L'Enterprise si ritrova ai tempi della Seconda guerra mondiale, ma la realtà non corrisponde agli avvenimenti storici.

Vosk propone al capitano Archer la fornitura di quanto necessita per ultimare la macchina del tempo in cambio di un passaggio nel XXII secolo.

Mentre Archer ritrova una vecchia conoscenza, T'Pol si reca su Vulcano con Trip, dove l'attende una sorpresa, e il dottor Phlox è aggredito da umani xenofobi.

L'equipaggio dell'Enterprise scopre che l'attacco alla nave klingon è opera degli umani geneticamente potenziati del dottor Soong.

I potenziati si dirigono verso Stazione 12 dove sono conservati altri embrioni.

I potenziati fuggono nuovamente. Mentre il dottor Soong vuole nascondere gli embrioni, Malik ha un piano diverso e decisamente più cruento.

Superati il deserto e le tempeste di sabbia, T'Pol e Archer affrontano i Syranniti nella Fornace.

Mentre l'Enterprise raggiunge Andoria per informare la popolazione di un attacco imminente, Archer cerca di portare il Kir'Shara nella capitale di Vulcano.

Emory Erickson arriva a bordo dell'Enterprise ufficialmente per condurre test sul teletrasporto, ma in realtà con altri piani in mente.

Entità incorporee aliene occupano i corpi di alcuni membri dell'equipaggio dell'Enterprise per studiarne la reazione a un virus mortale che ha colpito Trip e Hoshi.

L'equipaggio accompagna i delegati tellariti ai colloqui di pace. Durante il viaggio, l'Enterprise soccorre una nave andoriana attaccata da un vascello tellarite.

Il capitano Archer deve convincere Vulcaniani, Tellariti e Andoriani a unire le forze per ritrovare una nave romulana.

Sull'Enterprise si scopre che la nave romulana era pilotata telepaticamente da un Aenar, membro di una sottospecie degli andoriani.

Phlox viene rapito dai klingon e costretto a trovare una cura contro il virus che sta mettendo in pericolo la loro specie. A Reed viene ordinato di tradire Archer.

Mentre Trip Tucker sale a bordo per riparare i danni operati dai klingon, Phlox e Antaak trovano una cura per il virus che non piacerà al generale K'Vagh.

Gli uomini dell'Enterprise cedono ai poteri seduttivi di tre schiave orioniane. Trip Tucker è l'unico maschio dell'equipaggio immune al loro fascino.

L'equipaggio nell'universo dello Specchio, in guerra contro i ribelli dell'Impero, scopre che i Tholiani hanno catturato una nave proveniente dal futuro.

Dopo aver catturato una nave stellare di classe Constitution proveniente dal futuro, il malvagio capitano Archer dell'universo dello Specchio vuole diventare Imperatore.

Una donna dà a T'Pol la prova dell'esistenza di una figlia sua e di Trip Tucker. I due scoprono che la donna era un membro dell'organizzazione xenofoba Terra Primo.

Paxton minaccia di distruggere la sede della Flotta Stellare se gli alieni non abbandonano la Terra. L'Enterprise deve spegnere il superprotetto raggio verteron su Marte.

Per chiarirsi le idee, il comandante William Riker visiona una simulazione olografica dell'ultima missione della prima nave stellare Enterprise.