太一たちの冒険から３年後……。 　平和を取り戻したデジタルワールドに新たな敵が現れた。その名はデジモンカイザー！　デジタルワールドの征服と全デジモンの支配をたくらむカイザーにアグモンたちは必死に立ち向かうが、謎の力で進化を封じられて絶体絶命の危機を迎えてしまう。 　はたしてデジタルワールドは、このままカイザーの魔の手に落ちてしまうのだろうか？　カイザーの野望を打ち砕くため、今こそ新たなる「選ばれし子供たち」の戦いが始まる！！ 「これはゲームなんだよ。僕は遊び心のわからない無粋なヤツは大嫌いだ……消去してやる……！」

　デジタルワールドの危機を救い、現実世界に戻ってきた大輔たち。初勝利に興奮する大輔を横目に、デジタルワールドに行きそびれた京は不満をつのらせる。 　そして翌日。光子郎と空を案内役に、京は大輔や伊織と共についに念願のデジタルワールドを訪れることになった。初めての経験に遠足気分で浮かれる京。だがそんな京を待ち受けていたのは、デジモンカイザーとのいきなりの戦闘だった……。 　カイザーに敗れ、捕われの身となった大輔。大輔を置いて逃げることしかできなかった京を、デジタルワールドのあまりに過酷な現実が打ちのめす。はたして京は、戦いへの恐怖を乗り越えて大輔を救出することができるのだろうか？　新たな「選ばれし子供たち」に、初めての試練が訪れる……！！ 「昔ね、ミミちゃんって子がおんなじこと言ってた……戦いなんかイヤだって」

　大輔に続き、京と伊織もデジモンカイザーと戦う力を手に入れた。だがタケルとヒカリは……パートナーのパタモンとテイルモンの進化を暗黒デジバイスに封じられたまま、まともに戦うこともできない！ 　２人の無力さをあざ笑うように、パタモンとテイルモンを集中攻撃するカイザー。大輔たちに守られ逃げることしかできないタケルとヒカリの胸に、悔しさと失望がこみあげる。だがそんな２人が偶然逃げ込んだ洞窟の奥で見たのは、希望の紋章と光の紋章が刻まれた２つのデジタマだった……。 「私たちだったんだ……！　私たちのデジタマなんだよ、テイルモン！」

　デジモンカイザーの支配からデジモンたちを救うべく戦いを始めた大輔たち。だがそんな大輔たちの努力をあざ笑うかのように、カイザーは暗黒デジバイスとイービルリングの力で確実に領土を広げ続けていく。 　そしてまたひとつ、新たな町がカイザーの魔の手に落ちた。ダークタワーを背に不敵な笑みを浮かべて町を見下ろすカイザー。取り囲むカイザーの兵隊に、なすすべもなく従う町の住人たち。その中にはただひとりカイザーのスキを狙うヤマトのパートナー・ガブモンの姿があった。 　カイザーが町を離れたスキに、住民たちを連れて脱出を図るガブモン。だがそんなガブモンを待ち受けていたのは、レッドベジーモンの死の拷問だった！　はたしてガブモンの命がけのＳＯＳは大輔たちに、ヤマトに届くのだろうか？　そしてますます加速するカイザーの狂気の行方は、一体……！？ 「デジモンども。一匹残らず僕にひれ伏せ、僕にかしずけ、そして僕を崇めるんだ」

　凍てついた北の大地にムチの音が響く。巨大な牢獄を建設すべく、ギザモンたちを強制的に働かせるカイザー。その非道なやり方に反発したゴマモンを、カイザーの卑劣な攻撃が襲う！ 　ゴマモンの危機を感じ、実力テストを投げ出してパソコン部に駆けつける丈。そんな丈とは対照的に、デジタルワールドよりも剣道の練習を優先させる伊織……。 　はたして伊織は、丈の姿に何を感じるのだろうか？　今、氷の世界を舞台に熱い戦いが始まる……！！ 「選ばれし子供たちなんて言われてるけど、本当はさ、ぼくたちが選んでるだよね。何をするべきか、何をしたいか」

　今日はパソコン部のピクニック。お弁当持って、リュックを背負って、目的地は……え？　デジタルワールド！？ 　ゴールデンウィークを利用してデジタルワールドにピクニックに行くことになった子供たち。いつものメンバーにアメリカから帰国したばかりのミミも加えて気分はすっかり遠足モード。お弁当を広げて楽しい時間をすごすのだが、ひょんなことから事態は思わぬ方向に……。 　強敵？ゴキモンブラザーズの美しき兄弟愛！　対する京とミミも新コンビを結成！　今、デジタルワールドにピンクの嵐が吹き荒れる・・・・・・かも！？ 　 「ゴキモンのお兄さん、一緒に攻撃しましょう！」

