Un étrange climat règne dans le monde réel et la neige tombe en plein mois de juillet au Japon. Tai Kamiya, Matt Ishida, Sora Takenouchi, Izzy Izumi, Mimi Tachikawa, Joe Kido et T.K. Takaishi se retrouvent en possession de digivices qui les amènent directement dans le digimonde. Chacun d'eux possède son propre digivice et partenaire digimon. Peu après la découverte du nouveau monde dans lequel ils ont atterri, le groupe est attaqué par Kuwagamon. Ils sont finalement pris au piège sur une falaise, surplombant une rivière, qui s'écroule.

Les sauveurs et Kuwagamon tombent finalement dans la rivière, mais sont plus tard sauvés. Agumon, le partenaire de Tai révèle qu'ils sont les tout premiers humains à être parvenu dans le digimonde. Tai conduit le groupe vers un océan et une plage remplie de cabines téléphoniques. Alors que le groupe détermine quel plan ils utiliseront pour retourner chez eux, ils sont attaqués par un Shellmon. Aucun digimon excepté Agumon n'a la force de se battre à cause de la faim. Tai est capturé par Shellmon, ce qui provoque la digivolution d'Agumon en Greymon. Greymon balance Shellmon par-dessus la mer.

Une fois qu'ils quittent la plage, Tai réveille accidentellement Seadramon. Durant cette bataille, Gabumon se digivolve en Garurumon et bat Seadramon.

En entrant dans une forêt, le groupe découvre d'étranges objets volants, des roues noires. Plus tard, ils découvrent un village de Yokomon. Installés dans le village pour se rassasier, les sauveurs découvrent que le village est menacé par un Meramon. Celui-ci est battu par Biyomon digivolvée en Birdramon. Les Yokomon, pour remercier les sauveurs, leur offre généreusement de la nourriture, mais les sauveurs découvrent qu'ils ne peuvent pas manger la nourriture du digimonde.

Les enfants se perdent dans une drôle d'usine abandonnée et découvrent un androïde, Andromon. Après avoir été réanimé, celui-ci attaque les sauveurs. Izzy découvre un étrange code et l'utilise pour digivolver Tentomon en Kabuterimon. Kabuterimon détruit ensuite la roue noire qui était plantée dans le dos d'Andromon. S'excusant pour son comportement, Andromon les guide jusqu'à la prochaine zone.

Alors qu'ils tentent d'échapper à un groupe de Numemon, les sauveurs se séparent et Mimi et Palmon se perdent dans une ville de jouets contrôlée par Monzaemon. Ici, elles y retrouvent les autres sauveurs agissant bizarrement. Palmon se digivolve en Togemon et détruit la roue noire implanté dans le dos de Monzaemon.

Tai et Matt décident qu'ils doivent grimper au sommet du Mont éternel. Joe et Gomamon décident de grimper la montagne par eux-mêmes. Cependant, ils sont attaqués par Unimon. Tai et Sora viennent à leur rescousse et, alors qu'Unimon fait tomber Joe dans le vide, Gomamon se digivolve en Ikkakumon pour le sauver et détruit la roue noire implantée dans le dos d'Unimon.

Les enfants rencontrent celui qui contrôle l'Île des Fichiers Binaires, Devimon, celui qui commande les roues noires. Commandés par lui, Ogremon et Leomon attaquent les sauveurs, qui réussissent à s'échapper. Ils finissent dans un mystérieux manoir révélé être une hallucination créée par Devimon. Devimon morcelle l'île en petits îlots, qui s'éloignent du centre de l'île, et sépare les enfants en les envoyant dessus. Devimon parvient presque à battre Tai, mais le digivice de Tai libère Leomon de son emprise de la roue noire. Leomon parvient à libérer Tai à temps avant qu'il ne se fasse tuer.

Tai et Agumon se retrouvent sur une île remplie de neige et sont forcés de se battre contre Frigimon. Peu de temps après avoir délivré Frigimon de sa roue noire, Tai et Agumon retrouvent Matt et Gabumon sur la même île. Les deux se battent jusqu'à ce qu'un Mojyamon les attaque. Grâce à Frigimon, les deux digimon peuvent se battre et se digivolver. Ils battent Mojyamon et arrivent à faire que l'îlot se redirige vers le centre de l'Île des Fichiers Binaires.

