太一等人的冒险已经过去三年了——高石武搬到了御台场，在他上小学五年级的第一天的途中分别遇到井上京、火田伊织、本宫大辅，还有昔日并肩战斗的同伴——八神光。太一突然收到亚古兽发来的紧急信号，然后他进入了数码世界，但却无法使亚古兽进化，众人被迫躲到山洞里，在那里他们发现了一个有勇气徽章图样的东西。太一触碰它之后，三道光射出，原来分别是大辅、小京和伊织的新型暴龙机。大辅于是进入数码世界，并轻易举起太一用尽力气也拔不出的“数码装甲”，大辅的搭档V仔兽也同时诞生了。V仔兽让大辅叫“装甲计划！”使自己装甲进化成烈焰兽，打碎了角龙兽身上的黑色魔轮，使其恢复本性。战斗结束后，太一将自己的风镜送给了大辅。

小京和伊织决定第二天去数码世界。当天晚上，太一等人商量和大家去数码世界，但美美去了美国，阿和与阿丈都没空。第二天，大家一起进入了数码世界，不久就遭到操纵着邪恶环的暴龙改造者的袭击。大辅与V仔兽均被捉去。大家来到一座山上的建筑物里，发现了爱心和知识装甲。素娜和光子郎拔不起来，便引导小京和伊织去拔。装甲成功被拿起，小京的搭档麻鹰兽以及伊织的拍档穿山兽诞生，分别用爱心和知识装甲进化成铁鹰兽和钢钻兽，救出了大辅并成功将被操纵的数码暴龙们的邪恶环打碎。

小京带来零食，除迪路兽外的四只数码宝贝都对其反应强烈。大家在等伊织的时候看电视，看到无论智力和体能都非常优秀的天才少年一乘寺贤。伊织来到后，大家准备进入数码世界。在数码世界里，暴龙改造者又用邪恶环控制同种数码暴龙，让它们打斗以此来取乐。突然，他的黑暗暴龙机有了反应，便骑着巨龙兽去攻击大辅他们。在战斗中，暴龙改造者以多打少，集中进攻不能进化的巴达兽和迪路兽的战术占上风。于是伊织和阿武、嘉儿去找数码装甲。他们找到以后，阿武和嘉儿的暴龙机自动升级成为新型暴龙机，并拿起希望和光明的装甲。巴达兽和迪路兽分别装甲进化成天马兽和尼菲迪兽，合力将所有巨龙兽的邪恶环打碎。

加布兽所在的区域也受到了邪恶环的影响，结果它被抓住关了起来。正打算逃跑，却被发现而被红鼻屎兽痛打，跌下山后加布兽发出求救信号。阿和等人接到信号后立即去数码世界，打算救回被捉的其它数码暴龙。途中大辅多次想战斗都被大家阻止，后来因为说自己姐姐讨厌而被大家批评，搞得大辅很没有信心。V仔兽为了使大辅重新振作精神，决定于红鼻屎兽战斗，因为不敌而被它痛打。战斗中暴龙改造者建造的黑暗塔被红鼻屎兽不小心打裂，加布兽立即进化成加鲁鲁兽。大家于是打倒黑暗塔，控制红鼻屎兽的邪恶环就失效了。大家明确了目的——打倒黑暗塔，解放被封印的区域。

暴龙改造者用暴利逼迫哥玛兽所在区域的基刹兽为它建造黑暗之塔，哥玛兽阻止却被围攻。于是它发出求救信号。因为伊织要练习剑道不能去数码世界，阿丈和其他人准备去数码世界营救哥玛兽。伊织由于练习时不专心被爷爷发现，并最终得到请假。当他赶到时，穿山兽非常不高兴。大家造了雪橇准备去破坏黑暗塔，却被雪人兽拦截，伊织掉下河中，被迫停下休息。阿丈留下照顾他，其他人去破坏黑暗之塔。暴龙改造者派贝壳兽和龙虾兽攻击伊织和阿丈，就在危机关头，大辅等人破坏了黑暗之塔，哥玛兽进化成海狮兽终于打败了敌人。

今天是黄金假期，大家决定去数码世界远足。正要出发时刚从美国回来的美美进来了。于是大家约美美一起去。野餐时麻鹰兽因为追被穿山兽丢得很远的寿司而和小京与大家失散了。美美去找小京，却掉进了暴龙改造者的领地，被小京和麻鹰兽叫醒。突然，她们被邪恶环控制的怪蛙兽和蝌蚪兽追赶，幸亏被巴鲁兽出现及时救了她们。正当好朋友相聚的感人时刻，美美说出来数码暴龙世界的目的是为了远足而不是来看巴鲁兽时，巴鲁兽很不高兴。此时暴龙改造者派出蟑螂兽兄弟攻击她们，美美利用蟑螂兽的攻击打裂了黑暗塔，巴鲁兽进化成仙人掌兽，与铁鹰兽一起打倒了黑暗塔。

