2100年、“月”。天箕博士の一人娘、クラウは12歳の誕生日に父の勤める研究所に訪れる。しかし、実験中に現れたリナクスの光の粒がクラウの身体に衝突し、彼女の身体は粉々に分解し、一瞬にして再構成されてしまう。そして10年後、クラウはリナクスの能力を生かし、エージェントとしては有名な存在となっていた。

眠っているクラウの体の中から光が溢れ、少女が現れた。それは10年前の事故の時から体内で眠っていた対のリナクスだった。クラウは少女に「クリスマス」という名前をつけ、奇妙な共同生活を始める。クリスマスのために、今後は危険な仕事は引き受けないと決めたクラウは、金持ちのボディーガードをつとめることになり…。

危険な仕事を避けていたクラウだったが、貨物船衝突事故により取り残されたパイロットを救出する仕事を引き受ける。一方、クラウ達のマンションに盗聴器をしかけた男「ダグ」がいた。クラウはリナクスの力を使い無事仕事を成功させるが、テレビの臨時ニュースに姿が映ってしまう。クラウの行動を監視していたGPOは…。

ARUが部屋に侵入し、ベランダに追いつめられるクラウとクリスマス。クラウは躊躇しつつリナクスの力を使い、空を飛んで逃げる。人前でリナクスの力を使ってしまったことに危険を感じるクラウは、GPOを避け、前から声をかけられていたエージェントのブローカーのもとで仕事を始めることになるが…。

リナクスの力を使いすぎて体調を崩したクラウ。街に食料の買い出しに出たクリスマスは、リナクスによって異様な形に変形したPODに突然襲われる。一方、クリスマスを探しに街に出たクラウは、クリスマスの声を感じて救出に向かう。暴走PODは、美術品窃盗団の一人とPODがリナクスの力で融合したものだったのだ。

GPO東京支部からPODが次々と離陸し、隊列を組んで西へと飛んでいく。そんな中、クラウとクリスマスはキャラダインからランチに招待され、キャラダインは簡単な仕事だからと山の中までカバンを運ぶ仕事をクラウに依頼する。一方、一人家路に向かうクリスマスはひょんなことからダグと交流を深めることになる。

ダグの手引きで北の島へ向かう途中、クラウは、ダグが天箕博士からクラウ達の護衛を依頼されていることを知る。島のレストランで住み込みのバイトを始めるクラウとクリスマスだが、慣れない仕事になじめないクラウは、妹が生まれたことで疎外感を感じていたレストランのマスターの息子、ユウキに何か通じるものを感じる。

逃亡生活の中、一時の平和な日々を送るクラウとクリスマス。ひょんなことから、クラウはバトルPODに参加することになる。一方、アヤカはクリスマスの名前から、辛い過去に思いを馳せる。子供のころ何者かに家族を殺されたアヤカは、家族を奪った「悪意」に対抗するためクラウを捕獲することを再決意して…。

GPOはクラウを捜索にやってくるが、既にクラウとクリスマスは飛行機に乗り、逃亡した後だった。ダグは偽造パスポートを売る女エージェントから情報を得て、クラウ達の後を追う。ロサンゼルスに着いたクラウとクリスマスは車で海辺の道路を走っていた。すると突然、クラウは誰かに呼ばれたような感覚に襲われて…。

突然の閃光によってクラウとクリスマスはホテルの一室で気を失う。続々と部屋に踏み込んでくるARU隊員達。ついにクラウはGPOに捕らえられてしまう。ようやくクラウが意識を取り戻すと、そこは『棺』のようなシールドの中だった。そこにクリスマスの姿が無かったことに激情するクラウは、シールドを破壊して…。

月にあるGPOの管理施設で眠るクリスマス。クラウはダグと協力してクリスマスを奪い返そうと月までやってくる。GPOの施設付近でダグの到着を待つクラウは地図に存在しない建物があることに気づき、施設内への侵入を開始する。しかし、クラウがやってくることを確信していたアヤカは、そこでクラウを待ち構えていた。

クラウとクリスマスは、天箕に連れられて月のサナトリウムにやってくる。そこには2年前の事故によって身体にリナクスの影響を受けた、リナサピエンと呼ばれる人々がいた。重症のリナサピエンとなった恋人に寄り添う若者と出会いショックを受けたクラウは、リナクスの力で彼らを治療できるかもしれないと考える。