Mimi et Palmon sont harcelés par Sukamon et Chuumon. Elles leur échappent en passant sur un îlot voisin du leur, sur lequel ont atterri Izzy et Tentomon. Une fois réunis, Mimi et Tentomon se perdent dans un labyrinthe où ils sont attaqués par Centarumon. Izzy et Palmon les trouvent finalement et détruisent la roue noire. Après la bataille, Leomon apparaît et attaque les enfants, mais il redevient à nouveau conscient grâce à leurs digivices.

Après l'attaque d'Ogremon, Joe et Gomamon se retrouvent sur une île avec Sora et Biyomon. Ils sont capturés par une bande de Bakemon dans le but de les manger. Gomamon et Biyomon réussissent à s'échapper et à se digivolver pour se battre contre Lord Bakemon. Ils le battent finalement grâce à une chanson insoutenable de Joe. Bakemon est ensuite détruit par Birdramon et Ikkakumon.

T.K. et Patamon arrivent dans un village, qui est celui où les bébés digimon naissent. Ils sont confrontés à Elecmon, le gardien des bébés digimon. Il combat Patamon, pensant combattre deux intrus. Pour éviter la violence, les deux digimon se confrontent dans une épreuve arbitrée par T.K., pour décider qui est le meilleur. Patamon gagne la partie mais également le respect et la confiance d'Elecmon.

Tout le groupe des sauveurs se réunit et est finalement attaqué par Leomon. Une fois Leomon conscient, il explique aux sauveurs la prophétie ainsi que le but de leur venue. Le groupe part finalement au Mont éternel, au centre de l'Ile des Fichiers Binaires, combattre Devimon. Finalement, Patamon se digivolve en Angemon et bat Devimon. Seulement, Angemon disparaît et revient sous forme de digi-œuf.

Un mystérieux vieil homme nommé Gennai apparaît en hologramme après leur combat contre Devimon et appelle les digisauveurs à combattre un ennemi encore plus puissant. Pour y arriver, ils doivent trouver les symboles de chacun et les scanners, qui permettront à leurs digimon de se digivolver à un niveau supérieur. Par la suite, les sauveurs rencontrent Whamon qui les transporte à travers l'océan pour trouver le symbole de chacun.

Les enfants arrivent dans un village de Koromon pris en otage par des Pagumon qui, finalement, capturent Tokomon. Etemon apprend l'arrivée des sauveurs par un de ses sous-fifres Gazimon et les affronte. Il utilise son réseau mégabug pour piéger les enfants, puis ceux-ci trouvent finalement le symbole du Courage de Tai.

Durée une traversée dans le désert, les sauveurs s'arrêtent temporairement dans un colisée. Ils sont pris au piège par Etemon et Greymon est forcé à combattre un autre Greymon. Joe, ayant découvert son symbole de la Responsabilité, le groupe s'échappe, et Tai force Greymon à se digivolver. Greymon se digivolve finalement en SkullGreymon et perd tout contrôle en attaquant et détruisant le colisée. SkullGreymon revient sous la forme de Koromon et s'excuse pour son comportement.

Après s'être perdu dans le désert, le groupe est transporté à bord d'un bateau commandé par Kokatorimon. Kokatorimon capture tous les garçons et pétrifie leurs partenaires. Biyomon et Palmon se digivolve et le battent, le bateau se crashe dans un cactus géant. Le haut du cactus se révèle être le symbole de la Sincérité de Mimi.

Le groupe est attaqué par un Kuwagamon et Tai ne parvient pas à faire se digivolver Agumon. Piximon intervient et les sauve. Il prend ensuite en charge un entraînement intensif pour Agumon et Tai. Lorsque Matt trouve son symbole de l'Amitié et Izzy trouve son symbole de la Connaissance, ils sont attaqués par un Tyrannomon. Piximon le retient, et veut que Tai et Agumon le battent. Agumon se digivolve en Greymon et bat Tyrannomon.

Après la découverte du symbole de l'Espoir de T.K., Izzy reçoit un e-mail de Datamon lui demandant de l'aide dans le quartier général, une large pyramide inversée. Datamon promet que s'ils le libèrent, il leur montrera le symbole de Sora. Une fois délivré, il s'échappe et kidnappe Sora. Il parvient à faire une copie de Sora pour contrôler Biyomon.

Tai parvient à sauver Sora. Greymon combat Datamon. La bataille se termine par une ouverture d'un portail qui détruit Etemon et transporte Tai et Agumon vers Tokyo.