　デジモンカイザーから機械都市・フルメタルシティを解放するべく戦う子供たち。だが敵の攻撃を受けて退却する途中で、爆風に巻き込まれたヒカリとテイルモンだけがデジタルワールドに取り残されてしまう！ 　迫り来るガードロモン軍団を相手にテイルモンと２人きりで苦しい戦いを強いられるヒカリ。ヒカリを守れなかった責任を感じて再びデジタルワールドに急ぐ大輔とタケル。だがやっとの思いで合流を果たしたヒカリたちの前に新たな敵が立ちはだかる！　それはイービルリングに支配されたかつての仲間・アンドロモンだった……。 　カイザーの命令のままにヒカリに襲いかかるアンドロモン！　イービルリングの魔力はかけがえのない記憶さえ奪い去ってしまうのだろうか？　フルメタルシティにヒカリの悲痛な叫びがこだまする……！！ 「アンドロモン！　私たちと一緒に戦ったこと、忘れちゃったの！」

　サッカークラブの試合でウワサの天才少年・一乗寺賢と対決することになった大輔。捨て身のスライディングで賢のシュートを防いだ大輔は、賢と握手をかわしておたがいの実力を認め合ったのだが……。 　試合後、死の谷「デスバレー」に突然現れたダークタワー。調査のために出動した大輔たちを待ち受けていたのは、デジモンカイザーの恐るべきワナだった！　仲間たちを人質に取られて抵抗できない大輔。そんな大輔を冷酷な笑みを浮かべてもてあそぶカイザー。その右足には、なぜか大輔が賢につけたのと同じ傷が……！？ 　ついにあきらかになるデジモンカイザーの正体！　今、デジタルワールドを新たな衝撃が駆け抜ける……！！ 「君は僕のプライドを傷つけた……、それぐらいの苦しみ、当然だよ……」

　ついにあきらかになったデジモンカイザーの正体。マスクの下から現れたその素顔は……天才少年・一乗寺賢！ 　カイザーの思いがけない正体にショックをかくせない大輔たち。だがそんな大輔たちをよそに賢は現実世界を捨て去り、ますますデジタルワールドへとのめり込んでいく！　そして賢はデジタルワールドのすべてを手に入れるための武力として、あるデジモンに狙いをつけた。そのデジモンとは……太一のアグモン！！ 　アグモンをメタルグレイモンに進化させるべく、イービルリングから暗黒の力を注ぎ込む賢。だが強力すぎる暗黒の力はアグモンを暴走させ、思わぬ事態を引き起こすことに……！？ 「もうこの世界に用はない……。さようなら虫けらどもよ」

　カイザーの暗黒の力がアグモンを暴走させ、スカルグレイモンに進化させた。破壊の限りを尽くして全ての力を使い果たしたアグモンは、ヒカリの叫びもむなしく再びカイザーによって連れ去られてしまう。 　敵の手に落ちたアグモン。まのあたりにした完全体の破壊力。突きつけられた厳しい現実が、子供たちの心を激しくゆさぶる！ 　子供たちと共にデジタルワールドに乗り込んだ太一は、はたしてその手でアグモンを救い出すことができるだろうか？　だがアグモンを自由に操るべく悪魔の研究を続けるカイザーは、ついに……！？ 「話しかけても無駄だよ。もう、お前のパートナーデジモンではない。僕のしもべだ」

　空のデジバイスにピヨモンからのＳＯＳが届いた。さっそく大輔たちと共にデジタルワールドに出動する空。だが、デジタルゲートを通り抜けたその先で彼女たちを待っていたのは、砂煙が舞う西部の街だった……。 　おたずねものとして指名手配されたピヨモン。カイザーの命令で空たちを襲う自称「正義の保安官」スターモン。さらに女の子好きの自称「正義のガンマン」リボルモンまで現れて、話はますますややこしいことに！？ 　西部の街を舞台にくりひろげられるスターモンとリボルモンの壮絶なガンファイト！　どっちが勝っても迷惑そうなこの対決の行方は、はたして……！？ 「お遊びタイムは終わりだ、お前たちを処刑する時間だ」

　水滴。波の音。鉛色の海。朽ちた漁村……。 　日常の中に、ふとまぎれこむイメージ。現実とも幻ともつかない異様なイメージに不安と嫌悪を覚えながらも、次第に心を奪われていくヒカリ。そう、彼女は気づいていたのだ。それが彼女を必要とする何者かの呼び声であることに。そして自分はその呼び声に決して逆らえないことに……。 　ひと足早い夏の訪れを告げるデジモン版暗黒神話！　古の神の伝説が影を落とす異形の町でヒカリを待つものは、はたして……！？ 「あたし、ここにいなくなってしまうかもしれない……」