大家破坏了一座座黑暗塔。这天，大家来到守卫兽的地域，开始由于体力不足被迫撤退。但是一只守卫兽在嘉儿进入之前打烂了电视，嘉儿被迫留在数码世界。大辅与阿武决定返回数码世界救小光。巴达兽在结界外进化成天使兽，但进去后又退化了。大辅很嫉妒，硬要V仔兽进化成什么“超级天使兽”。当他们发现小光时，被邪恶环控制的安杜路兽出现。即使铁鹰兽和钢钻兽增援都不敌它。后来，安杜路兽先后认出大辅带着的风镜、太一以及嘉儿，以前的记忆使邪恶环的力量消失。大家回去后，见到光子郎，得知新型暴龙机名叫D-3装甲暴龙机。

大辅的足球队要与天才少年一乘寺贤的足球队比赛。上半场一乘寺贤没有来，大辅攻进一球，以1：0领先。下半场一乘寺贤出场，以超乎寻常的能力攻进9球，但最后一球被大辅奋力铲下，但铲伤了一乘寺贤的右脚。大家到了数码世界后，除大辅外所有人突然神秘消失，暴龙改造者用大辅的同伴威胁大辅，让他下跪并让V仔兽踩他的头。后来阿武他们赶到，原来那些人质是假冒的。大辅非常气愤，便单独冲上去将暴龙改造者打了下来。突然大辅注意到暴龙改造者的右脚有伤，暴龙改造者终于亮出底牌——他就是一乘寺贤。

一乘寺贤看到自己接受采访的录象，觉得很讨厌。于是他决定一直留在数码世界研究。大辅他们找到一乘寺贤家的地址，却发现他已失踪，于是立即去数码世界。他们遇到火焰兽，很辛苦终于打败了它们。但是暴龙改造者将邪恶环带在太一的暴龙兽上，并使它进行了黑暗进化！可怕的丧尸暴龙兽出现，它以压倒性力量打倒所有数码宝贝。最后丧尸暴龙兽因能量殆尽而退化成亚古兽，又被暴龙改造者带走了，太一此时心急如焚。

大家来到电脑教室，小京因为恐惧被大家劝留在电脑室。同时，暴龙改造者不断让暴龙兽黑暗进化成丧尸暴龙兽，来检测邪恶环的缺点。大家打败朽木兽后得知暴龙改造者的位置。同时，暴龙改造者终于发现邪恶环的缺点，进而研制出邪恶螺旋环，此时却发现亚古兽已被他的搭档虫虫兽放走。太一等人遇到亚古兽，但在即将离开时又被暴龙改造者攻击。暴龙改造者又将邪恶螺旋环套在亚古兽身上，将其进化成全身充满病毒的蓝色的机械暴龙兽。太一由于不愿亚古兽受伤而阻止大家攻击错失良机，机械暴龙兽以其强大的攻击力打倒了数码暴龙们，此后被暴龙改造者带走。

大家继续前进追赶暴龙改造者，太一让大家要尽全力攻击机械暴龙兽。大辅不解，太一告诉他打架可以增进友情，他就更不解了。他们发现友情的装甲，于是尝试拔起来，没有人成功。突然黄蜂兽攻击他们，而且捉走巴达兽。暴龙改造者出现并想将邪恶螺旋环套在巴达兽身上，幸好加鲁鲁兽出现，救下巴达兽。众人便向机械暴龙兽展开攻击，只有大辅始终不敢攻击，烈焰兽被迫退化。最后，大辅觉醒，使友情装甲自动飞到大辅手里。V仔兽装甲进化成雷龙兽，与大辅并肩作战，终于将机械暴龙兽的邪恶螺旋环打碎，亚古兽又回到了太一身边。

巴多拉兽被飞龙兽追击，发出求救信号，小空收到求救信号后立即用电子邮件通知其他人。但阿武和巴达兽在睡觉，而小光和迪路兽去海边散步，两个人都没有收到。于是素娜与其他人一起去数码世界。他们在西部镇遇到自称正义守护者的五角星兽，后来却发现它其实戴了邪恶环。所有人都被它捉住，他们发现比丘兽也被捉住了。趁五角星兽出去时，也自称正义使者的左轮兽出现，但被大家怀疑也戴了邪恶环。证实了它没被戴邪恶环后，大家向它求救，素娜和小京被救出后被迫和左轮兽玩牌，五角星兽回来后决定与左轮兽决斗。穿山兽吃了它的便当回复体力装甲进化后冲出了牢房。最后烈焰兽打败了五角星兽，发现并打倒了黑暗塔。正当众人即将离去时，五角星兽和左轮兽却强迫大家留下来一起打扑克牌。

