Archer i NX-01 znajdują się w przeszłości Ziemi, a wydarzenia II wojny światowej zostały zmienione przez czasową zimną wojnę.

Przy pomocy Silika Archer wprowadza w czyn tymczasowego operatora, który zmienił przeszłość Ziemi i grozi jej zniszczeniem przez cały czas.

Gdy NX-01 w końcu powróci na Ziemię, zmęczeni członkowie załogi będą mieli reperkusje swoich podróży, zarówno pozytywnych, jak i negatywnych.

Kiedy genetyczni nadprzyrodzeni pozostali po wojnach eugenicznych przejmują klingoński statek, Archer musi polegać na ich twórcy, zbrodniarzu dr. Ariksie Soongu, aby pomóc im polować.

Arik Soong prowadzi zespół Augmentów do placówki medycznej, w której przechowywane są setki genetycznie ulepszonych embrionów, które zamierzają odzyskać i ożywić.

Wbrew ich "ojcu", Arik Soong's Augments wymyślają ohydny spisek przeciwko Klingonom, który z pewnością doprowadzi do wojny międzygwiezdnej.

Archer i T'Pol spotykają się z Syrrannitami, radykalną grupą ukrywającą się na pustyni wulkanicznej, podczas gdy załoga NX-01 walczy z wulkaniowymi zrywami sił.

Archer, T'Pol i T'Pau próbują sprowadzić Kir'Sharę - artefakt, o którym wierzy się, że zawiera oryginalne pisma Suraka - do stolicy Wulkana, podczas gdy NX-01 angażuje się w wojnę między Vulcan-Andorianami.

Wynalazca transportera, Emory Erickson, wchodzi na pokład Enterprise, by przeprowadzić ryzykowny eksperyment.

Niecielesni kosmici badają załogę Enterprise, gdy reagują na śmiertelną infekcję wirusową przywiezioną na pokład z misji wyjazdowej.

Podróże korporacyjne do Babel z ambasadorem Tellarytów na pokładzie w rozmowach pokojowych z Andorianami, gdy otrzymujemy wezwanie pomocy od Shrana.

Archer próbuje zjednoczyć Andory, Tellarytów i Wolkanów w planach zdobycia statku maruderów grożących destabilizacją regionu.

Archer odwiedza lodowatą planetę Shrana, by znaleźć podgatunek Andorianów zwany Aenarem, aby określić ich związek z maruderami niszczącymi statki w tym regionie.

Podczas gdy Enterprise odwiedza Ziemię w związku z uruchomieniem Columbia, Phlox zostaje porwany i zmuszony pomóc Klingonom w radzeniu sobie z poważnym zagrożeniem dla ich gatunku.

Z pomocą Kolumny, załoga Enterprise zmaga się z sabotażem na swoim statku, gdy dochodzą do prawdy za porwaniem Floksa.

Jako prezent do negocjacji z Syndykatem Oriona, kapitan Archer otrzymuje trzy dziewczyny z niewolnikami Oriona.

W uniwersum lustrzanym, dowódca Archer buntuje się przeciwko kapitanowi Forrestowi, aby uchwycić przyszły statek kosmiczny znaleziony w przestrzeni Tholian.

W lustrzanym wszechświecie, Archer dowodzi Defiantem z 23rd wieku od Tholian i używa go w nikczemnym chwytaniu władzy.

Ksenofobiczna frakcja ludzkości grozi osłabieniem rozmów, tworząc nową koalicję planet.

Ludzki przywódca izolacjonistów grozi zniszczeniem dowództwa Gwiezdnej Floty, chyba że wszyscy kosmici opuścili Ziemię natychmiast.

Sześć lat w przyszłości, emocjonalny kapitan Archer i załoga wracają na Ziemię, aby stawić czoła likwidacji Enterprise i podpisaniu karty Federacji.