707특임대의 최정예 대원 현준은 명령을 받고 대학원에 간다. 강의실에서 만난 승희에게 첫눈에 반하지만, 그녀는 갑자기 사라진다. 우울해하는 현준은 사우와 함께 부대 밖으로 술을 마시러 나갔다가 민간인과 시비가 붙어 얼차려를 받게 된다. 정체를 밝히지 않는 남자들에게 끌려가 혹독한 테스트를 받은 현준과 사우는 정보기관 NSS의 요원이 된다. NSS에 첫 출근한 현준은 승희와 재회하게 되는데...

승희가 자신에게 의도적으로 접근한 사실을 알게 된 현준은 불쾌해한다. 상관이라며 깐깐하게 구는 승희에게 현준은 기습 키스를 하고, 두 사람은 비밀연애를 시작한다. 현준은 사우와 함께 테러 위험인물 다카시를 수사하다가 당선이 유력한 대통령 후보 조명호의 목숨을 구한다. 대통령이 된 조명호는 두 사람을 청와대로 초청한다. 청와대에 온 현준은 잊고 있던 어릴 적 기억이 떠오르면서 큰 충격에 빠지는데...

현준은 사고로 양친을 잃고 고아가 된 자신을 키워 준 신부를 찾는다. 현준은 신부에게 자신의 과거에 대해 물어보지만 아무 대답도 듣지 못한다. 현준과 승희는 일본 아키타로 여행을 떠나 행복한 시간을 보낸다. 한편, 사우는 헝가리로 가 망명 요청을 한 북한 연구원 홍승룡을 빼낸다. 휴가를 끝내고 복귀한 현준과 승희, 사우와 합류한다. 세 사람이 임무 성공을 자축하며 기쁨을 나누는 동안, 한국으로 향하는 홍승룡 앞에 킬러 빅이 나타나는데...

임무를 끝낸 현준에게 접선 명령이 내려온다. 현준을 불러낸 백산이 단독임무를 주는데, 북한 최고위급 인사 윤성철의 암살이다. 북측 경호책임자 철영이 경호를 강화함에도 불구하고 현준은 임무를 강행한다. 현준은 결국 윤성철 암살에 성공하지만, 도주 중 큰 부상을 입는다. 은신처로 몸을 숨긴 현준은 백산에게 구조요청을 한다. 자신을 구하러 온 사람이 사우임을 확인 후 안도하던 현준은 예상치 못한 그의 행동에 경악하는데...

정체불명의 인물이 추락한 경비행기에서 현준을 구해내 치료해 준다. 몸이 회복된 현준은 더 이상의 도움을 거부하고 헝가리를 빠져나간다. 현준의 죽음을 받아들이지 못하는 승희는 NSS를 떠나 꽃집에서 일하면서 현준의 생사 확인에 집착한다. 경호 실패의 책임으로 가족을 잃고 감옥에 갇혀 있던 선화는 다시 현준을 쫓기 시작한다. 승희와 함께 머물던 아키타의 온천장으로 몸을 숨긴 현준은 복수를 준비하던 중 현지 경찰에 체포되는데...

내각조사실의 심문을 받던 현준은 야쿠자 보스를 암살해 주면 풀어주겠다는 제안을 받는다. 현준은 그를 죽인 후 사라진다. 대통령은 극비리에 북한 고위급 인사를 국내로 초청해 만난다. 그 과정에서 배제된 NSS는 진의 파악에 고심한다. 선화는 일본까지 자신을 쫓아온 승희와 격투를 벌이다 도망친다. 유키를 인질로 잡은 빅은 현준에게 홍승룡의 물건을 요구한다. 현준은 결국 유키를 구하는 데 실패하지만 홍승룡의 물건을 손에 넣는데...

승희는 모든 일상을 포기한 채 현준의 생사 확인에 더욱 집착한다. 사우는 승희가 현준의 죽음을 받아들이도록 증거를 조작해 흘린다. 결국 현준의 죽음을 받아들인 승희는 절망감에 쓰러진다. 현준과 선화는 목걸이에 담긴 정보를 해독해낸다. 정보는 아이리스의 명단인데 현준은 예상치 못한 이름을 발견하고 놀란다. 중국 상해로 간 현준은 철영을 만나 자신의 목숨을 담보로 엄청난 요구를 하는데...