嘉儿在上课时突然感到置身于大海。阿武发现嘉儿正在消失，大喊她，老师让嘉儿去保健室。细心的阿武下课后发现嘉儿不在保健室，就去找她，找到后因为她太依赖哥哥很生气而斥责。迪路兽发现嘉儿在过马路时突然消失，大辅以为她在数码世界，不停尝试打开大门，阿武则根据嘉儿之前说的话去海边找她。与此同时，嘉儿在一个奇怪世界的山洞里发现了被邪恶螺旋环控制的奇蛙兽，突然飞龙兽袭击……运用希望的力量，阿武终于来到那个世界，打倒了隐藏在灯塔中的黑暗之塔，发出的光使迪路兽超进化成天女兽，打败飞龙兽并解放了奇蛙兽，然而它们不是真的奇蛙兽，它们想让嘉儿帮它们生养后代。天女兽出手攻击，使它们知难而退。

光子郎正在电脑室思索嘉儿的事，突然发现美国的数码大门打开了，于是立即通知美美。大辅他们来到蛋蛋兽餐厅吃饭，却没有美金支付。老板蛋蛋兽要他们用劳力代替。阿武想起它就是三年前逼哥哥与阿丈工作的蛋蛋兽。这时美美和一个叫麦克的美国被选中的孩子来到付帐。蛋蛋兽说自己已经改邪归正，除小京外所有人都相信它。突然金刚兽来攻击他们，蛋蛋兽奋力挡住攻击，弹出很远。麦克的搭档比特兽进化成海龙兽和仙人掌兽弄掉金刚兽身上的邪恶螺旋环。突然蛋蛋兽掉下来，并攻击大家。美美坚信它是被控制的，使小京终于忍不住说出自己原来就怀疑蛋蛋兽。此时纯真装甲突然出现，麻鹰兽装甲进化成忍者兽，终于发现并打碎了蛋蛋兽身上的邪恶螺旋环。

大家从电脑上发现暴龙改造者的地域越来越大，于是立即进入数码世界。在怪蛙皇的城堡区域，大家被受到控制的花拉兽和蘑菇兽攻击，忍者兽更是遇到强敌伊贺兽。后来伊贺兽往怪蛙皇身上套邪恶螺旋环，并向忍者兽下挑战书。大家利用怪蛙皇的攻击打碎黑暗之塔，然后将其打睡过去。忍者兽战胜清醒了的忍者豆豆兽，回来商量对策。大辅提议将套有邪恶螺旋环的鞭子砍掉，遭到谴责。最后大家一起攻击，终于将邪恶环打碎。但是，暴龙改造者却毫不关心。

大家由于发现装甲而进入海底却被受到控制的超海龙兽而被困在海底。由于空气有限，大家让伊织坐紧急脱出小艇去叫阿丈来救他们。伊织碰到爷爷，因为不想说出出去的原因，爷爷就教育他不要说谎。阿丈在考试，伊织被迫说谎让阿丈出来，自己的良心受到谴责。到了数码世界，大家让伊织拿起刚找到的装甲，伊织不肯。在阿丈的鼓励下，伊织最终拿起装甲，让穿山兽装甲进化成潜鲨兽，与海狮兽一起打碎了超海龙兽的邪恶螺旋环。伊织终于懂得了善意的谎言是对的这个道理。事情结束后，潜鲨兽带伊织参观了海底。

今天是八月一日，是阿武等人第一次去数码世界的日子，新旧被选中的孩子们聚在一起纪念这个难忘的日子。在电视台，在剪辑录象带时经常发现黑影，而且每次都不同。阿武到阿和家吃饭，听到他爸爸说起这件事。第二天，电视台工作人员依然发现同样的情况，并且不断有人叫迪路兽的名字，同时光子郎发现只要有D3暴龙机，任何一台上网的电脑都可以打开数码世界大门。八月三日，大家来到电视台前，迪路兽突然感觉到一些东西，于是大家进入电视台。黑影终于现身，他就是三年前的今天为保护迪路兽和小光而牺牲的巫师兽的灵魂。他留下了“发出善良的黄金光辉”的信息以后，就离开了。

光子郎和伊织发现暴龙改造者的基地，大家决定让太一等人帮助，并利用一起去郊游的假象掩护下一举打倒暴龙改造者。小京因为非常紧张，到了数码世界以后神经非常兴奋，暴龙改造者的基地从原来的位置消失了。小京下去侦察时不小心被蜘蛛兽袭击，麻鹰兽为救她而受伤。小京非常后悔，于是嘉儿留下来陪她照顾麻鹰兽，其他人去找暴龙改造者基地。晚上，当麻鹰兽的伤好了以后，嘉儿和小京发现了正在天上的暴龙改造者的移动基地。

