Le jour de la Fête nationale américaine, Jai, un agent proche d'Annie Walker se fait tuer sous ses yeux. Dès lors, c'est toute la CIA qui est frappée, et de cette attaque va s'en suivre de nombreux bouleversements au sein de l'agence. L'équipe doit se ressaisir et se mettre à la recherche des personnes responsables de la mort de l'agent...

Comme par le passé, Annie et Auggie font équipe. Pour leur nouvelle mission, les deux agents doivent se rendre en Espagne, à Barcelone, pour acheter un virus informatique. Il espèrent, de cette façon, réussir à appréhender un redoutable hacker. Ce dernier cherche en effet à vendre un dangereux virus informatique aux autorités chinoises. Les conséquences de cette opération seraient dramatiques pour de nombreux pays. Le temps est compté pour Annie et Auggie, qui n'ont absolument pas le droit à l'erreur. La pression monte pour le duo d'agents. En parallèle, Annie commence à se rapprocher de plus en plus de Simon Fischer...

Annie, Joan et Lena mettent leurs problèmes de côté quand Auggie s'attire des ennuis en rendant visite à Parker en Afrique. Ces derniers ont en effet été pris en otages par des pirates somaliens, alors qu'ils passaient une semaine paradisiaque en pleine Mer Rouge...

En Virginie, un voleur parvient à s'introduire dans les locaux de RDI Industries pour subtiliser des documents de première importance contenus dans une puce électronique microscopique. Annie passe un accord avec l'agent Vincent Rossabi pour tenter de résoudre cette affaire. D'après les premiers éléments dont ils disposent, tout porte à croire que Simon Fischer est le suspect numéro 1, alors même que celui-ci fréquente toujours la policière, qui se retrouve dans une situation délicate. De leur côté, le projet de mariage entre Auggie et Parker est compromis. Auggie s'implique trop dans son travail, ce que Parker ne supporte plus...

Auggie est arrêté après avoir été impliqué dans une bagarre. Les conséquences sont lourdes car il perd tous les avantages de sa récente promotion. Arthur a la possibilité de travailler à l'ambassade de Pékin, mais Joan refuse de l'accompagner. Annie révèle à Lena que Simon l'a contactée. Elle pense qu'elle peut obtenir des informations de sa part. Un missile iranien utilisant la technologie américaine est découvert. Annie travaille avec Eyal Lavine pour retrouver les personnes qui l'ont fabriqué...

Le Premier ministre du Yémen est victime d'une crise cardiaque. Il est accueilli aux Etats-Unis pour y recevoir un traitement médical de dernier cri. Annie voit là une excellente opportunité pour approcher puis retourner son directeur de cabinet, Sayid Al-Muqri. Mais le Département d'Etat a explicitement demandé à la CIA de rester à distance du malade ou de son équipe. Annie parvient tout de même à convaincre Joan de la laisser partir pour la clinique, dans le Minnesota, afin de mener à bien son plan. Une fois sur place, la mission se révèle plus compliquée que prévue, et les agissements de la jeune femme remontent jusqu'à Washington...

Auggie interroge Henry Wilcox, le père de Jai, de manière non officielle. Celui-ci lui donne la position de la maison sécurisée où se trouvent des informations capitales sur des agents russes répartis partout dans le monde. A cette occasion, Auggie réalise que Simon semble être l'homme clé du FSB, l'agence de sécurité intérieure russe. Avec Annie, ils découvrent que Jai enquêtait déjà sur lui. Annie se rapproche de Simon pour essayer de gagner sa confiance et de le retourner afin qu'il travaille avec les Etats-Unis. L'homme est tiraillé par sa loyauté, mais fini pour refuser l'offre pour en faire une autre : il propose à Annie de l'épouser...

Après avoir tiré sur Simon, Lena parvient à s'échapper, mais elle manque de justesse d'être découverte par un livreur et Annie, en pleine crise d'hallucinations alors qu'elle est emmenée d'urgence à l'hôpital pour être opérée de ses graves blessures. Arthur ordonne qu'une enquête soit menée et a plutôt tendance à croire la thèse de Lena selon laquelle Annie est une traîtresse, qui n'a pas été suffisamment examinée lors de son recrutement à l'agence. Auggie risque sa propre carrière lorsqu'il décide de mener ses propres investigations. Le directeur de la CIA sanctionne officiellement Annie...