철영은 모든 테스트에 통과한 현준을 자신의 테러단에 합류시켜 한국으로 보낸다. NSS에 복귀한 승희가 애써 밝은 모습을 보이자 사우는 안타까워한다. 한국에 밀입국한 현준 일행은 테러 준비를 시작한다. 테러 징후를 포착한 NSS는 수사력을 집중한다. 사우는 수사 중인 테러단이 현준과 관련된 것 같아 불안하기만 하다. 사우는 자신의 집에서 현준이 남긴 흔적을 발견하고 큰 충격을 받는데...

북한 실사단을 맞이하기 위해 백산과 홍수진은 임진각으로 마중을 나간다. 그 시간 테러단은 거짓 정보를 흘려 사우와 전술팀을 밖으로 빼낸 후 NSS에 침투한다. 현준은 리더인 도철에게 침투 목적이 뭔지 물어보지만 설명해 주지 않는다. 한편 뒤늦게 NSS에 도착한 승희는 복면을 쓰고 있는 현준과 마주친다. 테러리스트의 공격으로 승희를 구해주려던 현준은 승희가 쏜 총에 맞아 쓰러지는데...

죽은 줄 알았던 승희가 살아있다는 사실에 현준은 큰 충격을 받는다. NSS에서 빼낸 백산의 파일을 통해 현준은 자신의 부모가 백산에게 암살됐다는 걸 알게 된다. 백산은 대통령과 독대한 자리에서 핵무기 부속이 탈취됐음을 보고하자 대통령은 크게 당황한다. 현준이 테러단의 일원이었다고 확신하는 승희는 관련 정보들을 모으기 시작한다. 테러단의 아지트에 온 철영은 북한에서 가져온 물건을 건넨다. 자신의 과거를 묻기 위해 성당을 찾은 현준은 살해된 신부를 발견하고 분노하는데...

현준과 선화는 신부를 죽인 자들의 공격을 피해 성당을 빠져나간다. 한국에 들어와 있는 목소리를 만난 현준. 부모에 대한 이야기 해준 목소리는 현준에게 핵테러를 막도록 설득한다. 백산은 핵테러 가능성을 언급하며 남북 정상회담 연기를 건의하지만 대통령은 강행 의사를 밝힌다. 사우는 테러단을 추적 중인 NSS의 수사를 은밀하게 방해한다. 테러단의 아지트 위치를 확인 한 승희는 혼자 그곳으로 달려가는데...

뒤늦게 도착한 사우는 승희가 테러단과 함께 사라진 것을 알게 된다. 사우는 백산에게 연락해 승희가 위험하다며 도움을 요청한다. 도철의 지시로 승희를 심문하는 현준은 괴로운 마음이다. 태성은 상현에게 사우가 테러단 정보를 누락시켰다고 보고한다. 핵테러를 위협용이 아니라 실제로 강행하려는 연기훈의 계획에 철영은 충격 받는다. 백산과 사우는 한국에 들어온 목소리를 추격해 살해한다. 목소리는 그 상황을 현준의 핸드폰으로 전송하는데...

목소리의 은신처를 찾은 현준은 목소리가 마지막으로 남긴 말에서 단서를 얻고, 그 단서를 추적하던 현준은 조명호 대통령을 만나 아이리스의 정체와 핵테러 위험에 대해 경고한다. 한편 사우가 내부의 스파이일 것이라고 의심하고 있던 상현은 백산의 움직임에서도 의심스러운 구석을 발견하고 승희, 양실장, 미정과 비밀리에 테러단의 조사를 시작하지만, 사우가 이들의 움직임을 파악하고 만다. 핵테러를 일으키려는 북한의 연기훈의 계획을 막기 위해 선화와 비밀리에 접촉을 시도하던 철영은 현준에 의해 납치되는데…