阿武和伊织一大早去侦察暴龙改造者的基地。暴龙改造者亲自到黑暗漩涡里取出黑暗系数码暴龙的数据。阿武和伊织在基地里看到漩涡里的恶魔兽，使阿武想到三年前天使兽用生命封印恶魔兽的事，决定与暴龙改造者决战。暴龙改造者在取数据时，恶魔兽对他说他不能控制强大的黑暗力量。他取完数据后完成他的原创数码暴龙——合成型的基米拉兽。基米拉兽可以说是全能的数码暴龙，嘉儿她们不是对手。阿武耻笑了暴龙改造者后与他争执起来，在发现基米拉兽后乘天马兽与大家一起撤退。

基米拉兽到处破坏，暴龙改造者的基地就跟在后面。大辅他们利用火焰的掩护进入基地，准备破坏动力室。暴龙改造者叫基米拉兽回来攻击大辅他们。它强大的攻击力即使避过攻击仍然会被气浪弹开。很快，数码暴龙们都退化了，而且大辅、小京、伊织的数码暴龙都退化成了幼年期。暴龙改造者十分惊奇，命令基米拉兽停止攻击。大家趁机去了动力室，暴龙改造者又叫基米拉兽攻击，它却没有听从而离开了。虫虫兽为了使一乘寺贤恢复善良，带大辅进入了动力室。原来动力室是由奇迹装甲提供动力的。它的光辉不但使豆丁兽立即进化成V仔兽，而且自动落到大辅手里，此时V仔兽装甲进化成金甲龙兽，放出奇迹的光辉。

圣骑士型的金甲龙兽出现，使基米拉兽察觉并返回。两兽展开激烈的对决，虫虫兽则不停地劝暴龙改造者变回善良的小贤。后来，金甲龙兽由于能量消耗过多，全身无力。虫虫兽在尽最后一次努力劝暴龙改造者后，用自己的生命力注入金甲龙兽，终于消灭了基米拉兽。当暴龙改造者明白数码暴龙都是有生命的时候，才知道自己是错误的，变回了一乘寺贤。此时，虫虫兽已经死去，这使一乘寺贤非常伤心。大家回来时，他的姐姐来到营地，于是便一起回家了。

大辅与阿武打篮球，小光为阿武加油，而大辅却频频出洋相，巴达兽则与迪路兽一起跳舞。大家来到数码世界开始重建数码宝贝世界，大辅希望和嘉儿感情更好些，而V仔兽则希望和迪路兽感情更好些，于是大辅要求V仔兽进化成成熟期。他让鼻涕兽与红鼻屎兽们扮成敌人，希望V仔兽能为了救他而进化，但是弄巧成拙。后来他们遇到多达兽，被它追击。就在千钧一发之际，V仔兽终于进化成V仔兽EX，打败了多达兽。

一乘寺贤躺在床上想以前的事，原来他以前有个哥哥叫一乘寺智，他非常聪明。有一次，神圣计划突然来到他家，哥哥就把它放在一边。小贤因为好奇而拿出来，进入了数码世界。回来后，哥哥很生气，勒令他以后不准拿。哥哥死后，小贤收到电子邮件，叫他不要为哥哥而自责，还叫他再次拿那个神圣计划。他来到了黑暗海边，黑暗的海水使神圣计划变成黑暗D-3暴龙机。想到这里，小贤醒来，并到了数码世界的初始城市，被幼年数码宝贝责骂，触动了自己善良的心。善良徽章发光，一个数码蛋也有响应。小贤走过去抱住那个蛋，虫虫兽的幼年期——绿叶兽诞生了。

伊织一直无法原谅一乘寺贤以前的所作所为，此时的小贤因为父母非常高兴而硬吃了很多饭。晚上，一个神秘的女子突然出现在小贤的房间里……第二天，在数码世界当V仔兽和巴达兽试图进化时都失败了，阿武怀疑是黑暗之塔的功能再次启动。突然伊织被身上无邪恶环和邪恶螺旋环的闪电球兽袭击，穿山兽适时进化成了战甲兽，大家觉得非常奇怪。后来，一只神秘的数码暴龙出现救下伊织并干掉了闪电球兽，原来他是由虫虫兽进化而来的。伊织通过这件事发现了一些东西。

在伊织危险时拯救他的谜之数码暴龙就是虫虫兽进化而成的飞虫兽。大辅相信小贤已经改过自身，努力地要令小贤成为同伴，但是小京等同伴的反应则很冷淡。大家内心的某处都仍然不太相信小贤。就在那时，在数码世界的美美传来了求救信号。突然出现的高力兽正开始要破坏水坝。为了阻止高力兽，小京他们立即出动前往数码世界。但是高力兽对小京他们零星的攻击无所畏惧。为了守护下游的镇一定要认真地攻击……就像小贤要消灭闪电球兽那样！不能打倒高力兽，也就不能守护水霸，小京为此十分苦恼。小贤的到来使她终于领悟，麻鹰兽也进化成亚古拉兽，在大家合力下，终于打倒了高力兽。