Plusieurs mois après la fusillade, Annie est sauvée d'affaire, mais doit toujours se reposer pour récupérer de ses blessures et de son opération. Elle n'a qu'une idée en tête : retrouver Lena, qui a fui en Russie. La jeune femme décide, contre l'avis de tous, de suivre une piste qui la mène à Moscou. Lorsque Joan réalise qu'Annie se met en route pour reprendre les armes, elle accepte de lui venir en aide, surtout pour assurer sa sécurité. Sur place, l'espionne prend contact avec un agent des services de sécurité russe, Dmitri Larionov, qui pourrait bien lui permettre de localiser Lena...

Annie a réussi à se venger en tuant Lena Smith, qui était en fait un agent double à la solde des Russes. Mais les troupes spéciales locales sont à sa recherche. L'espionne se cache dans une cabane au fond des bois, mais se fait repérer. Elle est faite prisonnière et jetée dans une geôle moscovite. Joan s'estime responsable de la situation. Elle essaye de convaincre Arthur de lancer une opération de secours, mais celle-ci leur ferait courir un trop grand danger. La pression augmente : il ne faudrait pas qu'Annie donne des informations aux Russes. Aidé par Auggie, Eyal Lavin se lance dans une périlleuse mission de sauvetage...

Annie est à nouveau amenée à travailler avec Eyal car la CIA et le Mossad sont sur les traces d'un espion enquêtant sur un magnat du pétrole...

Annie veut convaincre la CIA d'agir en fonction d'informations qu'elle a obtenues d'Eyal concernant l'existence d'un terroriste saoudien. L'organisation n'a que quelques heures pour retrouver sa trace et arrêter le criminel. Mais Joan se montre sceptique et interroge la fiabilité de la source d'Annie, poussant la jeune femme à mettre en balance sa loyauté envers la CIA et la confiance qu'elle a en Eyal. Finalement, elle n'a d'autre choix que de se tourner vers Arthur, qui accepte de prendre l'affaire en main, tout en interrogeant Joan sur son comportement suspect. Par ailleurs, l'ex-fiancée d'Auggie refait surface. Elle semble avoir une faveur à lui demander...

La commission d'enquête du sénateur Kelly convoque Arthur. Celui-ci est interrogé par le panel d'hommes politiques, qui le somment d'expliquer ce qui s'est passé lors de l'attaque menée contre le Saoudien Khalid Ansari. Or, elle a été organisée par le Mossad, l'agence d'espionnage israélienne, par l'intermédiaire d'un drone. Par ailleurs, Joan ordonne à Annie de se tenir éloignée d'Eyal, mais la jeune femme désobéit. Elle fait équipe avec lui pour suivre une piste fournie par Auggie. Celle-ci doit les mener vers Griffin Cole, qui a enlevé Megan. De son côté, Auggie doit remonter le moral de plusieurs vétérans blessés au combat...

Auggie prend un peu de temps en dehors du travail pour venir en aide à un vétéran de la guerre en Irak. Le soldat, décoré de la «Purple Heart», haute distinction de l'armée américaine, a du mal à revenir à une vie normale, et se sent coupable pour ses actions. Dans le même temps, Annie échappe de justesse à un piège tendu par Khalid Ansari, au Luxembourg. Aidée par Eyal, elle se rend ensuite à Zurich, en Suisse, où le père du terroriste est censé lui remettre 250 000 dollars en liquide. Elle espère profiter de cette transaction pour interpeler Ansari. De son côté, Arthur est toujours embourbé dans l'affaire de l'attaque du drone israélien...

Annie hésite à trahir l'agence pour sauver Eyal, mais Auggie lui vient en aide. Pendant ce temps, Henry Wilcox sort de prison : il a Arthur et Joan dans sa ligne de mire...