　新しいデジメンタルを求めてデジタルワールドを探索する京たち。歩き疲れたところでちょうどレストランを見つけて喜んだものの、そこはなんと３年前に丈とヤマトをこき使ったあのデジタマモンの店だった！ 　ドルでしか支払いを受けないというデジタマモンに無銭飲食呼ばわりされ、危うく代金分働かされそうになる京たち。タイミングよく現れたミミとその友達でアメリカの選ばれし子供・マイケルのおかけでピンチを逃れたものの、気持ちが治まらない京は、デジタマモンの過去の悪行を知ってますます疑いを深めていくことに……。 　デジタマモンをひたすら信じようとするミミと、どうしても信じ切れない京。はたして京は、純真の紋章を無事に受け継ぐことができるのだろうか……！？ 「今はっきり言ってやるわ！　あんたなんてねー、あたしは大ッ嫌いよ！」

　きらめく白刃、とびちる火花。華のお江戸を2匹の忍が風切り走る。ダークタワーもカイザーも、果たし合いにゃあ関係ねえ。手裏剣使いのプライドかけて、己の技を競うのみ。さあ、いざ！尋常に勝負しょうぶ～～～！！ 　シュリモンのライバル・イガモン登場！！　江戸の町を舞台に繰り広げられる壮絶な忍者バトル！　真の手裏剣使いの称号をえるのは、シュリモンか？　それとも……！？ 　 「ほう……オレの手裏剣をよけるとはな……！　少しは骨がありそうだ」

　デジメンタルの反応を追って海底油田にたどりついた子供たち。そこにあるデジメンタルが自分のものだと直感した伊織は、先頭に立って海底油田の入口へと走り出す。だがそこで一行を待ち受けていたのは……待ち伏せしていたメガシードラモンの急襲だった！ 　どうにかメガシードラモンの攻撃は逃れたものの、海底油田に閉じ込められた子供たち。たったひとつの脱出ポッドで無理やり脱出させられた伊織は、深く責任を感じて助けを呼びに走る。だが、たよりの丈は運悪く模擬試験のまっ最中。試験会場から呼び出すには、嘘をつかなければならない……。 　仲間への責任感と、嘘をつくことへの罪悪感。苦しみの末に伊織が出した結論は、はたして……！？ 「ぼ、僕、どうしたらいいの……？」

　手帳に記された赤い印。８月１日。記念日。 　ごくあたり前の一日になるはずだったあの日。ごくあたり前の毎日が終わったあの日。いくつもの偶然といくつもの必然が絡み合い、それぞれの運命が動き出したあの日。あの日からすべては始まり、そしてはるか未来へと続いていく……。 　決して忘れられない、決して忘れることのない私たちの記念日。お台場メモリアル。 「そうなんだ。今日は僕たちの記念日なんだ」

　大地を埋め尽くすダークタワー……。カイザーはついに長い沈黙を破り、デジタルワールドを制圧すべく本格的な進攻を開始した。それを迎え撃つべく、覚悟を固める大輔たち。太一たちの協力でキャンプに行くフリをして、泊りがけでデジタルワールドに出動するのだが……。 　決戦へのプレッシャーに心を乱される京。自分をムリに奮い立たせようとハイテンションに振る舞うのだが、結果はカラ回りでみんなに迷惑をかけただけ。ついには京をかばったホークモンが毒を受けて倒れてしまい……。 「ごめんね、こんなじゃパートナー失格だよね」

　悪魔の実験が産み出した最凶の合成魔獣キメラモン。 　その頭はカブテリモン。その髪はメタルグレイモン。その胴はグレイモン。その足はガルルモン。その尾はモノクロモン。その翼はエンジェモンとエアドラモン。その腕はスカルグレイモンとクワガーモン。そして最後に残されたもう一対の腕。その候補は……デビモン！！ 　キメラモンを完全な魔獣にするため、デビモンの禁断の力に手を出したカイザー。暗黒の力の恐ろしさを誰よりも知るタケルは、激しい怒りを胸に単身カイザーの元へと乗り込む！　はたしてタケルはカイザーの狂気の計画を止めることが出来るのだろうか！？　デジタルワールドの命運をかけた決戦が、ついに幕をあけようとしている……！！ 「ほら、ぴったりだ！　これで僕のオリジナルデジモンは完成だ！」

　ついに姿を現した最凶の合成魔獣キメラモン。その圧倒的な破壊力はすべてを焼き尽くし、デジタルワールドを次々に廃墟へと変えていく……! 　無差別攻撃を止めるため、アグモンたちの協力で移動要塞へと突入する大輔たち。だがあと一歩で動力室にたどりつくというその時に……キメラモンが再び大輔たちの前に立ちはだかった！! 　圧倒的な力の差に追いつめられる大輔たちに、はたして勝機はあるのだろうか？　一方、暗黒の力に次第にむしばまれていく賢を心配するワームモンも、意外な行動に……！？ 「これが賢ちゃんの望んでたこと？　ほんとうにそうなの……！？」

