Catturato da una milizia, un principe in esilio sotto falsa identità fugge grazie all'aiuto di una ragazza che gli conferisce poteri speciali.

Lelouch contatta Kallen, che rientra nel gruppo di terroristi comparsi a Shinjuku e la porta al sicuro dall'esercito dell'Impero di Britannia.

Lelouch indaga sulla morte della madre e a scuola scopre il potere speciale di un compagno. Suzaku, intanto, è arrestato per omicidio.

L'esercito incastra Suzaku per assassinio con l'intento di espellere i britanni onorari. Lelouch lo aiuta a fuggire e tenta di reclutarlo come ribelle.

La ragazza dai capelli verdi si trasferisce da Lelouch. Ormai prosciolto, Suzaku mostra alla principessa Euphemia la città di Shinjuku. Qui i due sventano un assassinio.

Suzaku e Lelouch affrontano i pregiudizi degli studenti britanni. Un gatto crea il panico e il padre di Lelouch pronuncia un discorso al funerale del principe.

Lelouch ricorda l'ultimo incontro con il padre prima dell'esilio. Poi decide di creare un esercito quando Cornelia escogita un piano per smascherare Zero.

Un gruppo terroristico giapponese sequestra gli ospiti di un hotel. Lelouch ne organizza la liberazione e proclama la formazione dei Cavalieri neri.

I Cavalieri neri danno la caccia a un cartello che produce una pericolosa droga. Questa lotta ha un significato personale per Kallen.

Lelouch e i suoi conducono Cornelia e il suo esercito al quartier generale del Fronte, dove Kallen usa il nuovo Knightmare Frame per provocare una frana.

Quando i Cavalieri neri rapiscono Narita, Euphemia ordina a Suzaku di salvare Cornelia, lasciando Lelouch impegnato su tre fronti.

Zero e la sua ristretta cerchia incontrano un personaggio fondamentale della resistenza giapponese. A Tokyo Shirley Fenette lo informa di un'importante vittima di guerra.

Villetta spinge Shirley a seguire in segreto gli spostamenti di Lelouch il quale, dopo aver fatto esplodere un mezzo, affronta la sua possibile fine.

Lelouch segue Shirley a Narita, dove Villetta viene ritrovata ferita. Qui la verità sull'attacco della donna al giovane viene a galla.

Villetta è vittima di un'amnesia parziale. C.C. subisce i giochi psicologici di Mao e Lelouch interviene giurando di non diventare schiavo dei suoi poteri.

Milly incontra il suo futuro marito. Mao rapisce Nunnally che viene soccorsa da Lelouch e Suzaku, mentre C.C. se la vede con il ragazzo.

La memoria di Clovis viene celebrata con l'apertura di un museo. Lelouch recluta un nuovo cavaliere poco prima di affrontare Lancelot in uno scontro sconvolgente.

Suzaku diventa un cavaliere di Euphemia e Lelouch decide di catturare lui e Lancelot, ma il comandante di una nave britanna è di diverso avviso.

Sull'isola di Kamine identità segrete vengono svelate e antiche rovine nascondono una trappola. La Federazione cinese contribuisce alla preparazione di un attacco.

Gli invasori incontrano la resistenza dell'esercito britannico. Nina involontariamente sostiene Euphemia. C.C. e Zero scendono in campo per aiutare Suzaku.

Ohgi, Villetta, Euphemia e Kallen nascondono le loro identità al festival scolastico, ma quella della principessa viene svelata, costringendola a un annuncio fatidico.

Durante una discussione sul futuro del Giappone, Lelouch perde il controllo dei suoi poteri, inducendo Euphemia a un massacro inimmaginabile.

L'Ashford Academy diventa il quartier generale dei Cavalieri neri sfidati da Suzaku. Villetta riacquista la memoria e Lelouch affronta Cornelia.

Lelouch scopre quello che Cornelia sa sull'assassinio della madre, poi raggiunge l'isola di Kamine per salvare Nunnally e affronta Suzaku in uno scontro finale.