Ein Prinz lebt unter anderer Identität im Exil und wird von einer Miliz inhaftiert. Mithilfe eines Mädchens, das ihm besondere Kräfte verleiht, kann er aber entkommen.

Lelouch kontaktiert Kallen, ein Mitglied der Terrorgruppe, die in Shinjuku aufgetaucht ist, und bringt sie vor der britannischen Armee in Sicherheit.

Lelouch untersucht den Tod seiner Mutter. In der Schule macht er eine Entdeckung über einen Klassenkameraden und seine besondere Gabe. Suzaku wird wegen Mordes verhaftet.

Suzaku wird des Mordes bezichtigt, um der Armee einen Vorwand zu geben, gute Britannier zu vertreiben. Lelouch verhilft ihm zur Flucht und will ihn als Rebellen gewinnen.

Das grünhaarige Mädchen zieht in Lelouchs Wohnung ein. Suzaku ist wieder frei und zeigt Prinzessin Euphemia die Stadt Shinjuku, wo sie einen Mordversuch vereiteln.

Die britannischen Schüler haben Vorurteile gegenüber Suzaku und Lelouch. Eine Katze sorgt für Schrecken und Lelouchs Vater hält auf der Beerdigung des Prinzen eine Rede.

Lelouch erinnert sich an sein letztes Treffen mit seinem Vater vor dem Exil. Als Cornelia Zero eine Falle stellt, beschließt Lelouch, eine eigene Armee aufzustellen.

Als ein Hotel samt Bewohner von einer japanischen Terrorgruppe überfallen wird, startet Lelouch eine Rettungsaktion und verkündet die Gründung der Schwarzen Ritter.

Die Schwarzen Ritter knöpfen sich ein Kartell vor, das eine beliebte und gefährliche Droge herstellt. Dieser Kampf ist für Kallen etwas ganz Persönliches.

Lelouch und seine Ritter verfolgen Cornelia und ihre Armee zum Hauptquartier der Front, wo Kallen mit ihrem neuen Knightmare einen überwältigenden Sieg erringt.

Bei der Einnahme Naritas durch die Schwarzen Ritter befiehlt Euphemia Suzaku, Cornelia zu retten, wodurch Lelouch an drei Fronten kämpfen muss.

Zero und seine Gruppe treffen eine wichtige Person aus der japanischen Widerstandsbewegung. In Tokio erzählt Shirley Fenette Zero von einem bedeutenden Opfer des Krieges.

Villetta drängt Shirley dazu, Lelouchs Bewegungen insgeheim zu verfolgen. Lelouch jagt erfolgreich einen Frachter in die Luft und gerät dann selbst in Lebensgefahr.

Lelouch folgt Shirley nach Narita, wo die verwundete Villetta entdeckt und die Kraft hinter Shirleys Angriff auf Lelouch enthüllt wird.

Villetta erwacht, kann sich aber an vieles nicht erinnern. C.C. fällt Maos Manipulation zum Opfer. Lelouch kommt zu Hilfe und schwört, nie Sklave seiner Kräfte zu werden.

Milly trifft ihren zukünftigen Ehemann. Als Mao Nunnally entführt, tun sich Lelouch und Suzaku zusammen, um sie zu retten. C.C. kümmert sich um Mao.

Zum Andenken an Clovis wird ein Kunstmuseum eröffnet. Lelouch wirbt rechtzeitig zum Kampf mit dem Lancelot einen neuen Schwarzen Ritter an. Der endet mit einem Schock.

Suzaku wird Euphemias Ritter. Lelouch will Suzaku und den Lancelot fassen, doch der Kapitän eines britannischen Schlachtschiffs hat andere Pläne.

Auf der Kamine-Insel werden geheime Identitäten enthüllt und alte Ruinen zur Falle. Die Chinesische Föderation hilft den Exiljapanern bei einem Angriff.

Ohgi, Villetta, Euphemia und Kallen halten ihre Identitäten auf dem Schulfest geheim, doch als Euphemias enthüllt wird, gibt sie eine schicksalhafte Erklärung ab.

Eine Diskussion über Japans Zukunft läuft schief, als Lelouch die Kontrolle über seine Kräfte verliert und Euphemia zu einem unvorstellbaren Massaker veranlasst.

Euphemia versucht, gegen das Geass anzukämpfen und zu überleben. Zero verkündet seinen Plan, eine neue Nation zu gründen. Es kommt zur Revolution.

Die Ashford Academy wird zum Hauptquartier der Schwarzen Ritter, denen sich Suzaku entgegenstellt. Villettas Gedächtnis kehrt zurück und Lelouch konfrontiert Cornelia.

Lelouch erfährt, was Cornelia wirklich über den Mord an seiner Mutter weiß. Lelouch reist zur Kamine-Insel, um Nunnally zu retten. Es kommt zum Showdown mit Suzaku.