　黄金のデジメンタルの力でブイモンはマグナモンへの奇跡の進化を遂げた。まばゆい輝きを放ちながら、キメラモンに立ち向かうマグナモン。だがキメラモンの闇は、奇跡の輝きすら飲み込んでしまうほどに深い……。 　すべての力を使い果たし、窮地に追い込まれるマグナモン。そのピンチを救ったのは……ワームモンだった！！　賢を闇の力から救うために、カイザーではない本当の賢に戻すために、キメラモンに突撃をかけるワームモン。その想いは、その叫びは、はたして賢の胸に届くのだろうか……！？ 「僕はこれからもずっと、賢ちゃんを信じるよ」

　デジモンカイザーの脅威が去り、デジタルワールドについに平和が戻った。カイザーの残した爪あとは深いものの、復旧を目指すデジモンたちの撫薰ﾍ前向きだ。子供たちもそれぞれの得意分野で復旧作業を手伝い、デジタルワールドは久々に明るい空気に包まれようとしていた。 　だが、そんな中で浮かない顔をした者がふたり……大輔とブイモンだ。ヒカリと仲のいいタケルと、テイルモンと仲のいいパタモンの様子にそれぞれ落ち込むふたりは、協力してなんとかカッコイイところを見せようと相談を始める。その方法とはなんと……成熟期への進化！！ 　ヒカリとテイルモンに見直されるために、不純な動機で進化の特訓を始めた大輔とブイモン。はたしてふたりは無事にウルトラエンジェモンに進化……できるのだろうか！？ 「ウルトラエンジェモンになってやろうじゃないの！」

　大輔たちの活躍でデジタルワールドは再び平和を取り戻した。だが一方の一乗寺賢は……。 　デジタルワールドから戻って以来、賢は長く静かな眠りについていた。両親の呼びかけにも答えず、ただひたすらに眠り続ける賢。その疲れ切った心に、幼い日の思い出がシャボン玉のように浮かんでは消えていく。 　なんでも出来る自慢の天才少年だった兄。取るに足りないちっぽけな存在だった自分。兄ばかりを大切にする両親。ある日突然現れたデジヴァイス。そして……。 　出口のない迷路の中で、みずからの心を、本当の自分を探してさまよい続ける賢。その行方には、はたして何が待っているのだろうか……？ 「僕は空っぽだ。だって、心がどこに行ったかわからないんだもの」

　すべての過去を受け入れることで本当の自分を取りもどし、ワームモンとの再会をはたした一乗寺賢。だがやっと訪れた小さな平和を奪い去るべく、妖しげな女が賢とワームモンの前に立ちはだかる！ 　一方デジタルワールドの復旧を手伝う伊織は、各地に残されたカイザーの爪跡を目の当たりにして賢への怒りをつのらせていた。だがそんな伊織の心のスキを突くように、突然現れたサンダーボールモンが襲いかかる！　イービルリングを持たない敵との初めての戦いに戸惑う伊織。そんな伊織の危機を救ったのは、謎の緑色の戦士だった……。 　現れた新たな敵。複雑にからみあうそれぞれの想い。多くの謎を秘めたまま、今、ついに真の戦いが幕を開ける……！！ 「どうして助けてくれたんだ。あんなやつが僕のこと」

　伊織の危機を救った謎のデジモンはワームモンが進化したスティングモンだった。賢の改心を信じ、賢を仲間にしようと努力する大輔。だが京たち他のメンバーの反応はどこかつれない。みんな、心のどこかでまだ賢のことを信じきれずにいたのだ。 　そんなとき、デジタルワールドのミミからＳＯＳが届く。突然現れたゴーレモンがダムを破壊し始めたのだ！　ゴーレモンを止めるためデジタルワールドに急行する京たち。だがゴーレモンは京たちの半端な攻撃でもビクともしない。下流の町を守るためにはゴーレモンを本気で倒すしかないのだ……賢がサンダーボールモンを消滅させたように！！ 　ゴーレモンを倒すことも、ダムを守ることも出来ずに苦悩する京。後のない戦いの果てに彼女を待つものは、はたして……！？ 「どうして、彼はできたの？　そうするしかないって知ってたから？　私たちは考えが甘い……？」

賢が消滅させたデジモンたちは、謎の女がダークタワーを変化させたものだった。賢は子供たちにカイザーとしての行動をあらためて謝罪するが、仲間になれという大輔の申し出を断ってひとり去って行った。自らの罪を、自分自身の手でつぐなうために……。 　賢のこと。ダークタワーをデジモンに変化させる謎の女のこと。次々とあきらかになる事実に気持ちの整理をつけられないまま復旧作業を手伝う子供たち。だがそんな彼らに追い打ちをかけるように新たな危機がデジタルワールドに迫る。暗黒のエネルギーが暴走して大爆発を起こそうとしていたのだ！　爆発を止めるためには優しさの紋章が必要だと知り、賢をメールで呼び出そうとする大輔。だが賢からの返事は……届かない。 　賢への不信を捨てきれない伊織たちをよそに、ひたすら賢を待ち続ける大輔。はたして賢は大輔の信頼にこたえることが出来るのだろうか？　そしてふたりの心が重なり合う時、奇跡の進化が……！？ 「ちがう！　気がつかないだけだ！」