被小贤消灭的数码宝贝原来是由神秘女人利用黑暗之塔所变成的。小贤就以前作为暴龙改造者时的行为重新向孩子们道歉，但拒绝了大辅的邀请成为同伴而独自离去。他希望一力承担自己的罪孽……孩子们继续重建数码世界的工作，但对于逐渐明朗化的事实就不能整理好心情。但是那些追击他们的数码暴龙……新的危机正向数码世界迫近。原来暴龙改造者的基地中的黑暗力量将会发生大爆炸！为了阻止爆炸，需要知道善良徽章，大辅发E-Mail叫小贤来，但是却没有回音。虽然伊织他们仍不能信任小贤，但大辅仍然继续等待小贤。最后他终于赶到，然后两个人的心互相重叠，奇迹的进化就发生了，V仔兽EX与飞虫兽合体进化成了完全体的机甲龙兽。

V仔兽EX与飞虫兽合体进化成机甲龙兽，力量比大古加兽还强，令大家觉得不可思议。大家进入暴龙改造者的基地，将善良徽章插进动力室。动力室虽然停止运作，但是爆炸却仍未停止。小贤发现管道，于是顺着管道找。他们发现了动力室能量的来源，阿武和嘉儿感到有黑暗力量。原来那里是黑暗世界的入口，而且那里马上就要爆炸了。就在最危急的时刻，机甲龙兽打败了大古加兽，并击毁了来源。回去以后的第二天，光子郎与他们讨论了合体进化的事，并确立了敌人——神秘女子。

神秘女子看了被一部电视机录下的大辅他们的对话片段，非常生气。决定认真对待被选中的孩子。她发电子邮件给他们，叫他们到一间巨大的房子去。那一间大房子里所有的东西都是正常的30倍大。大辅、伊织和小贤作为先头部队被蟑螂兽与古尼兽袭击，而阿武、嘉儿和小京也被黄蜂兽和螳螂兽袭击，被迫躲进大屋。而且那些数码暴龙身上都没有邪恶环和邪恶螺旋环，也没有证据证明它们是由黑暗塔变成的。当大辅等三人找到神秘女子时，飞虫兽和钢钻兽居然被控制。伊织终于明白，神秘女子吹的笛子能够控制昆虫型数码暴龙。突然他们掉了下去，粘在蜘蛛网上，蜘蛛兽正朝他们走去。

伊织向小京和阿武他们求救，但他们都脱不了身。最后他们利用空调将蜘蛛网弄破。但是飞虫兽和钢钻兽依然受到控制，他们被困在抽屉里。伊织想到用声音来干扰笛声，由小京来担当重任。善于玩弄电脑的小京在嘉儿的帮助下，终于成功干扰了笛声，所有被控制的数码宝贝恢复正常。但没想到神秘女子居然露出了原型，它就是亚基利兽！大家设了个陷阱，用胡椒粉、杀虫水和电线削弱亚基利兽的力量，机甲龙兽终于打败了她。但是亚基利兽的同党木乃伊兽突然出现，并救走了它。

亚基利兽越想越生气，于是想出了一个可怕的计划：用100座黑暗塔制造出一只强大的数码宝贝！大辅与小京想让伊织和一乘寺贤减少矛盾，于是叫穿山兽和虫虫兽一起去破坏黑暗塔。虽然穿山兽和虫虫兽的感情好了，但是伊织和小贤识穿了他们的意图，他们的感情不但没好，小贤更是离开了。这时，亚基利兽实施了她那可怕的计划，究极体的黑暗战斗暴龙兽诞生了！小京将小贤找回来，但是机甲龙兽的实力也在它之下。最后，它使出很恐怖的绝招，令所有人都晕厥。意外的是，黑暗战斗暴龙兽居然不听亚基利兽的指挥，独自离开了。

黑暗战斗暴龙兽在寻找对手战斗，亚基利兽则追踪它。大辅他们来到数码宝贝世界，迪路兽发现那里是她丢失神圣环的地方，于是大家便去寻找。小贤突然看到黑暗之海，于是大叫。小光和小京发现了他，三人突然进入奇怪的地方。大辅与V仔兽居然能穿过他们的身体，原来他们所处世界的次元不同。小京他们来到山崖，发现类似神圣环的东西发光，小京与小光为了捡它掉了下去。麻鹰兽不能进化，使小京以为再也上不去而发脾气。小光打了她一耳光，使她冷静了下来。上去后，小光和小贤又看见了黑暗海，而且亚基利兽用黑暗之塔造出暴罗刹兽,它十分厉害。小光十分绝望，无法冷静下来，小京也打了她一耳光，并鼓励她。两人心意合一，使亚古拉兽与迪路兽合体进化成希尔芙兽，打败了暴罗刹兽并回到了原来的世界。

