特攻队最精锐要员贤俊和思宇，感情就像亲兄弟一样，贤俊在接到上级指示攻读硕士学位的过程中，对偶然相遇的胜熙一见钟情，却因她的不辞而别伤心不已；通过老乡前辈的引荐思宇同样也结识了胜熙，也对熙一见钟情，然而他们不知道自己爱上了同一个女人，有一天，贤俊和思宇被一群不知名的年轻人抓获，接受了一番残酷的测试。

贤俊思宇的残酷测试，是NSS的用人测试 ，两人经过特殊训练，六个月后进入了NSS，第一天上班的贤俊和思宇与胜熙再次相见，在得知胜熙是有意接近自己后，虽然心有不快，却无法阻止内心对胜熙的好感，面对冷静划清界限的胜熙，贤俊果敢的突然一吻，两人之间的关系急速升温，作为他们的首次任务便是追击恐怖分子山本隆史，在执行任务的过程中，他们搭救了最有望当选的总统候选人赵明浩。赵明浩成为总统之后将二人邀请到青瓦台。来到青瓦台的贤俊想起了自己儿时的事情……

贤俊去找从小将自己抚养长大的神父，要了解当年车祸的真相。谁知神父却不肯回答他。获准休假的贤俊和胜熙在日本秋田县开始了一段只属于两个人的旅行，思宇独自赶赴匈牙利搭救逃往的北韩核物理学家洪丞龙，结束休假的胜熙和贤俊随后也赶去和他汇合，青瓦台决定为洪丞龙提供政治庇护，在离开前洪丞龙将装有秘密的项链送给贤俊。

洪丞龙在飞机场被恐怖集团的杀手杀死，杀手没有找到项链但确定在贤俊他们身上。而完成了任务的贤俊本以为可以休息，谁知白山派给他单独行动的任务——暗杀朝鲜最高人民委员长尹成哲。贤俊不顾个人安危勇往直前，虽然暗杀成功，但是却身负重伤。贤俊在山里养伤，并放消息出去求援，不料被白山拒绝。

贤俊飞机坠毁后被一群不知名的人物所救幸免于难，逃往日本。思宇在看到飞机残骸后以为贤俊死亡，回来后得到了白山的赏识成为了其团伙的一员。白山对韩国政府隐瞒了尹成哲被杀的真相，赵明浩总统逐渐意识到有一个庞大的集团在阻扰着南北韩核武器的研发。而在NSS休职状态的胜熙，不断地纠结于贤俊的生死。哲荣派遣善华前往日本继续追捕俊贤。然而贤俊，却被日本内阁调查室所擒获，正在接受调查。

正在准备复仇计划的贤俊，不幸被日本内阁调查室擒获接受调查，作为重获自由的条件，他答应去暗杀伊藤正之，在行动成功后他消失了。总统秘密地招待北韩高层访韩，处于计划外的NSS，后知后觉明白了其中的原因。正打算回到韩国的贤俊，接到一个向其索要洪丞龙遗物的神秘电话。

按照日本内阁调查室的要求，贤俊暗杀成功并逃了出来，通过BIG绑架优纪的行动，贤俊得知洪丞龙项链的重要性并收了起来。另一方面总统，在NSS完全不知情的情况下，秘密的邀请北韩护卫部门的核心人物访韩并进行会谈。贤俊和善华在洪丞龙留下的资料中得知了IRIS，并发现白山也是其中一员。两人打算赶赴中国上海于朴哲荣见面。

通过洪丞龙的项链，贤俊和善华对白山和IRIS有了初步的了解，后赶赴中国与哲荣见面，并成为哲荣恐怖集团的一员，向韩国挺进。即使发现恐怖行为的NSS和思宇，开始了一系列的追击活动。思宇发现了贤俊留在自己家里的痕迹，他渐渐的感到这次的恐怖集团可能与贤俊有关。

通过散步虚假情报，恐怖集团将思宇和全部战斗力转移，随后侵入到了NSS内部。不久后到达NSS的胜熙，与恐怖集团展开了奋战，并与蒙面的贤俊相遇。

以为胜熙已经死亡的贤俊，再一次见到胜熙，十分惊愕。贤俊打开了从NSS盗取的白山的机密资料，从中得知了自己的父母是被白山所害的事实。另一方面，在得知恐怖分子的大本营后，哲荣拿着一个不明的手提箱造访，“在首尔市正中央，将会发生一件你意想不到的事”。

为了了解自己的过去，贤俊再次拜访神父，不料晚了一步。一直和贤俊通话的“声音”，向贤俊讲述了其父母的过去，并劝服贤俊竭力阻止即将在首尔发生的核恐怖活动。总统不顾核恐怖活动的威胁，执意照常举行会谈。思宇用尽方法阻碍NSS搜索恐怖分子。

胜熙找到了恐怖分子的藏身之处，并只身前往恐怖分子的大本营，不料却被恐怖分子抓住。贤俊按照哲荣的指示审讯胜熙。白山和思宇杀掉了那个声音。那个声音在被杀害的前一刻，将自己被害的过程传给了贤俊。

贤俊通过声音的提示找到了一把钥匙，避过层层追捕通过这把钥匙见到了一个意想不到的人……朴室长更加肯定了对思宇及白山的怀疑，联合胜熙打算找到内奸，而朴哲荣知道核恐怖活动的真正目的之后想要阻止，与善华见面却被捕。

胜熙就在要找到恐怖分子时被思宇逮捕，贤俊和思宇在恐怖分子据点进行了枪战，恐怖分子消失，而胜熙逃脱了控制，继续找寻恐怖分子所在地，同时贤俊也在追寻失踪的恐怖分子。

胜熙和贤俊再次相遇，贤俊向她讲述了事情的原委，思宇的到来使胜熙再次被捕。总统要逮捕严委员长但却被杀手杀死，思宇和白山被捕，贤俊找到了核弹的投放位置，NSS切断了电波，恐怖分子决定手动引爆，贤俊找到了核弹，一场枪战即将展开……

在哲荣的帮助下，到达核恐怖行动目的地光化门的贤俊和善华，与恐怖分子展开了激烈的枪战，并成功的阻止了核恐怖事件。之后，贤俊和善华在国政院接受调查，哲荣和青瓦台正努力去找出关于IRIS的线索。

贤俊拒绝了室长朴尚贤让他回到NSS的请求，与胜熙去旅行度过了难得的美好时光，但得知了白山和思宇的逃脱消息后又回到了NSS。哲荣和善华得知又有一个阴谋在进行中，回到韩国见郑亨俊，但郑亨俊被暗杀了。

贤俊和善华找到暗杀郑亨俊的杀手，但是关于IRIS什么也没问出来。NSS在IRIS的窝点逮捕了白山，但是思宇和IRIS的其他成员却逃脱，并劫持了大量人质。

思宇在最后时刻为救贤俊被自己人的给杀了。会谈照常，总统在现场遇刺，善华为救贤俊受伤，贤俊在紧要关头杀死了准备刺杀总统的女秘书，救了总统，基本消灭了在韩国的IRIS。事后哲荣和善华回朝鲜，胜熙和贤俊离开了NSS去度假，贤俊在准备向胜熙求婚的路上被暗杀，死的时候看见胜熙就在不远处的灯塔上等他……