En 2980, les humains ne se soucient même plus de leur propre sort. Les ressources de la Terre sont proches de l'épuisement. De nombreux cargos spatiaux parcourent l’espace pour apporter à la Terre ce dont elle a besoin. Mais certains vaisseaux se font attaquer par l’Atlantis, le vaisseau du Capitaine Albator.

En provenance de Sattel-Surabond-7, un convoi de spaciocargos subit une attaque éclair. Les malheureux ont a peine le temps d’émettre un signal de détresse avant de périr. Albator décide de se rendre sur les lieux et découvre un vaisseau extraterrestre blindé au Carbodiamant.

Après que son père, le Dr Valente, a trouvé la mort par les Sylvidres parce qu'il s’intéressait d'un peu trop près à la mystérieuse sphère noire, son fils, Ramis Valente, jure de le venger, et décide bientôt de rejoindre les membres de l'équipage de l'Atlantis...

Tandis que Ramis hésite à rester parmi les membres de l'équipage de l'Atlantis, le professeur Kusuko affirme que les mystérieuses inscriptions figurant sur la sphère noire sont un message des Sylvidres, annonçant l'annexion de la Terre. Il n'est pas pris au sérieux par ses confrères...

Ramis vient d’embarquer sur l’Atlantis, mais il cherche encore sa place. Le jeune homme raconte bientôt les circonstances qui l'ont poussé à rejoindre les membres de l'Atlantis, alors que le vaisseau s'apprête à subir une attaque...

Alors que Ramis commence à s'acclimater au vaisseau, Albator le convie à une "chasse aux épaves". En effet, Albator a repéré un vaisseau Sylvidre avant de partir mais il n’en a rien dit à Ramis pour jauger sa réaction lorsque le vaisseau Sylvidre les attaquera.

Cherchant à en savoir davantage sur un déréglage magnétique qui pourrait bien être causé par les Sylvidres, Albator revient sur Terre, aux alentours du triangle des Bermudes. En découvrant le corps d'une Sylvidre dans un tombeau, il ne tarde pas à découvrir des informations sur ces créatures...

Nausica a détecté que la sphère noire et la pyramide des Bermudes communiquent avec une flottille de vaisseaux situés à des années lumières d’eux, ils réalisent qu’il s’agit d’une véritable armada.

L'escadron royal des Sylvidres est en route vers la planète bleue, tandis que le docteur Zéro fait une étonnante découverte: les Sylvidres ne sont pas des femmes extraterrestres, mais en réalité des plantes ayant pris l'apparence de femmes...

Le capitaine corsaire, qui a découvert une mystérieuse urne appartenant aux Sylvidres, est décidé coûte que coûte à découvrir sa signification. Mais l'attaque des Sylvidres porte un coup à cette volonté: l'Atlantis est attaqué ! Le combat fait alors rage...

Alors que l’Atlantis arrive dans l’orbite de Vénus pour chercher la base sylvidre, il détecte sur le radar l’épave d’un vaisseau sylvidre. À l'intérieur, il y découvre une Sylvidre encore en vie et la capture. Celle-ci ne s'avère malheureusement pas aussi inoffensive que cela et échappe à la surveillance de Ramis...

La Sylvidre capturée par Albator s'est enfuie. L'équipage de l'espace arrive néanmoins sur la planète Venus, où les Sylvidres ont établi leur quartier général. Le jeune Ramis se retrouve à nouveau devant la créature qui l'a trompé peu de temps auparavant...

Nausica découvre dans la fosse marine de la Romanche une troisième distorsion magnétique similaire à celle de la pyramide engloutie et de la sphère noire. Alfred prétend que cet emplacement était autrefois appelé le Cimetière Marin car les navires qui s’aventuraient dans ces eaux disparaissaient inexplicablement et réapparaissaient parfois sous forme de vaisseau fantôme.

Vilak a enlevé Stellie et donne rendez-vous à Albator en Égypte au Caire. Arrivé là bas, Albator doit laisser l’Atlantis à l’aéroport et continuer son chemin seul jusqu’à Kourouna, un petit village situé près des ruines de l’ancienne Thèbes où un Égyptien répondant au nom de Kareb lui remettra un chameau et des instructions pour rejoindre Vilak.

Nausica a fini par localiser un groupe de vaisseaux à six millions d’années lumière de la Terre. Cette flotte pourrait être l’armada de la Reine Sylvidra. Mais elle ne peut avoir plus d’informations car une aurore boréale au niveau des pôles perturbe les instruments de l’Atlantis. Albator décide d’aller voir cela de plus près en se posant sur ce continent gelé.

Nausica, alliée fidèle d'Albator, retrouve avec émotion son ancien compagnon Roger. Malheureusement, ce n'est qu'une ruse des Sylvidres qui ont capturé et envouté Roger. Nausica doit sacrifier ce dernier pour le bien de l'univers...

Albator et son équipage ne cachent pas leur surprise lorsqu'ils découvrent, flottant dans l'espace, une bouteille ! Celle-ci renferme un manuscrit signé du capitaine Tornéado, un ancien compagnon de route d'Albator. Il réclame de l'aide...