　自らの罪をつぐなうために、その手でデジタルワールドを元にもどすために、死を覚悟でひとり無謀な戦いに向かおうとする賢。そんな賢を引き止めたのは、大輔の「生きろ」という叫びだった。 　自分自身のために、大切な人たちのために、生きて罪をつぐなっていくことを決意する賢。その瞬間、ひとつに重なった賢と大輔の想いがエクスブイモンとスティングモンのジョグレス進化を引き起こし、究極の戦士パイルドラモンを生み出した！！ 　完全体のオオクワモンを相手に圧倒的な力を見せつけるパイルドラモン。暗黒の力の暴走をとめるため、爆発の中心地へと急ぐ子供たち。はたして彼らはデジタルワールドの危機を救うことが出来るのだろうか！？　そしてついにあきらかになる、太一たちの冒険に隠されたある重大なヒミツとは……！？ 「すごいと思わないか？　あいつは、俺たちのパートナーデジモンなんだぜ！」

　パイルドラモンの活躍でデジタルワールドの危機は救われた。ジョグレス進化という新しい力を手に入れて意気あがる大輔たち。だが彼らはまだ知らなかった、怒りに燃える謎の女が、子供たちを葬るべく恐るべきワナを用意していることを……。 　謎の女から届いた招待メールに導かれ、建物も家具もすべてが通常の何諸{のサイズの異様な館にたどりついた大輔たち。そこには同じくメールを受け取った賢の姿もあった。謎の女と決着をつけるために、危険を承知で館に偵察に入る大輔と賢。年下あつかいを嫌う伊織も、複雑な思いで２人の後に続く。 　偵察に入った３人を襲うゴキモン軍団。館の前で待機するタケルたちにもフライモンの大群が迫る。分断され、苦戦を強いられる子供たち！　だがそれは、子供たちを待ち受ける恐怖のほんの序章にすぎなかったのだ……！！ 「ワナと知りながら飛び込んでくるなんて、無謀もいいとこね」

　謎の女から招待を受け、危険を承知で巨大な館・ギガハウスに乗り込んだ大輔たち。だがそこで彼らを待ち受けていたのは、想像をはるかにこえる恐るべきワナだった。 　昆虫型デジモンを自在にあやつり、大輔たちを追いつめる謎の女。さらにディグモンとスティングモンまでが女の手に落ちてエクスブイモンに襲いかかる！　パートナーを奪われたショックで取り乱す伊織。だが伊織の必死の叫びも……今のディグモンには届かない。 　パートナーと切り離され、自らもクモの巣にとらわれた大輔たちに、ドクグモンの毒牙がじわじわとせまる。はたして彼らは絶体絶命の危機を乗り切ることができるのだろうか？　逆転のカギは京のプログラムがにぎる……！？ 「やめてー、ディグモン！　頼むから目を覚ましてよ！」

　見事な連携プレーでアルケニモンのワナを打ち破った子供たち。だがお互いの力は認めているものの、伊織と賢の仲はやはりまだどこかぎこちない。カイザーだった賢を許せない伊織。チームワークを乱すことを恐れて自ら身を引こうとする賢。大輔と京はそんな２人をなんとか仲良くさせようと努力するが、なかなかうまくいかない。 　一方子供たちに決戦を挑みながら敗れ去ったアルケニモンは、激しい怒りを胸に究極の暗黒デジモンを生み出そうとしていた。大量のダークタワーを合体させ、無限の暗黒の力を注ぎ込んだそのデジモンの名は……ブラックウォーグレイモン！！ 　その力はまさにウォーグレイモンに匹敵！　幾度となく子供たちを救った最強の戦士が、今、最凶の壁として子供たちの前に立ちはだかる！！　足並みのそろわない子供たちに、はたしてその圧倒的な力を 受け止める術はあるのだろうか……！？ 「選ばれし子供たちを倒し、このデジタルワールドを滅亡させる脅威のデジタルモンスターよ、誕生せよ！！」

　完全な敗北。あまりにも大きいブラックウォーグレイモンとの実力の差。少しでも戦力をアップするために子供たちが目をつけたのは、テイルモンの失われたホーリーリングだった。 　大輔たちと手分けして、ホーリーリングを探す京とヒカリ。途中で偶然出会った賢も合流するのだが、森の中を進むうちに３人はいつしか異様な空間へと足を踏み入れてしまう。 　忍び寄る闇の気配に怯える賢。同じ苦しみを知る者として賢を支えようとするヒカリ。そんな２人の様子に自分ひとりが仲間はずれにされたように感じた京は、つい意地を張ってムチャな行動に出てしまうのだが、それがさらに事態を悪化させることになって……！？ 「でも、ずっとうらやましいと思ってた」