亚基利兽用200座黑暗塔造了20只长毛象兽攻击黑战斗暴龙兽，却不堪一击，反而使黑暗战斗暴龙兽感到非常空虚。在战斗中，黑暗战斗暴龙兽突然发现一朵花，并奋力保护它。后来却因为自己有“心”而非常烦恼，于是踩死了那朵花。亚基利兽计划破坏神圣石，便造出骑士兽去粉碎神圣石。这时，亚古兽和黑战斗暴龙兽进行长谈，经过一段对话，亚古兽希望成为黑暗战斗暴龙兽的朋友，黑暗战斗暴龙兽似乎不反对。大辅他们正在保护神圣石，却不小心被骑士兽砍裂了神圣石。黑战斗暴龙兽突然发狂，冲过去打败骑士兽及大辅他们的数码暴龙，并粉碎了神圣石。随着神圣石的破碎，空间发生了严重的扭曲。

小京去京都进行毕业旅行。光子郎则和小贤一起讨论数码世界的事，其他人去阻止黑暗战斗暴龙兽继续破坏神圣石。大辅他们到达时，神圣石已经被黑暗战斗暴龙兽破坏，空间扭曲使黑暗战斗暴龙兽来到京都。小贤收到小京的通知，带钝钝兽去京都，将孙·悟空兽带回数码世界，并与大辅他们汇合对抗木乃伊兽。小京遇到小空的父亲和阿丈的哥哥阿休，得知了一些关于数码宝贝世界与京都的联系。后来，忍者兽将武士兽送进数码世界，而黑暗战斗暴龙兽和其他数码宝贝又回到了数码世界。

黑暗战斗暴龙兽又破坏了一块神圣石，突然出现了一个痛苦挣扎的身影，黑暗战斗暴龙兽觉得那只数码宝贝就是它要寻找的目标。阿武非常愤怒，使伊织觉得很困惑。第二天，大辅他们先于黑暗战斗暴龙兽找到神圣石，但是亚基利兽和木乃伊兽却来攻击。天使兽被黑暗战斗暴龙兽打败，突然圣石发光，使天使兽超进化成神圣天使兽，打算用天国之门将黑战斗暴龙兽吸走。黑暗战斗暴龙兽用盖亚能量炮一击打碎神圣石，使神圣天使兽退化，天国之门消失。那个身影又再次出现。

黑暗战斗暴龙兽又破坏了一块神圣石，而且那个身影又出现了。小贤要与大辅他们商量对策，于是打电话和妈妈说去朋友家吃饭，他妈妈非常高兴。伊织去向阿和询问阿武的事，得知了天使兽用生命封印恶魔兽的事。第二天是星期天，甲虫兽发现第六块神圣石在海底，就让嘉儿通知大家。海狮兽找来许多水系的数码宝贝帮忙，集所有数码暴龙的攻击，终于打倒了黑暗战斗暴龙兽。但是它又站起来了，并用盖亚能量炮分开海，露出圣石，这时，伊织挡在神圣石前面求黑暗战斗暴龙兽，这使它想起那朵花而不忍心伤害伊织。但最后黑暗战斗暴龙兽还是下定决心破坏了圣石。

黑战斗暴龙兽仍在寻找最后一块圣石，而亚基利兽和大辅他们先后来到中华街的美食店。由于飞虫兽还没到，而亚古拉兽和迪路兽体力又不足，所以不能进行合体进化。幸好老板蛋蛋兽逃走，亚基利兽它们想知道汤料是什么而离开了。伊织下定决心改变自己而叫大家吃拉面补充体力。木乃伊兽发现了汤料所在的池子，在喝了以后突然圣石从池子里出来了。黑暗战斗暴龙兽和大辅他们也同时发现。在前两对组合合体进化以后，天使兽和战甲兽也成功合体进化成古神兽，三只完全体数码暴龙一起对抗黑暗战斗暴龙兽。

古神兽拥有可以克制黑战斗暴龙兽的能力，集三兽之力终于打倒黑暗战斗暴龙兽。但是，黑暗战斗暴龙兽依靠顽强的意志又站起来了，并且将三兽打倒，准备破坏最后一块圣石。大辅他们下定决心保护圣石，便用D-3暴龙机对准神圣石，原来被破坏了的神圣石的位置发出光芒集中于此，召唤出青龙兽！黑暗战斗暴龙兽已经没有足够力量与青龙兽战斗，失去生存目标的它悲哀地离开了。青龙兽则向大辅他们讲述装甲进化以及各个徽章的含义等信息。

大辅他们终于将数码世界里所有的黑暗塔破坏了，此时圣诞节快到了，小贤邀请大家到他家玩。伊织也终于原谅了小贤，大家接受了邀请。回到现实世界后，大辅眼前突然闪过黑暗之塔的形状。第二天，大家将太一等人的数码暴龙接到现实世界来与太一他们团聚。晚上，大辅等人去小贤家玩，太一等人则去听阿和唱歌。突然，数码宝贝出现破坏了现场，而且太一发现了黑暗之塔！大辅他们赶到后，破坏了黑暗之塔并在暴龙兽等的帮助下将所有数码宝贝送回数码世界，但是，危机似乎又在逼近。