Tombés dans le vortex, Tai et Koromon se retrouvent dans la ville du jeune garçon. Celui-ci constate avec surprise que tout est exactement comme le jour de son départ pour le camp de vacances. Il s’étonne aussi de voir que sa sœur Kari connaissait déjà Koromon. Chez lui, il reçoit un message d'Izzy lui disant de ne pas revenir dans le digimonde.

Tai et Agumon réussissent finalement à revenir dans le digimonde. Demidevimon fait croire à T.K. que les autres enfants ne veulent plus le voir et le petit garçon se fâche avec Tokomon. Mais l’arrivée de Tai arrange les choses et T.K. se réconcilie avec son digimon. Furieux, Demidevimon veut faire manger aux enfants des champignons faisant perdre la mémoire.

Matt retrouve Joe dans un restaurant tenu par Digitamamon. Celui-ci le fait travailler comme un esclave pour payer un repas pris des semaines plus tôt. Peu après, Matt devient lui aussi un esclave. Peu après, il est révélé que c'est un coup monté par Demidevimon pour les garder à cet endroit le plus longtemps possible. Heureusement, Tai et T.K. arrivent à temps pour les délivrer.

Demidevimon réussi à envoyer Izzy dans l'univers de Vademon. En persuadant Izzy d'« abandonner sa curiosité », Vademon le transforme en un véritable zombie et lui confisque son scanner et son symbole. Tentomon, totalement impuissant, régresse et se retrouve digivolvé en Motimon. Heureusement, Izzy se ressaisit et récupère ce qui lui appartient avec l'aide de Pabumon.

Les enfants retrouvent finalement Mimi devenue princesse d'un beau château, occupé par des Gekomon et des Otamamon. Ceux-ci pensent que Mimi peut réveiller leur chef tout puissant en chantant. Mais pour savourer plus longtemps cette vie de château, la jeune fille cherche toujours des excuses pour remettre son tour de chant à plus tard. Et quand elle se décide enfin à chanter, tout se complique.

Tous les enfants ont vu leur symbole briller, excepté Sora. Elle est contrariée depuis que Demidevimon lui a dit que son symbole de l'amour ne brillerait jamais. Myotismon, leur nouvel ennemi, se bat contre tous les digimon et prend l'avantage sur eux. Sora réagit alors comme une maman voulant protéger son enfant et son symbole de l'amour se met à briller.

Gennai apprend aux enfants qu'il existe un huitième digisauveur et que c'est à eux de le trouver. Ceux-ci essayent alors de regagner le monde des humains par un portail situé au sous-sol du château de Myotismon mais, ils sont attaqués par Gatomon qui les empêche de quitter le monde digital. Pendant ce temps, les méchants digimon partent à la recherche du huitième enfant.

Gatomon franchi les portes reliant les deux mondes pour essayer de trouver le huitième enfant. Pendant ce temps, Gennai invite les autres enfants chez lui et leur remet des cartes de digimon, qui les aideront à rouvrir le portail, sans leur dire comment les utiliser. De retour au château de Myotismon, Izzy découvre comment se servir des cartes pour ouvrir le portail juste avant l’arrivée de Dokugumon.

Les enfants sont de retour au camp de vacances, là où leur aventure avait commencé, bien déterminés à retrouver le huitième digisauveur avant Myotismon. Ensuite, ils s'arrangent pour revenir en ville, dans le quartier de Bellevue où ils habitaient étant petits. Ils se souviennent du combat entre deux digimon qui s’y était déroulé quelques années plus tôt.

Pour retrouver le huitième digisauveur, les enfants doivent traverser la ville et ils prennent le métro en portant leurs petits digimon avec eux. Yokomon est énervé par un bébé qui pleure et provoque une forte réaction des passagers. Après le métro, les enfants sont par chance emmenés en voiture par le cousin de Sora qui passait par là, mais ils le regretteront.

Les enfants ont beaucoup de difficulté à cacher l’existence des digimon à leurs parents, tout en essayant de chercher le huitième digisauveur. Un signal émis par un mystérieux digivice les alerte et ils essayent d’attraper celui-ci. Mais Raremon, un méchant digimon nauséabond intervient. Heureusement, Kabuterimon est plus fort que lui et le bat.