　大輔と賢に続き、第２のジョグレス進化を成功させた京とヒカリ。一方アルケニモンの元を去ったブラックウォーグレイモンは、満たされない思いを胸に、デジタルワールドをあてもなくさまよい続けていた。 　自分はなぜ作られたのか。何をするべきなのか。作られた存在である自分に疑問を感じながら、ひたすら戦いに明け暮れるブラックウォーグレイモン。だがどんなに激しい戦いも胸の空洞を埋めることはできず、逆にむなしさだけが積み重なっていく。そんなときブラックウォーグレイモンの前に現れたのは、太一のパートナー・アグモンだった。 　ブラックウォーグレイモンの迷いを知り、なんとか心を開こうとするアグモン。アグモンとの運命の出会いは、ブラックウォーグレイモンに何をもたらすのだろうか？　そしてデジタルワールド存亡のカギをにぎるホーリーストーンとは、はたして……！？ 「命のない、生き物ではない俺に心があって何が得られるのだ？」

　選ばれし子供の使命はちょっとひと休み。修学旅行で京都にやってきた京は、ポロモンも光子郎にあずけて東京に残し、久しぶりに自由に羽をのばしていた。 　観光に食事におみやげ収集。戦いを忘れて京都を満喫する京。だがそんな京の目の前で突然空間がゆがみ……そこから現れたのはデジタルワールドにいるはずのブラックウォーグレイモンだった！ 　無数のデジモンたちを引き連れ、真昼の幻のように京都の町を行進するブラックウォーグレイモン。疑問を感じながらもデジモンたちの後を追いかける京。デジモンたちの現実世界への出現は、はたして何を意味するのだろうか？　さらに京はその後、意外な人物たちと出会うことになって……！？ 「君のことなら聞いているよ、弟から」

　自分でも理由がわからないまま、ホーリーストーンを破壊し続けるブラックウォーグレイモン。だが３つめのホーリーストーンを破壊した瞬間、次元のゆがみの中に謎のデジモンの姿が浮かび上がる。はじめて感じた強大な力……その瞬間からそのデジモンこそが、ブラックウォーグレイモンがホーリーストーンを破壊する理由になった。 　一方子供たちもまた、デジタルワールドのバランスを守るためにブラックウォーグレインより先に次のホーリーポイントを探そうとしていた。その途中でガブモンからブラックウォーグレイモンに心があることを聞かされ、ショックを受ける伊織。だが動揺する伊織にタケルはキッパリと言い切る。闇の力で生まれたデジモンは倒さなければいけないと。 　ただ謎のデジモンと戦うためだけにホーリーストーンを破壊しようとするブラックウォーグレイモン。闇の力への怒りを胸にブラックウォーグレイモンの前に立ちはだかるタケル。ホーリーストーンをめぐる対決の行方は、はたして……！？ 「ここで退くわけには……俺は……俺はあいつと戦うのだ！」

　あのデジモンと戦いたい……。渇きにも似た想いを胸に、ホーリーストーンを破壊し続けるブラックウォーグレイモン。その圧倒的な強さの前ではホーリーエンジェモンさえ敵ではなかった。 　ブラックウォーグレイモンから残り少ないホーリーストーンを守り抜くため、賢を自宅に誘ってミーティングを提案する大輔。京とヒカリも賛成してみんなが大輔の家に集まることになるが、タケルだけは誘いを断って去っていってしまう。 　普段の優しいタケルと闇の力に対する時の激しいタケル。純粋すぎるがゆえにその落差に戸惑う伊織は、思い悩んだすえにウパモンと共にタケルの兄であるヤマトの元に向かう。 　タケルのことを知るために、タケルを理解するために、ヤマトに自らの疑問をぶつける伊織。ヤマトが語り始めたタケルの過去に、伊織は何を感じるのだろうか……？ 「僕、タケルさんのこと、もっとよく知りたいんです」

　伊織の説得を振り切り、６つめのホーリストーンを破壊したブラックウォーグレイモン。残るホーリーストーンはついにあとひとつ。いよいよデジタルワールドの運命を決める戦いが始まろうとしていた！はずなのだけど……。 　最後のホーリーストーンを守るために出動した子供たち。ブラックウォーグレイモンの反応を追ってたどりついたのは……デジタルワールドの中華街だった！　おいしそうな匂いにさそわれて中華料理店に入る子供たち。でもその店には偶然アルケニモンとマミーモンもラーメンを食べに来ていたから大変なことに……？ 　デジタルワールドに突如勃発したラーメンバトル！　はたして伊織とタケルは神秘のスープの謎を解き明かしてジョグレス進化を成功させることができるのだろうか……！？ 「ブラックウォーグレイモンを倒すためにはエネルギーをたくわえなければジョグレス進化できません……ラーメンを食べましょう」