数码宝贝再次出现在现实世界，而且在日本各地都有！大辅听到小贤住的地方有数码宝贝出现，便决定单独去接小贤。三角龙兽出现在那里，大辅赶到后破坏黑暗之塔并让机甲龙兽去与三角龙兽战斗。然而三角龙兽非常强大，机甲龙兽被打得毫无还手之力。

这时，年轻的玄内出现在众孩子面前，并拿出青龙兽身上的一颗数码珠，放出神圣力量，大家都可以进化成完全体，并且机甲龙兽还进化成帝皇龙甲兽，终于将三角龙兽打败送回数码世界。接着，帝皇龙甲兽又到了日本各地，在半小时内将日本的所有数码宝贝都送回数码世界。全世界的数码大门都打开了，玄内告诉大家只有D-3暴龙机才能将大门打开，于是11个孩子将分别到6个地方，与全世界被选中的孩子一起将数码宝贝送回去。

帝皇龙甲兽将大家送到该去的地方后，到指定的地点退化。大辅来到纽约见到玄内的复制人，其他被选中的孩子则将数码暴龙带到指定的地方。祖利兽突然发狂，花仙兽、V仔兽EX以及其他被选中孩子的数码宝贝一起攻击，终于制服了祖利兽。大辅打开数码大门，将数码宝贝送回了数码世界。在香港，光子郎和小光见到拥有八爪鱼兽的三兄弟，准备在九龙公园将由亚洲被选中的孩子送过来的数码宝贝送回数码世界。但是在穿越中国国境时受到阻拦，大家想出办法证明数码宝贝们是有智慧的，终于安全通过。嘉儿他们的任务也完成了。

阿丈和伊织来到悉尼破坏黑暗塔。突然见到被选中的孩子以及贝壳兽、龙虾兽和墨鱼兽，于是大家用“数码宝贝什锦海鲜攻击”吓跑它们，并追上去。突然，亚路加兽出现，为了防止它破坏珊瑚礁，海狮兽超进化成祖顿兽，与潜鲨兽一起打败了亚路加兽。巨蟹兽进化成的古尼兽破坏了黑暗塔，然后伊织打开大门将数码暴龙放回数码世界。巴黎那边，阿武、太一和阿武的爷爷发现凡尔赛宫有数码宝贝，原来是豆豆兽三兄弟。后来，还出现了炸弹兽。在打败它们后，机械暴龙兽和神圣天使兽破坏了黑暗塔，并将这四只调皮的家伙送回了数码世界。

小贤与阿和来到墨西哥的玛雅遗迹，偷偷走了进去。途中遇到拥有矿石兽的女孩，虫虫兽感到小贤对它的感情会发生动摇。在遗迹深处发现了牛人兽和蜘蛛兽，它们逃了出来。出来后，兽人加鲁鲁兽、飞虫兽和矿石兽进化成的角龙兽将它们击倒，送回了数码世界。莫斯科那边，小京和素娜由于不会讲俄语，便用食物作为号令来与俄罗斯的孩子一起作战，战斗完后觉得非常饥饿与疲劳。本来俄罗斯的孩子要请她们吃东西，却因为还有一些长毛象兽没收拾。此时帝皇龙甲兽带着孩子们及时赶到并打倒了它们。大家要立即回日本，因此小京和素娜因为没有吃到东西而非常失望。

小贤睡觉时梦见自己被植入黑暗种子的情景，醒来后就埋怨自己为什么记不起以前的事。后来，女恶魔兽、海魔兽、丧尸撒旦兽出现在现实世界，孩子们的数码暴龙与它们苦战。最后，所有完全体数码宝贝被丧尸撒旦兽打倒，而帝皇龙甲兽也被封印住不能动弹。光子郎明白到亚古兽他们不适应现实世界的生活，于是它们将力量给帝皇龙甲兽后，回到了数码世界。帝皇龙甲兽变身成为战士形态，一击打倒丧尸撒旦兽。这时，究极魔兽出现，但亚基利兽却在所有人的眼皮底下以许多被绑架的孩子作威胁，带走了小贤。

大家乘阿丈哥哥的车追亚基利兽的车。小贤在被绑架的孩子中，看到他爸爸的同事及川悠纪夫。原来他是亚基利兽和木乃伊兽的创造者，他想将小贤身上的黑暗种子移植到被绑架的孩子们身上。并且他就是小贤的哥哥死后发邮件给他的人。希尔芙兽与女恶魔兽战斗，被打成重伤。小京为救被女恶魔兽捉住的人而被女恶魔兽攻击，希尔芙兽为保护小京而打倒女恶魔兽。另一边，古神兽与海魔兽战斗，伊织和阿武到医院救人。经过苦战，古神兽打倒了海魔兽。小京和伊织都很矛盾，因为他们必须面对有思想和生命的数码宝贝。雷龙兽很快要追上绑架小贤的那辆车了，而究极魔兽也出现在那辆车面前。

