A xindi szuperfegyver megállítása után Archer váratlanul az időben transzportál, és az 1944-es Földre érkezik, méghozzá a II. világháború kellős közepébe. Pontosabban a nagy világégés egy időmanipulált, katasztrofális alternatívájába, melyben a Fehér Házat az Amerikát elfoglaló nácik uralják.

Az emberiség idővonalának megóvása - vagyis az Amerikát leigázó náci invázió visszaszorításának - érdekében Archernek meg kell akadályoznia új ellenségét, Voskot egy időgép megépítésében. Ha a szerkezet mégis létrejön, az emberi faj sötét jövő elé néz, és Vosk manipulációi következtében talán a mi jelenünk is náci diktatúrává alakul.

Mikor az Enterprise hazatér a Földre, az egész legénységet hősként fogadják. Archert a múlt év legsötétebb pillanatai kísértik, mialatt Trip hazakíséri T'Polt a Vulkánra. T'Polt a család által kijelölt vőlegény ellentmondásos ajánlata várja.

Archer kapitány és a zseniális alvilági tudós, Dr. Soong (Data későbbi megalkotója) összefog, hogy lefegyverezzenek egy genetikailag tökéletesített humanoidokból álló egységet, amely elfoglalt egy klingon hadihajót, és lemészárolta annak teljes legénységét.

Archer és legénysége felfedezi, hogy Dr. Soong és genetikailag tökéletesített hadserege több ezer szuperhumanoid embriót nevel. A flotta parancsa szerint meg kell semmisíteniük az emberiség létét fenyegető tenyészetet, amelyet Soong évekkel ezelőtt telepített egy orvosi kutatásokra specializálódott állomásra. Archer és Trip a veszélyes embriókon kívül erősen fertőző vírusraktárt talál a kísérteties bázison.

Soong és a "feljavítottak" egy elhagyott bolygón akarják felnevelni az embriókat. Malik, az új faj vezetője a klasszikus "oszd meg és uralkodj" elvvel igyekszik galaktikus hatalomra törni: halálos vírussal fenyeget egy klingon kolóniát, mégpedig úgy, hogy a végzetes merénylet földi támadásnak tűnjön.

Archer és T'Pol érkeztével különös meglepetés vár a Föld vulkáni követségére mért merényletért felelős vulkáni szektára. Trip egy új vulkáni szövetséges segítségével mentőakciót tervez, mialatt a vulkáni főparancsnokság vitába keveredik az Enterprise-szal.

A Vulkán bolygón Archer - a Kir'Shara műtárggyal birtokában - a Főparancsnokságra igyekszik, remélve, hogy a doboz segítségével megakadályozhat egy vulkáni-andoriai háborút. Ezalatt Trip - tudván, hogy egy vulkáni háború a Földre is befolyással lenne - az andoriaiaknak nyújt segítséget.

Emory Eickson, Archer kapitány mentora és a transzporter feltalálója egy kockázatos kísérlet miatt érkezik az Enterprise fedélzetére.

Látható test nélküli idegenek szállják meg a hajót, hogy tanulmányozzák az emberi fajt; mialatt a küldetésükről visszatérő Trip és Hoshi szervezetében a felderítő út során szerzett halálos fertőzés tünetei mutatkoznak.

Az Enterprise Gral, telerián nagykövettel a fedélzeten a semleges Bábel bolygóra igyekszik, ahol földi közvetítők segítségével kereskedelmi célú béketárgyalások kezdődnek a telerián és andoriai küldöttek közt. Egy váratlan incidens azonban ismét felszítja a két faj mélyen gyökerező ellentéteit.

Tripet és Reedet egy rejtélyes romulán hajó fedélzetén tartják fogva. Ezalatt Archer egyesíteni szeretné az andori, a telerián és a vulkáni erőket, hogy megállítsák a térséget anarchiával fenyegető fosztogató hajót.

Miután az Enterprise legénysége rájön, hogy a kegyetlenül fosztogató hajókat agyhullámokkal irányítják, Archer Shran jégvilági otthonába tart. Azt reméli, az andoriak alfajának tartott telepatikus aenariak közt megtalálhatja a pusztítás felelőseit. Ezalatt Trip áthelyezését kéri, mivel T'Pol iránti érzelmei komolyan befolyásolják munkáját.

Az Enterprise a Columbia csillaghajó indítása alkalmából érkezik a Földre, ahol Dr. Phloxot rejtélyes körülmények közt elrabolják. Fogvatartói arra kényszerítik, találjon gyógymódot egy katasztrofális következményekkel fenyegető klingon járvány vírusa ellen.

A Hernandez kapitány parancsnoksága alatt álló Columbia és az Entreprise továbbra is Phlox után kutat, ám a keresést egy szabotőr akadályozza. T'Pol egy kényes témát szeretne megbeszélni az Enterprise fedélzetére látogató Trippel.

Kereskedelmi tárgyalások során nyújtott segítségéért cserébe az Orion szindikátus három gyönyörű rabszolgalánnyal ajándékozza meg Archert. A három szépség fedélzetre léptével az Enterprise-on elszabadul a pokol.

Egy párhuzamos világegyetemben még áll a Terrán Birodalom, az Enterprise legénysége pedig nem éppen az igazság bajnoka: Archer egy Forest nevű kapitány nagyravágyó, számító első tisztje, akinek szeretője Hoshi, hűséges szolgája T'Pol. Dr. Phlox pedig Archer utasítására nagy kedvvel kínoz meg egy tholiánt, hogy némi információt szerezzenek egy jövőből érkezett emberi csillaghajóról. Kiderül a rejtélyes jármű egy föderációs, Constitution osztályú csillaghajó, a U.S.S. Defiant.

A tüköruniverzum hatalomvágyó Archerja átveszi a 23. századból érkezett Defiant irányítását, hogy megszerezze az uralmat a Terrán Birodalom felett. A cselszövő Hoshi és az áruló T'Pol is saját tervekkel keresztezi Archer útját.

A Földön egy történelmi jelentőségű Csillagflotta konferencián az egyesült bolygószövetség alapítódokumentumait készülnek aláírni, mikor a magukat "Terra Prime"-nak nevező, szélsőséges idegengyűlölő csoport el akarja űzni a bolygónkon letelepedett földönkívülieket.

Hogy biztosítsák a történelmi jelentőségű, egyesült bolygószövetség alapító-dokumentumainak aláírását, Archernek meg kell állítania a fenyegetőző Paxtont, a Terra Prime nevű szélsőséges idegengyűlölő csoport vezetőjét. Paxton azt követeli, hogy minden földönkívüli azonnali hatállyal hagyja el a bolygót, különben elpusztítja a Csillagflotta Főparancsnokságot. Eközben Paxton fogságában Trip és T'Pol találkoznak közös gyermekükkel, noha T'Pol soha nem volt terhes.

Hat évvel a jövőben Archer kapitány visszatér a Földre, hogy átadja az Enterprise parancsnokságát. Ezalatt az Új nemzedék idejében - csillagidő szerint 47457.1 - Pressman admirális, Riker parancsnok egykori kapitánya a U.S.S. Pegazusról az Enterprise-D-re érkezik hogy együtt keressék meg az eltűntnek hitt Pegazust.