Des Sylvidres apparaissent dans l’Atlantis, mais il ne s’agit que d’hologrammes visant à perturber l’équipage. Contre toute attente, l’une des Sylvidres semble être Madeleine, la fille de Marysse et de son épouse Sylvia qui était en réalité une Sylvidre. Après la mort de sa mère, Madeleine avait été enlevée par les Sylvidres alors qu’elle était encore enfant. Elle est devenue adulte, mais la clochette qu’elle porte autour du cou est la même que celle de Madeleine. Pour Marysse le choc est dur, car à peine croit-il avoir retrouvé sa fille que les hologrammes disparaissent.

La Reine Sylvidra essaie de recenser les membres d’équipage de l’Atlantis, mais elle n’arrive pas à savoir qui est le 41ème homme d’équipage. Elle utilise donc un encéphalométreur qui permet de comptabiliser les êtres « pensant » et de relever leur pensée du moment.

L'Atlantis navigue à proximité de la planète Jura, terre de naissance de l'humanoïde Clio. Une fois à terre, l'émotion de Clio devant sa planète d'origine cède vite la place au combat provoqué par la présence de Sylvidres sur la planète...

Albator et ses compagnons font face à une pluie de météorites. Attaqués par d'étranges individus, ils font finalement la connaissance du capitaine Torus. Celui-ci leur déclare que les femmes et les enfants de son peuple ont été capturés par les Sylvidres...

Albator découvre que les Sylvidres ont envoyé une nouvelle sphère noire en direction de la planète Mars. Nos héros, dans leur quête de la sphère, se retrouvent bientôt prisonniers de la planète du néant...

Le capitaine corsaire et ses amis doivent faire face à l'enlèvement du fidèle Alfred lors d'un rude affrontement avec les Sylvidres. Des Sylvidres qui vont utiliser la passion pour les maquettes du compagnon d'Albator pour tenter de le corrompre...

Albator et son équipage aperçoivent un vaisseau s'échapper du quartier général des Sylvidres. À son bord, un couple composé de Tolus et de la Sylvidre Rubia. Ils sont recueillis sur l'Atlantis...

Tolus et Robia ont péri au combat. L'ambiance est bien triste à bord de l'Atlantis, si bien que le docteur Zero, fou de douleur, décide de participer au combat avec le reste de l'équipage...

Albator et les siens apprennent de la bouche même de la reine Sylvidra le pourquoi de la présence sur Terre d'une gigantesque sphère noire...

Albator et ses amis doivent faire face au kidnapping de la petite Stellie par les maléfiques Sylvidres. Un coup dur pour Albator, qui est très attaché à l'enfant...

Albator et ses amis sont une nouvelle fois opposés aux Sylvidres. Celles-ci ont décidé de s'attaquer au jeune Ramis, et l'ont emmené sur l'étrange planète Arc-en-ciel...

Le capitaine corsaire fait une halte sur l'îlot de l'Ombre Morte pour réparer le vaisseau Atlantis. Là, il se souvient avec émotion de son défunt camarade Tochiro...

Alors que l'Atlantis est en réparation, Albator se souvient du temps passé en compagnie de son défunt camarade Tochiro. Un épisode nostalgique...

Les Sylvidres ont dépêché une troupe pour débuter l'invasion de la Terre. Pendant ce temps, la petite Stellie est toujours prisonnière de ces maléfiques créatures...

Albator et les siens recherchent toujours la petite Stellie, kidnappée par les Sylvidres. Sur Terre, le terrible Vilak entre en contact avec Obara, ancien commandant des forces terrestres...

Le capitaine corsaire et son vaisseau Atlantis se retrouvent immobilisés dans l'espace par une force mystérieuse. Un nouveau piège tendu par les maléfiques Sylvidres...

Albator recueille Yasmine, assistante du premier ministre terrien, sur le vaisseau Atlantis. Celle-ci a capturé le terrible Vilak avant de le libérer mystérieusement...

Yasmine, nouvelle occupante de l'Atlantis, est en fait une Sylvidre. Albator ne se laisse pas démonter et plein de culot discute tranquillement avec elle. Ce qui provoque la colère de la Reine Sylvidra...

Albator se débarrasse de Yasmine, qui se révèle finalement être une Sylvidre. Mais contre toute attente, notre héros décide de la réintégrer à bord lors d'une confrontation avec les Sylvidres...

Vilak s'engage à protéger Stellie et à la cacher en Égypte. Durant son trajet, son avion est attaqué par des Sylvidres et il est blessé. Albator récupère Stellie, lui présente le Grand Ordinateur et lui révèle la vérité sur l'âme de son père, qui est cachée dans l’Ordinateur. Il confie Stellie au vieux prêtre égyptien qui avait adopté Vilak et repart sur l'Atlantis, avec ce dernier en cours de guérison.

Albator doit faire face à l'armada royale de la reine Sylvidra. Un combat titanesque s'engage et bientôt, des Sylvidres parviennent à rentrer dans l'Atlantis...

Notre héros de l'espace est toujours à la lutte avec les terribles Sylvidres. Ces créatures maléfiques sont prêtes à tout pour parvenir à leurs fins...

Albator livre un ultime combat contre les terribles Sylvidres. Pour parvenir à ses fins, il pénètre dans l'enceinte du vaisseau principal de Sylvidra...

Albator a enfin vaincu les Sylvidres. Alors qu'il croit revenir sur Terre en héros, il est au contraire accueilli par une ribambelle de chars. La stupéfaction est totale...