שנתיים וחצי עברו מאז ששמונת הדיג'יגורלים הישנים הביסו את הרוע והצילו את שני העולמות, אבל כעת שוב יש בעיות בעולם הדיגיטלי, ושניים משמונת הדיג'יגורלים, בעזרת דיג'יגורלים חדשים יוצאים להציל את העולם מחדש.

דיוויס וחבריו חוזרים מעולם הדיגיטלי אחרי שהם הצילו את העולם ממשבר. דיוויס חוזר נרגש מביקורו הראשון בעולם הדיגיטלי, יולי מקבלת יותר ויותר תלונות על כך שהחמיצה את ההרפתקאות בעולם הדיגיטלי, אך חלומה מתגשם.

טיקיי וקארי הרימו את הדיג'יביצים שלהם. גטומון ופטמון דיג'יגדלו לנפרטימון ופגסוסמון וניצחו את טירנומון.

מאט פגש את ג'ון, אחותו של דייויס. גבומון היה בצרה ומאט נכנס לעולם הדיגיטלי. הוא ודייויס רבו. הדיג'ימון-תפוח-אדמה (וג'ימון) הכה את וימון, הרס את חרוט הבקרה הראשון וגבומון דיג'יגדל.

ג'ו נכנס לעולם הדיגיטלי. קודי נפל למים הקפואים וג'ו נתן לו כוס תה. הם נלחמו עם הפריג'ימונים.

מימי נכנסה לעולם הדיגיטלי ופגשה את יולי הם עשו פיקניק והאחים ג'יוקמון הפריעו להם באמצע.

בניסיון להשמיד את מגדל הפיקוח, קארי נפרדת מהקבוצה ופוגשת את אנדרומון בעיר הכיפה.

קבוצת הכדורגל של דיוייס משחקת נגד קבוצתן קן. הדיג'יגורלים מגלים מאוחר יותר שקן הוא למעשה שליט דיג'ימון.

קן בורח מהבית ומעדיף להישאר בעולם הדיגיטלי ותופס את אגומון.

טאי הולך להציל את אגומון, קן מפתח את הסליל הכהה, טאי מאשים את עצמו במה שקרה, מאט ויולי מגיעים ומאט מרביץ לטאי.

דייויס מקבל את דיג'יביצת החברות, דייויס ומאט מצליחים ביחד להוריד מאגומון את הסליל הכהה ולהציל אותו.

קארי מגיעה לעולם שאינו העולם האמיתי או הדיגיטלי. גטומון, טי. קיי ופטמון הולכים בעיקבותיה וביחד יכולים להביס את איירדרמון.

מימי נכנסת לעולם הדיגיטלי עם מייקל, שגם הוא דיג'יגורל. סידרמון מנצח את גורילמון. יולי מקבלת את דיג'יביצת הכנות והוקומון דיג'יגדל לשורימון.

הילדים מבקרים אצל הגקומונים (של הנסיכה מימי) ומשחררים את שורון גקומון מהסליל הכהה. קן לא היה בבית חודשיים.

הילדים נלכדו בתחנת הדלק הימית וקודי חזר לעולם האמיתי וקרא לג'ו. ווימון בא להציל אותם, קודי קיבל את דיג'יביצת האמינות וארמדילומון מגה דיג'יגדל.

יום השנה לניצחון של הדיג'יגורלים המקוריים. טיקיי ביקר בבית של מאט ואבא שלו. הרוח של וויזארדמון היה בתחנת הטלוויזיה.

הילדים מחליטים לא לחזור לפני שהם הורסים את הבסיס של שליט דיג'ימון בגלל שזה ייקח הרבה זמן ובינתיים טאי, מאט ואיזי הולכים למחנה כדי לחפות על הקטנים.

קודי גילה מתחת לים את הבסיס של שליט דיג'ימון ושיחרר את כל הדיג'ימונים שהיו כלואים שם. טיקיי הלך מכות עם קן, וקן שיחרר את קיימיראמון – הדיג'ימון שהוא יצר.

