Un prince en exil vivant sous une fausse identité est emprisonné par la milice, mais une jeune femme l'aide à s'enfuir en lui procurant des pouvoirs spéciaux.

Lelouch contacte la jeune Kallen qui fait partie des terroristes apparus dans le ghetto de Shinjuku et essaie de la tirer des griffes de l'armée de Britannia.

Lelouch enquête sur la mort de sa mère. De retour à l'académie, il fait une découverte sur une élève et son pouvoir spécial. Suzaku est arrêté pour meurtre.

Suzaku est victime d'un coup monté pour que l'armée puisse expulser les Britanniens d'honneur. Lelouch tente de le recruter comme rebelle après l'avoir aidé à s'enfuir.

La fille aux cheveux verts emménage chez Lelouch. Acquitté, Suzaku montre à la princesse Euphemia la ville de Shinjuku, où ils empêchent un meurtre d'être commis.

Suzaku et Lelouch sont victimes des préjugés des élèves britanniens, un chat sème la panique et le père de Lelouch fait un discours aux funérailles du prince.

Lelouch se souvient de sa dernière rencontre avec son père avant son exil. Lorsque Cornelia élabore un piège pour que Zero soit démasqué, Lelouch forme sa propre armée.

Lelouch organise le sauvetage des occupants d'un hôtel pris en otages par une organisation terroriste japonaise et annonce la création de l'Ordre des Chevaliers noirs.

Lelouch et ses Chevaliers suivent Cornelia et son armée jusqu'au QG du Front, où Kallen provoque un glissement de terrain avec son nouveau robot.

Lorsque les Chevaliers noirs prennent Narita, Euphemia ordonne à Suzaku de sauver Cornelia, et Lelouch se retrouve au milieu d'une bataille à trois.

Zero et ses proches chevaliers rencontrent un personnage clé de la résistance japonaise. À Tokyo, Shirley Fenette informe Zero d'une victime importante de la guerre.

Villetta incite Shirley à surveiller les mouvements de Lelouch en secret. Lelouch fait exploser un cargo mais se retrouve en mauvaise posture par la suite.

Lelouch suit Shirley jusqu'à Narita, où Villetta est découverte, blessée. La force cachée derrière l'attaque de Shirley sur Lelouch est dévoilée.

Villetta se réveille partiellement amnésique. Lorsque Mao s'en prend à C.C., Lelouch se lance à la rescousse en faisant le serment de ne pas être esclave de ses pouvoirs.

Milly rencontre son futur mari. Lorsque Mao kidnappe Nunnally, Lelouch et Suzaku font équipe pour la sauver, tandis que C.C. s'occupe du ravisseur.

Un musée d'art est ouvert en mémoire de Clovis. Lelouch recrute un nouveau Chevalier noir juste à temps pour se lancer dans une bataille avec Lancelot créant un choc.

Suzaku devient le chevalier d'Euphemia. Lelouch cherche à capturer Suzaku et le Lancelot, mais le capitaine d'un navire britannien a un autre plan.

Suzaku reprend conscience sur l'île de Kamine, où il croise Kallen. Lelouch tombe nez à nez avec Euphemia. Schneizel et ses hommes s'intéressent à d'étranges ruines.

Les envahisseurs sont freinés par l'armée britannienne. Nina rassure involontairement Euphemia. C.C. et Zero se lancent dans la bataille pour venir en aide à Suzaku.

Alors qu'Ohgi, Villetta, Euphemia et Kallen cachent leur identité lors du festival de l'académie, celle d'Euphemia est découverte. Elle fait alors une proclamation fatale.

Une discussion sur l'avenir du Japon tourne mal lorsque Lelouch demande à Euphemia de procéder à un massacre impensable après avoir perdu le contrôle de ses pouvoirs.

Euphemia tente de survivre tout en luttant contre le Geass. Zero annonce qu'il souhaite créer une nouvelle nation, et une révolution commence.

L'académie Ashford devient le QG des Chevaliers noirs alors que Suzaku les défie. Villetta recouvre la mémoire et Lelouch affronte Cornelia.

Lelouch découvre ce que Cornelia sait vraiment sur le meurtre de sa mère. Il part sauver Nunnally sur l'île Kamine et affronte Suzaku pour la dernière fois.