En prins i exil lever under falsk identitet. Han blir tillfångatagen av en milisgrupp, men flyr med hjälp av en flicka som ger honom särskilda förmågor.

Lelouch kontaktar Kallen, en av terroristerna från Shinjuku, och lotsar henne till säkerhet för att skydda henne från Britannias armé.

Lelouch undersöker sin mammas död. I skolan gör han en upptäckt om en klasskamrat och hans särskilda förmåga. Suzaku blir anklagad för mord.

Suzaku blir ditsatt för mord som en förevändning för armén att utvisa hedersbritannier. Lelouch hjälper honom att fly och försöker värva honom till rebellstyrkorna.

Den grönhåriga flickan flyttar in hos Lelouch. Suzaku har blivit frikänd och visar prinsessan Euphemia staden Shinjuku, där de hindrar ett mordförsök.

Suzaku och Lelouch blir utsatta för de britanniska elevernas fördomar. En katt orsakar uppståndelse, och Lelouchs pappa talar vid prinsens begravning.

Lelouch minns den sista gången han träffade sin pappa före exilen. När Cornelia gillrar en fälla för att avslöja Zero beslutar sig Lelouch för att bygga upp en egen armé.

Ett hotell och dess gäster tas över av en japansk terroristgrupp. Lelouch iscensätter en fritagning och tillkännager bildandet av Svarta riddarna.

Svarta riddarna jagar en kartell som tillverkar en populär och farlig drog, en kamp som betyder extra mycket för Kallen.

Lelouch och hans riddare följer efter Cornelia och hennes armé till frontens högkvarter, där Kallen använder sin nya rustning för att orsaka ett jordskred.

När Svarta riddarna intar Narita beordrar Euphemia Suzaku att rädda Cornelia, vilket gör att Lelouch blir inklämd mellan tre stridande parter.

Zero och hans närmaste träffar en viktig aktör i den japanska motståndsrörelsen. I Tokyo berättar Shirley Fenette för Zero om en betydande förlust i kriget.

Villetta uppmanar Shirley att i hemlighet följa Lelouchs rörelser. Lelouch lyckas spränga ett fraktfartyg i luften, men hamnar därefter i stora svårigheter.

Lelouch följer efter Shirley till Narita, där de upptäcker att Villetta är skadad. Det visar sig också vad som ligger bakom Shirleys attack på Lelouch.

Villetta vaknar och har delvis tappat minnet. C.C. faller offer för Maos intriger. Lelouch kommer till undsättning och svär att inte låta sig förslavas av sina krafter.

Milly träffar sin tilltänkte gemål. När Nunnally blir kidnappad av Mao går Lelouch och Suzaku ihop för att rädda henne, och C.C. tar hand om Mao.

Ett konstmuseum till minne av Clovis öppnar. Lelouch rekryterar en ny svart riddare precis i tid till en strid med Lancelot som resulterar i en chock.

På ön Kamine avslöjas hemliga identiteter, och en fälla lurar bland de gamla ruinerna. Den kinesiska federationen hjälper exiljapanerna att utföra en attack.

Inkräktarna stöter på motstånd i form av den britanniska armén. Nina hjälper oavsiktligt Euphemia, och C.C. och Zero ger sig in i striden för att hjälpa Suzaku.

Ohgi, Villetta, Euphemia och Kallen döljer vilka de är på skolans festival, men när Euphemia blir avslöjad gör hon ett ödesdigert tillkännagivande.

En diskussion om Japans framtid går åt skogen när Lelouch tappar kontrollen över sina krafter och leder in Euphemia på vägen mot en otänkbar massaker.

Euphemia kämpar för sin överlevnad och försöker hålla Geass stången. Zero offentliggör sina planer på att bilda ett nytt land, och en revolution tar sin början.

Ashford-akademin blir Svarta riddarnas högkvarter när Suzaku går emot dem. Villetta får tillbaka sitt minne och Lelouch utmanar Cornelia.

Lelouch får reda på vad Cornelia egentligen vet om mordet på hans mor. Lelouch åker till Kamine-ön för att rädda Nunnally och möter Suzaku i en sista strid.