קיימיראמון נראה הורס בתים וערים. וורמון מוביל את דיוייס לליבת הכוח של הבסיס שמתגלה כדיג'יביצת זהב.

בסיסו של קן מושמד. קיימירמון חוזר ומגנמון נלחם נגדו. ורמון נותן את כוחו למגנמון ועוזר לו לנצח. דיוויס מוצא את סמל טוב הלב ומעביר אותו לקן.

הילדים חוזרים לעולם הדיגיטלי כדי לעזור לתקן את הנזקים שקן עשה. טיקיי מעלה השערה שהשער הדיגיטלי נשאר פתוח בגלל שיש להם אויב נוסף. דייויס מצליח לשכנע את וימון לדיג'יגדול לדיג'ימון על.

קן נזכר באחיו הגדול סאם ובביקורו הראשון בעולם הדיגיטלי. הוא רוצה לחזור להיות קן העדין וטוב - הלב שהוא היה פעם ומוצא בכפר הראשוני את הדיג'יביצה של ורמון.

הילדים צבעו ותיקנו את הכפר הראשוני. ורמון דיג'יגדל והציל את קודי. אישה מסתורית הייתה בחדר של קן. דייויס שיחק עם הדיג'י-תינוקות כדורגל. דיגמון דיג'יגדל לדיג'ימון-על.

דייויס מחליט לסלוח לקן ומבקש ממנו להצטרף לדיגיגורלים, האחרים לא מסכימים לשכוח ולסלוח.

הבסיס שהיה של קן עמד להתפוצץ אז היה צריך להחזיר לשם את סמל טוב-הלב. הם נלחמו נגד חרוט בקרה בצורת דיג'ימון רשע ואקסוימון וסטינגמון התמזגו גנטית לפאילדרמון.

פאילדרמון מביס את הדיג'ימון. איזי מסביר על התמזגות גנטית של שני דיג'ימונים ומגלה שזה קרה כבר בעבר.

ארוקנימון הזמינה את הדיג'יגורלים ל-"בית ג'יגא" שהוא בית ענקי. היא טמנה להם מלכודת של דיג'י-חרקים. דייויס, קן וקודי נתקעו על רשת דביקה של עכביש.

קודי הפעיל את המזגן בעזרת דייויס וקן כדי לשאוף אליו את העכבישה. כשהם היו במגירה, יולי הצילה אותם בעזרת תוכנת המוסיקה במחשב, שיבשה את נגינת החליל של ארוקנימון. הם תפסו אותה וגילו שהיא בעצם דיג'ימון-על ויש לה שותף: מומימון.

דייויס ויולי ניסו לחבר בין קודי וקן אבל לא הצליחו. ארוקנימון יצרה את גריימון מלחמתי שחור מ-100 חרוטי בקרה. גריימון מלחמתי שחור ברח.

קארי, יולי וקן הולכים לאיבוד באוקיינוס האפל בחיפושם אחר טבעת הזנב של גטומון. גטומון ואקווילומון מתמזגים גנטית לסילפימון.

ארוקנימון ומומימון ניסו להרוס את אבן הגורל הראשונה. גריימון מלחמתי שחור חש ריקנות בגלל שהוא עשוי מחרוטי בקרה. אגומון ניסה לשכנע אותו להיות חבר שלו, אבל גריימון מלחמתי שחור הרס את אבן הגורל.

יולי הייתה בטיול בקיוטו וראתה שם את גריימון מלחמתי שחור עם דיג'ימונים מוזרים שהגיעו לעולם האמיתי. סטינגמון ושורימון החזירו אותם לעולם הדיגיטלי. גריימון מלחמתי שחור הרס עוד אבן גורל. יולי פגשה שם את אבא של סורה ואח של ג'ו.

הדיג'יגורלים ניסו למנוע מגריימון מלחמתי שחור להרוס עוד אבני גורל, אבל לא הצליחו. קודי שם-לב שטיקיי מאוד מתעצבן מכוחות האופל ומגריימון מלחמתי שחור. אנג'מון דיג'יגדל למגנה אנג'מון בעזרת כוחה של אבן הגורל.

