העונה ה-2 נפתחת במכת מציאות קשה כאשר אדיסון מגלה שהמרפאה בקשיים כלכליים אדירים, קשיים שנעמי לקחה על עצמה את הטיפול בהם והסתירה מכולם. היא מחליטה שטובת המרפאה קודמת ומגייסת את סאם להצלה.

סאם עושה מאמצים להביא לקוחות חדשים למרפאה, ודוחק בכל הצוות לעשות כמוהו. אדיסון ונעמי מטפלות בזוג צעיר שלא מצליח להרות, אך מגלות שהם אחים ביולוגיים, שלא ידעו על כך מראש. קופר מספר לויולט על שארלוט.

אדיסון מחליטה לפעול לפתרון בעיות במרפאה, ומודיעה לסאם ונעמי שעליהם לסגור עניינים ביניהם. לאחר דיון ארוך, הם מודיעים שיערכו הצבעה, כך שאחד מהם ייבחר לנהל את המרפאה ותוצאות ההצבעה מפתיעות את אדיסון עד מאוד...

אדיסון נכנסת לתפקיד הניהולי, ומתחילה לחפש דרכי מימון למרפאה שלא פוגעים במהותה. היא נכנסת לעימות עם נעמי על החלטה של הצוות להכניס נערה בת 17, חולת סרטן, להיריון.

במרפאה מטופלות שתי נשים, שתיהן בהריון מאותו הגבר, אך הן לא יודעות האחת על קיומה של השנייה. אדיסון מתקשה לתת אמון בקווין, ומכניסה את עצמה למצב מביך.

אחיה של אדיסון, ארצ'ר, מגיע לביקור פתע ומחליט לעשות סדר. הוא מחליט שקווין לא מתאים לאדיסון, ומנסה לסכסך ביניהם. במקביל הוא שוכב עם מישהי מבנות המרפאה. קופר, מצידו, מגיע לתובנות חדשות לגביי הקשר עם שארלוט...

מטופל של ויולט יורה באשתו למוות בטענה שעשה זאת עפ"י בקשתה. הוא מבקש את עזרתה של ויולט, שמתלבטת כיצד לפעול. מג מחליטה להתנדב במרפאה למעוטי יכולת, אך מעוררת מחלוקת כשמתברר שהיא מוכנה לעשות הפלות.

שארלוט פותחת את המרפאה ומציעה ארוחת בוקר חינם לכול. כשהיא מקיאה בלי הפסקה, קופר חושב שאולי היא בהיריון. פיט וסאם "גונבים" מטופל מהמרפאה החדשה, ו-ויולט יוצאת לדייט שנגמר אחרת מהמצופה...

אדיסון מגלה שאחת המטופלות שלה מתפרנסת כנערת ליווי, ולמרות השגותיה, היא מטפלת גם בחברותיה למקצוע, דבר שגורם למתיחות בינה ובין קווין. קופר מטפל בילד חולה סוכרת, ומגלה כי לא הכול הוא כפי שנדמה...

התפרצות של מחלת החצבת מאלצת את המרפאה להכנס להסגר. נעמי מאלצת את אדיסון לעבוד עם יריבה, וויט, במקרה הקשור לפוריות. בינתיים, דל נאבק במטרה לקבל משמורת יחידה על בתו, ופיט וויולט תוהים על קנקנו של הקשר שלהם.

אדיסון, סאם, פיט ודל מטפלים במשפחה חד הורית בה כולם חולים בסי-אף, כשגילוי חדש מאלץ את האבא לקבל החלטה בלתי אפשרית. אדיסון וקווין חוזרים, אך לא הכול זורם על מי מנוחות, והיא גם נאבקת במשיכה מתפתחת לוייט.

פיט וסאם מטפלים בחולה סופני שמבקש מהם לעזור לו להתאבד. הצוות מיילד תינוק שאמור להימסר לאימוץ, אך ההורים המאמצים נלחצים כשהוא זקוק לניתוח. אדיסון מתלבטת מה לעשות בנוגע לקווין ווייט, וויולט מגלה משהו מפתיע...

ויולט מתלבטת מה לעשות בקשר להריון, ומנסה לברר בדרכים עקיפות כיצד פיט ושלדון מרגישים בנושא, והיא נהנית מתמיכתו המלאה של קופר, המנסה להתפייס עם שארלוט ללא הצלחה. נעמי וסאם מגיעים לשלב הידידות, להפתעת שניהם.

ארצ'ר מפרכס ליד נעמי, והוא נאלץ לגלות שיש לו גידול סרטני במוח. כשאדיסון שומעת על זה ובודקת את הסריקות, מתגלה שלא מדובר בסרטן. לאחר התקף נוסף, אדיסון מחליטה לקחת אותו לסיאטל כדי שדרק, בעלה לשעבר, ינתח אותו.

המשך עלילת הפרק המצטלב עם "האנטומיה של גריי". ארצ'ר עובר את הניתוח וחייו בסכנה, אדיסון מסייעת לדרק במקרה מסובך של אישה הרה שעברה ניתוח בראש וויולט וקופר מטפלים באמא היסטרית שמתגלה כסובלת מפסיכוזה שלאחר לידה.

תגלית מרעישה מעמידה את אדיסון בדילמה קשה. היא ונעמי מטפלות בזוג שנולד לו תינוק בין-מיני ומתלבט מה לעשות איתו. שארלוט מחליטה לפגוע בקופר אחרי שלא נענה להצעתה. פיט נתקל במטופלת תלותית וויולט עוזרת לשלדון.

אדיסון מטפלת באישה הרה, ופוגשת מנתח חתיך. נעמי עוזרת לסאם לשקם את יחסיו עם סוניה. קופר תומך בהחלטתה של ילדה בת 12 במצב סופני שלא לעבור ניתוח נוסף, ושלדון ופיט דורשים מוויולט לעשות בדיקת אבהות.

נואה אומר לאדיסון שיש לו רגשות כלפיה, והיא מחליטה להתרחק ולא לטפל עוד באישתו, אך הוא מבקש ממנה לחזור ולטפל באישתו. נעמי מבקשת מסאם להכיר לה מישהו, אך לסאם קשה לקבל זאת.

אדיסון נאבקת בכיבוש רגשותיה כלפי נואה, כשסיבוך במצבה של מורגן מאלץ אותה לנתח. סאם מתבקש להעיד במשפט על רשלנות של רופא אחר, ומסתבך עם מצפונו, ואילו ויולט אמביוולנטית לגבי פיט.

אדיסון נאלצת לעבוד שוב עם נואה, הפעם כדי להציל מטופלת הרה הזקוקה להשתלת לב דחופה. סאם וקופר עוסקים במקרה של מורה ששוכבת עם תלמיד שלה, דל עדיין מתייסר על היעלמותה של בטסי, ואילו נעמי מקבלת הצעת עבודה מפתיעה.

בפרק הסיום הדרמטי של העונה, המותיר את אחת הדמויות שבורת לב, ויולט מבינה שהיא צריכה לבחור בין שלדון לפיט, דל מודאג לגורל בתו כשהת'ר חוזרת לעיר מסוממת, ואילו נעמי חייבת להחליט האם להישאר במרפאה או לעזוב...