GPOから逃れるため月の宇宙港に向かうクラウとクリスマスだったが、そこは厳重に警備されていた。途方に暮れるクラウだったがそこで以前貨物船事故の際に救出したパイロットのホセと再会し、貨物船に同乗させてもらい脱出に成功する。GPOに追われていることを知りながらもクラウを暖かく迎え入れるホセだったが…。

美しいスイスの風景が見渡せる丘に立つクラウとクリスマス。そこは少女だったクラウが叔父のフランク夫妻に預けられた場所だった。ようやく静かな生活を取り戻したクラウは、自分がエージェントになったきっかけの出来事をクリスマスに話し始める。一方、GPOはクラウたちが爆発に巻き込まれ死亡したと判断して…。

フランク夫妻の元で静かな生活を送っているクラウとクリスマス。クラウはエージェントとして村の祭りの警護に当たっていた。一方、クリスマスの前に一人の少年が現れる。彼は失った対を求めているイヴォンという名のリナクスだった。恐怖を感じたクリスマスはクラウの元へ逃げるが、少年はリナクスの能力を使い始め…。

対のリナクスがいないことに絶望したイヴォンは、リナクスの光をまとって落下した。その光景を目の当たりにした孤独な少女ジェシカは、始めはイヴォンを拒絶するが、徐々にイヴォンとの生活を楽しく感じるようになる。一方、GPOはリナクス研究施設から逃亡したイヴォンを追って、スイスに到着しており…。

ジェシカはイヴォンの対にはなれなかった。空を飛び逃げるイヴォンは、クラウに助けられ山小屋に身を隠す。悲しむイヴォンを案じるクラウとクリスマス。クラウはクリスマスにイヴォンのことを頼みフランクの元へ向かうが、イヴォンはクリスマスが目を離した隙にいなくなってしまう。一方、山小屋に戻ったクラウは…。

溢れ出すリナクスを押さえ込むためにクリスマスをARシステムで撃つことしか出来なかったアヤカは深い無力感と徒労感に襲われていた。それはリナクスの悲しみや怒りを感じてしまったからだった。王はそんなアヤカを連れて捕らえたクラウの元に行く。シールドを解除し王は14年前の話をクラウに対して語り始めて…。

一人の人間としてクラウの元を訪れたアヤカ。そこで自らの過去、当時GPOの長官だった父スタイガーが才藤の手引きによって暗殺されたという事実をクラウに話す。クラウはアヤカに協力し、GPOが生み出した双子のリナサピエンの行方を追ってマルセイユに向かう。一方、アヤカは才藤から月のクラブに招待されていた。

双子のリナサピエンはリナクスの力を使い街の人々を消滅させてしまった。その惨状に呆然とし、悲嘆にくれるクラウ。その時、気配を察知したクラウはクリスマスと共に双子に追いすがる。必死に説得しようとするクラウだったが、双子は容赦なくクラウを攻撃する。クラウは疲弊し、リナクスの力を押さえようとするのだが…。

双子とクラウ達の戦いの中、突如GPOの特殊部隊が現れる。それはアヤカさえも知り得ない存在だった。部隊の目的がリナサピエンの確保では無いことに気づいたアヤカは咄嗟にクラウを逃がそうとする。空を飛んで逃げるクラウを追う部隊。彼らはリナクスの力を持ち合わせていた。愕然とするアヤカだったが…。

レーゲルはGPOの特殊部隊によって消滅させられた。その衝撃からヴィントは人間の記憶を取り戻し、弟を失った悲しみから月のGPO本部にいる才藤の元へ復讐に向かう。その怒りを感じたクラウ達はヴィントを止めるために後を追う。一方GPO本部では辞職していたはずの王が才藤の前に現れ、逮捕することを告げるが…。

クラウとクリスマスはヴィントから溢れ出て街中に広がっていくリナクスを吸収した。疲労からついにクラウはクリスマスを残しリナクスの世界に戻ってしまう。それから10年後、クリスマスはフランクの元で静かに暮らしていた。ある日、小さなレストランで働くクリスマスの所にテッドを連れたダグがやってくる。