　ついにジョグレス進化を成功させたタケルと伊織。最後のホーリーストーンを狙うブラックウォーグレイモンの前にパイルドラモン、シルフィーモン、そしてシャッコウモンの３体のジョグレス体が立ちはだかる！ 　デジタルワールドを守るため、力のかぎりを尽くして戦う子供たち。だが一方のウォーグレイモンも己の存在意義をかけて一歩も退こうとはしない。傷つき倒れながらも執念で立ち上がるその姿に、ジワジワと圧倒されていく子供たち。さらにアルケニモンとマミーモンの妨害も加わり、絶対絶命のピンチへと追い込まれていく！ 　はたして子供たちはホーリーストーンを、デジタルワールドを守りぬくことができるのだろうか！？　そしてブラックウォーグレイモンが追い求める謎のデジモンの正体とは！？　今、デジタルワールドに隠された真実があきらかになる……！！ 「ホーリーストーンを破壊する！！　答えはその先にあるのだ！！」

　チンロンモンの協力でデジタルワールド崩壊の危機は去った。自分たちの使命を知り、決意も新たに次々とダークタワーを倒していく子供たち。そしてデジタルワールドにもようやく平和が訪れようとしていたある日……。 　ワームモンにうながされておずおずと封筒を差し出す賢。それは賢の家で開かれるクリスマスパーティーの招待状だった。大輔、京、タケル、ヒカリ、そして伊織。不安げな賢をよそに、それぞれの撫薰ﾅすすんで招待状を受け取る子供たち。お台場の街もクリスマス一色に飾りつけられ、誰もが楽しい聖夜の訪れを頼ｴしていた。 　そして２４日のクリスマスイブ。賢の家に向かう前にデジタルゲートを開く子供たち。いつもお世話になっている太一たちにナイショでクリスマスプレゼントを渡そうと計画していたのだ。そのプレゼントとはなんと……！？ 「へへ！　喜んでもらえたかな！」

　平和なクリスマスイブに突然鳴り響いた悲鳴。３年前と同じように再び現実世界に現れたデジモンたちはお台場の街をパニックにおとしいれた。大輔たちの活躍でデジモンたちはデジタルワールドに追い返され、事件は無事に解決したかに思えたのだが……。 　一夜明けたクリスマス当日、ＴＶは世界各地から届いた緊急ニュースを伝えていた。アメリカ、中国、オーストラリア。各地で大きな被害を与え続ける謎の怪獣たち……デジモンたちが世界中でいっせいに魔齒oしていたのだ！ 　田町にもデジモンが出現したことを知り、パニック状態の街を賢の元に急ぐ大輔。他の子供たちも今後の対策を考えるために光子郎の家に集結する。はたして子供たちは最大の危機を乗り越えることができるのだろうか！？　今、本当の戦いが幕を開ける……！！ 「今こそ世界中のみんなが力を合わせて立ち向かうときなんだ！」

　世界中に突然ダークタワーとデジモンたちが現れた。大輔たち選ばれし子供たちは、インペリアルドラモンと共についに世界へと飛び立つ。世界中で待つ仲間たちと合流し、地球の危機を救うために……。 　ニューヨークでミミやマイケルたちと合流し、デジモンたちをセントラルパークに誘導する大輔。一方香港担当のヒカリと光子郎もまた現地の子供たちと共にデジモンたちをデジタルワールドに返すための奮闘を続けていた。 　はたして大輔の熱いハートはアメリカにも通用するのか？　光子郎の英語能力は？　そしてヒカリの笑顔は世界をとりこにできるのだろうか？　世界を舞台にした大混戦の結末はいったい……！？ 「あ～、あのデジモン、悪いデジモン、違う。だから、ノーモア攻撃。わかります？」

　ニューヨークと香港に出現したデジモンは大輔たちの活躍で無事デジタルワールへと帰っていった。同じころ他の子供たちは……。 　日本とは正反対に夏まっさかりのオーストラリア。世界の危機をよそにマイペースな現地の人たちに圧倒されながら、ダークタワーの排除に汗を流す伊織と丈。そんな２人の前に現れた強力な助っ人は……なぜか水着のサンタだった。 　一方フランスではタケルと太一が深夜の街で寒さに震えていた。案内をしてくれるはずのタケルの祖父がなかなか姿を見せないのだ。しかもようやく現れたと思ったら、それがサイドカー付バイクを乗り回す超パワフルおじいさんだったからまた大変なことに……。 　サンゴの海を舞台に繰り広げられる南海シーフード大決戦＆ベルサイユ宮殿を舞台にした非・華麗なるマメモン三兄弟との決闘。海の幸対決（？）を制するのは誰なのか！？　おじいちゃんパワーに振り回されるタケルと太一に活躍の場はあるのか！？　オーストラリアとフランスを舞台にしたハチャメチャバトルにご期待あれ……！！ 「豆の分際でベルサイユ宮殿を乗っ取るとは言語道断」

