyo vertelt Shirley Fenette Zero over een slachtoffer van de oorlog.

Villetta spoort Shirley aan om Lelouch in de gaten te houden. Lelouch blaast een vrachtschip op en komt vervolgens in een lastig parket te zitten.

Lelouch volgt Shirley naar Narita, waar een gewonde Villetta wordt aangetroffen en wordt onthuld wat er achter Shirleys aanval op Lelouch zat.

Villetta ontwaakt en heeft geheugenverlies. Als C.C. ten prooi valt aan Mao's psychologische spelletjes, zweert Lelouch zich niet door zijn krachten te laten beheersen.

Milly ontmoet haar toekomstige echtgenoot. Als Mao Nunnally ontvoert, pogen Lelouch en Suzaku haar samen te redden, terwijl C.C. de confrontatie aangaat met Mao.

Er wordt een kunstmuseum geopend ter herinnering aan Clovis. Lelouch werft een nieuwe Black Knight, net op tijd voor een gevecht met Lancelot dat een schok veroorzaakt.

Suzaku wordt Euphemia's ridder. Lelouch wil Suzaku en de Lancelot gevangennemen, maar de commandant van een oorlogsschip van Britannia heeft andere plannen.

Op het eiland Kamine worden geheime identiteiten ontmaskerd en verbergen oude ruïnes een val. De Chinese Federatie helpt verbannen Japanners een aanval op touw te zetten.

De indringers stuiten op weerstand van het leger van Britannia. Nina steunt Euphemia onbedoeld. C.C. en Zero werpen zich in de strijd om Suzaku te helpen.

Ohgi, Villetta, Euphemia en Kallen verbergen hun identiteit op het schoolfestival, maar als Euphemia's identiteit wordt onthuld, legt ze een rampzalige verklaring af.

Een discussie over de toekomst van Japan gaat mis wanneer Lelouch de controle over zijn krachten verliest en Euphemia af doet koersen op een ondenkbare slachtpartij.

Euphemia probeert te vechten tegen de Geass, maar worstelt om te overleven. Zero kondigt zijn plan aan voor de oprichting van een nieuwe natie, en een revolutie begint.

Ashford Academy wordt het hoofdkantoor van de Black Knights, terwijl Suzaku hen trotseert. Villetta krijgt haar geheugen terug en Lelouch confronteert Cornelia.

Lelouch ontdekt wat Cornelia weet over de moord op zijn moeder. Lelouch gaat naar het eiland Kamine om Nunnally te redden en heeft een krachtmeting met Suzaku.