현준에게 납치된 철영은 현준과 조명호를 도와 한반도의 전쟁을 막기로 결심하고, 연기훈의 계획이 북한 군부가 동참한 쿠테타라는 사실을 조명호에게 알린다. 상현의 지원을 받아 테러단을 추격하던 승희는 뒤쫓아 온 사우에게 체포되고, 내부에서 지원하던 상현 역시 반역죄로 체포된다. 테러단의 아지트를 살피던 사우는 현준과 맞닥뜨리지만 총격전 끝에 도주한다. 현준이 테러범을 놓친 사실을 알게 된 조명호는 연기훈을 체포하려 하고, 현준과 선화는 테러범의 차량 운행 기록을 바탕으로 핵폭탄을 조립한 벙커를 찾아내는데…

핵폭탄을 조립한 벙커를 찾아낸 현준과 선화는 그곳에서 승희와 맞닥뜨린다. 승희는 사우의 추격으로부터 현준을 구해내기 위해 자신의 목숨을 걸고, 그 사이 현준과 선화는 도주한다. 정형준은 철영의 도움으로 연기훈을 체포하지만, 조명호를 만나기 전에 빅이 연기훈을 암살하고 만다. 연기훈의 죽음으로 핵폭탄의 위치를 파악하는데 실패한 조명호는 백산과 사우, 어성식을 체포한다. 한편, 철영의 도움으로 핵테러의 목표가 광화문임을 알게 된 현준은 핵폭탄을 찾는데 성공하지만, 광화문에 나타난 테러단과 총격전을 벌이는데…

광화문에서 테러단과 총격전을 벌이며 핵테러를 막아낸 현준과 선화는 국정원에서 취조를 받는다. 조명호는 현준과 만나 아이리스를 파악하는 일을 부탁하고, 상현은 NSS로 복귀하라고 하지만 현준은 거절한다. 철영은 북한 내부의 아이리스를 파악하는데 주력하고, 국정원의 조사를 마친 선화는 현준의 도움으로 북한으로 돌아간다. 미정은 빅의 부탁으로 외부에서 NSS 서버실에 접속할 수 있도록 해준 후 죽임을 당하고 만다. 현준과 여행을 떠나기로 한 승희는 서둘러 집을 나서던 중 접촉사고를 당하고, 같은 시간 백산, 사우 등을 호송하던 트럭이 의문의 용병들에 의해 공격을 받는데......

현준은 승희와 함께 제주도로 짧은 여행을 떠나 예전처럼 닭살커플로 돌아가 달콤한 휴가를 즐기던 중 한 통의 전화를 받았다. 딱딱하게 전화를 받던 승희는 잠든 현준을 뒤로 하고 호텔을 나갔고 이후 연락이 두절됐다.

　백산과 진사우는 아이리스의 도움으로 탈출에 성공하고 거대 조직의 실체가 드러났다. 이 과정에서 백산은 누군가와의 통화에서 “최승희 문제도 지시한대로 조처하겠습니다”고 말했다.

　연락 두절된 후 다시 NSS에 모습을 드러낸 최승희는 연인인 김현준에게 조차 “미안하다”고만 할 뿐 “지금은 말하기 힘드니 넘어가 달라”고 부탁하는데...

정체를 알 수 없는 행동들로 의문을 일으켰던 최승희가 NSS의 전 국장이자 아이리스 소속인 백산(김영철 분)과의 관계를 털어놨다. 승희는 자신의 아버지가 NSS를 창설했지만, 박 대통령 시해 당시 누명을 쓰고 사형을 당했다고 말했다.

이때 승희를 도와준 것이 백산이었고 그녀는 백산 국장으로부터 아이리스를 위해 일해달라는 요청을 받았지만 그 요청을 거절했다고 한다.

왜 진작 말하지 않았냐는 현준에게 승희는 “내게 아버지 같은 존재가 당신의 부모님을 죽였고, 나에게 아이리스가 되어 당신을 죽이라는데 어떻게 말을 할 수 있겠느냐.”고 오열했다.

승희의 고백을 믿은 현준은 선화(김소연 분)에게 승희에 대한 모든 것을 다 알았으니 더 이상 신경 쓸 필요가 없다고 못 박는다.

남북정상회담 자리에서 누군가 암살당하는데..