　アメリカ、香港、オーストラリア、フランス。子供たちの活躍で世界各地に現れたデジモンは無事デジタルワールトに戻っていった。残すはついにメキシコとロシアのみ！ 　逃げたデジモンたちを追ってマヤ遺跡に忍び込む賢とヤマト。暗い通路の中で２人を待っていたのは、ゴツモンを連れたおませなメキシコ人の女の子だった。女の子は一目で気に入った賢にベッタリ。対抗意識を燃やすワームモンとの間で思わぬバトルが始まって……！？ 　一方ロシアでは京と空が言葉の壁に苦しんでいた。現地の子供たちと出会えたまではよかったのだか……お互い何を言ってるのかわからない。それでもなんとか共同作戦が行えるようにと京が考え出した名案（迷案？）とは一体……！？ 　古代遺跡で燃え上がる恋の綱引き＆ロシアの空にはばたく電撃ボルシチ大作戦！　注目の結末は、はたして……！？ 「通訳して！　子供はもう寝る時間だよっ」

　デジモンたちを無事デジタルワールドに送り返して日本に戻ってきた大輔たち。だが平和を取り戻したはずの日本で彼らを待っていたものは……。 　東京から次々と姿を消す子供たち。謎の小学生連続失踪事件に不吉な予感を感じる賢。実はその事件は賢自身の忘れかけた過去の記憶と深く結びついていたのだ。そして賢の不安が的中したように、突然デーモン率いる闇のデジモンたちが現実世界への侵攻を開始した。

平和な街を突然襲ったデーモン軍団。ファイターモードにチェンジしたパイルドラモンの活躍で最悪の事態はまぬがれたものの、デジモンを殺してしまったという事実が子供たちの胸に重くのしかかる。さらに追い討ちをかけるように、誘拐した子供たちを人質に取ったアルケニモンに賢が連れ去られてしまった。 　賢を取り戻すため、アルケニモンの車を追う子供たち。同じく賢を狙うデーモン軍団も容赦なく街を襲う！

　賢を連れ去ったトラックを追い、ライドラモンに乗って疾走する大輔。だがようやく追いつきかけたそのとき、トラックの前方に突然デーモンが現れた。 　すでに暗黒の種をコピーし、用済みの賢をデーモンを引き渡そうとするアルケニモンたち。大輔はその一瞬のスキをついて賢を取り戻すが、デーモンの攻撃は激しく、さらにアルケニモンたちも子供たちを乗せ

　賢と大輔たちの強い思いがゲートを開き、デーモンは暗黒の世界へと押し返された。だが大輔たちの戦いはまだ終わらない。謎の男・及川によって賢から移植された暗黒の種が、子供たちの中で芽を出そうとしていたのだ。 　急激な知狽フ発達。失踪事件から一転して天才ぶりを発揮しはじめた子供たちの様子を手放しで喜ぶ親たち。だが大輔たちだけは知っていた、それが移植された暗黒の種の影響であることを……。

　激闘の末、ブラックウォーグレイモンはアグモンたちの言葉を胸に去っていった。一方及川を追う京たちは後１歩のところまで追いつめながらも、ひとごみにまぎれた及川を見失ってしまう。 　暗黒の種を取りのぞく唯一の手がかりである及川を取り逃がし、再び子供たちの説得を試みる賢たち。しかし暗黒の種の力に魅入られた子供たちは必死に説得する賢を冷たく突き放す。そしてついに賢たちの目の前で……暗黒の種が発

　ついに暗黒の花を手に入れた及川。その強大な闇の力に致命傷を受けたブラックウォーグレイモンは、及川の野望を阻止するため、最後の力を振りしぼりデジタルワールドへのゲートを封印したのだった。 　大晦日の光が丘公園に続々と集まる暗黒の種の子供たち。及川は暗黒の種の力を利用して長年の夢を、デジタルワールドへ行く夢を実現しようとしていたのだ。 　及川の異常なまでの想いに圧倒されな

　とうとう最後の敵・ベリアルヴァンデモンが姿を現した。そのあまりの冷酷さと圧倒的な力の差に恐怖して身動きが出来ない子供たち。そんな中で大輔だけはベリアルヴァンデモンにひるむことなく、たった一人で正面から立ち向かっていく。 　絶望的な状況にも関わらず、自分とエクスブイモンを信じて戦う大輔。その想いがエクスブイモンに力を与え、ついにベリアルヴァンデモンにダメージを与え始める。だが後１歩というそのとき

　想いの強さを力に代え、ベリアルヴァンデモンを一気に追いつめる大輔たち。だが瀕死のヴァンデモンが次元の裂け目から逃げ込んだその先は、封印されたはずのデジタルワールドだった。 　デジタルワールドの闇の力を吸収して復活をはたし、世界の王となるべく現実世界とデジタルワールドを闇で包んでいくベリアルヴァンデモン。大輔たちは必死に抵抗するものの、力の差はあまりにも大きい。さらに現実世界の太一たちも大輔たち