Les sauveurs savent maintenant que le huitième digisauveur habite quelque part en ville, et ils se séparent dans l'espoir de le trouver plus rapidement. Pendant ce temps, la sournoise Gatomon fait des siennes pour les prendre de vitesse. Mimi et Sora rencontrent le méchant Skullmeramon qui veut s’en prendre à elles, mais MetalGreymon intervient à temps.

En cherchant Patamon en ville, les enfants rencontrent deux envoyés de Myotismon. Ils étaient censés trouver le huitième enfant, mais en réalité ils ne pensent qu’à s’amuser et à prendre du bon temps. Furieux, Myotismon les renvoie en prison dans le digimonde et s’en prend ensuite aux enfants, mais Angemon le met en fuite.

Wizardmon, un vieil ami fidèle de Gatomon apprend à celle-ci qu’elle est destinée à devenir un jour le digimon du huitième Digisauveur. Pourtant, Gatomon avait vécu pendant longtemps seule dans le digimonde et Myotismon l’avait persuadée de le servir. C’est pourquoi il compte sur elle pour savoir qui est réellement le huitième enfant.

Myotismon bloque tous les accès qui mènent à un quartier de la ville et il envoie les Bakemon et leur chef Phantomon capturer les habitants et les emprisonner dans le centre de conférences. Grâce à l’intervention de Palmon qui se digivolve en Lillymon et qui écarte Dark Tyranomon du chemin des enfants, les choses s’arrangent, jusqu’à l’arrivée de Myotismon.

Tai confie la garde de sa sœur Kari à Matt pendant son absence. Il rêve de se battre contre les méchants digimon. Izzy, avec l’aide de Gennai, découvre où se trouve le générateur de brouillard qui recouvre tout un quartier de la ville et essaye de le détruire. Pendant ce temps, Phantomon intervient contre Kari qui lui avoue être le huitième enfant.

Kari s’est rendue à Myotismon, en espérant que son geste allait entraîner la fin des attaques de celui-ci contre ses amis. En réalité, elle découvre que le méchant digimon veut les faire disparaître Gatomon et elle, et il faut le sacrifice de Wizardmon pour empêcher le pire. Gatomon se digivolve ensuite en Angewomon et réussit à battre Myotismon.

Gennai raconte une très ancienne prophétie aux enfants, qui d’abord n’y comprennent pas grand-chose. Mais petit à petit, elle leur paraît plus claire. En suivant les diverses phrases de la prophétie, ils luttent contre Myotismon et arrivent à le battre quand Matt et Tai demandent à leurs amis digimon de décocher leurs flèches d’espoir et de lumière sur eux. Angemon et Angewomon, d'après la fin de la prophétie, tirent leur flèche sur Tai et Matt, permettant à Agumon et Gabumon de se surdigivolver en WarGreymon et MetalGarurumon.

Le combat contre VenomMyotismon a laissé des traces. Greymon et Garurumon se sont digivolvés pour la première fois en digimons de niveau mega mais, ils n’ont pas réussi à gagner seuls. Par la suite, à la grande stupéfaction des enfants, le monde digital apparaît dans le ciel et ils décident d’y retourner, en laissant leurs parents derrière eux.

De retour dans le digimonde, les enfants découvrent que les choses ont beaucoup changé. Ce sont maintenant les maîtres de l’ombre qui dirigent ce monde, à partir de leur repaire, la Montagne Spirale. Les digisauveurs apprennent que huit digimons au niveau champions ne peuvent pas battre un digimon de niveau mega. Piximon fait une diversion et leur permet de fuir.

Les enfants sont très reconnaissants à Piximon d'être venu combattre les maîtres de l'ombre, même s'il ne réussit pas à les vaincre. Un peu plus tard, ils trouvent ce qu’ils pensent être un restaurant de plage, mais qui est en réalité un piège tendu par Scorpiomon. L’intervention de Zudomon et de Lillymon leur permet de s’en sortir à temps.

La traversée de l’océan s’est révélée périlleuse, mais l’intervention de Whamon sauve les enfants. Traqués par les Divermon, ceux-ci doivent plonger dans une profonde fosse pour pouvoir les semer. Remontés à la surface, ils pensaient être enfin hors de danger, mais Metal Seadramon les attendait et son accueil n’allait pas être chaleureux.

MetalSeadramon attend les enfants et les suit dans le tunnel sous-marin pour les attaquer. Heureusement, les digimon sont intervenus et Wargreymon a réussi à battre le terrible allié des maîtres de l’ombre. Dans la bagarre, Whamon se désintègre. L'océan en fait autant et les enfants se croient au bout de leurs peines.

