Энтерпрайз вернулся домой, но обнаруживает, что попал в прошлое, и ход Второй мировой кардинально изменилсся под воздействием войны Темпоральной…

Джонатан Арчер вынужден объединить усилия с Силиком для того, повернуть время вспять и все изменить…

Энтерпрайз вернулся домой не только пространственно, но и во времени. Команда корабля заслужила отдых после многих месяцев работ.

На борт Энтерпрайза попадает Эйрик Сунг (Брент Спайнер) — создатель «Аугментов» — существ, которые грозят стать поводом для войны между Клингонской империей и Землёй.

На криостанции-12 ещё остались нужные сбежавшему Сунгу и его аугментам эмбрионы, но персонал станции мужественно сопротивляется попыткам заполучить их…

Один из Аугментов восстаёт против своего создателя, и придумывает план, который поможет по-настоящему разжечь боевые действия между Клингонской империей и Землёй.

Арчер и Т’Пол обнаруживают Сиранитов, они удивлены, узнав что капитан, возможно, — ключ к их спасению. Волнения на Вулкане набирают всё большие и большие обороты, и ВВК намерено вероломно напасть на Андорию, издавна конкурировавшую с Вулканом — об этом Трипу сообщает уже бывший посол Совал.

Джонатан Арчер,Т’Пол и Т’Пау (глава сиранитов) не без труда добираются до столицы Вулкана с целью предъявить обществу древний артефакт Кир’Шару. Он может помочь низвергнуть коррумпированное правительство, и в корне поменять жизнь общества. Тем временем команда Энтерпрайза благодаря друзьям предотвращает атаку на Андорию.

На борт «Энтерпрайза» прибывает изобретатель телепортатора Эмори Эриксон, чтобы провести некий рискованный эксперимент.

Очередной десант занес на борт «Энтерпрайза» смертельную вирусную инфекцию. Команда пытается с ней бороться, а некие бестелесные инопланетные создания в это время изучают реакцию землян на данную ситуацию.

«Энтерпрайз» направляется к «Вавилону» с телларитским послом на борту. Цель встречи — мирные переговоры с андорианцами. Но по пути команда получает сигнал бедствия от Шрана…

Арчер пытается убедить андорианцев, телларитов и вулканцев объединить усилия, чтобы поймать Ромуланский экспериментальный корабль, угрожающий стабильности всего региона.

Благодаря Аэнарцам удаётся остановить действия Ромуланцев, направленные на «сталкивание лбами»

Доктор Флокс по пока неустановленным причинам похищен Клингонами.

Nx-02 Колумбия летит на помощь «Энтерпрайзу». Доктору Флоксу всё-таки удаётся излечить вирус, но отныне некоторые Клингоны физически «очеловечатся».

Дружеская встреча с Орионским торговцем не предвещала никаких неприятностей.

Действия серии происходят в Альтернативной Вселенной где всё пошло иначе, и Земля создала мощную империю, одну за другой порабощающую расы Галактики.

Предательство в этой Альтернативной Вселенной, похоже, вполне обыденная вещь…

Ксенофобская Организация «Терра Прайм» выдвигает ультиматум всем инопланетянам, присутствующим в Солнечной системе.

Команде Энтерпрайза предстоит вступить в серьёзную схватку с организацией…

Прошло 2 столетия…наступил 24 век…