Un prinț exilat care trăiește sub o identitate falsă este arestat de miliție, dar evadează cu ajutorul unei fete care îi conferă puteri speciale.

Lelouch ia legătura cu Kallen, o teroristă din grupul care a venit în ghetoul Shinjuku, și o pune la adăpost de armata britannă.

Lelouch investighează moartea mamei sale. La școală, el face o descoperire despre un coleg și puterile sale speciale. Suzaku este arestat pentru crimă.

Lui Suzaku i se înscenează o crimă ca pretext pentru ca armata să-i alunge pe britannii de onoare. Lelouch îl ajută să evadeze și încearcă să-l recruteze ca rebel.

Fata cu părul verde se mută acasă la Lelouch. Achitat, Suzaku îi arată prințesei Euphemia orașul Shinjuku, unde opresc o tentativă de crimă.

Suzaku și Lelouch sunt ținta prejudecăților studenților britanni. O pisică provoacă un incident. Tatăl lui Lelouch ține un discurs la înmormântarea prințului.

Lelouch își reamintește ultima întâlnire cu tatăl său înaintea exilului. Cornelia încearcă să-l dea în vileag pe Zero, iar Lelouch decide să-și facă o armată proprie.

Un hotel și ocupanții săi sunt luați ostatici de un grup terorist japonez, iar Lelouch orchestrează o misiune de salvare, proclamând înființarea Cavalerilor negri.

Cavalerii negri urmăresc un cartel care face un drog popular și periculos, aceasta fiind o luptă foarte personală pentru Kallen.

Lelouch și cavalerii săi îi urmăresc pe Cornelia și armata sa la sediul Frontului, unde Kallen își folosește noua mașină de război pentru a obține victoria.

Cavalerii negri cuceresc Narita, iar Euphemia îi ordonă lui Suzaku s-o salveze pe Cornelia, lăsându-l pe Lelouch încolțit în mijlocul luptei.

Zero și apropiații săi se întâlnesc cu un personaj cheie din rezistența japoneză. În Tokyo, Shirley Fenette îi spune lui Zero ce victimă importantă a făcut războiul.

Villetta o îndeamnă pe Shirley să-l urmărească în secret pe Lelouch. Acesta aruncă în aer un transportor, apoi își înfruntă posibila moarte.

Lelouch o urmează pe Shirley la Narita, unde o găsesc pe Villetta rănită, apoi ni se dezvăluie cine este în spatele atacului lui Shirley asupra lui Lelouch.

Villetta se trezește cu amnezie parțială. C.C. cade pradă jocurilor psihologice ale lui Mao, iar Lelouch îi sare în ajutor, jurând să nu se lase subjugat de puterile lui.

Milly își întâlnește viitorul soț. Mao o răpește pe Nunnally, iar Lelouch și Suzaku se aliază pentru a o salva, însă C.C. este cea care dă lovitura finală.

În amintirea lui Clovis se deschide un muzeu de artă. Lelouch recrutează un nou Cavaler Negru tocmai la timp pentru lupta cu Lancelot, luptă care îi șochează pe toți.

Suzaku devine cavalerul lui Euphemia. Lelouch pleacă să-i captureze pe Suzaku și Lancelot, dar comandantul unei nave de război britanne are alte intenții.

Pe insula Kamine se dezvăluie identități secrete, iar vechile ruine ascund o capcană. Federația Chineză îi ajută pe exilații japonezi să pună la cale un atac.

Invadatorii întâmpină rezistență din partea armatei britanne. Nina o ajută din greșeală pe Euphemia. C.C. și Zero se grăbesc să intre în luptă pentru a-l ajuta pe Suzaku.

Ohgi, Villetta, Euphemia și Kallen își ascund identitatea la festivalul școlii, dar Euphemia și-o dezvăluie pe a sa și face un anunț fatidic.

Euphemia încearcă să învingă puterea Geass, zbătându-se să supraviețuiască. Zero își anunță planul pentru crearea unei noi națiuni, apoi începe revoluția.

Cavalerii Negri își mută sediul la Academia Ashford după ce Suzaku îi desfide. Villetta își recapătă memoria, iar Lelouch o înfruntă pe Cornelia.

Lelouch află ce știe Cornelia cu adevărat despre uciderea mamei lui. Lelouch pleacă pe insula Kamine pentru a o salva pe Nunnally și are o ultimă înfruntare cu Suzaku.