Después de 3 años de derrotar a Apocalymon, 3 nuevos niños elegidos, junto a Kari y T.K. deben salvar al Digimundo de las nuevas amenazas que se dieron en su ausencia.

Yolei y Cody entran al Digimundo en compañía de Sora e Izzy. Mientras tanto, Davis y V-mon son atacados por el Emperador de los Digimon.

Davis, Yolei y Cody vuelven a entrar al Digimundo para detener las maldades del Emperador Digimon, pero se dan cuenta que no son capaces de derrotarlos por si mismos, así que van en busca de más DigiEggs.

Gabumon es capturado junto con unos Gazimon por ordenes del Emperador Digimon. Luego, es atacado por un RedVegiemon. Los niños elegidos van a rescatarlo junto con Matt.

Gomamon es gravemente herido por unos Gizamom y el Emperador de los Digimon, así que los niños elegidos junto con Joe van a detenerlo.

Mimí va a un día de campo junto con los nuevos niños elegidos en el Digimundo, pero ella y Yolei caen a un agujero. Allí se topan con Gekomon y Otamamon, controlados por el Emperador de los Digimon.

Los chicos llegan a una ciudad bajo una cúpula, controlada por el Emperador Digimon. Kari se separa y se encuentra con Andromon, bajo las ordenes del Emperador Digimon.

El equipo de fútbol de Davis juega contra el de Ken Ichijouji, sin darse cuenta que él es el Emperador de los Digimon.

Ken, resentido, decide escapar de casa, quedándose a vivir en el Digimundo para siempre. Allí intenta atrapar a Greymon para digievolucionarlo en MetalGreymon.

El Emperador de los Digimon decide mejorar el aro maligno de Agumon para controlarlo al digievolucionarlo a MetalGreymon, los chicos junto a Tai van a detenerlo.

La pelea contra MetalGreymon se acerca, sin embargo, ninguno puede con él y Davis se niega a pelear. Luego, encuentran un nuevo DigiEgg, pero nadie sabe de quién es.

Los chicos reciben un llamado de Biyomon ya que fue capturada por Starmon, mandado por El Emperador Digimon. Sora y los demás van a rescatarla.

Kari es llevada a un mundo extraño por una rara energía, uno mucho más oscuro que el Digimundo. T.K. hará lo que sea por hacer que vuelva.

Los niños buscan un nuevo DigiEgg. Luego, encuentran el restaurante de Digitamamon, el Digimon Chef, pero ahora bajo las ordenes del Emperador Digimon.

Los chicos se encuentran en un pueblo del Digimundo con aspecto al Japón tradicional. Allí, Ninjamon le da un espiral maligno a un ShokunGekomon.

Los chicos se encuentran en una plataforma petrolífera, ya que se supone que allí hay un DigiEgg. El problema es que por ahí se encuentra MegaSeadramon.

La televisora Fuji empieza a ver algunas formas extrañas en los programas que emiten. Mientras tanto, los chicos celebran el aniversario del primero de agosto, cuando los chicos fueron llevados al Digimundo.

Después de escuchar el mensaje de Wizardmon, los chicos van a buscar la base del emperador de los Digimon, para acabar con él de una buena vez para todas.

El Emperador de los Digimon revela su más potente creación, Kimeramon. Los chicos deben buscar una manera de derrotarlo o será su fin.

El Emperador Digimon va perdiendo poco a poco el control que tiene sobre Kimeramon. Mientras tanto, Wormmon quiere que Ken vuelva a ser un niño bondadoso y decide ayudar a los otros chicos.

La batalla final de Kimeramon contra Magnamon. Su pelea podría poner en peligro a todos y Wormmon decide dar su último sacrificio para hacer que Ken cambie.

Davis se siente celoso de que T.K. y Patamon puedan digievolucionar a modo adulto y V-mon no. Davis hará lo que sea para que su V-mon digievolucione.

Ken se duerme, buscando su razón de porqué se convirtió en el Emperador de los Digimon, pensando en la muerte de su hermano Osamu y si sus padres realmente lo querían.

Los chicos intentan reparar el daño que El Emperador Digimon causó. En el proceso, Cody es atacado por Thundermon y su única ayuda es un antiguo... ¿enemigo?.

Davis quiere que los demás niños acepten de que Ken a cambiado. Mientras tanto, la del cabello gris anda causando más estragos con las Agujas de Control.

