Der 17-jährige Lelouch Lamperouge ist Schüler der Ashford-Akademie, einer Schule für Britannier in „Area 11“. Sein Leben wird auf dramatische Weise auf den Kopf gestellt, als er in den Kampf zwischen der Widerstandsbewegung und den britannischen Truppen verwickelt wird. Denn er trifft ein geheimnisvolles Mädchen, das ihm eine ganz besondere Gabe schenkt.

An der Ashford-Akademie wird Lelouch auf ein Mädchen aufmerksam. Er grübelt, woher er sie bloß kennt. Auch ihr kommt Lelouch irgendwie bekannt vor.

Lelouch hat sich ein Alter Ego erschaffen. Er nennt sich „Zero“ und versteckt sein Gesicht hinter einer Maske. So kann er inkognito gegen Britannia kämpfen.

Suzaku ist erleichtert, als er nicht für den Mord an Prinz Clovis verurteilt wird. Nach der Verhandlung trifft er auf Prinzessin Euphemia, der er sehr zugeneigt ist. Gemeinsam erkunden die beiden Area Eleven. Und Lelouch, der vor einiger Zeit die Kraft des Geass verliehen bekommen hat, trifft auf C.C., die sich bei ihm zu Hause einnistet.

Als Suzaku an der Ashford-Akademie akzeptiert wird, landet er in Lelouchs Klasse. Da Suzaku aber ein Eleven ist, sind nicht alle von ihrem neuen Mitschüler begeistert. Währenddessen hat Lelouch ganz andere Probleme, denn seine Zero-Maske wurde gestohlen. Eine Jagd nach dem Dieb beginnt.

Prinzessin Cornelia, die neue Generalgouverneurin von Area Eleven, will Zero aus seinem Versteck locken und sich an ihm rächen. Dieser Herausforderung kann Zero nicht widerstehen.

Eine Gruppe der Japanischen Befreiungsfront hat Geiseln genommen und sich in einem Hotel verschanzt. Das bringt gleich zwei Akteure auf den Plan: die britannische Armee und Zero.

Zeros „Schwarze Ritter“ treten immer öfter in Aktion. Bei einem Überfall auf ein britannisches Produktionslager für Drogen trifft Kallen auf eine Frau, die ihr sehr nahesteht.

In den Bergen von Narita führt Zero mit seinen Schwarzen Rittern eine große Schlacht gegen die britannische Armee. Den Schwarzen Rittern gelingt es, mit ihrem Nightmare-Giganten den Gegnern erheblich zu schaden.

Nachdem die Schwarzen Ritter große Teile der britannischen Armee außer Gefecht gesetzt haben, gehen sie in die Offensive. Ihr Ziel: die Gefangennahme von Prinzessin Cornelia.

Die Kyoto-Gruppe, verantwortlich für die Unterstützung zahlreicher Widerstandsorganisationen, lädt die Schwarzen Ritter zu einem Treffen ein. Diese Begegnung wird für beide Seiten zu einer Überraschung.

Während sich die Freunde der Ashford-Akademie auf der Beerdigung von Shirleys Vater versammeln, gerät Lelouch in eine schwere Gewissenskrise: Denn auf das Konto der Schwarzen Ritter gehen viele Morde an unschuldigen Menschen. Wie kann Lelouch das verantworten?

Ein Mann namens Mao hat Shirley gekidnappt und fordert Lelouch zu einem Kampf heraus. Dabei stellt sich heraus, dass auch der Fremde über ein Geass verfügt und ein alter Bekannter von C.C. ist.

Dass Mao ihm überlegen ist, ist eine bittere Erkenntnis für Lelouch. Dann erfährt er auch noch, dass sich C.C. von ihm trennen und zu Mao zurückkehren will. Doch dieser gerät außer Kontrolle und will C.C. umbringen.

Mao taucht überraschend wieder auf und entführt Lelouchs Schwester Nunnally. Lelouch kann seine Schwester nur retten, wenn er gegen Mao in einem Spiel gewinnt, in dem er eigentlich chancenlos ist.

Der Schock sitzt noch tief, aber Lelouch hat schon einen Plan ausgearbeitet wie er seine Schwester beschützen kann und wie er als Zero die Welt verändern kann. Nebenbei wird Zero von Kioto gebeten, Toudou vor der Hinrichtung zu retten.

Das Geheimnis der weißen Maschine ist gelüftet… Der Pilot dieser Maschine ist kein anderer als Lelouch/Zeros bester Freund. Wie wird er mit dieser Erkenntnis umgehen? Zumal Suzaku der zukünftige Ritter von Prinzessin Euphie sein wird.

Nach dem Großangriff um Zero zu vernichten werden Suzaku, Karen, Euphie und Lelouch an einer einsamen Insel angespült. Lelouch kann es einfach nicht verstehen, warum Suzaku trotz dem Befehl der Selbstopferung immer noch für Britannien kämpfen will.

Sawasagi Atushi war der erste Minister im Kabinett des ehemaligen Japans. Mit seinem Angriff auf Kyushu will er mit Hilfe der chinesischen Föderation ein neues Japan gründen. Was wird der Orden der Schwarzen Ritter dazu beitragen?

Das Schulfest ist im vollen Gange und jeder darf dem Fest beiwohnen… Egal ob Brite oder 11er. Selbst Euphie ist zum Schulfest gekommen. Da bleibt jetzt nur noch zu sagen… „Wo ist mein Stück von der Pizza?“

Die Sonderverwaltungszone Japans. Lelouch hätte wohl nie im Leben dran gedacht, dass die kleine Euphie zu so etwas im Stande sein würde. Lelouch muss einsehen, dass Zero besiegt ist, aber wird er es wirklich so leicht hinnehmen…?

Das Leben, jenes das das kostbarste auf der Welt ist, wird durch einen kleinen Scherz ausgelöscht… Was nun noch bleibt, ist die Trauer in Kraft zu verwandeln. Kraft, um die Strafe der Sünde zu erhalten. Lelouch der Retter der Welt… Wenigstens begleitet mich die Trauer!

Der große Showdown hat begonnen! Zero überwindet die erste Verteidigungslinie von Cornelia ohne Probleme, durch einen hinterhältigen Plan. Der Orden der Schwarzen Ritter rückt schnell vor und übernimmt dabei die wichtigsten Gebäude. Es scheint so als ob Zero nicht mehr aufzuhalten ist…

Zero zwingt Cornelia in die Knie… doch dieser Triumph währt nur kurze Zeit, denn der schlimmste Fall ist für Zero eingetreten: Nanali wurde entführt! Panisch verlässt er das Schlachtfeld um nach ihr zu suchen und das Chaos hält Einzug!