גריימון מלחמתי שחור הורס את אבן הגורל שדייויס החביא בשלג. מאט מסביר לקודי למה טיקיי מתרגש מכוחות האופל. אבן גורל מתגלה מוחבאת בקרקעית הים.

הדיג'י-גורלים אכלו מרק סיני במסעדה של דיג'י טממון. ארוקנימון ומומימון גילו שאת המרק מביאים ממעיין של מרק סיני ואבן הגורל הייתה בתוכו. אנג'מון ואנקילומון התמזגו גנטית לשאקוומון.

הדיג'יגורלים מנסים להזיז את אבן הגורל האחרונה בעזרת הדיג'יכלים על מנת להגן עליה מפני גריימון מלחמתי שחור.

קן מזמין את החבר'ה למסיבת חג המולד אצלו בבית בזמן שהגדולים הולכים להופעה של מאט. באמצע ההופעה נכנסים כמה דיג'ימונים רעים לאולם. טיקיי והאחרים נלחמים בהם ומחזירים אותם לעולם הדיגיטלי.

הדיג'יגורלים מקבלים מאזולונגמון כוחות חדשים באמצעותם הם יכולים להצטרף אל דיג'יגורלים אחרים בכל העולם.

הדיג'יגורלים היפנים נפרדים. מימי ודיוויס מצטרפים אל הדיג'יגורלים האמריקאים בזמן שקארי ואיזי הולכים לעזור לדיג'יגורלים באסיה.

קודי וג'ו פוגשים באוסטרליה את דרק ונלחמים בדיג'ימון ימי. בפאריס, טיקיי וטאי נעזרים בסבתו של טיקיי כדי להציל את את הדיג'יגורלי הצרפתי.

קן ומאט עוזרים לדיג'יגורל המקסיקני, בעוד שסורה ויולי עוזרות לדיג'יגורלים שבסיביר. כולם חוזרים ליפן לחג המולד. אבל לארוקנימון יש תוכניות אחרות.

אויב חדש מופיע - דיימון ונעזר בכוחו של אזולונגמון.

ארוקנימון תופסת את קן ומחזיקה אותו במשאית ביחד עם עוד ילדים חטופים. אוקווה הופיע ולקח מנבג האופל של קן ונתן אותו לילדים האחרים. דייויס והאחרים נוסעים במכונית של ג'ים ורודפים אחר המשאית.

דייויס וריידרמון וורמון רודפים אחר המשאית של ארוקנימון. הם משחררים את קן, נלחמים בדיימון ומחזירים אותו לאוקיינוס האופל בעזרת הדי3- של קן.

הדיג'יגורלים מנסים לשחרר את הילדים החטופים מנבג האופל. רק טאי וקארי הלכו לעולם הדיגיטלי. גריימון מלחמתי נלחם נגד יריבו השחור. טאי וקארי מגלים שהאיזון של העולם הדיגיטלי הופר בגלל הליבה הדיגיטלית של אזולונגמון.

אוקווה מגלה לקודי שהוא היה חבר של אביו, ושחלם תמיד להגיע לעולם הדיגיטלי. קן עוקב אחרי נוריקו ונפגש עם אוקווה. גריימון מלחמתי שחור חותם את השער ונעלם.

הדיג'יגורלים עוקבים אחרי הילדים בהייטון ויו, אוקווה מופיע ובעזרת הילדים מנסה להיכנס לעולם הדיגיטלי.

אקסוימון לא מצליח להילחם במאלו מיוטיסמון. הם נכנסים לעולם שבו המשאלות של כולם מתגשמות. כשהם יוצאים משם הם מגלים גילו שהדיג'ימונים שלהם יכולים לדיג'יגדול לכל הצורות שלהם בו זמנית.

הדיג'יגורלים של כל העולם ביחד עם הילדים מתאחדים. אוקאווה משתמש בכל כוחותיו של העולם האחר כדי להחזיר את האור והיופי לעולם הדיגיטלי.