Izzy descubre que la antigua base del Emperador Digimon está a punto de explotar si no se devuelve el emblema de la bondad de Ken y la vieja rara quiere que eso pase.

XV-mon y Stingmon logran la digievolución DNA, algo que impresiona a todos. Luego de la batalla, Izzy les explica los beneficios y riesgos de esa manera de digievolucionar.

La señora invita a los niños elegidos a una mansión gigante, para pelear contra ellos de una buena vez.

Los Niños Elegidos tratan de detener el hechizo de la mujer misteriosa, que revela su identidad, Arukenimon.

Arukenimon, harta de los niños elegidos, decide manipular 100 agujas de control para crear a un Digimon muy fuerte como para ser derrotado, BlackWarGreymon.

Yolei, Kari y Ken entran al mar oscuro por error, y las posibilidades de ser salvados se disminuyen. Mientras eso, Yolei y Kari aprenden de la una y la otra.

BlackWarGreymon se pregunta cuál es su razón de ser y se encuentra con Agumon, a quién le hace preguntas. Mientras tanto, Arukenimon empieza a destruir las Piedras Sagradas.

Yolei está en Kyoto por un viaje de la escuela a disfrutar de la ciudad japonesa. Pero la cosa cambia cuando se puede ver a BlackWarGreymon peleando en el cielo.

BlackWarGreymon decide destruir las piedras sagradas ya que así se siente mejor. Mientras tanto, Cody tiene miedo de hacer la Digievolución DNA con T.K. por sus personalidades alternas.

Los chicos se sienten abrumados por no poder parar a BlackWarGreymon en la destrucción de los puntos sagrados. Mientras tanto, Cody habla con Matt para saber que le pasa a T.K.

A los niños les queda una Piedra Sagrada que salvar del ataque de BlackWarGreymon, por lo cuál los chicos se preparan, y va llegando la hora de la Digievolución DNA de Cody y T.K.

Como regalo de Navidad, los nuevos niños elegidos le traen a Tai y a sus amigos a sus compañeros Digimon al mundo real.

Los niños elegidos tienen problemas con los Digimon que entran al mundo real, y un antiguo conocido del Digimundo los va a ayudar en los momentos que más lo necesitan.

Davis y Veemon van a Estados Unidos a atrapar a los Digimon de Nueva York junto a Mimí y Palmon. Mientras tanto, Kari, Izzy, Tentomon y Gatomon tratan de hacer lo mismo en Hong Kong.

Joe y Cody tratan de detener el problema de Australia mientras que Tai y T.K. se encuentran en Francia para devolver los Digimon al Digimundo en el palacio de Versalles.

Últimos países en riesgo. Ken y Matt se dirigen a México para ayudar en la situación de allí, mientras que Sora y Yolei van a Rusia a enviar a los Digimon al Digimundo.

Al final de acabar con la situación mundial, los niños vuelven a Japón, hecho un caos por varios enemigos liberados mientras que Arukenimon y Mummymon piensan su próxima estrategia.

Ken está en un camión con los niños secuestrados, donde allí conoce a Yukio Oikawa. Wormmon y los demás quieren salvarlo, pero los demonios sueltos en la ciudad lo impiden.

Yukio Oikawa terminó de usar a Ken, por lo cual Deemon intenta secuestrarlo. Los niños tendrán que pelear contra las fuerzas de la Oscuridad.

Los chicos intentan averiguar de Yukio Oikawa y de los niños con las semillas de la oscuridad implantadas. De la nada, aparece BlackWarGreymon para conocer al creador de su creadora.

El abuelo de Cody le explica la relación de su padre con Yukio Oikawa, los demás Digimon tratan de cerrar la puerta al Mundo Real y la semilla de la oscuridad de una niña va terminando de crecer.

Oikawa está listo para partir al Digimundo junto a los niños con las semillas de la oscuridad, pero su destino es diferente.

En la pelea contra MaloMyotismon, los niños descubren que están en un mundo donde lo que ellos quieren se hace realidad, y lo aprovecharán para pelear contra su enemigo final.

Después de todo lo que pasaron, todos los niños elegidos deberán unir fuerzas para poder combatir contra las fuerzas de la oscuridad. Si no lo hacen, están perdidos junto al Mundo Real y el Digimundo.