战士形态的帝皇龙甲兽、希尔芙兽与古神兽与究极魔兽对决，但是根本伤不了它，而且它的杀伤力巨大。大辅他们商量将究极魔兽送回数码世界，但是究极魔兽居然自己能打开数码世界大门。正当大家绝望时，小贤告诉大家他的暴龙机可以打开黑暗海世界的大门。打开大门的时候，小贤被黑暗力量攻击，十分痛苦。大家一起握住他的手，支持他。再加上三只数码宝贝的合力攻击，终于将究极魔兽送到黑暗海世界里，危机又一次过去了。可是黑暗种子已经移植到孩子身体里了。

被移植了黑暗种子的孩子智力和体力都有飞跃的提高，但性格却越来越差。青龙兽将能量传给了亚古兽，并告知黑暗战斗暴龙兽去了现实世界。黑暗战斗暴龙兽找到及川，用言语激他，使他非常痛苦。正当黑暗战斗暴龙兽想杀他时，亚古兽究极进化成战斗暴龙兽阻止他，两兽打了起来。战斗暴龙兽不断要求黑暗战斗暴龙兽停止攻击，但黑暗战斗暴龙兽不听。最后，帝皇龙甲兽战士形态与战斗暴龙兽一起攻击黑暗战斗暴龙兽，光子镭射、盖亚能量炮和黑暗盖亚能量炮碰撞。黑暗战斗暴龙兽终于被打败，并且通过与亚古兽、V仔兽和虫虫兽的谈话明白了一些东西。

在数码世界里，加布兽他们正努力封印光丘的大门。及川见到伊织，发现他的身份，想起以前的事。原来他和伊织的爸爸是好朋友，他们都相信数码宝贝的存在，并做过研究。但是伊织的爸爸英年早逝，令他非常悲哀。一位孩子的黑暗种子发芽开花，及川采集了那朵花，黑暗力量笼罩他的身体。黑战斗暴龙兽再次用言语激他，伊织的爷爷明白了事情的经过，希望成为及川的朋友。及川正想答应，却被黑暗力量所控制，攻击伊织的爷爷，黑暗战斗暴龙兽奋力挡住，受了重伤。知道自己快死了的黑暗战斗暴龙兽用自己的身体封印了光丘的大门，牺牲了。

大家暗中监视被植入黑暗种子的孩子，将他们集中在一个地方。及川出现，他用好像3年前太一他们回到现实世界前用来开门的钥匙卡，打算进入数码世界。大辅他们因为黑战斗暴龙兽已经封印了数码世界大门而并不惊慌。但是及川居然成功打开了大门，并和孩子们一起进去了。大辅等人非常吃惊，跟了上去。原来他们进的不是数码世界，而是另一个世界。贝利亚吸血魔兽从及川身子里破出，它告诉及川其实自己之前做的事都是受到贝利亚吸血魔兽的利用。最后，贝利亚吸血魔兽吸取所有的黑暗之花，显现真身，并残忍地杀死了亚基利兽和木乃伊兽。除大辅外，所有被选中的孩子都被它的残忍所震慑。只有大辅勇敢地站出来，与V仔兽EX一起面对贝利亚吸血魔兽。

由于大辅的勇气，使V仔兽EX的攻击居然对贝利亚吸血魔兽很有效。但它立即使用幻影攻击。所有人都看到令自己很高兴的假象，那些假象都是自己平时所苦恼的东西的反照。但他们后来都明白过来，只有打败贝利亚吸血魔兽，这些一切才能实现。奇迹发生，所有数码宝贝都可以同时使用进化、超进化、装甲进化以及合体进化。一连串的攻击将贝利亚吸血魔兽打得奄奄一息。但它却因此进入了数码世界，吸取了数码世界的黑暗力量，强大起来，并且打算一统数码世界和现实世界。

地球正逐渐被黑暗力量侵蚀。大辅他们仍不断地尝试阻止贝利亚吸血魔兽，但每次都被打倒。后来，所有被选中的孩子的神圣计划的光的力量驱散黑暗，并使他们的数码暴龙进入数码世界。贝利亚吸血魔兽的力量被削弱，但是被植入黑暗种子的孩子泄气的话却又让黑暗力量有机可乘。大辅他们用真心的话让他们明白只要相信有实现梦想的力量，梦想一定会实现。最后，他们也有了数码宝贝搭档了。最后，帝皇龙甲兽战士形态用超级死亡彻底打败贝利亚吸血魔兽。及川就要死了，他却遇上自己的数码宝贝，使他非常感动。他用信念牺牲自己，修复数码世界。二十五年过去了，数码世界已经与现实世界密不可分了。每个孩子都有自己的数码宝贝，能与他们一起去冒险了。