Après la dernière rencontre des enfants avec les maîtres de l’ombre, Matt décide de quitter le groupe. Il estime que tous les enfants ont changé d'attitude en bien, mais que lui est resté comme avant, il veut rester seul pour faire le point, seul Gabumon peut l’accompagner. Cherrymon accentue encore le malaise en lui disant qu’il lui faudrait battre Tai pour s’affirmer.

Pendant que Tai et Matt se disputent pour ne pas changer, une entité inconnue leur parle par l’intermédiaire de Kari. Elle leur explique ce qui s’est passé quatre ans plus tôt au cours de la première rencontre des enfants avec des digimon et le rôle qu’avait joué Gennai pour sauver les digi-œufs. Ensuite, comme Matt, Mimi et Joe décident de quitter le groupe.

Fatigués des combats incessants et de la violence permanente qui les entoure, Mimi et Joe décident de se séparer de leurs amis et de se reposer un peu. C’est alors qu'Etemon, digivolvé en MetalEtemon, réapparaît pour se venger des digisauveurs qui l'avaient battu. Mimi et Joe trouvent Ogremon blessé et le soignent à la grande surprise de celui-ci.

Les éternels adversaires Leomon et Ogremon décident d’arrêter momentanément de se combattre et d’affronter ensemble MetalEtemon. Pendant ce temps-là, les autres digimon essayent de venir à bout de Puppetmon. Il faut que Gomamon se digivolve en Zudomon pour réussir à vaincre le terrible MétalEtemon, malheureusement Leomon disparaît.

Alors que le groupe d’enfants traverse un nouveau désert, Kari, malade, s’effondre soudainement sur la route. Tai s’en veut terriblement parce que sa sœur avait déjà été très malade quelques années plus tôt, à cause de lui. Les digisauveurs trouvent une ville déserte et décident de laisser Kari se reposer, sous la surveillance de Sora et de T.K., mais leurs ennemis les surveillent.

Sora, Kari et T.K., séparés des autres enfants découvrent que Warumonzaemon oblige les Numemon à fournir de l’énergie à la ville, en les traitant comme des esclaves. Une étrange lumière apparaît et permet aux digimon de libérer les Numemon. Ceux-ci, pour les remercier, aident les enfants à combattre Machinedramon, qui est battu par Wargreymon.

Terriblement déprimé, Matt s'engage dans une profonde caverne pour s'isoler du reste du monde. Heureusement, Gabumon réussit à lui faire comprendre qu'il est très apprécié par les autres et le fait sortir de la caverne. Sora connaît un peu le même problème et Matt et Joe l’aident à le surmonter. Le combat contre Piedmon devient de plus en plus incertain.

En dépit de l’aide de deux digimon de niveau mega, les enfants n'arrivent pas à venir à bout de Piedmon. Celui-ci transforme les enfants qu’il attrape en porte-clés et bientôt il ne reste plus que T.K et Kari pour mener le combat. Angemon se digivolve alors en MagnaAngemon et sauve les enfants. Piedmon est enfin vaincu et expédié à travers la porte du destin.

Les Maîtres de l’Ombre ont été vaincus, mais les digisauveurs ne sont pas au bout de leurs peines. Il leur faut maintenant affronter la force du mal créatrice de tous ces digimon maléfiques. Apocalymon, est doté des pouvoirs de tous les digimon qui ont été battus par les digisauveurs et il envoie ceux-ci dans le monde informatique. Les enfants se préparent pour le combat final.

Une bataille épique commence entre les sauveurs et Apocalymon et ils gagnent grâce aux attaques de WarGreymon et de MetalGarurumon. Apocalymon, en tout dernier recours, lance son attaque Total Annihilation qui pourrait détruire les deux mondes. Grâce aux digivices des enfants, Apocalymon est détruit par sa propre attaque et les deux mondes sont sauvés. Le digimonde se reformate et les digisauveurs décident de passer le reste de leur été dans le digimonde. Cependant, Gennai leur informe qu'ils doivent rapidement quitter le digimonde, ou ils resteront ici pour toujours. Après des adieux déchirants à leurs partenaires digimon, les sauveurs repartent dans leur monde et Tai, le chef de la bande, est sûr qu'un jour, le digimonde s'ouvrira de nouveau sur leur monde.