Lelouch é um estudante comum da Academia Ashford, que costuma matar aula e deixar professores furiosos. Apesar de parecer que ele vive intensamente, sempre há algo que o incomoda.

O plano de usarem Lelouch como isca para atrair C.C. parece ter falhado, pois foi gatilho para que o jovem recuperasse sua memória e lembrasse que, no passado não muito distante, era Zero.

Depois do reaparecimento de Zero, a equipe especial de investigação acredita que Lelouch tenha recuperado a memória. Apesar de o monitorarem o tempo todo, não conseguem achar evidências sobre o caso.

Lelouch descobre a habilidade do Geass de seu falso irmão, Rolo. Mesmo assim, ele se vê numa situação difícil para se livrar e continuar suas atividades como Zero.

Após a intervenção de Xing-ke, os Cavaleiros Negros celebram o retorno de Zero e a libertação de seus membros que seriam executados. Tudo parece estar voltando ao que era, e um velho conhecido volta também à Academia Ashford.

Suzaku dá sua última cartada para testar se a memória de Lelouch voltou, e é o golpe mais baixo que ele poderia cometer contra seu suposto melhor amigo: usar a Nunnally.

Em meio a um ataque, Zero anuncia que pretende colaborar com a criação da Zona Administrativa Especial do Japão, desta vez planejada pela vice-rei Nunnally. Todos ficam preocupados, pois a tentativa anterior acabou num massacre, mas Zero parece confiante.

Os Cavaleiros Negros acreditavam que teriam algum tempo de paz, após o exílio em massa causado pelo truque de Zero, mas Britannia voltou a agir muito mais cedo do que imaginavam.

Aproveitando-se do golpe de Estado planejado por Xing-ke, Zero invade o casamento político entre a imperatriz da Federação Chinesa e o primeiro príncipe de Britannia, e sequestra a noiva!

Zero resolve usar um local sagrado da Federação Chinesa para se abrigar, mas os Grandes Eunucos se mostram mais gananciosos e egoístas do que poderia se imaginar.

Com a ausência de Lelouch na academia, Sayoko tomou seu lugar para que ninguém suspeitasse que as lembranças do príncipe descartado teriam voltado. Contudo, ela acabou exagerando no quesito "relacionamento pessoal".

Os planos na Federação Chinesa parecem estar indo bem. Enquanto isso, Lelouch planeja algumas coisas para executar no Assentamento de Tokyo, mas um inimigo do passado vem assombrá-lo mais uma vez.

Lelouch consegue trazer um grande aliado para seu grupo, Lorde Jeremiah. E Rolo, na tentativa de proteger seu futuro, fez algo imperdoável. Agora, o príncipe tentará cortar o mal pela raiz.

Depois de tanto tempo, Lelouch reencontra seu pai, o imperador de Britannia, em um local misterioso.

Após o embate entre Lelouch e Charles, o imperador de Britannia sumiu. É nesse momento que Zero vê a chance de dar um grande passo na luta contra sua tão odiada nação natal.

Com a União Federativa das Nações formada e a resolução do Conselho Supremo tomada para que os Cavaleiros Negros retomem o Japão, Zero e o mundo são surpreendidos pelo imperador, e além de preparar tudo para a batalha, Lelouch precisa também falar com Suzaku pessoalmente.

Com o grande plano e preparo de Lelouch, metade das forças do exército de Britannia foram paralisadas pelos Gefjun Disturbers nos trens de Tokyo. Agora, os Cavaleiros Negros têm pouco tempo para dominar o assentamento.

A grande explosão causada pela ogiva F.L.E.I.J.A. deixou muitos danos, não só no Assentamento de Tokyo em si mas também em muitas pessoas.

Schneizel revelou a verdade sobre Zero aos Cavaleiros Negros, e o grupo se voltou contra Lelouch.

Lelouch encontra seu pai, Charles, no Mundo de C, e finalmente descobre seu grande plano.

Após recusar os planos de Charles e Marianne, Lelouch toma o poder do Sagrado Império de Britannia.

Durante a execução do plano de Lelouch na negociação com a U.F.N., o novo imperador recebe relatos de que a capital foi atacada, e a notícia o surpreende em diversos aspectos.

Depois do ataque falho dos Cavaleiros Negros, Schneizel decide atirar a ogiva mortal F.L.E.I.J.A e a batalha pelo mundo muda drasticamente.

A luta continua em torno do sistema aéreo Damocles. Dentro dele, Lelouch é surpreendido por Nunnally, e os dois têm uma conversa intensa. O futuro do mundo está para ser decidido.